Positions with mixtures: Not Excluded
Numbers represent: Absolute numbers
Single occurences: Included
Total number of isolates shown beneath consensus
Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

         10         20
P
544		 I
545		 S
545		 P
545		 I
545		 E
545		 T
545		 V
545		 P
545		 V
545		 K
545		 L
545		 K
545		 P
545		 G
545		 M
545		 D
545		 G
545		 P
545		 K
545
L10

 V5

 C9

 S21
T3
H1

 V2

 D28
K21
A5
Q2

 P5
A4

 I7

 S4
R1

 I1

 R8
T6
Q3
N1





 A2

 E1

 V5
T1



 A1
D1



 R147

         30         40
V
545		 K
545		 Q
545		 W
545		 P
545		 L
545		 T
545		 E
545		 E
545		 K
545		 I
545		 K
545		 A
545		 L
545		 V
545		 E
545		 I
545		 C
545		 T
545		 E
545
I18

 R6





 L1

 M2

 S13
I1

 K15
A8
G5
Q1



 Q1
R1

 L4
V4
M1
R1

 E14
N3
Q2
R2
T1

 G1
V1



 I100
T47
M40
L15
A5
K4
R4
E1

 D2
A1
K1

 T1



 A109
K11
S10
D3
I3
E3
Q1

 D18
F3
K1

         50         60
M
545		 E
545		 K
545		 E
545		 G
545		 K
545		 I
545		 S
545		 K
545		 I
545		 G
545		 P
545		 E
545		 N
545		 P
545		 Y
545		 N
545		 T
545		 P
545		 V
545
L254



 E60
N25
Q21
R4
T1

 D58
A21
K2

 E2

 Q2

 F4
L1

 T11
E6
P4
L2
W1

 R32

 V8
M1





 D5
K2
G1





 C1

 D1

 N1



 I130

         70         80
F
545		 A
545		 I
545		 K
545		 K
545		 K
545		 D
545		 S
545		 T
545		 K
545		 W
545		 R
545		 K
545		 L
545		 V
545		 D
545		 F
545		 R
545		 E
545		 L
545


 V22



 R34
H7
N2
Y1

 R10

 R2

 N195
G19
E4
H2
A1
Y1

 G64
R3
N2

 D66
N45
A8
I8
S7
G5
K1
P1

 R111
E6
T4
N3
Q2
S2
G1
I1

 R1



 N1

 V53
I43

 M30
I21
L11
T5
A4
S1

 V1

 L17



 D4

 F3

         90         100
N
545		 K
545		 R
545		 T
545		 Q
545		 D
545		 F
545		 W
545		 E
545		 V
545		 Q
545		 L
545		 G
545		 I
545		 P
545		 H
545		 P
545		 A
545		 G
545		 L
545


 R6

 K78

 I2



 E4
N1



 C10
S3

 G1

 I57

 *1





 L6







 S42
G41

 E1

 I34
V2

         110         120
K
545		 K
545		 K
545		 K
545		 S
545		 V
545		 T
545		 V
545		 L
545		 D
545		 V
545		 G
545		 D
545		 A
545		 Y
545		 F
545		 S
545		 V
545		 P
545		 L
545
E38
Q21
H13
P10
R7
N1
A1

 Q36
R24
N3
L1

 N164
R15
S8
E2
H1

 R14
N6
Q1

 L1
P1

 I33
A2
M2

 A2

 I59

 I3
V3



 I15
G2

 D1

 N1

 V1

 F14

 Y9

 A1

 I157
C1





         130         140
D
545		 K
545		 D
545		 F
545		 R
545		 K
545		 Y
545		 T
545		 A
545		 F
545		 T
545		 I
545		 P
545		 S
545		 I
545		 N
545		 N
545		 E
545		 T
545		 P
545
H31
Y10
C2

 E319
P26
R3
Q2
T2

 E167
N45
G4
S3



 K1













 V2
L2





 T128
V57
M12
L11
R6
K3
P1



 H1
S1

 A19
Q8
K7
G3

 A8
K6
R5
S4
I1
M1

 L1

         150         160
G
545		 I
545		 R
545		 Y
545		 Q
545		 Y
545		 N
545		 V
545		 L
545		 P
545		 Q
545		 G
545		 W
545		 K
545		 G
545		 S
545		 P
545		 A
545		 I
545		 F
545
A1

 V80
T22
L2





 C1







 P1
V1

 S1

 M10



 R1
*1





 L2

 S1

 S21
T2

 V1
T1

 L1

         170         180
Q
545		 S
545		 S
545		 M
545		 T
545		 K
545		 I
545		 L
545		 E
545		 P
545		 F
545		 R
545		 K
545		 Q
545		 N
545		 P
545		 D
545		 I
545		 V
545		 I
545


