Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Bacheler (2000)
Title Human immunodeficiency virus type 1 mutations selected in patients failing efavirenz combination therapy.
Citation AAC
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 632
NumPts 170
Subtype B

 

  Page 1 of 7    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 632 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
LB3-P1 P1-1
Consensus 
NRTI EFV M41L, A62AV, D67DN, K70KAQ, V75VM, M184MI, L210W, T215Y  K20KR, E40EF, K43E, V60VI, K66KE, S117SP, V118I, K122KE, N175NY, G196E, T200TI, K201KI, I202IV, Q207QE, H208HF, R211K, P225PL L26LS, K82KQ, D86DG, Y181YH 
  clone: B01 NRTI EFV M41L, D67N, M184I, L210W, T215Y  E40F, K43E, K70A, S117P, V118I, K122E, G196E, K201I, I202V, Q207E, H208F, R211K  
  clone: B02 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215Y  K43E, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: B05 NRTI EFV M41L, D67N, M184I, L210W, T215Y  E40F, K43E, K70A, V118I, N175Y, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: B06 NRTI EFV M41L, A62V, D67N, M184I, L210W, T215Y  E40F, K43E, V118I, N175Y, G196E, K201I, H208F, R211K Y181H 
  clone: B08 NRTI EFV M41L, A62V, D67N, K70Q, M184I, L210W, T215Y  E40F, K43E, V118I, K122E, G196E, K201I, H208F, R211K D86G 
  clone: B09 NRTI EFV M41L, L210W, T215Y  K20R, K43E, V60I, K66E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K, P225L L26S, K82Q 
  P1-4
Consensus 
NRTI EFV M41L, D67N, M184I, L210W, T215Y  E40F, K43E, K70A, V118I, R125G, N175Y, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: A04 NRTI EFV M41L, D67N, M184I, L210W, T215Y  E40F, K43E, K70A, V118I, R125G, N175Y, G196E, K201I, H208F, R211K  
  P1-8
Consensus 
NRTI EFV M41L, A62AV, D67DN, K70KQ, M184MVI, L210W, T215Y  I5IT, K20KR, E40EGF, K43E, V60VI, V118I, K122KE, S163SG, N175NH, G196E, T200TI, K201KI, Q207QE, H208HF, R211K D110DG 
  clone: G03 NRTI EFV M41L, D67N, M184V, L210W, T215Y  I5T, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K D110G 
  clone: G04 NRTI EFV M41L, L210W, T215Y  K20R, K43E, V60I, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: G05 NRTI EFV M41L, A62V, D67N, K70Q, M184I, L210W, T215Y  E40F, K43E, V118I, K122E, N175H, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: G06 NRTI EFV M41L, L210W, T215Y  K20R, K43E, V60I, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: G08 NRTI EFV M41L, L210W, T215Y  K20R, K43E, V60I, V118I, S163G, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: G10 NRTI EFV M41L, D67N, M184V, L210W, T215Y  K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: G11 NRTI EFV M41L, L210W, T215Y  K20R, E40G, K43E, V60I, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: G12 NRTI EFV M41L, L210W, T215Y  K20R, K43E, V60I, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  P1-16
Consensus 
NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N M16MV, E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207EG, R211K  
  clone: D01 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: D02 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N M16V, E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: D03 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: D04 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: D05 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: D07 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207G, R211K  
  clone: D08 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, L210W, T215Y K103N E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  P1-20
Consensus 
NRTI EFV M41L, D67N, V75VM, M184MI, L210W  V35VI, E40EF, E42EG, K43E, K70KA, V118I, G196E, T200TI, K201KI, Q207QE, H208HF, R211K, T215X L26LS, P140PS 
  clone: E02 NRTI EFV M41L, D67N, L210W, T215Y  E40F, K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: E03 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D  V35I, E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: E04 NRTI EFV M41L, D67N, L210W, T215Y  K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K P140S 
  clone: E05 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, L210W, T215Y  E42G, K43E, K70A, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K L26S 
  clone: E07 NRTI EFV M41L, D67N, L210W, T215Y  K43E, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  P1-36
Consensus 
NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184IV, L210W, T215DY L100LI, K103N, E138EG D17DG, T39TA, E40F, K43E, S48SP, S68SG, K70X, E89EK, V118I, K122KE, I135IL, G196E, T200TI, K201KI, Q207QE, H208HF, R211K, K223KT D86DG, A114AT, D186DG 
  clone: A01 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K D86G, D186G 
  clone: A02 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D K103N, E138G E40F, K43E, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: A03 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, V118I, K122E, G196E, K201I, H208F, R211K, K223T  
  clone: A05 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, V118I, I135L, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: A06 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, S48P, K70A, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: A08 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D L100I, K103N E40F, K43E, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: A09 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184V, L210W, T215Y K103N T39A, E40F, K43E, E89K, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K A114T 
  clone: A10 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D L100I, K103N D17G, E40F, K43E, S68G, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K  
  P1-56
Consensus 
NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N, V108VI E40F, K43E, K70X, K102KR, V118I, I135IL, G196E, T200TA, K201I, E203EK, H208F, R211K K73KR, H96HR, W212W* 
  clone: H02 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N, V108I E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, T200A, K201I, H208F, R211K K73R 
  clone: H05 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N, V108I E40F, K43E, K70A, K102R, V118I, G196E, T200A, K201I, H208F, R211K H96R 
  clone: H06 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, V118I, I135L, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: H08 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, K201I, E203K, H208F, R211K  
  clone: H09 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N, V108I E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, K201I, H208F, R211K K73R 
  clone: H10 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, K70A, V118I, I135L, G196E, K201I, H208F, R211K  
  clone: H11 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, V118I, I135L, G196E, K201I, H208F, R211K, W212*  
  clone: H12 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N, V108I E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, T200A, K201I, H208F, R211K  
  P1-69
Consensus 
NRTI EFV M41L, D67N, K70AQ, V75M, L210W, T215D K103N, V108VI E40F, E42EG, K43E, V118I, K122KE, I135IL, M184X, G196GE, T200TIA, K201KI, Q207QE, H208HF, R211K H198HR 
  clone: C01 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184V, L210W, T215D K103N, V108I E40F, K43E, K70A, V118I, T200I, Q207E, R211K  
  clone: C03 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184V, L210W, T215D K103N, V108I E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: C04 NRTI EFV M41L, D67N, K70Q, V75M, M184I, L210W, T215D K103N E40F, K43E, V118I, I135L, G196E, K201I, H208F, R211K H198R 
  clone: C05 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184V, L210W, T215D K103N, V108I E40F, E42G, K43E, K70A, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: C06 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184V, L210W, T215D K103N E40F, K43E, K70A, V118I, G196E, T200I, Q207E, R211K  
