Positions with mixtures: Not Excluded
Numbers represent: Absolute numbers
Single occurences: Included
Total number of isolates shown beneath consensus
Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

         10         20
P
356		 I
356		 S
356		 P
356		 I
356		 E
356		 T
356		 V
356		 P
356		 V
356		 K
356		 L
356		 K
356		 P
356		 G
356		 M
356		 D
356		 G
356		 P
356		 K
356






 H1
S1



 D17
G2

 A1

 I1

 S2



 R8
N1
Q1
T1

















 R53

         30         40
V
356		 K
356		 Q
356		 W
356		 P
356		 L
356		 T
356		 E
356		 E
356		 K
356		 I
356		 K
356		 A
356		 L
356		 V
356		 E
356		 I
356		 C
356		 T
356		 E
356
I1

 R5
N1









 S4
P1

 A1



 T1

 L2

 N1
Q1
R1
E1





 I37
M16
L11
T11
A3
R2
E2

 G1





 A47
P2
S2
E2
K1
L1
R1

 F3
Y3
D1

         50         60
M
356		 E
356		 K
356		 E
356		 G
356		 K
356		 I
356		 S
356		 K
356		 I
356		 G
356		 P
356		 E
356		 N
356		 P
356		 Y
356		 N
356		 T
356		 P
356		 V
356
L141



 Q16
E13
N12
R3

 D38
A6
V1
Q1

 E1





 T7
E1

 R9

 V8



 V1

 D10













 I58
M1

         70         80
F
356		 A
356		 I
356		 K
356		 K
356		 K
356		 D
356		 S
356		 T
356		 K
356		 W
356		 R
356		 K
356		 L
356		 V
356		 D
356		 F
356		 R
356		 E
356		 L
356


 V1



 R12
N5
Q2
H1





 N122
E4
G2
A2
S1
T1

 G10
N1
V1

 D25
N24
S9
A1

 R124
N1
Q1







 V23
I7

 I4
M3
L1
T1



 L1

 I1





         90         100
N
356		 K
356		 R
356		 T
356		 Q
356		 D
356		 F
356		 W
356		 E
356		 V
356		 Q
356		 L
356		 G
356		 I
356		 P
356		 H
356		 P
356		 A
356		 G
356		 L
356


 R3

 K67





 E4



 C6
G1



 I12















 S27
G6





         110         120
K
356		 K
356		 K
356		 K
356		 S
356		 V
356		 T
356		 V
356		 L
356		 D
356		 V
356		 G
356		 D
356		 A
356		 Y
356		 F
356		 S
356		 V
356		 P
356		 L
356
Q6
E5
R1

 Q15
R7

 N28
R21
S2
Q1

 N32
R8
Q1
E1



 I4
A2

 P2

 I5

 I1
M1



 I1



 N1





 Y2



 I59





         130         140
D
356		 K
356		 D
356		 F
356		 R
356		 K
356		 Y
356		 T
356		 A
356		 F
356		 T
356		 I
356		 P
356		 S
356		 I
356		 N
356		 N
356		 E
356		 T
356		 P
356
H9
Y7
N2

 E105
P14
Q3
T2
R1

 E108
N12
G1
Q1









 A1







 V1





 T70
V36
L3
R2
K1
M1

 T1

 H1
K1

 A8
G1
S1
D1

 A1
M1



         150         160
G
356		 I
356		 R
356		 Y
356		 Q
356		 Y
356		 N
356		 V
356		 L
356		 P
356		 Q
356		 G
356		 W
356		 K
356		 G
356		 S
356		 P
356		 A
356		 I
356		 F
356


 V20
T7
M1





 C1
M1

 S1

 D1

 G1

 V1



 Y1
M1



 L1





 L1



 S15

 L1



         170         180
Q
356		 S
356		 S
356		 M
356		 T
356		 K
356		 I
356		 L
356		 E
356		 P
356		 F
356		 R
356		 K
356		 Q
356		 N
356		 P
356		 D
356		 I
356		 V
356		 I
356


