Positions with mixtures: Not Excluded Numbers represent: Absolute numbers Single occurences: Included Total number of isolates shown beneath consensus Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

10

20

P 129

I 129

S 129

P 129

I 129

E 129

T 129

V 129

P 129

V 129

K 129

L 129

K 129

P 129

G 129

M 129

D 129

G 129

P 129

K 129

S1

D5 Q2 G1 K1

T3 Q2 N1

R15

30

40

V 129

K 129

Q 129

W 129

P 129

L 129

T 129

E 129

E 129

K 129

I 129

K 129

A 129

L 129

V 129

E 129

I 129

C 543

T 547

E 548

A2

R1

Q2 R1

I25 T16 L4 M2

D1

A29 E7 N4 M4 S3 K2

D12 G1

50

60

M 548

E 548

K 548

E 548

G 548

K 548

I 548

S 548

K 548

I 548

G 548

P 548

E 548

N 548

P 548

Y 548

N 548

T 548

P 548

V 548

G2 K1 V1

N5 E5 Q3 A2 T1 R1

G3 K2 Q1

N2 R2 E1

Q2

L2

T20 E8 A1

R56 Q1 P1

V13

E1

A1

D1

L1

I85

70

80

F 548

A 548

I 548

K 548

K 548

K 548

D 548

S 548

T 548

K 548

W 548

R 548

K 548

L 548

V 548

D 548

F 548

R 548

E 548

L 548

L1

V1

R9 E1

R3

G1 H1

G26

N3 A2 S2 D1

N3 R1

L5

Y1

D1

90

100

N 548

K 548

R 548

T 548

Q 548

D 548

F 548

W 548

E 548

V 548

Q 548

L 548

G 548

I 548

P 548

H 548

P 548

A 548

G 548

L 548

R6

K104

E5 N2

L4

C3

G1

I12

Q1

T1

N2

S72

110

120

K 548

K 548

K 548

K 548

S 548

V 548

T 548

V 548

L 548

D 548

V 548

G 548

D 548

A 548

Y 548

F 548

S 548

V 545

P 545

L 545

Q9 R2

Q24 R11 E1

N26 R10 S2 I1

R22 T1 *1

A1

I15 A1

S3

I4

P1

P1

I13

130

140

D 545

K 545

D 545

F 545

R 545

K 545

Y 545

T 545

A 545

F 545

T 545

I 545

P 545

S 545

I 545

N 545

N 545

E 545

T 545

P 545

H39 Y11

E207 P37 Q9 R3 T2 V2 N1

E130 N24 S12 G4 A2

R1

P1

T100 V44 R14 M11 L5 K3

A17 Q2

A4 K2

T1

150

160

G 545

I 545

R 545

Y 545

Q 545

Y 545

N 545

V 545

L 545

P 545

Q 545

G 545

W 545

K 545

G 545

S 545

P 545

A 545

I 545

F 545

V38 T24 M5 S1 L1

I1 D1

E2 R1 V1

L1

A1 Q1

S1 R1

S15 T3

V2

L1

170

180

Q 545

S 545

S 545

M 545

T 545

K 545

I 545

L 545

E 545

P 545

F 545

R 545

K 545

Q 545

N 545

P 545

D 545

I 545

V 545

I 545

C126 A25 Y10 H6 N3 F2

T2

I32 L2

R41 T2

D53 K3 A2 R1

Y7 L1

K2

E24 Q21 R10 T10 N6 A6 S2 L1

K48 R19 E14 H8 L4 N3 S2

H8 Y4

Q5 S3 A2 T1 L1

E188 N10 G5 A1

M88 L62 V11 W1

I55 E7 D7 K1

L2 V2

190

200

Y 545

Q 545

Y 545

M 545

D 545

D 545

L 545

Y 545

V 545

G 545

S 545

D 545

L 545

E 545

I 545

G 545

Q 545

H 545

R 545

T 545

C1

V22 I4

N1 Y1

I5

A3

T1

N3

F1 M1

K4 D2

L8 M1 V1

E106 D3 R2 Q2

E13 K8 R2 L2 H2 P2

A145 I49 E19 M2 S2

210

220

K 545

I 545

E 545

E 545

L 545

R 545

Q 545

H 545

L 545

L 545

R 545

W 545

G 545

F 545

T 545

T 545

P 545

D 545

K 545

K 545

I2 R1

V62

D7 G1 K1

K13 Q9 D6 G2

T1

E99 A11 K10 D6 R2 N2 G1 H1

Y2

R1

F3 M2

K278 G22 S14 Q10 A4 T2 M2

L84 V1

A3 I1 S1

N1

N1

230

240

H 545

Q 545

K 545

E 545

P 545

P 545

F 545

L 545

W 545

M 545

G 545

Y 545

E 545

L 545

H 545

P 545

D 545

K 545

W 545

T 545

R2 E1

D2

S1

F1

C1

K1

L3

L1

R6 T2

A1 I1

250

260

V 545

Q 545

P 544

I 544

V 544

L 542

P 542

E 127

K 127

D 127

S 127

W 127

T 127

V 127

N 127

D 127

I 127

Q 127

K 127

L 127

I2 L1

T10 H8 S7 A4 Q2

V9 L1

E107 M73 K51 Q26 T16 I7 S4 A3 L2 D1 R1 N1

D24 N3 V2 Q2

Q1

E26

H2 Q2 C2 N1 T1 I1

E1

V2 M1 L1

270

280

V 127

G 127

K 127

L 127

N 127

W 127

A 127

S 127

Q 127

I 127

Y 127

A 127

G 127

I 127

K 127

V 127

K 127

Q 127

L 127

C 127

P68 S3 V1 T1

R2 Q1

I5 T1

R48

H3 N3

290

300

K 127

L 127

L 127

R 127

G 127

T 127

K 127

A 127

L 127

T 127

E 127

V 127

I 127

P 127

L 127

T 127

E 127

E 127

A 127

E 127

R22

I7

K2

A54 P5 V1

S14

D6

I12

V76

T8 S4

S5

K23 Q7 R5 A3 V2 D1

310

320

L 127

E 127

L 127

A 127

E 127

N 127

R 127

E 127

I 127

L 127

K 127

E 127

P 127

V 127

H 127

G 127

V 127

Y 127

Y 127

D 127

I1

Q1

L2

R15

T2 D2 N1

T2 Q2 S1

I2

A13

330

P 127

S 127

K 127

D 127

L 127

I 127

A 127

E 127

I 127

Q 127

K 127

Q 127

G 127

Q 127

G 127

S3

T10

E4

I2

V17 M2 T1

D2

L12 V9

E15 D4

H16 E10 L9 N8 Y4 R3 K2 M2 D2

D18 S5 N3