  clone: C07 NRTI EFV M41L, D67N, V75M, M184I, L210W, T215D K103N, V108I E40F, K43E, K70A, V118I, K122E, G196E, T200A, K201I, H208F, R211K  
LB3-P10 P10-0
Consensus 
NRTI None K70KR, V75VA, M184MV  K11KR, V35TI, E169D, I195IT, W229WR C38CR, P59PQ, L80LP 
  clone: D01 NRTI None   V35T, E169D, I195T  
  clone: D03 NRTI None V75A, M184V  K11R, V35T, E169D, I195T  
  clone: D05 NRTI None M184V  V35T, E169D, I195T  
  clone: D07 NRTI None K70R, M184V  K11R, V35T, E169D C38R 
  clone: D08 NRTI None M184V  V35T, E169D, W229R  
  clone: D09 NRTI None M184V  V35T, E169D, I195T  
  clone: D10 NRTI None K70R, M184V  K11R, V35I, E169D, I195T P59Q, L80P 
LB3-P11 P11-0
Consensus 
NRTI None K70KR, M184MV  M16MT, K30KE, E53EG, T69TN, R83K, V118VA, K122KE, E169D, G196E, T200A, E203EK  
  clone: G01 NRTI None M184V  R83K, E169D, G196E, T200A  
  clone: G02 NRTI None K70R  E53G, T69N, R83K, E169D, G196E, T200A  
  clone: G07 NRTI None K70R, M184V  R83K, V118A, K122E, E169D, G196E, T200A  
  clone: G08 NRTI None M184V  M16T, R83K, E169D, G196E, T200A, E203K  
  clone: G09 NRTI None M184V  K30E, R83K, E169D, G196E, T200A  
  P11-7
Consensus 
NRTI EFV K70R, M184V K103N S68SR, R83K, K102KR, V118VA, L149LP, K154KE, M164MI, E169D, G196E, T200A S156SL, P217PL 
  clone: F01 NRTI EFV K70R, M184V K103N R83K, K102R, E169D, G196E, T200A  
  clone: F02 NRTI EFV K70R, M184V K103N R83K, K102R, E169D, G196E, T200A P217L 
  clone: F04 NRTI EFV K70R, M184V K103N R83K, K154E, E169D, G196E, T200A S156L 
  clone: F05 NRTI EFV K70R, M184V K103N R83K, K102R, E169D, G196E, T200A  
  clone: F06 NRTI EFV K70R, M184V K103N R83K, K102R, L149P, E169D, G196E, T200A  
  clone: F08 NRTI EFV K70R, M184V K103N S68R, R83K, K102R, M164I, E169D, G196E, T200A  
  clone: F09 NRTI EFV K70R, M184V K103N R83K, K102R, E169D, G196E, T200A  
  clone: F11 NRTI EFV K70R, M184V K103N R83K, K102R, V118A, E169D, G196E, T200A  
  P11-9
Consensus 
NRTI EFV K70R K103N E42ED, T69N, R83K, D113DG, E169D, E194EK, G196E, T200A  
  clone: F01 NRTI EFV K70R K103N E42D, T69N, R83K, D113G, E169D, E194K, G196E, T200A  
  clone: F04 NRTI EFV K70R K103N T69N, R83K, E169D, G196E, T200A  
  P11-16
Consensus 
NRTI EFV K70KR K103N K43KE, T69TN, T107TP, E169D, G196E, T200A I47IT, R83KE, F160FL, M164MT 
  clone: H02 NRTI EFV K70R K103N T69N, R83K, E169D, G196E, T200A F160L 
  clone: H03 NRTI EFV K70R K103N T69N, R83K, E169D, G196E, T200A M164T 
  clone: H05 NRTI EFV  K103N R83K, E169D, G196E, T200A  
  clone: H06 NRTI EFV  K103N R83K, T107P, E169D, G196E, T200A  
  clone: H07 NRTI EFV K70R K103N T69N, R83K, E169D, G196E, T200A I47T 
  clone: H11 NRTI EFV K70R K103N K43E, T69N, E169D, G196E, T200A R83E 
  P11-21
Consensus 
NRTI EFV K70KR K103N T69TN, R83K, D113DE, E169D, D177DG, G196E, T200A I2IF, I94IM, H96HR, P133PS 
  clone: C03 NRTI EFV  K103N R83K, E169D, G196E, T200A H96R 
  clone: C04 NRTI EFV  K103N R83K, E169D, G196E, T200A  
  clone: C05 NRTI EFV K70R K103N T69N, R83K, E169D, D177G, G196E, T200A P133S 
  clone: C06 NRTI EFV  K103N R83K, E169D, G196E, T200A  
  clone: C08 NRTI EFV K70R K103N T69N, R83K, E169D, G196E, T200A I2F 
  clone: C09 NRTI EFV  K103N R83K, E169D, G196E, T200A I94M 
  clone: C10 NRTI EFV  K103N R83K, D113E, E169D, G196E, T200A  
LB3-P12 P12-0
Consensus 
NRTI None  E138EG M16MV, V35VI, K66KE, I135T, L149LP, G196E, Q207QA, R211RK Y181YH 
  clone: F07 NRTI None   M16V, V35I, I135T, G196E, R211K  
  clone: F10 NRTI None  E138G I135T, L149P, G196E, Q207A  
  clone: F12 NRTI None   V35I, K66E, I135T, G196E, Q207A, R211K Y181H 
  P12-13
Consensus 
NRTI EFV  K103N V35VI, S68SG, I135T, K166KR, G196E, Q207A, R211RQ R199RG 
  clone: C06 NRTI EFV  K103N V35I, I135T, G196E, Q207A, R211Q  
  clone: C10 NRTI EFV  K103N S68G, I135T, K166R, G196E, Q207A R199G 
  P12-24
Consensus 
NRTI EFV  K103N K101Q, I135T, G196E, T200A, Q207A, L210F, R211K  
  clone: H06 NRTI EFV  K103N K101Q, I135T, G196E, T200A, Q207A, L210F, R211K  
LB3-P13 P13-0
Consensus 
NRTI None   V35TI, V60VI, T69TA, G93GR, D123DE, F124FL, F130FL, I142V, T200R, Q207E, W212WR N57NS 
  clone: A04 NRTI None   V35I, G93R, F124L, I142V, T200R, Q207E  
  clone: A05 NRTI None   V35T, I142V, T200R, Q207E, W212R N57S 
  clone: A06 NRTI None   V35T, V60I, F130L, I142V, T200R, Q207E  
  clone: A08 NRTI None   V35T, T69A, D123E, I142V, T200R, Q207E  
  clone: A09 NRTI None   V35T, T69A, I142V, T200R, Q207E  
  clone: A10 NRTI None   V35T, I142V, T200R, Q207E  
  clone: A12 NRTI None   V35T, T69A, I142V, T200R, Q207E  
  P13-23
Consensus 
NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: H01 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: H02 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: H04 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: H05 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: H07 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: H08 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: H09 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  P13-39
Consensus 
NRTI EFV  K103N, F227FV V35IT, E40EG, G45GE, E53EK, I63IV, R72RK, S105SA, I135M, I142V, G190GR, T200R, Q207EG K22KT, W71W*, F130FS 
  clone: G01 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207G  
  clone: G02 NRTI EFV  K103N V35T, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  clone: G04 NRTI EFV  K103N, F227V V35I, G45E, E53K, W71*, R72K, S105A, I135M, I142V, T200R, Q207E K22T 
  clone: G05 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E F130S 
  clone: G06 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, G190R, T200R, Q207E  
  clone: G07 NRTI EFV  K103N V35I, E40G, I63V, I135M, I142V, T200R, Q207E  
  P13-43
Consensus 
NRTI EFV  K103KN, P225PH V35X, K43KE, V90VI, T131TP, S134SG, I135IM, I142V, T200R, E203EG, Q207E W71WC 
  clone: C03 NRTI EFV   V35M, V90I, I142V, T200R, Q207E  
  clone: C09 NRTI EFV  K103N V35I, T131P, S134G, I135M, I142V, T200R, E203G, Q207E  
  clone: C10 NRTI EFV   V35M, V90I, I142V, T200R, Q207E  
  clone: C11 NRTI EFV  K103N V35I, I135M, I142V, T200R, Q207E W71C 
  clone: C12 NRTI EFV  K103N, P225H V35I, K43E, I135M, I142V, T200R, Q207E  
LB3-P14 P14-0
Consensus 
NRTI None M41ML, M184MV, T215TY  K11KR, P14PL, K22KR, K32KR, V35VM, K104N, V118VI, R125RG, A158AS, Q174QK, Q207QEK, R211K A114AT, Y181YH, D185DG 
  clone: C01 NRTI None M41L, T215Y  K104N, Q207E, R211K  
  clone: C02 NRTI None T215Y  P14L, K32R, V35M, K104N, Q207K, R211K D185G 
  clone: C03 NRTI None M41L, M184V, T215Y  K11R, K104N, R211K  
  clone: C06 NRTI None T215Y  K104N, Q207E, R211K Y181H 
  clone: C07 NRTI None M41L  K104N, R125G, R211K  
  clone: C09 NRTI None M184V, T215Y  K32R, V35M, K104N, V118I, A158S, R211K  
  clone: C10 NRTI None M41L, M184V, T215Y  K22R, K104N, Q174K, R211K A114T 
  P14-12
Consensus 
NRTI EFV D67DN K103N E6EK, G15GE, E29EK, K101Q, K104N, S134SG, D177DN, R211K, E224EG R83R*, W88W*, S105SP, V111VA 
  clone: A01 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, R211K, E224G  
  clone: A02 NRTI EFV  K103N W88*, K101Q, K104N, R211K  
  clone: A03 NRTI EFV D67N K103N K101Q, K104N, R211K  
  clone: A04 NRTI EFV  K103N E6K, G15E, E29K, R83*, K101Q, K104N, S134G, R211K  
  clone: A05 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, R211K S105P 
  clone: A06 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, R211K V111A 
  clone: A07 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, R211K  
  clone: A08 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, D177N, R211K  
  P14-16
Consensus 
NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, D177DG, R211K T131TA, P140PL 
  clone: A02 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, R211K T131A, P140L 
  clone: A08 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, R211K  