 C55
A16
Y8
G4
N3
T2
W1

 C1
T1



 I8

 R31
I3
N2
Q1
T1

 V1



 D17

 L1





 Q8
E7
N5
T3
R2
A1

 K5
H2
E2
N1
*1
L1

 Y2
H1

 S3

 E79
N5
G4

 M49
L33
V6

 I10
D5
T1
E1

 V2

         190         200
Y
356		 Q
356		 Y
356		 M
356		 D
356		 D
356		 L
356		 Y
356		 V
356		 G
356		 S
356		 D
356		 L
356		 E
356		 I
356		 G
356		 Q
356		 H
356		 R
356		 T
356
C28
V1
D1





 V3







 L1

 I3

 A10









 L7
M2

 E72
V1
K1
D1

 K6
E6
P4
H2
L1



 K1

 A49
I22
E8
V3
S1
K1
R1

         210         220
K
356		 I
356		 E
356		 E
356		 L
356		 R
356		 Q
356		 H
356		 L
356		 L
356		 R
356		 W
356		 G
356		 F
356		 T
356		 T
356		 P
356		 D
356		 K
356		 K
356
I1
R1

 V35

 D14
K12
V1

 D4
G1
K1

 F1



 E66
H7
K5
D4
N3
R2
A2
T2
P1

 Y36



 W102
F4
T1
M1

 K195
Q6
G5
A3
T3
E1





 L42

 Y190
F32
S11
D8
I4
N3
V2
A1
C1





 E12

 Q80
N12
E8
R1



         230         240
H
356		 Q
356		 K
356		 E
356		 P
356		 P
356		 F
356		 L
356		 W
356		 M
356		 G
356		 Y
356		 E
356		 L
356		 H
356		 P
356		 D
356		 K
356		 W
356		 T
356
Y7



 Q6
E2

 D2





 Y1
L1

 R20
H16
Y1
K1



 L2











 L2

 E1

 T2





         250         260
V
356		 Q
356		 P
356		 I
356		 V
356		 L
356		 P
356		 E
356		 K
356		 D
356		 S
356		 W
356		 T
356		 V
356		 N
356		 D
356		 I
356		 Q
356		 K
356		 L
356




 S3
T3
A1
Q1

 V3

 M39
E38
K27
T15
Q9
I4
R2
A1





 D25
N4
V2
Q1

 Q2

 E16
N1

 I3
N2
V1



 N2







 L2





 I1

         270         280
V
356		 G
356		 K
356		 L
356		 N
356		 W
356		 A
356		 S
356		 Q
356		 I
356		 Y
356		 A
356		 G
356		 I
356		 K
356		 V
356		 K
356		 Q
356		 L
356		 C
356
I1





















 P174
S9
G2
T1



 V2

 Q5
R3

 I4
T4

 R134
Q1

 H13
E5





         290         300
K
356		 L
356		 L
356		 R
356		 G
356		 T
356		 K
356		 A
356		 L
356		 T
356		 E
356		 V
356		 I
356		 P
356		 L
356		 T
356		 E
356		 E
356		 A
356		 E
356
R24



 I22

 K19



 A84
P6
V1



 S24
G3
T2





 D15

 I26
L1

 V204

 T16
Q12
S4
A3

 Q1

 S8
P1

 K85
A24
R11
Q5
T2
V1
P1
D1

 K1

 T1

 Q1
A1

         310         320
L
356		 E
356		 L
356		 A
356		 E
356		 N
356		 R
356		 E
356		 I
356		 L
356		 K
356		 E
356		 P
354		 V
354		 H
354		 G
354		 V
354		 Y
352		 Y
352		 D
351
I6
M3



 M1

 E2











 I4

 R45

 Q4
A2
N1
S1
T1

 Q1
S1
T1







 A21
T1

 F8

 F1



         330         340
P
351		 S
351		 K
351		 D
351		 L
351		 I
351		 A
351		 E
351		 I
351		 Q
351		 K
351		 Q
351		 G
351		 Q
351		 G
348		 Q
330		 W
329		 T
329		 Y
329		 Q
329
S5
A1
E1

