Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Yahi (2001)
Title Use of drug resistance sequence data for the systematic detection of non-B human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) subtypes: How to create a sentinel site for monitoring the genetic diversity of HIV-1 at a country scale.
Citation J Infect Dis
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 67
NumPts 67
Subtype CRF02_AG, A, C, B, CRF01_AE, CRF06_cpx, CRF45_cpx, F, CRF11_cpx, CRF09_cpx, D, G + Unknown, G

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
NY_M1 M1 AZT, 3TC None M184V E138K V35T, E36A, T39D, K43KE, R83K, F87FL, K101R, K102R, K122V, D123G, K173A, D177E, G196K, T200A, I202V, Q207G, R211K, L228LV E89ED 
NY_M10 M10 Unknown Unknown   E28G, E29G, I31L, V35T, E36D, V60I, K122X, D123X, I142V, D177E, I178L, V179VI, G196E, E204EK, Q207E, E233EK  
NY_M11 M11 Unknown Unknown M41L, T215Y  K32I, V35T, K49R, D123E, I135T, S162C, E169D, K173A, Q174R, D177E, Q207E, R211K  
NY_M12 M12 Unknown Unknown K70R, M184V  K43N, V90I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
NY_M13 M13 None None   V35T, E36D, K122E, D123DN, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, L228P  
NY_M14 M14 Unknown Unknown K65R, K70T, V75I, F77L, Y115F, F116Y, Q151M Y181C V21I, V35T, V60I, S68G, V111I, D121HY, K122E, I135R, S162C, E169D, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, H208Y, R211K, D218E  
NY_M15 M15 ABC, AZT, 3TC NVP M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y, K219E A98AG, Y181C, H221Y V35T, E40D, E44EA, K49R, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174E, D177E, I178M, T200A, E203D, E204K, Q207E, R211HQ  
NY_M16 M16 Unknown Unknown D67N, K70R, M184V  V35T, K104R, K122E, D123S, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, E203K, Q207E, R211K  
NY_M17 M17 Unknown Unknown M41L, M184V, L210RW, T215Y P225H V35T, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177EG, I178M, T200A, Q207E, R211K H235Q 
NY_M18 M18 None None   V35T, E40D, K49R, I135V, S162A, F171Y, K173T, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K  
NY_M19 M19 ABC, D4T, DDI None   V35T, E36ED, T39N, K49R, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K I159M 
NY_M2 M2 ABC, D4T, DDI None M41ML, D67N, K70R, L74LI, L210W, T215F, K219W Y188L, G190A V35T, T39E, V118I, K122E, D123S, I135T, T139I, R172K, K173A, D177E, T200A, I202V, Q207N, R211K, F214L  
NY_M20 M20 Unknown Unknown M184V, K219KQ  E36D, S68SG, D86E, V90VI, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, F214FL, L228LP I63IFL 
NY_M21 M21 Unknown Unknown   V35T, T39E, E40EQ, D123N, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R P25PQ 
NY_M22 M22 Unknown Unknown M41L, D67N, K70KR, V75M, M184V, T215F, K219Q G190A V35T, T39K, K43E, V60I, S68SR, K122E, D123S, K173IM, Q174K, D177E, Q207A, H208HY, R211NS, D218E, L228H, K238KR  
NY_M23 M23 None None   V35IT, T39N, E40D, D121DY, K122E, I135T, S162C, K173T, Q174K, Q207A, R211S  
NY_M24 M24 Unknown Unknown M41L, M184V, L210W, T215Y  V35T, T39N, K122E, D123N, I135V, K173T, D177E, I178M, T200A, E203ED, Q207D, R211RK, L228H  
NY_M25 M25 AZT, 3TC, DDI None L210W, T215Y  V21I, E28K, K32E, V35T, T39TK, V60VI, K64R, T69S, D121HY, K122E, I135T, I142V, E169D, K173A, Q174K, D177E, I178L, V179I, G196E, T200A, E204K, Q207A, R211S K166K* 
NY_M26 M26 Unknown Unknown D67N, K70KR, M184V, T215F, K219E  V21I, E28K, K32E, V35T, T39TK, V60I, D121Y, K122KE, I135T, S162C, E169D, K173A, Q174K, D177E, I178IM, I195L, G196E, T200A, Q207A, R211S  
