Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Derache (2015)
Title HIV drug resistance mutations in proviral DNA from a community treatment program.
Citation PLoS One
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 123
NumPts 83
Subtype B

 

  Page 1 of 2    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 123 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
PARC10010 PARC10010-DNA-BL RTI RTI   V8VI, K20R, V60I, R211KQ, F214L  
  PARC10010-RNA-W24 RTI RTI   K20R, V60I, K103R, R211Q, F214L  
  PARC10010-RNA-W96 RTI RTI   V60I, R211Q, F214L  
PARC10011 PARC10011-DNA-BL RTI RTI   E6D, G45R, K49R, A98S, K122E, I135T, E169D, T200I, S251Q  
PARC10014 PARC10014-RNA-BL RTI RTI D67N, K70R, L74I, M184V, T215F, K219Q  E6EK, K20KR, T69E, K101Q, V118I, K122E, S162C, V179I, T200A, Q207E, F214L, L228H, V261VG, I293V, E297A  
  PARC10014-DNA-BL RTI RTI D67N, M184MV, T215F, K219Q  K20KR, T69E, K70X, K101Q, V118I, K122E, S162C, V179I, T200A, Q207E, R211RK, F214L, E291EK, E297A, E298EK I293FV 
PARC10016 PARC10016-DNA-BL RTI RTI   K20KR, R72RK, S162A, K173E, T200TA  
PARC10017 PARC10017-DNA-BL RTI RTI   E6D, R83RK, K102Q, I142IT, S162A, Q207AE, R211K, E248EQ  
  PARC10017-RNA-W24 RTI RTI   E6D, R83K, K102Q, T139K, S162A, T200A, Q207A, R211K, A272P, K277R, I293V  
  PARC10017-RNA-W48 RTI RTI K65KR, M184MV K103N, V108VI, M230ML E6D, K102Q, I142IT, S162A, Y188X, T200TA, Q207A, R211K, E248Q, A272P, V292I, I293V, E297EA  
PARC10018 PARC10018-DNA-BL RTI RTI   K122KI, I135V, V245M  
  PARC10018-RNA-W48 RTI RTI K70KR  E44EK, G45GE, I135V, I178IM, Q207QE, V245K, G262GE, I293V  
PARC10019 PARC10019-DNA-BL RTI RTI   V35M, K64R, D86E, K122E, I135T, S162Y, G196E, T200I, R211K, I257L  
PARC10020 PARC10020-DNA-BL RTI RTI D67DN, K70KR, K219KQ  P9PS, D123E, Q174K, D177E, I178M, I180IV, Q207E, R211K, T215X, V245K, A272P, A288S, I293V  
  PARC10020-RNA-BL RTI RTI M41L, D67N, K70R, M184V, T215F, K219Q  V35ILM, K43N, E44ED, T69X, D123E, I167V, Q174K, N175NY, D177E, I178IM, G196E, Q207E, H208Y, R211K, L228H, V245K, A272P, A288S, I293V  
  PARC10020-RNA-W24 RTI RTI M41ML, D67N, T69D, K70R, M184V, T215F, K219KQ  V35VL, K43KN, K122KE, D123DE, I167IV, Q174QEK, N175Y, D177E, G196E, Q207E, H208Y, R211K, L228H, V245K, A272P, A288S, I293V G285GRS 
  PARC10020-RNA-W48 RTI RTI M41L, D67N, T69D, K70R, M184V, T215F, K219Q  V35L, K43N, E44D, D123E, I167V, Q174K, N175Y, D177E, G196E, E203EK, Q207E, H208Y, R211K, L228H, V245K, A272P, A288S, I293V  
  PARC10020-RNA-W72 RTI RTI M41L, D67N, T69D, K70R, V75VIM, M184V, T215F, K219Q  V35L, K43N, E44D, D123E, I167IV, Q174K, N175NY, D177E, G196E, E203EK, Q207E, H208Y, L210LF, R211K, L228H, V245K, A272P, A288S, I293V  
PARC10022 PARC10022-DNA-BL RTI RTI  K103N D123N, E169D, R211K, E248N D237DG 
PARC10025 PARC10025-DNA-BL RTI RTI   A98AS, I135V, K173KE, T200A, V245VM  