 T25
A8
L2
E1



 E22
P2
T1

 I1

 V26
T3
L2
M1

 V3

 D2

 L36
V30







 E41
D3
R1

 L32
E26
H19
N11
Y6
D3
P3
G2
C2
I2
V2
T1

 S8
D3
N2
C1





 S5

 W1



         350         360
I
329		 Y
329		 Q
329		 E
329		 P
329		 F
329		 K
329		 N
329		 L
329		 K
329		 T
329		 G
329		 K
329		 Y
329		 A
329		 R
329		 M
329		 R
329		 G
329		 A
329
V3
F2
L2

 F3

 H1

 D4

 Q8
L2
A1

 Y7
C3
G1
H1

 Q4
R1
E1

 I10
T1



 R2

 P1



 N1



 E3

 K82

 T64
V15
I5
R2
S2
K1

 K49
G1

 S63
T2

 T58
V33
S1

         370         380
H
329		 T
329		 N
329		 D
329		 V
329		 K
329		 Q
329		 L
329		 T
329		 E
329		 A
329		 V
329		 Q
329		 K
329		 I
329		 A
329		 T
329		 E
329		 S
329		 I
329






 E3

 I17
L1

 R47

 L2



 A10
V7
I3
P1
S1

 D7
G1

 V67
T9

 L2
M1

 H4

 R2

 V30

 T95
S24
V10
N2

 M22
L14
I8
Q5
R5
S4
K3
A1
V1



 G20
C6

 V3

         390         400
V
329		 I
329		 W
329		 G
329		 K
329		 T
329		 P
329		 K
329		 F
329		 K
329		 L
329		 P
329		 I
329		 Q
329		 K
329		 E
329		 T
329		 W
329		 E
329		 A
329
I7

 V1
T1





 R13

 I40
A5
V4



 N1
R1

 L1

 R152





 M5
V2

 L4
P1
H1
S1
T1

 R16

 D1

 A1
I1



 D29
G4
R1
K1

 T199
S10
L7
V3
I3

         410         420
W
329		 W
329		 T
329		 E
329		 Y
329		 W
329		 Q
329		 A
329		 T
329		 W
329		 I
329		 P
329		 E
329		 W
329		 E
329		 F
329		 V
329		 N
329		 T
329		 P
329




 M24
S7
V6
I6
A5
L3
R1

 D43
N3
Q1

 H4
N1

 G1









 L1









 Y4

 I1
T1

 S2

 I2



         430         440
P
329		 L
329		 V
329		 K
329		 L
329		 W
329		 Y
329		 Q
329		 L
329		 E
329		 K
329		 E
329		 P
329		 I
329		 V
329		 G
329		 A
329		 E
329		 T
329		 F
329
L1











 S2
H1

 H1
E1





 T9
R2

 D10



 L2

 I49
A38
E23
M13
T6
L4
D1
G1
Q1
P1

 E7

 V14
I1



 P2

 Y6

         450         460
Y
329		 V
329		 D
329		 G
329		 A
329		 A
328		 N
328		 R
328		 E
328		 T
327		 K
327		 L
327		 G
327		 K
327		 A
326		 G
326		 Y
325		 V
325		 T
324		 D
324










 S26
T1

 S14

 K3

 D14

 S2

 R28
N2

 S28
I18
V5
M5
A3
Q2
E1



 R19
N1







 I10
G1
A1



 N148
S5

         470         480
R
324		 G
323		 R
322		 Q
322		 K
320		 V
320		 V
320		 S
316		 L
316		 T
315		 D
314		 T
314		 T
314		 N
313		 Q
313		 K
312		 T
311		 E
309		 L
309		 Q
300
K67

 E1

 K8
D1

 R1
K1
E1

 R6
N1

 A11
I10
F1

 I46
A1

 P73
T24
H3
N2
A1
C1

 I39
F2

 A22
P11
N9
S4
Q1
Y1
D1

 N2
E2
G1

 A1





 H1

 Q4
N1
R1

 A3



 F1

 H13
E2

         490          
A
293		 I
285		 H
274		 L
262		 A
226		 L
209		 Q
194		 D
156		 S
106		 G
87		 L
61		 E
37		 V
13		 N
6		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 		  
 
S1

 V2
M1

 Y59
N10
Q9
L3
S1
C1





 F9

 H9
K1

 E18



 E2

 F5
S5
V1
P1
A1

 D5



 K1