  clone: A11 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, D177G, R211K  
  P14-38
Consensus 
NRTI EFV  K103N K101Q, S117P, I159V, R211K  
  clone: F10 NRTI EFV  K103N K101Q, S117P, I159V, R211K  
  P14-47
Consensus 
NRTI EFV  K103N K101Q, R211K  
  clone: H07 NRTI EFV  K103N K101Q, R211K  
  P14-75
Consensus 
NRTI EFV  K103N K101QR, K104KN, T139TA, I202IT, R211K E89EG, K154KN, L187L* 
  clone: C01 NRTI EFV  K103N K101Q, R211K  
  clone: C03 NRTI EFV  K103N K101Q, I202T, R211K  
  clone: C06 NRTI EFV  K103N K101Q, K104N, R211K  
  clone: C07 NRTI EFV  K103N K101R, R211K  
  clone: C08 NRTI EFV  K103N K101Q, L187*, R211K K154N 
  clone: C10 NRTI EFV  K103N K101Q, R211K  
  clone: C11 NRTI EFV  K103N K101Q, R211K  
  clone: C12 NRTI EFV  K103N K101Q, T139A, R211K E89G 
LB3-P15 P15-0
Consensus 
NRTI None M184MV  K20KR, E28EG, R83RG, K122P, E169ED, D177DE, I178IL, T200TA, Q207E T58TA 
  clone: H01 NRTI None   R83G, K122P, I178L, T200A, Q207E  
  clone: H02 NRTI None M184V  K122P, I178L, Q207E T58A 
  clone: H03 NRTI None M184V  K20R, K122P, E169D, D177E, Q207E  
  clone: H04 NRTI None M184V  K122P, I178L, Q207E  
  clone: H06 NRTI None M184V  K122P, I178L, Q207E  
  clone: H07 NRTI None   K122P, I178L, T200A, Q207E  
  clone: H08 NRTI None M184V  E28G, K122P, I178L, Q207E  
  P15-2
Consensus 
NRTI EFV M184MV  V35VI, K122P, R172RG, I178L, T200TA, Q207E R78RG, V108VA 
  clone: B03 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E  
  clone: B04 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E R78G 
  clone: B06 NRTI EFV M184V  V35I, K122P, I178L, Q207E  
  clone: B07 NRTI EFV   K122P, I178L, Q207E  
  clone: B08 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, T200A, Q207E  
  clone: B09 NRTI EFV M184V  K122P, R172G, I178L, Q207E  
  clone: B10 NRTI EFV   K122P, I178L, T200A, Q207E V108A 
  clone: D02 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E  
  P15-4
Consensus 
NRTI EFV M184V  E53EK, K122P, T139TA, G141GE, I178L, Q207E I47IV, K73KE, H198HR 
  clone: D01 NRTI EFV M184V  E53K, K122P, I178L, Q207E  
  clone: D03 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E I47V 
  clone: D04 NRTI EFV M184V  K122P, T139A, G141E, I178L, Q207E  
  clone: D05 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E K73E 
  clone: D06 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E H198R 
  clone: D07 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E  
  clone: D08 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, Q207E  
  P15-8
Consensus 
NRTI EFV M184MV  K103KE, K122P, K166KE, I178L, T200TA, Q207E  
  clone: C04 NRTI EFV M184V  K122P, K166E, I178L, Q207E  
  clone: C06 NRTI EFV   K103E, K122P, I178L, T200A, Q207E  
  P15-12
Consensus 
NRTI EFV M184V  K122P, I178L, T200A, Q207E  
  clone: D02 NRTI EFV M184V  K122P, I178L, T200A, Q207E  
  P15-16
Consensus 
NRTI EFV  K103N K13KR, K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E L120LI, D185DG 
  clone: A07 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: A09 NRTI EFV  K103N K13R, K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E L120I, D185G 
  P15-20
Consensus 
NRTI EFV  K103N I63IV, K64KR, K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E R199RG 
  clone: C01 NRTI EFV  K103N I63V, K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E R199G 
  clone: C02 NRTI EFV  K103N K64R, K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: C04 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: C05 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: C07 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: C08 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  P15-25
Consensus 
NRTI EFV M184MV K103N A33AV, K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E N137NT, Q145QR, H198HR 
  clone: D01 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E H198R 
  clone: D02 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: D04 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: D05 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E  
  clone: D06 NRTI EFV  K103N K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E N137T 
  clone: D07 NRTI EFV M184V K103N A33V, K122P, I135L, E169D, D177E, T200A, Q207E Q145R 
LB3-P16 P16-0
Consensus 
NRTI None M184MV  K43KR, I47IN, V60VI, R83RK, I142IV, I159IV, T200TI, R211RK K73KR, E79EG, F171FS 
  clone: B01 NRTI None M184V  K43R, V60I, R83K, R211K  
  clone: B02 NRTI None   I47N, V60I, I159V  
  clone: B04 NRTI None M184V  I142V, I159V, R211K  
  clone: B05 NRTI None   V60I  
  clone: B06 NRTI None M184V  I142V, I159V, R211K  
  clone: B07 NRTI None   R83K, I159V, T200I  
  clone: B08 NRTI None    K73R, E79G, F171S 
LB3-P17 P17-0
Consensus 
NRTI None M184V E138EG V35M, R83K, K101KR, D123DE, I135IT, R211K P97PS, M164MV, N175NS, H198HL, R199RG 
  clone: A03 NRTI None M184V  V35M, R83K, K101R, R211K  
  clone: A06 NRTI None M184V  V35M, R83K, R211K H198L, R199G 
  clone: A10 NRTI None M184V  V35M, R83K, D123E, I135T, R211K N175S 
  clone: A11 NRTI None M184V  V35M, R83K, R211K  
  clone: A12 NRTI None M184V E138G V35M, R83K, R211K P97S, M164V 
  P17-2
Consensus 
NRTI EFV M184V  V35M, R83K, R211K  
  clone: F10 NRTI EFV M184V  V35M, R83K, R211K  
  P17-8
Consensus 
NRTI EFV M184V K103N V35M, E44EG, R83K, K166KR, R211K I37IT, N54NH, Y56YH, Q161QR, H198HR, T216TA 
  clone: E01 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, R211K I37T, T216A 
  clone: E02 NRTI EFV M184V K103N V35M, E44G, R83K, R211K  
  clone: E05 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, R211K N54H 
  clone: E06 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, R211K Y56H 
  clone: E07 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, K166R, R211K  
  clone: E08 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, R211K Q161R, H198R 
  clone: E09 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, R211K  
  P17-17
Consensus 
NRTI EFV M184MV K103N T7TA, M16MT, V35M, R83K, F87FL, D123DN, R211K, W229WR I47IV, F130FY, G155GV, L193LI 
  clone: B12 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, F87L, R211K  
  clone: F01 NRTI EFV  K103N T7A, V35M, R83K, R211K  
  clone: F02 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, R211K  
  clone: F03 NRTI EFV  K103N M16T, V35M, R83K, D123N, R211K I47V, F130Y 
  clone: F05 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, R211K, W229R G155V 
  clone: F06 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, R211K  
  clone: F07 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, R211K  
  clone: F08 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, R211K L193I 
  P17-21
Consensus 
NRTI EFV M184MV K103N, V179VE E6EG, V35M, R83K, K101KN, D123DN, S134SN, S162SG, R211K T84TI, Y181YH 
  clone: D01 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, R211K  
  clone: D04 NRTI EFV  K103N E6G, V35M, R83K, D123N, R211K  
  clone: D06 NRTI EFV  K103N, V179E V35M, R83K, R211K  
  clone: D09 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, K101N, S162G, R211K  
  clone: D10 NRTI EFV M184V K103N V35M, R83K, R211K T84I 
  clone: D11 NRTI EFV  K103N V35M, R83K, S134N, R211K Y181H 
LB3-P18 P18-0
Consensus 
NRTI None   V35I, I37IV, K102KQ, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L E42EV, M164MT, S191SP 
  clone: G01 NRTI None   V35I, K102Q, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L  
  clone: G02 NRTI None   V35I, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L  
  clone: G04 NRTI None   V35I, K102Q, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L E42V 
  clone: G06 NRTI None   V35I, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L M164T, S191P 
  clone: G07 NRTI None   V35I, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L  