PARC10028 PARC10028-DNA-BL RTI RTI  V108VI K32R, G196E, Q207H, R211K, T286A, I293V, T296S, E297R  
  PARC10028-RNA-BL RTI RTI  V108I K32R, G196E, Q207H, R211K, V261VG, T286A, I293V, T296S, E297R  
PARC10029 PARC10029-DNA-BL RTI RTI   E6D, K43KR, I135V, I180V, L210F  
PARC10030 PARC10030-DNA-BL RTI RTI   K49R, S162A, T200A  
PARC10033 PARC10033-DNA-BL RTI RTI M184MV G190GA E28EK, E36EK, T69X, A98S, K102Q, I135T, K166R, K173Q, T200AE, R211K, V245VE  
  PARC10033-RNA-W48 RTI RTI   A98S, K102Q, K103KR, I135T, K166R, K173Q, T200TA, R211K, V245VE, A272S, K277R, T286TA, P294Q  
  PARC10033-RNA-W72 RTI RTI   A98S, K102Q, K103R, I135T, K166R, K173Q, T200A, R211K, V245E, A272S, K277R, P294Q P97PS 
PARC10036 PARC10036-RNA-BL RTI RTI   K20R, D86DE, E169D, Q207QK, R211RK, F214L, Q278E, T286A, E291D  
  PARC10036-DNA-BL RTI RTI   K20R, D86DE, E169D, Q207QK, R211RG, F214L, G262GE, Q278E, T286A, E291D  
PARC10040 PARC10040-DNA-BL RTI RTI M41L, L210W, T215Y  E44D, I50IV, Q207E  
PARC10041 PARC10041-RNA-BL RTI RTI T215IL  E6D, T39A, K102H, I135T, I142V, S162Y, T200TI, R211X, V245KM, I293V, E297K  
  PARC10041-DNA-BL RTI RTI   E6D, K102HQ, I135IT, I142V, S162Y, E169ED, T200TI, R211X, T215X, V245VM, I293V, E297K  
PARC10042 PARC10042-DNA-BL RTI RTI K219Q  T39A, R83K, K122E, I135T, S163T, T165I, E169D, I202V, F214L  
PARC10043 PARC10043-DNA-BL RTI RTI A62V, D67N K103S, V106M K122P, I135T, D177N, F214L, S251I  
PARC10044 PARC10044-DNA-BL RTI RTI   T39A, R83K, I135IT, R211RK, F214FL, S251SI  
PARC10045 PARC10045-DNA-BL RTI RTI   I142V, G196E, Q197K, V245M  
PARC10047 PARC10047-DNA-BL RTI RTI  V179D K102G, K104R, V118I, K122E, D177E, G196E, Q207H, R211I, F214L, E248D, A272P, L283I, T286A, I293V, T296S, E297R  
  PARC10047-RNA-BL RTI RTI  V179D K102G, K104R, V118I, K122E, D177E, G196E, Q207H, R211I, F214L, E248D, A272P, L283I, T286A, I293V, T296S, E297R  
PARC10049 PARC10049-DNA-BL RTI RTI   K122E, I135T, I142IV, S162SC, E194ED, G196E, R211RT, V245E  
PARC10050 PARC10050-DNA-BL RTI RTI   K122Q, I135T, T165I, E169D, I202V, Q207E, R211K, F214L  
PARC10051 PARC10051-RNA-BL RTI RTI   E53D, V60I, D121Y, K122E, D177E, G196E, T200S, R211K, A272P, T286A, E297K  
  PARC10051-DNA-BL RTI RTI   K20KR, E53D, V60I, D121Y, K122E, D177E, G196E, T200S, R211K, A272P, T286A, E297K  
PARC10052 PARC10052-DNA-BL RTI RTI M41L, L210W, T215DY  V35VIM, D121Y, K122KE, I178IL, R211K, I244IV, V245M  
PARC10054 PARC10054-DNA-BL RTI RTI M184MV Y181YC, G190GA E36ED, D86DN, T139TA, I142IT, S162SC, I178M, V179I, D186DN, T200TA, R211A  
PARC10056 PARC10056-DNA-BL RTI RTI M41ML, D67DN, M184V, L210LW A98AG, K103N V35VI, K43Q, E44ED, V118VI, K122E, D123NS, I135L, S162C, D177DN, I178L, V189I, Q207QK, R211RK, T215X, P243S, V245E, A272AP, K277R, R284RK, T286A, I293V, E297K V111VIM 