 C59
A22
Y20
N15
F7
H7
D6
W3
T2

 T4
C4
I1
A1



 I17
L1
K1

 R36
I4
T2

 V8
T1



 D42
H1

 S5

 Y1
S1

 K12

 N8
R8
E7
Q7
T7
A5
S1

 K33
R25
H6
N5
E5
L3
G2
P1

 Y2
H1

 Q1

 E143
N17
G11

 M64
L52
V9

 I117
D15
T5
E4
L2
F2
A2
M1

 V2
T1

         190         200
Y
545		 Q
545		 Y
545		 M
545		 D
545		 D
545		 L
545		 Y
545		 V
545		 G
545		 S
545		 D
545		 L
545		 E
545		 I
545		 G
545		 Q
545		 H
545		 R
545		 T
545
C106
I11
F1

 H2
P2



 V280
I1
L1

 N1



 I1

 L30
H1

 I28
A2

 A53
S9
Q5
E3



 N5

 M3

 K5
D3
R1

 L8
T5
M2
V1
R1

 E127
K5
R3
D2
Q1

 E17
K7
H4
R1
T1





 A199
I38
E13
K10
R4
G2
S2
M1

         210         220
K
545		 I
545		 E
545		 E
545		 L
545		 R
545		 Q
545		 H
545		 L
545		 L
545		 R
545		 W
545		 G
545		 F
545		 T
545		 T
545		 P
545		 D
545		 K
545		 K
545
I1

 V79
T5

 K38
D35
Q5
A3
V2
N2
G1

 K7
Q6
D6
G1
V1
A1



 *1

 E119
D9
A6
K6
H5
G5
R3
N2
T1

 Y77
L2
F2



 W176
F7
S2
I1

 K293
T10
Q7
G5
A3
S2
D2
E1

 S3

 R3

 L91
C1

 Y191
F58
C10
I8
D7
S6
L3
V3
E2



 S1

 E33
G1

 Q69
E50
R30
N30
D2
G2
H1



         230         240
H
545		 Q
545		 K
545		 E
545		 P
545		 P
545		 F
545		 L
545		 W
545		 M
545		 G
545		 Y
545		 E
545		 L
545		 H
545		 P
545		 D
545		 K
545		 W
545		 T
545
Y41
C4
L1

 R1

 Q18
E14
R3
T3
A1

 D10
K1

 H18
L1
S1



 L8

 H103
R34
Q4
N3
S1



 L5
R1

 D1

 C1

 D2
G1

 I1

 R1

 S1

 E10
N6
G1

 T8
R7



 A1
I1

         250         260
V
545		 Q
545		 P
545		 I
545		 V
545		 L
545		 P
545		 E
545		 K
545		 D
545		 S
545		 W
545		 T
545		 V
545		 N
545		 D
545		 I
545		 Q
545		 K
545		 L
545
I3
M1

 H5
R2
K1

 T8
S5
A4
H4
Q2

 V9

 E84
M33
K27
T22
Q20
A4
I3
N2





 D63
Q5
N4

 Q8
R1

 E53
N7
T5
G2

 I4
C3
V2
D2
T2
Y1
N1
H1
R1



 I1
S1







 L7
V1



 R4



         270         280
V
545		 G
545		 K
545		 L
545		 N
545		 W
545		 A
545		 S
545		 Q
545		 I
545		 Y
545		 A
545		 G
545		 I
545		 K
545		 V
545		 K
545		 Q
545		 L
545		 C
545
I3
A1
G1

 E2

 R1





 G2



 G1







 P341
S22
G3
T3



 V3

 R15
Q2

 I14
A1
T1

 R154
T2
N1

 H23
N8
E4
L1



 Y1

         290         300
K
545		 L
545		 L
545		 R
545		 G
545		 T
545		 K
545		 A
545		 L
545		 T
545		 E
545		 V
545		 I
545		 P
545		 L
545		 T
545		 E
545		 E
545		 A
545		 E
545
R74

 F1

 I49

 K38

 E1

 A195
P14
V4
N3

 R3
Q1

 S52
T27
G2

 F1



 D29

 I61
E1

 V314

 T24
Q14
A7
S5
L1
V1



 S9

 K160
A43
R41
Q14
V4
T4
G4
D2
P1

 G1
K1



 Q2
D1

                    
L
545		 E
545		 L
545		 A
545		 E
545		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 
I4
M3
F2
P1

 D1
K1



 E8