  clone: G08 NRTI None   V35I, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L  
  clone: G09 NRTI None   V35I, I37V, K102Q, K103R, V118I, K122E, D123E, D177E, G196E, F214L  
LB3-P19 P19-0
Consensus 
NRTI None V75VA  D17DG, E42EK, E53EG, R72RG, E79EK, W88WR, V118VIA, K122KE, F130FL, S134SN, N137NS, G141GE, I142T, I159IV, T165TI, T200TS, E204EG, Q207QE, R211X Q23QR, F61FL, F171FS, N175NS, H198HR, H208HR, H221HR 
  clone: 000B07 NRTI None   D17G, K122E, I142T, E204G, R211G  
  clone: 000B08 NRTI None   K122E, I142T, R211G  
  clone: 090B07 NRTI None   K122E, I142T, T200S, Q207E  
  clone: 090B08 NRTI None   K122E, S134N, I142T, R211G  
  clone: A01e NRTI None   K122E, I142T, T200S, Q207E N175S, H198R 
  clone: A02c NRTI None   E53G, K122E, F130L, I142T, T200S, Q207E, R211K  
  clone: A03b NRTI None   K122E, I142T, T200S, R211S  
  clone: A04b NRTI None   E79K, V118I, K122E, I142T, R211G  
  clone: A04c NRTI None   K122E, I142T, I159V, T165I, R211G F171S, H208R 
  clone: A05c NRTI None   K122E, I142T, R211G Q23R 
  clone: A05d NRTI None   K122E, N137S, G141E, I142T, T165I, T200S, Q207E, R211K F61L 
  clone: A06c NRTI None   W88R, K122E, I142T, T165I, R211G  
  clone: A07d NRTI None   K122E, I142T, R211G H221R 
  clone: A08c NRTI None V75A  K122E, F130L, I142T, R211G  
  clone: B01 NRTI None   K122E, I142T, R211G  
  clone: B02 NRTI None   K122E, I142T, T165I, T200S, R211K  
  clone: B03 NRTI None   E42K, K122E, I142T, T200S, R211S  
  clone: B05 NRTI None   V118A, K122E, I142T, T200S, R211K  
  clone: B06 NRTI None   I142T, R211G  
  clone: F02 NRTI None   K122E, I142T, T165I, T200S, R211K  
  clone: F10 NRTI None   R72G, K122E, I142T, R211G  
LB3-P2 P2-0
Consensus 
NRTI None F116FY, Q151QM, M184VI  V35M, V60VI, R83K, V90VI, K102Q, K122E, I135IV, Y144YF, S162SCY, T165TA, E169ED, I195IV, R211K W24W*, T131TI 
  clone: B01 NRTI None M184I  V35M, R83K, V90I, K102Q, K122E, I135V, S162C, E169D, R211K T131I 
  clone: B02 NRTI None M184V  V35M, R83K, K102Q, K122E, I135V, S162C, E169D, R211K  
  clone: B03 NRTI None M184V  V35M, R83K, K102Q, K122E, I135V, S162C, E169D, R211K  
  clone: B04 NRTI None F116Y, Q151M, M184V  V35M, V60I, R83K, K102Q, K122E, S162Y, R211K  
  clone: B05 NRTI None M184V  V35M, R83K, K102Q, K122E, S162C, E169D, R211K  
  clone: B06 NRTI None M184V  V35M, V60I, R83K, K102Q, K122E, I135V, S162C, I195V, R211K  
  clone: B07 NRTI None M184V  W24*, V35M, R83K, K102Q, K122E, S162C, E169D, R211K  
  clone: B08 NRTI None M184V  V35M, R83K, K102Q, K122E, Y144F, T165A, R211K  
LB3-P21 P21-0
Consensus 
NRTI EFV   K32KT, V35VI, V60VI, K82KR, R83K, K102KR, K122KE, R125RG, I135IV, T139TA, S162C, I195IV, T200TAI, I202IV, R211RK, K220KE I47IT, L120LS, I132IM, R143RW 
  clone: A01 NRTI EFV   K32T, R83K, T139A, S162C, R211K  
  clone: A01g NRTI EFV   R83K, K122E, I135V, S162C, T200I, I202V I47T 
  clone: A02 NRTI EFV   V60I, R83K, S162C, R211K  
  clone: A02f NRTI EFV   V35I, K82R, R83K, K122E, S162C, R211K I132M 
  clone: A03 NRTI EFV   R83K, K102R, S162C, T200A  
  clone: A03c NRTI EFV   R83K, K122E, S162C, R211K  
  clone: A03d NRTI EFV   K82R, R83K, K122E, S162C, I195V, T200A, R211K R143W 
  clone: A04 NRTI EFV   K82R, R83K, K122E, S162C, R211K  
  clone: A04f NRTI EFV   K82R, R83K, K122E, S162C, R211K  
  clone: A04g NRTI EFV   R83K, K122E, S162C, R211K, K220E  
  clone: A05f NRTI EFV   R83K, S162C, R211K  
  clone: A06e NRTI EFV   R83K, K122E, S162C, R211K  
  clone: A06f NRTI EFV   R83K, K122E, R125G, S162C, R211K  
  clone: A07f NRTI EFV   K82R, R83K, S162C, R211K  
  clone: A08 NRTI EFV   R83K, K122E, S162C, R211K  
  clone: A09 NRTI EFV   V60I, R83K, K122E, I135V, S162C  
  clone: B05 NRTI EFV   R83K, K122E, S162C, R211K L120S 
  P21-8
Consensus 
NRTI EFV K219KN Y188YL V60VI, R83K, K122KE, I135IV, S162C, T200TI  
  clone: C05 NRTI EFV K219N Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: C08 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: C10 NRTI EFV   R83K, S162C  
  P21-12
Consensus 
NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, V118VA, K122E, I135V, S162C, T200I F160FS 
  clone: B02 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: B04 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: B05 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: B06 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: B07 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, V118A, K122E, I135V, S162C, T200I F160S 
  P21-16
Consensus 
NRTI EFV V75VI Y188L K11KT, K32KE, V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, Q197QR, T200I, D218DG, L228LP F61FL, I132IM, V148VM, L149LR, P226PL 
  clone: A01h NRTI EFV V75I Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: A02g NRTI EFV  Y188L K32E, V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: A11b NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, Q197R, T200I, D218G  
  clone: A13 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I F61L, V148M, P226L 
  clone: A15 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: A16 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: B05a NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: B06 NRTI EFV  Y188L K11T, V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I, L228P I132M 
  clone: B07a NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I L149R 
  P21-33
Consensus 
NRTI EFV  Y188L W24WR, V60I, R83K, W88WR, K102KR, K122E, K126KR, I135V, S162C, T200I F61FL 
  clone: C01 NRTI EFV  Y188L W24R, V60I, R83K, K102R, K122E, I135V, S162C, T200I F61L 
  clone: C03 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: C04 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: C05 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, K126R, I135V, S162C, T200I  
  clone: C06 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: C07 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: C08 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, W88R, K102R, K122E, I135V, S162C, T200I  
  P21-45
Consensus 
NRTI EFV  V106VI, Y188L M41MI, V60I, T69TI, R83K, K103KR, K104KR, K122E, I135V, T139TAI, S162CY, T200I, Q207QL E89EG, F124FS 
  clone: A01 NRTI EFV  V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I, Q207L  
  clone: A02 NRTI EFV  V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, T139I, S162C, T200I  
  clone: A03 NRTI EFV  Y188L M41I, V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: A04 NRTI EFV  V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: A05 NRTI EFV  V106I, Y188L V60I, R83K, K104R, K122E, I135V, S162C, T200I E89G, F124S 
  clone: A06 NRTI EFV  V106I, Y188L V60I, T69I, R83K, K103R, K122E, I135V, T139A, S162C, T200I  
  clone: A08 NRTI EFV  Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162Y, T200I  
  P21-70
Consensus 
NRTI EFV  V106I, Y188L G15GE, E36EA, V60VI, R83K, K122E, I135V, S162C, M184X, T200I, F214FL, L228LF I94IV, K126KE, N147NI 
  clone: A02 NRTI EFV M184V V106I, Y188L E36A, V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: A06 NRTI EFV M184V V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I, L228F N147I 
  clone: A08 NRTI EFV M184V V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I, F214L  
  clone: A09 NRTI EFV  V106I, Y188L G15E, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I I94V, K126E, M184A 
  P21-96
Consensus 
NRTI EFV M184V V106I, Y188L, H221HY V60I, R83K, K101KQ, I135V, S162C, T200TI P52PL, N54NH, K122EG, F130FS, N147NS 
  clone: F01 NRTI EFV M184V V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I N54H 
  clone: F02 NRTI EFV M184V V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I  
  clone: F03 NRTI EFV M184V V106I, Y188L V60I, R83K, K122E, I135V, S162C, T200I F130S 
  clone: F05 NRTI EFV M184V V106I, Y188L V60I, R83K, I135V, S162C, T200I P52L, K122G 