NY_M27 M27 AZT, 3TC, DDI None D67E, L210W, T215Y Y181C, G190A V21I, V35T, T39TA, K101Q, D121H, K122E, K173S, Q174R, D177E, I178M, G196GE, T200TI, Q207N, R211RK, L228H  
NY_M28 M28 3TC, D4T None M184V  V35T, T39K, D121H, K122E, D123S, K166KR, E169ED, K173LS, Q174KR, D177E, V179VI, G196E, Q207AD, R211K  
NY_M29 M29 3TC, D4T None M41L, M184V, T215F  V35T, E36A, T39K, K43E, K49KR, E53D, T69S, D121H, K122E, D123S, I142V, S162D, K173S, Q174K, D177E, Q207A  
NY_M3 M3 DDC, 3TC None D67N, K70R, M184V, K219Q  K20KR, V35T, E36A, T39E, E40D, K43R, T69TN, K122E, D123S, A158S, K173A, Q174QR, D177DE, T200A, E203EK, Q207E, R211K, F214L, D218DE, L228H  
NY_M30 M30 Unknown Unknown   I31ILV, K32KE, V35T, E36EA, T39K, K43KE, D121DH, K122E, D123G, I135T, I142V, S162Y, K173LS, D177E, V179VI, T200TA, Q207AD, F214FL  
NY_M31 M31 None NVP K65R Y181C, Y188L, H221HY W24WR, V35T, E40D, V60I, K122E, I135L, S162H, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179M, T200A, Q207K, R211S, K223KT  
NY_M32 M32 AZT, 3TC None K70KR, M184V  V21I, V35T, T39A, K126KR, I135IV, I142V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, F214L  
NY_M33 M33 Unknown Unknown M41L, D67N, T69D, K70R, M184V, L210W, T215F, K219Q A98G, L100I K20R, V35T, T39E, K49R, V60I, I135T, Q145E, S162H, K173N, Q174R, D177E, I178L, V179I, T200A, I202V, E203K, Q207D, R211K, L228H  
NY_M34 M34 AZT, 3TC EFV M41L, D67N, K70R, L74LV, M184V, L210W, T215Y, K219E K103N, V108I V35T, K49R, V60I, D121N, K122E, E169D, K173A, Q174K, D177E, I178L, E203D, Q207E  
NY_M35 M35 D4T NVP K70N, V75T V108I, Y181C, H221HY K20R, V35T, T39N, K104R, K122E, D123S, I135V, T139A, K173A, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
NY_M36 M36 3TC, D4T None   V35T, K122E, D123S, E169ED, K173A, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
NY_M37 M37 Unknown Unknown M41L, D67G, K70T, T215Y  K20R, V35T, V60I, T69S, D121H, K122E, I135V, S162C, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, E203D, Q207A, R211K, L228H  
NY_M39 M39 ABC NVP D67N, K70R, L74LV K103KN, Y181YC, H221HY K20R, V35T, E40D, K49R, V60I, V90VI, K122E, S162A, E203K, Q207E, K219G  
NY_M4 M4 AZT, 3TC None M41L, M184MV  V35T, E36A, T39E, K43R, S48T, E53D, K122E, D123S, I135T, I142V, K173AS, D177E, T200A, Q207E, R211K, T215X, L228H, K238R  
NY_M40 M40 ABC, 3TC, D4T None M184V  V35T, T39A, E40D, K49R, V60I, I63IL, D121Y, K122E, I142V, S162A, E169D, D177E, E203EK, Q207E, R211K  
NY_M42 M42 Unknown Unknown   V35T, E36A, T39E, K43R, S48T, E53ED, K122E, D123S, I142V, A158AS, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, L228LH, K238R  
NY_M43 M43 D4T, DDI None M41L, T215Y  K32I, V35T, K49R, D123E, I135T, S162C, E169D, K173A, Q174R, D177E, Q207E, R211K  
NY_M44 M44 AZT, 3TC NVP M41L, M184V K103N, K238N K20R, V35T, T39S, V90I, K122E, S162Y, E169D, K173A, Q174K, Q207N, R211K, D237E P52PL 
NY_M45 M45 Unknown Unknown M41L, L210W, T215Y, K219R  K43Q, T69N, D123E, S162C, K173A, Q174K, E203K, Q207D, H208Y, R211K, K223E, L228R  
NY_M46 M46 Unknown Unknown M41L, D67N, V75M, M184V, T215F, K219Q G190A V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, S162SN, K173IM, Q174K, D177E, V179VI, Q207A, H208Y, R211N, D218E, L228H  
NY_M47 M47 3TC, D4T None D67N, M184V, T215F, K219E  V35T, E36D, E40D, K49R, V60I, K102Q, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
NY_M48 M48 Unknown Unknown K70R  T27S, V35T, T39N, E40D, D67A, T69P, K122E, D123N, I135T, S162X, K173T, Q174K, N175NH, Q207A, R211S  
NY_M49 M49 AZT, 3TC None M184V A98AG T27S, V35IMT, K43EQ, K49KR, S68G, D121Y, K122E, D123G, I135T, K166KR, K173I, Q174K, D177E, I195IL, G196E, E203EK, Q207A, R211S, F214L  
