Positions with mixtures: Not Excluded
Numbers represent: Absolute numbers
Single occurences: Included
Total number of isolates shown beneath consensus
Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

         10         20
P
40
I
40
S
40
P
40
I
40
E
40
T
40
V
40
P
40
V
40
K
40
L
40
K
40
P
40
G
40
M
40
D
40
G
40
P
40
K
40










D2
K1
G1

A1
N1





A1

N2
R1

F1



T1



V1

E1





R3

         30         40
V
40
K
40
Q
40
W
40
P
40
L
40
T
40
E
40
E
40
K
40
I
40
K
40
A
40
L
40
V
40
E
40
I
131
C
936
T
936
E
936
I1
L1



R1

C1

A1



S1

K1



R1









I3
T2
L1

A1

V91



A35
E14
K7
D7
S3
N3
L3
P2
M1
I1

D13
K2
A1

         50         60
M
936
E
937
K
937
E
937
G
937
K
937
I
937
S
937
K
937
I
937
G
937
P
937
E
937
N
937
P
937
Y
937
N
937
T
937
P
937
V
937
L22

D1

Q7
R6
N3
E2



W1
R1

Q5
I1
R1

N1

T43
E16

R66
Q2

V28
M2



A1

D11
Q2
K1
G1







K2
T1





I156

         70         80
F
937
A
937
I
937
K
937
K
937
K
937
D
937
S
937
T
937
K
937
W
937
R
937
K
937
L
937
V
937
D
937
F
937
R
937
E
937
L
937


V6
P3

K2

R38
N2

R3
E2
Q1
N1
*1



N44
T2
S1
H1
G1

G30

D8
S7
N5
P1
I1

R31
S1



K1



V7
I3
F2

I3
T2

N1
V1

L5
S1



D2
V1

F1

         90         100
N
937
K
937
R
937
T
937
Q
937
D
937
F
937
W
937
E
937
V
937
Q
937
L
937
G
937
I
937
P
937
H
937
P
937
A
937
G
937
L
937


R5

K200
G1





E19
N2



C8
S1

A1
K1

I44











N11



S86
G5
P2



I4
F2
V1

         110         120
K
937
K
937
K
937
K
937
S
937
V
937
T
937
V
937
L
937
D
937
V
937
G
937
D
937
A
937
Y
937
F
937
S
937
V
937
P
937
L
937
R20
Q11
E11
N2
T1
P1

Q46
R19
N4
E2

N145
R21
S4
T2
Q1
G1

R23
Q3
N3
S1
E1



I19
M6
A2
L1

S4
K1

I12



N2

A2
I2
L2



N17
Y1



F20

L1



I18

L1

F1
V1

         130         140
D
937
K
937
D
937
F
937
R
937
K
937
Y
937
T
937
A
937
F
937
T
937
I
937
P
937
S
937
I
937
N
937
N
937
E
937
T
937
P
937
Y23
H18
C4

E320
P40
Q14
R7
T2
G2
I1

E224
N56
S17
G12
A1





R1

D1

S2



L1
V1

S1

K3

T1
L1

G7
R2
C1

T167
V114
L20
M17
R15
K3

T1

S2
H1
I1

A14
G1

K9
A5
R4
N1
I1

T3

         150         160
G
937
I
937
R
937
Y
937
Q
937
Y
937
N
937
V
937
L
937
P
937
Q
937
G
937
W
937
K
937
G
937
S
937
P
937
A
937
I
937
F
937
R1

V54
T42
L4
A3
M1
R1

K2

F1

H1
M1
C1
*1
E1
V1



H2
T1

A1

P1

S3
H1

R1
K1

D1



N1

R1

T1

A2
T1

S25
T1

V6
H1
M1

C1
L1

         170         180
Q
937
S
937
S
937
M
937
T
937
K
937
I
937
L
937
E
937
P
937
F
937
R
937
K
937
Q
937
N
937
P
937
D
937
I
937
V
937
I
937