  PARC10056-RNA-BL RTI RTI M41L, A62AV, D67N, M184V, L210W, T215Y A98G, K103N V35I, K43EQ, E44D, V111I, V118I, K122E, I135L, I142IV, S162C, D177N, I178L, V189I, Q207EK, H208Y, R211K, P243S, V245E, A272P, K277R, T286A, I293V, E297K  
PARC10059 PARC10059-DNA-BL RTI RTI M41L, T215S  D123E, G196E, R211K, V245M  
  PARC10059-RNA-W48 RTI RTI M41L, T215S  K13R, V60I, D123E, G196E, R211K, K238R, K249Q, S251I, A272S, K281R, I293V, E297K  
  PARC10059-RNA-W72 RTI RTI M41L, T215S  V60I, D123E, G196E, R211K, S251I, A272S, K281R, E297K F87V 
PARC10060 PARC10060-DNA-BL RTI RTI   V35T, T39A, K122E, D123N, I135T, S162C, R211Q  
PARC10061 PARC10061-RNA-BL RTI RTI   T39TS, K49R, D86E, E169D, D177DE, I178M, R211Q, F214FL, A272P, E297AV  
  PARC10061-DNA-BL RTI RTI   K49R, D86E, E169D, I178M, R211Q, F214FL, A272P, T286TP, E297V  
PARC10062 PARC10062-DNA-BL RTI RTI D67DN, K70KR, K219KQ  V35X, T39TA, V90VI, K122E, D123N, D177E, I178LV, I202V, H208HY, R211RK, T215X, V245VM  
PARC10063 PARC10063-DNA-BL RTI RTI   K122E, T200I, R211K  
PARC10064 PARC10064-RNA-BL RTI RTI M184MV K103KN, E138EK K122KE, D123DE, S162SC, T200TA, F214FL, T253TN, A272P, K277KR, K287KR, A288AS  
  PARC10064-DNA-BL RTI RTI  K103N D123E, S162C, T200A, A288S, T296S  
PARC10065 PARC10065-DNA-BL RTI RTI  E138A K20R, I135T, K166R, F214L, V245M  
PARC10067 PARC10067-DNA-BL RTI RTI   V35VI, R83K, D123DE, T200TA, R211KQ, V245M  
PARC10068 PARC10068-DNA-BL RTI RTI   K122E, A158S, R211G, F214L  
PARC10069 PARC10069-DNA-BL RTI RTI T215D  K20R, V60I, V118I, D123E, I132V, I135V, Q207E, R211K, F214L  
  PARC10069-RNA-W24 RTI RTI T215D  K20R, V60I, V118I, D123E, I132V, I135V, Q207E, R211K, F214L, A272S, I293V, E297M  
PARC10070 PARC10070-DNA-BL RTI RTI   Q174S, R211K, F214L  
PARC10071 PARC10071-DNA-BL RTI RTI M184V  E6D, D121H, I135T, S162C, D177E, I178M, G196E, V245K  
PARC10072 PARC10072-DNA-BL RTI RTI  V106I K122E, K173KQ, R211RK, E248D  
PARC10073 PARC10073-DNA-BL RTI RTI   D121Y, D177N, R211K, V245E, K249R  
PARC10075 PARC10075-DNA-BL RTI RTI  V106I K20R, V60I, V118I, D177E, T200A, L210M, F214L  
  PARC10075-RNA-W48 RTI RTI  V106I K20R, V60I, V118I, D177E, T200TA, L210M, R211RK, F214L, A272P, I293IV  
PARC10077 PARC10077-DNA-BL RTI RTI  V179D K102Q, K103R, D123E, Q207D, R211K  
PARC10079 PARC10079-DNA-BL RTI RTI   K102Q, Q207A, R211K, V245M  
PARC10082 PARC10082-DNA-BL RTI RTI  K103KN, K238T K20R, V35VI, V60I, I135V, T165I, G196X, Q197E, T200TA, R211K, F214L, L228LIM  
  PARC10082-RNA-W48 RTI RTI  K103KN, K238KT K20R, K30KE, V60I, I135V, T165I, G196X, Q197E, T200TA, R211K, F214L, L228M, K277R  
PARC10083 PARC10083-DNA-BL RTI RTI   R83K, D123E  
PARC10085 PARC10085-RNA-BL RTI RTI   E6D, T39N, D123E, S162C, D177E, V189I, A272P, K277R, T286A, I293IV  
  PARC10085-DNA-BL RTI RTI   E6D, T39N, D123E, S162C, D177E, V189I, A272P, K277R, T286A, I293IV  