  clone: F07 NRTI EFV M184V V106I, Y188L V60I, R83K, K101Q, K122E, I135V, S162C, T200I N147S 
  clone: F08 NRTI EFV M184V V106I, Y188L, H221Y V60I, R83K, K122E, I135V, S162C  
LB3-P22 P22-0
Consensus 
NRTI EFV V75VA K103KN, E138EG K22KE, E28EG, K30KR, E36EQD, E42EK, E44EK, V60VI, S68SG, K82KR, A98AS, F116FS, K122KE, D123DE, S134SG, I135IV, N137NS, A158AT, M164MI, T165TA, E169ED, K173X, I178IM, G196GE, E204EG, R211RK, D218DG E79EG, G93GE, V111VA, K126KE, Q145QR, F160FL, N175ND, D186DG 
  clone: A05 NRTI EFV  E138G E36Q, E44K, A98S, D123E, I135V, D218G G93E 
  clone: B02a NRTI EFV   A98S, I135V, K173Q, R211K Q145R 
  clone: B03a NRTI EFV   D123E, I135V, G196E  
  clone: B04 NRTI EFV   E28G, K122E, D123E, I135V, R211K  
  clone: B05b NRTI EFV   D123E, I135V  
  clone: B06a NRTI EFV   K122E, D123E, I135V N175D 
  clone: B07b NRTI EFV   A98S V111A 
  clone: B08a NRTI EFV   E36D, S68G, K82R, D123E, I135V  
  clone: B09 NRTI EFV   E42K, K122E, D123E, S134G, M164I, E169D, G196E  
  clone: C02 NRTI EFV   K22E, K122E, D123E, I135V, K173R, R211K F160L 
  clone: C04 NRTI EFV  K103N A98S, K122E, I135V  
  clone: C05 NRTI EFV   K30R, V60I, A98S, F116S, K122E, D123E, I135V, N137S, K173E K126E, D186G 
  clone: D02 NRTI EFV   A98S, K122E, D123E, I135V F160L 
  clone: D06 NRTI EFV   K122E, D123E, I135V, I178M, E204G, R211K  
  clone: D08 NRTI EFV V75A K103N K122E, D123E, I135V  
  clone: D10 NRTI EFV   K122E, D123E, I135V, A158T, T165A, K173E E79G 
  P22-48
Consensus 
NRTI EFV  K103N I37IM, R72RG, D110DN, K122E, D123E, I135V, I142IV L109LQ, F130FC 
  clone: A01 NRTI EFV  K103N K122E, D123E, I135V, I142V  
  clone: A05 NRTI EFV  K103N R72G, D110N, K122E, D123E, I135V L109Q 
  clone: A08 NRTI EFV  K103N I37M, K122E, D123E, I135V  
  clone: A11 NRTI EFV  K103N K122E, D123E, I135V F130C 
  P22-59
Consensus 
NRTI EFV A62AV K103N, P225PH K64KR, D110DN, K122E, D123E, F130FL, I135V, R211RK P52PS, F124FS 
  clone: F01 NRTI EFV  K103N K122E, D123E, I135V  
  clone: F02 NRTI EFV  K103N K122E, D123E, F130L, I135V  
  clone: F03 NRTI EFV  K103N K64R, K122E, D123E, I135V  
  clone: F04 NRTI EFV  K103N K122E, D123E, I135V  
  clone: F05 NRTI EFV  K103N, P225H D110N, K122E, D123E, I135V, R211K P52S 
  clone: F06 NRTI EFV  K103N K122E, D123E, I135V F124S 
  clone: F08 NRTI EFV A62V K103N K122E, D123E, I135V  
  P22-70
Consensus 
NRTI EFV A62AV K103N, P225PH V10VI, V90VI, K122E, D123EK, I135V, I142IV, R211RK Y115YH, Q145QP 
  clone: B01 NRTI EFV  K103N, P225H K122E, D123E, I135V  
  clone: B02 NRTI EFV  K103N, P225H K122E, D123E, I135V, R211K  
  clone: B03 NRTI EFV A62V K103N, P225H K122E, D123E, I135V, R211K  
  clone: B04 NRTI EFV A62V K103N V90I, K122E, D123E, I135V, I142V  
  clone: B05 NRTI EFV  K103N K122E, D123E, I135V Y115H 
  clone: B06 NRTI EFV  K103N K122E, D123K, I135V  
  clone: B07 NRTI EFV  K103N, P225H K122E, D123E, I135V Q145P 
  clone: B08 NRTI EFV  K103N V10I, K122E, D123E, I135V  
LB3-P23 P23-0
Consensus 
NRTI None M41L, L210W, T215Y  K20R, T69A, R83K, D113DN, K122E, D123N, K173Q, I195IT, R211RK G152GR 
  clone: H01 NRTI None M41L, T69A_VG, L210W, T215Y  K20R, R83K, K122E, D123N, K173Q, I195T  
  clone: H04 NRTI None M41L, T69A_VG, L210W, T215Y  K20R, R83K, D113N, K122E, D123N, K173Q, R211K G152R 
LB3-P24 P24-0
Consensus 
NRTI None   K122E, E169D, T200E, Q207E E42EV, Y56Y* 
  clone: H02 NRTI None   K122E, E169D, T200E, Q207E E42V 
  clone: H03 NRTI None   K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: H04 NRTI None   Y56*, K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: H07 NRTI None   K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: H08 NRTI None   K122E, E169D, T200E, Q207E  
  P24-41
Consensus 
NRTI EFV K65KE K103KND, E138EK, G190GA V90VI, K122E, E169D, M184MT, T200EQ, Q207E, K220KR Q222Q* 
  clone: E01 NRTI EFV  G190A K122E, E169D, T200Q, Q207E, Q222*  
  clone: E02 NRTI EFV  K103N K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: E03 NRTI EFV   K122E, E169D, T200E, Q207E K103D 
  clone: E04 NRTI EFV  K103N K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: E05 NRTI EFV  K103N K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: E06 NRTI EFV  K103N, E138K K122E, E169D, T200E, Q207E, K220R  
  clone: E07 NRTI EFV K65E K103N K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: E08 NRTI EFV  K103N V90I, K122E, E169D, M184T, T200E, Q207E  
  P24-70
Consensus 
NRTI EFV  K103N, G190GE K101KQ, K122E, R125RK, I135IM, S162SN, E169D, T200E, Q207E F87FS, A114AT, Y146YH, S191SP 
  clone: D01 NRTI EFV  K103N K122E, I135M, E169D, T200E, Q207E F87S 
  clone: D02 NRTI EFV  K103N K122E, E169D, T200E, Q207E A114T 
  clone: D03 NRTI EFV  K103N K122E, R125K, E169D, T200E, Q207E  
  clone: D04 NRTI EFV  K103N K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: D05 NRTI EFV  K103N K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: D06 NRTI EFV  K103N K122E, E169D, T200E, Q207E S191P 
  clone: D07 NRTI EFV  K103N, G190E K122E, E169D, T200E, Q207E Y146H 
  clone: D08 NRTI EFV  K103N K101Q, K122E, S162N, E169D, T200E, Q207E  
  P24-94
Consensus 
NRTI EFV  K101KPQ, K103N, P225PH E28EK, R83RG, K122E, W153WR, E169D, T200E, Q207E I94IV 
  clone: F01 NRTI EFV  K103N E28K, K101Q, K122E, W153R, E169D, T200E, Q207E  
  clone: F02 NRTI EFV  K101P, K103N K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: F03 NRTI EFV  K103N, P225H K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: F05 NRTI EFV  K101P, K103N, P225H R83G, K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: F06 NRTI EFV  K101P, K103N K122E, E169D, T200E, Q207E I94V 
  clone: F07 NRTI EFV  K101P, K103N, P225H K122E, E169D, T200E, Q207E  
  clone: F08 NRTI EFV  K101P, K103N, P225H K122E, E169D, T200E, Q207E  
LB3-P25 P25-0
Consensus 
NRTI None M41ML, A62AV, V75I K103KRN, G190GES M16MV, K20KR, T39TA, V60VL, I63IL, T69TI, R83K, K122KR, N147NH, Q174QH, I178IMV, G196E, T200TA, E204EDN, R211RK I47IV, F87FSL, H208HR 
  clone: A06g NRTI None V75I G190S K20R, R83K, K103R, G196E, R211K  
  clone: B01 NRTI None A62V, V75I  K20R, R83K, Q174H, G196E, T200A, R211K  
  clone: B01a NRTI None A62V, V75I G190E I63L, R83K, K103R, G196E H208R 
  clone: B03b NRTI None A62V, V75I  M16V, K20R, R83K, N147H, G196E, R211K  
  clone: B03c NRTI None A62V, V75I G190E K20R, R83K, K103R, G196E, T200A, R211K  
  clone: B04a NRTI None A62V, V75I  K20R, T69I, R83K, K103R, K122R, I178M, G196E, T200A, E204D, R211K F87S 
  clone: B04b NRTI None A62V, V75I G190E K20R, R83K, I178V, G196E, T200A, E204D, R211K I47V 
  clone: B05c NRTI None A62V, V75I K103N K20R, V60L, R83K, G196E, R211K  
  clone: B06b NRTI None A62V, V75I  K20R, T39A, R83K, G196E, T200A, E204N, R211K  
  clone: B07c NRTI None M41L, A62V, V75I  R83K, K103R, G196E, R211K  
  clone: B08b NRTI None A62V, V75I  K20R, R83K, F87L, I178M, G196E, T200A, E204D  
  P25-18
Consensus 
NRTI EFV A62AV, K65KE, V75VI, M184MI G190GE K20KR, E42EG, E53EG, R83K, K102KR, K103KR, K154KR, I178IM, G196E, T200TA, E203EK, E204ED, R211K K22KI, K49K*, T69TH 
  clone: A07g NRTI EFV A62V, V75I G190E R83K, K154R, G196E, T200A, R211K  
  clone: A08d NRTI EFV K65E  K20R, R83K, G196E, E203K, R211K T69H 
  clone: A09a NRTI EFV A62V, V75I G190E K20R, R83K, K103R, G196E, T200A, E204D, R211K  
  clone: A10b NRTI EFV V75I G190E K20R, E42G, R83K, G196E, R211K K22I 
  clone: A11c NRTI EFV A62V, V75I G190E K49*, E53G, R83K, K102R, I178M, G196E, R211K  
  clone: A12b NRTI EFV A62V, V75I, M184I G190E R83K, G196E, T200A, R211K  
LB3-P26 P26-0
Consensus 
NRTI EFV M41ML, D67DN, K70KR, M184MV, T215Y K103KN, E138EA, G190GS K20KR, T27TA, R83RK, D121Y, K122E, I135IV, S162C, Q207QE, R211K, E224ED S3SG, K13KE, N54NY, T107TI, V111VE, G155GE, I159IM, I167IL, D192DG 
  clone: D03 NRTI EFV M41L, T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: D04 NRTI EFV T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: D05 NRTI EFV T215Y  R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K D192G 