NY_M5 M5 None None T215C  V35T, E36A, T39D, A98S, K122E, D123S, I135T, S162C, K173A, Q174K, D177E, Q197P, T200A, Q207E, R211K  
NY_M51 M51 Unknown Unknown A62AV, D67E, L210W, T215Y Y181C, G190A V35T, T39TA, K101KQ, D121H, K122E, K173S, Q174R, D177E, I178M, G196E, T200I, Q207N, L228H  
NY_M52 M52 Unknown Unknown   V35T, T39M, D123E, I135R, K173T, Q174K, D177E, Q207E, R211K  
NY_M53 M53 ABC, 3TC None M41L, D67N, K70KR, L74V, M184V, L210W, T215Y, K219E A98AG, K103N, V108I, L234LI, K238KT V35T, K49KR, V60I, K122E, E169D, K173A, Q174K, D177E, I178L, E203D, Q207E, D218DE  
NY_M54 M54 Unknown Unknown   V35T, K122E, D123S, W153WR, T165I, K173A, D177E, T200E, I202V, Q207K, R211K F171FS 
NY_M6 M6 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, A158S, K173T, T200A, Q207E  
NY_M7 M7 Unknown Unknown K70R, M184V  K32R, V35T, T39M, K49R, V60I, V90I, D121Y, K122E, D123G, S162N, D177E, I178M, T200I, Q207G, R211K  
NY_M74 M74 Unknown Unknown T215Y M230MIV V35T, E36A, T39E, E40ED, S48T, K122E, D123S, I135IV, S162C, K166KR, K173AT, Q174K, D177EK, G196E, T200A, Q207E, R211RK  
NY_M76 M76 Unknown Unknown M41ML, L210W, T215Y K103KN, Y181YC, H221HY K20R, V35T, E44ED, V60I, I63IL, T69TN, D121H, K122E, I135V, S162SC, K173T, Q174N, D177E, G196E, T200A, E203D, Q207AD, R211K N81NI 
NY_M77 M77 Unknown Unknown D67N, K70R, M184V, K219E Y181C V35T, K49R, V60I, T69N, D121C, K122E, I135T, E169D, D177E, T200A, Q207E, F214FL  
NY_M78 M78 Unknown Unknown   V35T, D123E, I142V, K173T, D177E, T200K, I202V, Q207E, R211K C38CY 
NY_M79 M79 Unknown Unknown   V35T, E36A, T39K, K43E, K102KR, K122E, D123N, I135T, I142V, K173S, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211K  
NY_M8 M8 Unknown Unknown D67N, K70R, L74V, M184V Y181C, H221HY K20R, V35T, E40D, K49R, V60I, K122E, S162A, K173KR, E203K, Q207E, K219G  
NY_M80 M80 Unknown Unknown K65R, K70T, V75I, F77L, Y115F, F116Y, Q151M Y181C V21VI, V35T, V60I, S68G, V111I, D121H, K122E, I135R, S162C, E169D, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, H208Y, R211K, D218E  
NY_M81 M81 Unknown Unknown   W24WC, V35T, E40D, K49R, Q91QH, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200TA, I202V, Q207EK, R211K  
NY_M82 M82 Unknown Unknown   V35T, E40ED, K43R, V60I, K122E, D123GS, I135V, F171Y, K173I, Q174K, D177E, G196GE, T200A, Q207E, R211K  
NY_M83 M83 Unknown Unknown   E28K, I31ILM, K32E, V35T, V60I, D121Y, K122E, I135T, S162C, E169D, K173A, Q174K, D177E, I178L, V179I, I195L, G196E, T200A, Q207A, R211S Y232YF 
NY_M84 M84 Unknown Unknown   K104R, K122E, D123S, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E N54K 
NY_M85 M85 Unknown Unknown K70R, M184V  K32R, V35T, T39M, K49R, V60I, V90I, D121Y, K122E, D123G, S162N, D177E, I178M, T200I, Q207G, R211K  
NY_M86 M86 Unknown Unknown D67DN, M184MV  V35T, K122E, D123S, I135T, K166R, K173T, D177E, T200AE, I202V, E204EG, Q207K, R211RG, F214FL  
NY_M87 M87 Unknown Unknown   V35T, T39M, D123E, I135R, K173T, Q174K, D177E, Q207E, R211K  
NY_M88 M88 Unknown Unknown M41L, M184V, T215F  K20R, V35T, K49R, V60I, I135T, S162H, K173T, Q174R, D177E, I178L, V179I, T200A, Q207D G196GRW 
NY_M89 M89 Unknown Unknown D67DN, M184V  K20R, V35T, V60I, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207EG, R211K, F214L  
NY_M9 M9 Unknown Unknown D67N, K70R, M184V, K219E Y181C K49R, V60I, T69N, D121C, K122E, K126KR, I135T, E169D, D177E, T200TA, Q207E, F214FL  
NY_M90 M90 Unknown Unknown M41L, T215Y  K20R, V35T, V60I, D121Y, K122E, I135V, S162C, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, E203D, Q207A, R211K, E224EG, L228LP