Positions with mixtures: Not Excluded Numbers represent: Absolute numbers Single occurences: Included Total number of isolates shown beneath consensus Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

10

20

P 153

I 153

S 153

P 153

I 153

E 153

T 153

V 153

P 153

V 153

K 153

L 153

K 153

P 153

G 153

M 153

D 153

G 153

P 153

K 153

L1

V1

S2

D5 G1 K1

R2 N1 Q1 *1 E1

*1

R25

30

40

V 153

K 153

Q 153

W 153

P 153

L 153

T 153

E 153

E 153

K 153

I 153

K 153

A 153

L 153

V 153

E 153

I 153

C 153

T 153

E 153

I6

R2

*1 K1

V1

S1

N1

E2 V1 I1 Q1

I14 T10 L5 A2 M2 R1 Q1

Q1 D1

*1

A8 P1 K1

V2 Q2

50

60

M 153

E 153

K 153

E 153

G 153

K 153

I 153

S 153

K 153

I 153

G 153

P 153

E 153

N 153

P 153

Y 153

N 153

T 153

P 153

V 153

L79

V1

Q8 E5 N2

D11

T3

R8 E1

V1

G1 D1

I11

70

80

F 153

A 153

I 153

K 153

K 153

K 153

D 153

S 153

T 153

K 153

W 153

R 153

K 153

L 153

V 153

D 153

F 153

R 153

E 153

L 153

V1 T1

R3

R1 T1

N52 G4

G3

D12 S3 N2 A1

R39

V2 I2

M3 I1 A1 L1

L1

90

100

N 153

K 153

R 153

T 153

Q 153

D 153

F 153

W 153

E 153

V 153

Q 153

L 153

G 153

I 153

P 153

H 153

P 153

A 153

G 153

L 153

R1

K25

E1

S19 G2

110

120

K 153

K 153

K 153

K 153

S 153

V 153

T 153

V 153

L 153

D 153

V 153

G 153

D 153

A 153

Y 153

F 153

S 153

V 153

P 153

L 153

Q4 R1 E1

Q7 R3

N4 R1

R2 N1

I2

P1

I1

F1

Y3

I18

130

140

D 153

K 153

D 153

F 153

R 153

K 153

Y 153

T 153

A 153

F 153

T 153

I 153

P 153

S 153

I 153

N 153

N 153

E 153

T 153

P 153

H3 Y2

E58 P5 Q1 R1

E30 N1 S1

N4

P1

N1

I1

T26 V19 L8 M3 R2

H1

A3

K3 M1

150

160

G 153

I 153

R 153

Y 153

Q 153

Y 153

N 153

V 153

L 153

P 153

Q 153

G 153

W 153

K 153

G 153

S 153

P 153

A 153

I 153

F 153

V13 T1

M4 K1

S5

Y1

170

180

Q 153

S 153

S 153

M 153

T 153

K 153

I 153

L 153

E 153

P 153

F 153

R 153

K 153

Q 153

N 153

P 153

D 153

I 153

V 153

I 153

C20 Y3 A2 H1

I1 T1

I4 R1

R8 Q1

I1

D9 G1 A1

L1

Y1 L1

K1

Q4 R2 T2 E2 N1

H2 K2 R1

H1

T1

E34 N1

L13 M12

I6 E1

L1

190

200

Y 153

Q 153

Y 153

M 153

D 153

D 153

L 153

Y 153

V 153

G 153

S 153

D 153

L 153

E 153

I 153

G 153

Q 153

H 153

R 153

T 153

C2 I1 S1

V124 I2 L1

H1

K1 L1

E22 R1

K2 P1

P1

A22 I10 E1

210

220

K 153

I 153

E 153

E 153

L 153

R 153

Q 153

H 153

L 153

L 153

R 153

W 153

G 153

F 153

T 153

T 153

P 153

D 153

K 153

K 153

N1 Q1

V11

K10 D4

*1

E19 K2 N1 A1 R1 D1

Y10

W40 *1

K76 Q3 S2 N1 A1 D1

V1

L12

Y86 F8 I2 S1

E7 H1

Q15 E9 D2 N1 G1 R1

230

240

H 153

Q 153

K 153

E 153

P 153

P 153

F 153

L 153

W 153

M 153

G 153

Y 153

E 153

L 153

H 153

P 153

D 153

K 153

W 153

T 153

Y1

E3 Q2 R1

H1

Y1

H7 R3

L1

D1

Q1

R1

250

260

V 153

Q 152

P 152

I 152

V 152

L 152

P 152

E 152

K 152

D 151

S 48

W 48

T 48

V 48

N 48

D 48

I 48

Q 48

K 46

L 45

I3 G2

H2

V1

E18 M9 K6 T3 S1 L1 Q1 A1

D11 N3 V1 Q1

Q2

E11

D2 T1

D1

270

280

V 44

G 44

K 44

L 44

N 44

W 44

A 44

S 43

Q 43

I 43

Y 41

A 37

G 36

I 36

K 35

V 35

K 34

Q 34

L 34

C 34

I1

S2

E1

D1

P11 S4

R7

290

300

K 33

L 33

L 32

R 32

G 31

T 30

K 28

A 27

L 26

T 22

E 22

V 22

I 22

P 22

L 22

T 22

E 22

E 21

A 21

E 21

R2 E1

K1

A2

T1

I1

V6

S1

Q1 K1

L 9

E 9

L 6