  clone: D07 NRTI EFV M41L, T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K V111E 
  clone: D08 NRTI EFV T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K G155E 
  clone: F02 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y G190S K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K K13E 
  clone: F04 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K103N K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K, E224D I167L 
  clone: F05 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y G190S K20R, T27A, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: F06 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y G190S K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: F07 NRTI EFV K70R, T215Y G190S K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: F09 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y G190S K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K N54Y, I159M 
  clone: F10 NRTI EFV D67N, K70R, M184V, T215Y K103N K20R, D121Y, K122E, I135V, S162C, Q207E, R211K S3G 
  clone: F11 NRTI EFV T215Y K103N, E138A K20R, R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: F12 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y G190S K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K T107I 
  P26-1
Consensus 
NRTI EFV M41ML, D67DN, K70KR, T215Y K103KN, E138EA, Y188YL, G190GS K20KR, T27TA, I31IV, K43KR, R83RK, K104KNR, D121Y, K122E, R125RG, S162C, D177DG, T200TA, R211K, D218DG, L228LP K126KE, R143RG, H221HR 
  clone: C01 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y Y188L D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: C02 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y  K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: C04 NRTI EFV M41L, T215Y  D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: C05 NRTI EFV M41L, T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K R143G 
  clone: C08 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y G190S K20R, D121Y, K122E, S162C, D177G, R211K  
  clone: C10 NRTI EFV M41L, T215Y K103N, E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, T200A, R211K  
  clone: F01 NRTI EFV M41L, T215Y E138A R83K, K104N, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: F02 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y E138A T27A, K43R, R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K, L228P  
  clone: F03 NRTI EFV T215Y  R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K, D218G  
  clone: F04 NRTI EFV M41L, T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: F05 NRTI EFV M41L, T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K K126E 
  clone: F06 NRTI EFV T215Y  K104R, D121Y, K122E, R125G, S162C, T200A, R211K  
  clone: F08 NRTI EFV M41L, T215Y E138A I31V, R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K H221R 
  P26-4
Consensus 
NRTI EFV M41ML, D67DN, K70KR, T215Y K101KE, K103KN, E138EA, Y188YL, G190GSA K20KR, K22KE, I50IT, R83RK, K102KN, D121Y, K122E, I142IV, S162C, Q207QE, R211K, H221HQ, L228LP E79EG, S156SL, Q161QR 
  clone: A01 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K101E, K103N D121Y, K122E, S162C, R211K, H221Q Q161R 
  clone: A02 NRTI EFV K70R, T215Y K103N D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: A03 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K103N, G190S D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: A04 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y G190S K20R, K22E, I50T, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: A05 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K103N, G190A D121Y, K122E, S162C, R211K, L228P  
  clone: A06 NRTI EFV M41L, T215Y Y188L R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: A07 NRTI EFV K70R, T215Y K103N K20R, R83K, D121Y, K122E, S162C, Q207E, R211K E79G, S156L 
  clone: A08 NRTI EFV M41L, T215Y K103N R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: B02 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K103N K102N, D121Y, K122E, I142V, S162C, R211K  
  clone: B03 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K103N K20R, D121Y, K122E, S162C, Q207E, R211K  
  clone: B08 NRTI EFV M41L, T215Y E138A R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: E04 NRTI EFV M41L, T215Y K103N R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: E08 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y Y188L D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: E09 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K103N K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  P26-8
Consensus 
NRTI EFV M41ML, D67DN, K70KR, T215TY, K219KR L100LI, K103KN, V108VI, E138EAK, Y188YL, P225PH K11KE, K20KR, E29EG, E42EG, D76DN, R83RK, D113DN, D121Y, K122E, I159IV, S162C, E204EK, R211K, E224ED, L228LR W71W*, W153W* 
  clone: B01 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y L100I, K103N K20R, D121Y, K122E, S162C, R211K, E224D  
  clone: B02 NRTI EFV T215Y  R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: B03 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y K103N, E138A, Y188L K20R, E29G, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: B04 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y, K219R L100I, K103N, E138K K20R, W71*, D76N, D113N, D121Y, K122E, W153*, I159V, S162C, E204K, R211K, E224D  
  clone: B05 NRTI EFV T215Y Y188L R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  clone: B06 NRTI EFV M41L K103N, V108I, P225H R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K, L228R  
  clone: F07 NRTI EFV T215Y Y188L K11E, E42G, R83K, D121Y, K122E, S162C, R211K  
  P26-16
Consensus 
NRTI EFV D67DN, K70KR, T215TY L100LI, K103N, E138EA, Y188YL K20KR, R83RK, D121Y, K122E, S162C, K173KR, G196GR, T200TA, R211RK, W212WR, E224EDK, L228LR T84TI, Q91QR, H96HR, L109LP 
  clone: G01 NRTI EFV  K103N, E138A, Y188L D121Y, K122E, S162C, T200A  
  clone: G02 NRTI EFV  K103N, E138A, Y188L D121Y, K122E, S162C, G196R, T200A T84I 
  clone: G03 NRTI EFV D67N, K70R L100I, K103N D121Y, K122E, S162C, E224D  
  clone: G04 NRTI EFV D67N, K70R K103N, E138A, Y188L K20R, D121Y, K122E, S162C, T200A L109P 
  clone: G05 NRTI EFV D67N, K70R, T215Y L100I, K103N D121Y, K122E, S162C, K173R, R211K, W212R, E224D H96R 
  clone: G06 NRTI EFV  K103N, E138A, Y188L D121Y, K122E, S162C, T200A, E224K, L228R  
  clone: G08 NRTI EFV K70R K103N, Y188L R83K, D121Y, K122E, S162C, T200A, E224D Q91R 
  P26-23
Consensus 
NRTI EFV D67DN, K70KR K103N, Y188L R83RK, W88WR, K102KN, D121Y, K122E, E138X, S162C, T200TA, K220KN, Q222QR, E224EDN, P225PL, F227FS, L228LF, W229WG I132IM, H221HI, P226PH 
  clone: G01 NRTI EFV  K103N, Y188L W88R, K102N, D121Y, K122E, S162C I132M 
  clone: G03 NRTI EFV  K103N, Y188L R83K, D121Y, K122E, E138D, S162C, T200A, E224D  
  clone: G05 NRTI EFV  K103N, E138A, Y188L D121Y, K122E, S162C, T200A  
  clone: G06 NRTI EFV D67N, K70R K103N, E138A, Y188L D121Y, K122E, S162C, T200A  
  clone: G07 NRTI EFV D67N, K70R K103N, Y188L D121Y, K122E, E138D, S162C, T200A  
  clone: G08 NRTI EFV D67N, K70R K103N, Y188L D121Y, K122E, E138D, S162C, T200A, K220N, Q222R, E224N, P225L, F227S, L228F, W229G H221I, P226H 
  clone: G09 NRTI EFV D67N, K70R K103N, E138A, Y188L D121Y, K122E, S162C, T200A, E224D  
LB3-P28 P28-0
Consensus 
NRTI EFV M184V K103KN, E138EK E28EG, I37IV, N57NK, D113DG, K122E, D123E, I135X, I142ITV, Q151QR, I159IV, S162C, D177E, T200TA, Q207E, R211K, K220KN F61FS, W71WRL, L92L*, F116FL, F130FY, W153W*, L168L* 
  clone: A02j NRTI EFV M184V  L92*, K122E, D123E, I135L, S162C, D177E, T200A, Q207E, R211K W71L 
  clone: B03d NRTI EFV M184V  D113G, K122E, D123E, S162C, D177E, Q207E, R211K F61S, W71R 