PARC10086 PARC10086-DNA-BL RTI RTI   K104N, D121H, K122E, I135T, S162C, T200A, R211K  
PARC10087 PARC10087-DNA-BL RTI RTI  M230MI E6D, K20R, D121H, K122E, I135T, G141R, S162SC, D177E, G196E, T200TA, V245T W229W*, E248EG 
PARC10088 PARC10088-DNA-BL RTI RTI   R211S, V245Q  
PARC10090 PARC10090-DNA-BL RTI RTI   V60I, K122KE, D123DE, I135IT, I142IV, S162X, K173KE, D177DE, T200TA, Q207QE, F214FL, V245X  
  PARC10090-RNA-W48 RTI RTI   V35VI, V60VI, K64KR, T69X, D123E, I135T, I142V, S162A, K173E, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K277R, I293IV, T296TS, E297A  
PARC10091 PARC10091-DNA-BL RTI RTI   K20R, V60I, S68G, T69N, D86E, W88C, V90I, D121H, K122E, I135T, R211K H221HR 
PARC10092 PARC10092-DNA-BL RTI RTI D67DG  V35T, K122P, D177E, T200I, R211K, P243T, V245E  
PARC20007 PARC20007-DNA-BL RTI RTI   E6D, G99GR, D121DY, K122KT, G155GR, A158AS, I159IV, I178M, G190GR, V245K W212W* 
PARC20012 PARC20012-RNA-BL RTI RTI M41L, M184V, L210LW, T215Y  T39A, K122E, I135V, I142T, Q174R, Q207E, R211K, F214L, A272P, R284K, I293V, E297A  
  PARC20012-DNA-BL RTI RTI M41L, M184V, T215Y  K122E, D123G, I135V, I142T, Q174R, Q207E, R211K, F214L, A272P, R284K, I293V, E297A  
PARC20013 PARC20013-RNA-BL RTI RTI   K102Q, D123E, S162C, E169D, G196E, T200A, R211A, S251T, A272S, T286A, A288S, I293IV  
  PARC20013-DNA-BL RTI RTI   K102Q, D123E, S162C, E169D, G196E, T200A, R211A, S251T, A272S, T286A, A288S, I293IV  
PARC20014 PARC20014-DNA-BL RTI RTI   R72RG, S162C, F171FY, Q174X, D177DE, Q207E, R211RK, V254VI  
  PARC20014-RNA-W48 RTI RTI   S162C, F171Y, Q174E, Q207E, A272P, K277R, T286A, E297K  
PARC20016 PARC20016-DNA-BL RTI RTI   V60I, S68G, T69TN, R83RK, I135T, F171Y, D177E, T200I  
PARC20017 PARC20017-DNA-BL RTI RTI   E6D, G45GR, D123E, E169EK, K173Q, Q174K, D177E, I244V  
PARC20020 PARC20020-RNA-BL RTI RTI   K122P, S162C, D177E, V189I, I195L, Q207E, V245T, A272S, V276I, K277R, T286A, E297K  
  PARC20020-DNA-BL RTI RTI   K122P, S162C, D177E, V189I, I195L, Q207E, V245T, A272S, V276I, K277R, T286A, E297K  
PARC20021 PARC20021-DNA-BL RTI RTI   R83K, S162D, K173R, I178V, T200I, V245M  
PARC20023 PARC20023-DNA-BL RTI RTI   R83K, D123E, T200A, Q207E  
PARC30001 PARC30001-DNA-BL RTI RTI   K20R, V35I, R83K, A98S, K122E, I135T, E169D, T200A, Q207E, R211K, V245E, I293V  
  PARC30001-RNA-BL RTI RTI   K20R, V35I, R83K, A98S, K122E, I135T, E169D, T200A, Q207E, R211K, V245E, I293V  
PARC30002 PARC30002-DNA-BL RTI RTI   K20R, I135T, T200I, R211K  
PARC30007 PARC30007-DNA-BL RTI RTI   K20R, V60I, V118VI, D123DE, D177E, G196E, R211RK, F214L, E248D, A272P, K277R, T286A  
  PARC30007-RNA-BL RTI RTI   K20R, V60I, V118VI, D123DE, D177E, G196E, R211K, F214L, E248D, A272P, K277R, T286A  
PARC30009 PARC30009-DNA-BL RTI RTI   D123E, I135IT, S162SC, T200E, E204V