C177
A54
Y31
H6
G6
N3
T2
D2

T5



I45
V2
L1

R65
I3
N1
E1



W1

D63
R2
K2
Q1

S2

Y7
S1

K8

E21
N19
T17
Q14
R14
A11
S5
V3

K58
R18
E17
H12
N5
L2

Y5
H4

S8
T2

E236
N9
G5
H2
A1

M139
L75
V16
F2

I41
D26
G2
T1
E1

V9

         190         200
Y
937
Q
937
Y
937
M
937
D
937
D
937
L
937
Y
937
V
937
G
937
S
937
D
937
L
937
E
937
I
937
G
937
Q
937
H
937
R
937
T
937
C15

P1



V195
I3

N1





L14
D3
C3
H1
N1

I11
L1

A21
S5
E2



N2
H1
Y1



D1
K1

L10
T6
K2
V1

E125
D5
R4
K2

K13
E8
L4
H3
P3



S1

A208
I49
E29
S4
V3
K2
Q2
G1
L1

         210         220
K
937
I
937
E
937
E
937
L
937
R
937
Q
937
H
937
L
937
L
937
R
937
W
937
G
937
F
937
T
937
T
937
P
937
D
937
K
937
K
936
R7

V100

K16
D7
G3
Q2

D21
K14
Q11
V5
A2

F1

S1
K1

E192
K26
R17
D16
G10
A9
N6
T3
H3
L1

Y6



F14
W8
S5
M2

K517
S35
G26
Q21
T14
A3
N3
E2
M2
D1

G1



L94

Y26
C7
S6
F5
I5
D3
A2
E2
N1





E6

E12
Q10
N3
*2



         230         240
H
936
Q
936
K
936
E
936
P
936
P
936
F
936
L
936
W
935
M
935
G
935
Y
935
E
935
L
935
H
935
P
935
D
935
K
935
W
934
T
934
Y11

*1

R4
Q3
I2

D11
K3

H11
L1



L2
S1
C1
Y1

R8
H5
F1

G2

L7

V1

S1
H1
D1

K4
*1
G1



R2
L2

S1

N6
E2

R9



K1

         250         260
V
933
Q
933
P
933
I
930
V
929
L
928
P
924
E
33
K
32
D
32
S
31
W
30
T
30
V
30
N
27
D
24
I
24
Q
24
K
23
L
23
I3

H3

T14
S11
H6
A4
L1

V15
K2
M1

E156
M93
Q68
K50
T38
L11
A10
I5
D4
R3
S2

W2
S1
F1
Q1
R1
V1



D2
N2
K2





I2











V1







         270         280
V
23
G
23
K
23
L
23
N
23
W
23
A
23
S
23
Q
23
I
23
Y
23
A
23
G
23
I
23
K
23
V
23
K
23
Q
23
L
23
C
23
W1
G1

V1

















F1

P14
T1







I1

R11

H2





         290         300
K
23
L
23
L
23
R
22
G
22
T
22
K
22
A
22
L
22
T
22
E
22
V
22
I
22
P
22
L
22
T
22
E
22
E
22
A
22
E
22
R3
*1



F1



*1

A9



S3
G1





D3

I2

V13

S1
T1





K5
Q1
N1
R1







         310         320
L
11
E
9
L
9
A
5
E
2
N
2
R
2
E
2
I
2
L
2
K
2
E
2
P
2
V
2
H
2
G
2
V
2
Y
2
Y
2
D
2


















I2





















         330         340
P
2
S
2
K
2
D
2
L
2
I
2
A
2
E
2
I
1
Q
1
K
1
Q
1
G
1
Q
1
G
1
Q
1
W
1
T
1
Y
1
Q
1


A1





















E1

H1





*1







         350         360
I
1
Y
1
Q
1
E
1
P
1
F
1
K
1
N
1
L
1
K
1
T
1
G
1
K
1
Y
1
A
1
R
1
M
1
R
1
G
1
A
1








































         370         380
H
1
T
1
N
1
D
1
V
1
K
1
Q
1
L
1
T
1
E
1
A
1
V
1
Q
1
K
1
I
1
A
1
T
1
E
1
S
1
I
1










R1



















V1









         390          
V
1
I
1
W
1
G
1
K
1
T
1
P
1
K
1
F
1
K
1
L
1
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 










I1