  clone: B03e NRTI EFV M184V K103N K122E, D123E, S162C, D177E, Q207E, R211K  
  clone: B04c NRTI EFV M184V  K122E, D123E, I135L, W153*, S162C, D177E, Q207E, R211K  
  clone: B04d NRTI EFV M184V  K122E, D123E, I135L, S162C, D177E, Q207E, R211K  
  clone: B05d NRTI EFV M184V  I37V, K122E, D123E, I135V, I142T, S162C, D177E, Q207E, R211K  
  clone: B06c NRTI EFV M184V  E28G, K122E, D123E, Q151R, S162C, D177E, T200A, Q207E, R211K F130Y 
  clone: F03 NRTI EFV M184V  N57K, K122E, D123E, I135T, S162C, L168*, D177E, Q207E, R211K, K220N F116L 
  clone: F04 NRTI EFV M184V E138K K122E, D123E, I142V, S162C, D177E, T200A, Q207E, R211K  
  clone: F06 NRTI EFV M184V  K122E, D123E, I135L, I159V, S162C, D177E, Q207E, R211K  
  P28-70
Consensus 
NRTI EFV K70KR V108VI S48SP, R72RG, K122KE, D123X, S162C, D177E, V179VI, Q197QR, T200TA, Q207E, R211RK N81ND, D86DG, E89ED, R172R*, N175ND, L187LS 
  clone: F01 NRTI EFV   D123E, S162C, D177E, Q207E, R211K  
  clone: F03 NRTI EFV   D123E, S162C, D177E, T200A, Q207E, R211K N81D 
  clone: F04 NRTI EFV K70R  K122E, D123E, S162C, R172*, D177E, Q207E, R211K E89D 
  clone: F06 NRTI EFV  V108I K122E, D123E, S162C, D177E, V179I, Q207E, R211K D86G, L187S 
  clone: F07 NRTI EFV  V108I R72G, K122E, D123K, S162C, D177E, Q207E, R211K N175D 
  clone: F08 NRTI EFV   K122E, D123K, S162C, D177E, Q197R, Q207E, R211K  
  clone: F09 NRTI EFV   S48P, D123E, S162C, D177E, Q207E  
LB5-P162 P162-0
Consensus 
None None  E138EG, Y188YC M16MV, D17DG, K32KR, E53EG, K66KE, K102KQR, I132IV, I135IM, S162A, E169EG, Q174H, Q207QR, R211KE D86DG, N137ND, S191SP 
  clone: F01 None None   D17G, S162A, Q174H, R211E S191P 
  clone: F03 None None  Y188C I132V, S162A, Q174H, R211K  
  clone: F04 None None   K102Q, I135M, S162A, E169G, Q174H, R211K  
  clone: F05 None None   S162A, Q174H, R211K  
  clone: F08 None None   E53G, S162A, Q174H, R211K D86G 
  clone: F09 None None   K102R, S162A, Q174H, R211K  
  clone: F10 None None   S162A, Q174H, R211K  
  clone: H01 None None   K66E, S162A, Q174H, Q207R, R211K N137D 
  clone: H02 None None   M16V, K32R, S162A, Q174H, R211K  
  clone: H09 None None  E138G K102Q, S162A, Q174H, R211K  
  P162-1
Consensus 
AZT, 3TC EFV   I31IV, S48SA, E53EG, S162A, Q174H, R211K, F214FV M164MT, I180IT 
  clone: G01 AZT, 3TC EFV   S162A, Q174H, R211K, F214V  
  clone: G02 AZT, 3TC EFV   S48A, S162A, Q174H, R211K  
  clone: G03 AZT, 3TC EFV   E53G, S162A, Q174H, R211K  
  clone: G04 AZT, 3TC EFV   I31V, S162A, Q174H, R211K I180T 
  clone: G07 AZT, 3TC EFV   S162A, Q174H, R211K M164T 
  clone: G08 AZT, 3TC EFV   S162A, Q174H, R211K  
  P162-28
Consensus 
AZT, 3TC EFV  K103KN, F227FL S162A, Q174H, P176PS, R211K Y183YH 
  clone: B05 AZT, 3TC EFV   S162A, Q174H, P176S, R211K  
  clone: F05 AZT, 3TC EFV  K103N, F227L S162A, Q174H, R211K Y183H 
  P162-55
Consensus 
AZT, 3TC EFV  K103N E6EK, K32KR, K102KQ, K122KE, Q151QR, S162A, Q174H, R211K, E224EG T128TA, L187LS 
  clone: G02 AZT, 3TC EFV  K103N K102Q, K122E, S162A, Q174H, R211K  
  clone: G03 AZT, 3TC EFV  K103N E6K, K122E, S162A, Q174H, R211K  
  clone: G04 AZT, 3TC EFV  K103N S162A, Q174H, R211K, E224G  
  clone: G05 AZT, 3TC EFV  K103N S162A, Q174H, R211K L187S 
  clone: G06 AZT, 3TC EFV  K103N K32R, K122E, S162A, Q174H, R211K T128A 
  clone: G07 AZT, 3TC EFV  K103N K122E, Q151R, S162A, Q174H, R211K  
LB5-P163 P163-0
Consensus 
None None   P1PS, M16MT, V21VA, K49R, V60VI, K101KR, I135T, K154KE, S162C, D177E, Q207A D185DE, S191SP, H208HR 
  clone: H03 None None   K49R, I135T, K154E, S162C, D177E, Q207A D185E 
  clone: H04 None None   K49R, I135T, S162C, D177E, Q207A  
  clone: H06 None None   P1S, V21A, K49R, V60I, K101R, I135T, S162C, D177E, Q207A H208R 
  clone: H10 None None   K49R, I135T, S162C, D177E, Q207A  
  clone: H11 None None   M16T, K49R, I135T, S162C, D177E, Q207A S191P 
  P163-20
Consensus 
AZT, 3TC EFV   K49R, I135T, S162C, D177E, Q207A  
  clone: D10 AZT, 3TC EFV   K49R, I135T, S162C, D177E, Q207A  
  P163-54
Consensus 
AZT, 3TC EFV  K103N E29G, I135T, S162C, D177E, Q207A N57S 
  clone: H10 AZT, 3TC EFV  K103N E29G, I135T, S162C, D177E, Q207A N57S 
  P163-60
Consensus 
AZT, 3TC EFV  K103N E42K, D123N, I135T, S162C, D177E, Q207A  
  clone: A03 AZT, 3TC EFV  K103N E42K, D123N, I135T, S162C, D177E, Q207A  
LB5-P164 P164-36
Consensus 
AZT, 3TC EFV M184V K103N, P225H I31T, V35I, S48SP, R83RG, D123E, S163SG, D177E G18GS, C38CR, T216TA 
  clone: E01 AZT, 3TC EFV M184V K103N, P225H I31T, V35I, S48P, D123E, S163G, D177E  
  clone: E02 AZT, 3TC EFV M184V K103N, P225H I31T, V35I, D123E, D177E T216A 
  clone: E04 AZT, 3TC EFV M184V K103N, P225H I31T, V35I, R83G, D123E, D177E G18S, C38R 
  clone: E08 AZT, 3TC EFV M184V K103N, P225H I31T, V35I, D123E, D177E  
LB5-P165 P165-0
Consensus 
None None K65KE  V118I, K122KE, D123DE, T165I, I202IT, Q207E, F214L S3SG, P52PL, Y115YC 
  clone: E02 None None   V118I, K122E, T165I, Q207E, F214L S3G, P52L 
  clone: E03 None None   V118I, D123E, T165I, Q207E, F214L  
  clone: E07 None None   V118I, D123E, T165I, Q207E, F214L  
  clone: E10 None None K65E  V118I, T165I, I202T, Q207E, F214L Y115C 
  clone: E12 None None   V118I, T165I, Q207E, F214L  
LB5-P166 P166-0
Consensus 
None None   V118I, K122E, I135T, T139TA, T165I, T200E, R211RK, F214L N136ND, R206RG 
  clone: C02 None None   V118I, K122E, I135T, T165I, T200E, F214L N136D 
  clone: C08 None None   V118I, K122E, I135T, T139A, T165I, T200E, R211K, F214L R206G 
  clone: C10 None None   V118I, K122E, I135T, T165I, T200E, F214L  
  P166-53
Consensus 
AZT, 3TC EFV F77FL, M184V K103N V118I, K122E, I135T, N137NS, T165L, F171FL, I178IV, T200E, E203EK, E204EK, R211RK, F214L G112GS 
  clone: C04 AZT, 3TC EFV M184V K103N V118I, K122E, I135T, T165L, F171L, T200E, R211K, F214L  
  clone: C06 AZT, 3TC EFV M184V K103N V118I, K122E, I135T, T165L, T200E, E203K, F214L G112S 
  clone: C08 AZT, 3TC EFV M184V K103N V118I, K122E, I135T, T165L, T200E, E204K, F214L  
  clone: C09 AZT, 3TC EFV F77L, M184V K103N V118I, K122E, I135T, N137S, T165L, I178V, T200E, E204K, F214L  
LB5-P167 P167-0
Consensus 
None None   V21I, K104KR, S162C, G196GE, Q207X, R211A  
  clone: C05 None None   V21I, K104R, S162C, Q207E, R211A  
  clone: C07 None None   V21I, S162C, G196E, Q207K, R211A  
  P167-17
Consensus 
AZT, 3TC EFV M184V  E6EK, V21I, E28EK, E53EG, A62AT, K66KE, D123DE, I135IL, T139TA, S162C, I167IV, G196GE, T200TA, E204EAK, Q207X, R211X N54NS, V60VA, E89EG, Q91QR, R143RG 
  clone: B01 AZT, 3TC EFV M184V  V21I, E53G, S162C, E204A, Q207E, R211K E89G 
  clone: B02 AZT, 3TC EFV M184V  V21I, A62T, S162C, G196E, Q207K, R211A  
  clone: B05 AZT, 3TC EFV M184V  V21I, I135L, S162C, G196E, Q207K, R211A  
  clone: B06 AZT, 3TC EFV M184V  V21I, E28K, T139A, S162C, G196E, Q207E, R211A N54S 
  clone: B08 AZT, 3TC EFV M184V  V21I, S162C, Q207E, R211K R143G 
  clone: B09 AZT, 3TC EFV M184V  E6K, V21I, K66E, S162C, I167V, E204A, Q207E, R211K Q91R 
  clone: B11 AZT, 3TC EFV M184V  V21I, D123E, S162C, G196E, T200A, E204K, Q207E, R211A V60A 
  P167-41
Consensus 
AZT, 3TC EFV D67N K103N V21I, K66KR, I135M, S162C, Q207E, R211A, F214FL I47IT, N54ND 
  clone: D07 AZT, 3TC EFV D67N K103N V21I, I135M, S162C, Q207E, R211A  
  clone: D09 AZT, 3TC EFV D67N K103N V21I, I135M, S162C, Q207E, R211A  
  clone: D10 AZT, 3TC EFV D67N K103N V21I, K66R, I135M, S162C, Q207E, R211A, F214L I47T, N54D 
  P167-50
Consensus 
AZT, 3TC EFV D67DN K103N K13KR, V21I, R72RK, R83RK, K102KR, D123DN, I135M, S162C, Q207E, R211A, P225X W71W*, K126KE, N175ND, Y188Y*, Q222QE 
  clone: E02 AZT, 3TC EFV  K103N, P225H V21I, I135M, S162C, Q207E, R211A  
  clone: E04 AZT, 3TC EFV  K103N V21I, K102R, D123N, I135M, S162C, Q207E, R211A N175D 
  clone: E05 AZT, 3TC EFV  K103N K13R, V21I, I135M, S162C, Q207E, R211A  
  clone: E06 AZT, 3TC EFV D67N K103N V21I, W71*, R72K, R83K, I135M, S162C, Y188*, Q207E, R211A, P225S Q222E 
  clone: E07 AZT, 3TC EFV  K103N V21I, I135M, S162C, Q207E, R211A K126E 
LB5-P168 P168-0
Consensus 
None None T69TD  K11KR, K20R, V118I, K122KE, D123DNE, S162A, E169D, V179VA, T200A, E204ED, Q207X, R211K, F214L P95PS, D192DG 
  clone: B01 None None   K20R, V118I, D123E, S162A, E169D, T200A, Q207A, R211K, F214L  
  clone: B02 None None   K20R, V118I, K122E, S162A, E169D, T200A, Q207A, R211K, F214L  
  clone: B03 None None   K11R, K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  clone: B05 None None   K20R, V118I, K122E, S162A, E169D, V179A, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  clone: B06 None None   K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, Q207K, R211K, F214L  
  clone: B07 None None   K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L P95S 
  clone: B08 None None T69D  K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, Q207R, R211K, F214L D192G 
  P168-2
Consensus 
AZT, 3TC EFV   M16MV, K20R, E44EG, K102KR, V118I, D123DE, S162A, E169D, T200A, E204ED, Q207X, R211K, F214L Y56YH 
  clone: G06 AZT, 3TC EFV   M16V, K20R, E44G, K102R, V118I, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L Y56H 
  clone: G12 AZT, 3TC EFV   K20R, V118I, D123E, S162A, E169D, T200A, Q207A, R211K, F214L  
  P168-6
Consensus 
AZT, 3TC EFV   K20R, V118I, K122E, S162A, E169D, K201Q, E204D, Q207E, R211K, F214L D110A 
  clone: B09 AZT, 3TC EFV   K20R, V118I, K122E, S162A, E169D, K201Q, E204D, Q207E, R211K, F214L D110A 
  P168-11
Consensus 
AZT, 3TC EFV M184MV K103KN T7TA, K20R, K43KE, T69TA, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L N54ND, N81ND, P95PS, V148VA, D218DV 
  clone: B02 AZT, 3TC EFV  K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  clone: B03 AZT, 3TC EFV M184V K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L V148A, D218V 
  clone: B04 AZT, 3TC EFV  K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L P95S 
  clone: B08 AZT, 3TC EFV M184V K103N T7A, K20R, K43E, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  clone: B09 AZT, 3TC EFV   K20R, T69A, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L N54D, N81D 
  clone: B10 AZT, 3TC EFV M184V K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  P168-20
Consensus 
AZT, 3TC EFV M184V K103N V8VA, K20R, M41MT, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, V189VI, T200A, E204D, Q207X, R211K, F214L K73KR, Y127YD, V148VA, D218DA 
  clone: A01 AZT, 3TC EFV M184V K103N V8A, K20R, M41T, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  clone: A02 AZT, 3TC EFV M184V K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  clone: A06 AZT, 3TC EFV M184V K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, V189I, T200A, E204D, Q207G, R211K, F214L D218A 
  clone: A08 AZT, 3TC EFV M184V K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L  
  clone: A09 AZT, 3TC EFV M184V K103N K20R, V118I, K122E, D123N, S162A, E169D, T200A, E204D, Q207E, R211K, F214L K73R, Y127D, V148A 
LB5-P170 P170-24
Consensus 
AZT, 3TC EFV M41ML, D67DG, M184VA K103N K11R, R72RG, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: F01 AZT, 3TC EFV M184V K103N K11R, R72G, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: F02 AZT, 3TC EFV M41L, M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: F03 AZT, 3TC EFV M41L, M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: F04 AZT, 3TC EFV M41L K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K M184A 
  clone: F05 AZT, 3TC EFV M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: F06 AZT, 3TC EFV M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: F07 AZT, 3TC EFV M41L, D67G, M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: F08 AZT, 3TC EFV M41L, M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  P170-33
Consensus 
AZT, 3TC EFV M41ML, K70KR, M184V K103N K11KR, M16MV, S48SP, K101KQ, K102KE, V118VA, K122KR, I135L, I178M, T200E, R211K Y127YC, F160FL, I180IN, H208HR 
  clone: G01 AZT, 3TC EFV M41L, M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: G02 AZT, 3TC EFV M41L, M184V K103N K11R, K102E, I135L, I178M, T200E, R211K I180N 
  clone: G03 AZT, 3TC EFV M184V K103N V118A, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: G04 AZT, 3TC EFV M184V K103N K11R, S48P, K122R, I135L, I178M, T200E, R211K H208R 
  clone: G05 AZT, 3TC EFV K70R, M184V K103N K11R, K101Q, I135L, I178M, T200E, R211K F160L 
  clone: G06 AZT, 3TC EFV M184V K103N K11R, I135L, I178M, T200E, R211K Y127C 
  clone: G08 AZT, 3TC EFV M184V K103N K11R, M16V, I135L, I178M, T200E, R211K  
  P170-60
Consensus 
AZT, 3TC EFV K65KE K103N, P225H K11R, I135L, K166KR, I178M, T200E, R211K T131TA 
  clone: H03 AZT, 3TC EFV  K103N, P225H K11R, I135L, K166R, I178M, T200E, R211K T131A 
  clone: H10 AZT, 3TC EFV K65E K103N, P225H K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
  clone: H12 AZT, 3TC EFV  K103N, P225H K11R, I135L, I178M, T200E, R211K  
LB5-P171 P171-0
Consensus 
None None   K43KE, G51GW, E79EK, D86DE, F87FL, V90VI, K102KR, D123E, I142IV, G196GE, I202IV, E204EQ, Q207X, R211RK C38CR, G112GD 
  clone: C02 None None   V90I, D123E, I142V, E204Q, Q207A  
  clone: C03 None None   D86E, D123E, I202V, Q207A, R211K  
  clone: C04 None None   D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K  
  clone: C05 None None   G51W, D86E, D123E, I202V, Q207A, R211K  
  clone: C06 None None   K43E, E79K, D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K G112D 
  clone: C07 None None   F87L, K102R, D123E, G196E, E204Q, Q207E C38R 
  clone: C08 None None   D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207N, R211K  
  clone: C09 None None   D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K  
  P171-16
Consensus 
AZT, 3TC EFV   V10VA, V35VI, D86DE, D123E, Q151QR, G196E, T200TA, I202IV, E204Q, Q207X, R211RK, L228LH K64KE, K66KI 
  clone: F02 AZT, 3TC EFV   D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K K64E 
  clone: F03 AZT, 3TC EFV   D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K  
  clone: F04 AZT, 3TC EFV   D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K  
  clone: F05 AZT, 3TC EFV   D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K, L228H  
  clone: F06 AZT, 3TC EFV   V10A, D86E, D123E, G196E, I202V, E204Q, Q207A  
  clone: F07 AZT, 3TC EFV   D86E, D123E, Q151R, G196E, E204Q, Q207A  
  clone: F09 AZT, 3TC EFV   V35I, D86E, D123E, G196E, T200A, E204Q, Q207D, R211K K66I 
  clone: F11 AZT, 3TC EFV   D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207D, R211K  
  P171-54
Consensus 
AZT, 3TC EFV M184V  D86E, K102KR, D123X, G196E, E204Q, Q207A  
  clone: C06 AZT, 3TC EFV M184V  D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207A  
  clone: C09 AZT, 3TC EFV M184V  D86E, K102R, D123K, G196E, E204Q, Q207A  
  clone: C12 AZT, 3TC EFV M184V  D86E, D123E, G196E, E204Q, Q207A  
LB5-P172 P172-0
Consensus 
None None   K43KR, V60I, I135V, I178IM, I202IM, Q207E, R211K L34LS, H96HR, N136ND 
  clone: E01 None None   V60I, I135V, Q207E, R211K H96R 
  clone: E03 None None   V60I, I135V, I178M, Q207E, R211K  
  clone: E04 None None   V60I, I135V, I178M, Q207E, R211K  
  clone: E05 None None   V60I, I135V, I202M, Q207E, R211K L34S, N136D 
  clone: E09 None None   K43R, V60I, I135V, I178M, Q207E, R211K  
  P172-12
Consensus 
AZT, 3TC EFV  F227FL D17DG, E44EK, G45GE, S48SP, V60I, F87FL, I135V, I178IM, T200TA, Q207E, R211K, K220KE L12LS 
  clone: G02 AZT, 3TC EFV   V60I, I135V, T200A, Q207E, R211K  
  clone: G03 AZT, 3TC EFV   G45E, S48P, V60I, F87L, I135V, Q207E, R211K  
  clone: G04 AZT, 3TC EFV   V60I, I135V, Q207E, R211K L12S 
  clone: G05 AZT, 3TC EFV   D17G, V60I, I135V, I178M, Q207E, R211K, K220E  
  clone: G07 AZT, 3TC EFV   V60I, I135V, Q207E, R211K  
  clone: G08 AZT, 3TC EFV  F227L E44K, V60I, I135V, Q207E, R211K