Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Maruapula (2020)
Title Use of a mutation-specific genotyping method to assess for HIV-1 drug resistance in antiretroviral-naive HIV-1 Subtype C-infected patients in Botswana.
Citation Direct Genbank Submission
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 94
NumPts 94
Subtype C

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
DM1 DM1 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K173X, Q174QK, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, S251D, A272P  
DM10 DM10 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123N, E169K, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245N, A272P  
DM100 DM100 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, I135T, K173M, Q174K, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248N, A272P  
DM101 DM101 None None   V35T, T39D, S48T, V118VI, K122KE, D123E, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250A, A272P  
DM102 DM102 None None   V35T, E36A, T39E, S48E, E169D, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211K, V245Q, D250E, S251D  
DM103 DM103 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, I135V, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, D250E  
DM11 DM11 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173T, D177E, I178M, Q207X, R211RK, V245Q, E248D  
DM12 DM12 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123N, I135T, K173A, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, A272P  
DM13 DM13 None None   V21I, V35T, E36V, T39E, S48T, K122E, S162C, K173R, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K  
DM14 DM14 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, D123E, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211K, P243T, V245Q, S251D, A272P  
DM15 DM15 None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, S162H, K173T, D177E, Q197K, T200A, R211K, P243T, V245Q, E248T, A272P  
DM16 DM16 None None  K103N, E138A V35T, T39E, S48T, K122E, D123S, T139A, T165L, K173T, G196E, T200A, E204K, Q207E, F214L, A272P I244T 
DM17 DM17 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, G196KR, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E  
DM18 DM18 None None   K11Q, V35T, T39E, K43R, S48T, V60I, D123N, I135R, K173A, D177E, I178L, T200A, I202V, E204Q, Q207E, R211K, D250E, S251D, A272P  
DM2 DM2 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123N, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207DE, R211K, V245Q, E248D, D250E, S251D, A272P  
DM20 DM20 None None   P4S, V35T, T39A, D123E, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, K238R, V245K  
DM22 DM22 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K102Q, K122E, D123S, I135IV, T139X, K173AT, D177E, T200A, Q207K, R211K, V245Q, A272S  
DM23 DM23 None None  E138A P4S, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, V118I, K122E, D123N, A158S, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K, F214L  
DM24 DM24 None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, A98S, K122E, D123S, K173A, D177E, T200A, K201T, E204K, Q207D, R211K, V245Q, A272P  
DM25 DM25 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, A98S, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, I178V, G196K, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272Q  
DM26 DM26 None None   V35T, T39E, E44K, S48T, K102R, K122E, I142S, S162A, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, D250E, S251D, A272P A129P 
DM27 DM27 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123N, I135V, S162C, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K, P243H, V245Q  
DM28 DM28 None None  E138A V8I, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K64R, K122E, I142V, S162N, Q174K, G196E, T200A, Q207D, R211K, V245Q  
DM3 DM3 None None  K103N, E138A V35T, E36A, T39D, W88C, K173IT, Q174EK, T200A, Q207E, R211K, F214L  
DM30 DM30 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, A158S, K173A, Q174K, D177E, G196T, T200A, E204D, Q207E, R211K, V245Q, A272P  
DM31 DM31 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P  
DM32 DM32 None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48E, K122E, D123G, E169K, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272S  
DM33 DM33 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173T, D177E, T200A, Q207N, R211K, I244M, V245Q, E248N, D250E  
DM34 DM34 None None  E138A E6Q, K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, W88C, K104R, K122E, D123N, I135T, S162C, K173A, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, D250E, L260LI  
DM36 DM36 None None  G190A V35M, E36A, T39E, S48T, K104KR, K122E, D123S, S162G, K173T, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245Q, D250E, A272P  
DM37 DM37 None None   E6D, V8VI, V21I, V35K, T39E, S48T, V60I, K102Q, K122E, D123N, K173A, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
DM39 DM39 None None   V35K, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245E  
DM4 DM4 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
DM40 DM40 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, I142V, K166R, K173A, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207D, R211K, V245Q, A272P F130S 
DM41 DM41 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272K  
DM42 DM42 None None   V35T, T39K, K43Q, S48T, K122E, D123N, K166R, K173A, D177E, T200A, K201KR, Q207X, R211K, I244IV, V245Q, D250E, S251DN, A272P  
DM43 DM43 None None   V35K, E36A, T39E, S48T, W88WS, K122E, D123N, K173A, D177E, T200A, E204K, Q207E, F214L, V245Q, K249KQ  
DM44 DM44 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K104KR, K122E, D123S, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, V245I, D250E  
DM45 DM45 None None   K22R, V35T, T39E, S48T, K49KR, K122E, D123N, I135V, A158S, T165I, K173T, Q174G, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245K, D250E, A272Q  
DM46 DM46 None None   K11R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173T, D177E, T200A, Q207K, R211A, V245Q, D250E  
DM47 DM47 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, E248D, S251C, A272P  
DM48 DM48 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K173A, Q174K, D177E, I195K, T200A, I202V, Q207G, R211K, P243H, V245Q, D250E, A272P, I274IV  
DM49 DM49 None None M41ML K103N K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, D177G, T200A, Q207D, R211K, V245Q, E248T, A272P  
DM5 DM5 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, T165I, K173A, D177E, T200A, I202V, Q207D, R211K, V245Q, E248D, D250E, A272P  
DM50 DM50 None None   V8I, K20KR, V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123G, T139A, K173A, D177E, T200A, Q207T, R211K, V245K, E248D, D250E, A272Q  
DM51 DM51 None None   P4T, V35T, T39N, E40D, S48T, V60I, K122KE, D123E, K173T, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P  
DM52 DM52 None None   P9PS, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162A, K166R, K173T, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245Q, A272P  
DM53 DM53 None None   P4S, V35T, T39K, K104R, S105A, K122E, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P S48K 
DM54 DM54 None None  E138A V35T, T39E, S48T, K122E, I135T, S162C, K173A, D177E, T200A, I202IV, Q207EK, V245KT, A272K  
DM55 DM55 None None   V35T, E36L, T39E, S48T, K66R, K122E, D123E, I135T, S162SC, K173A, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
DM56 DM56 None None   V35T, E36L, T39E, S48T, K122E, D123E, I135T, S162SC, K173A, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
DM57 DM57 None None  E138A E6RT, V35T, T39E, S48T, K122E, D123E, I135T, I142T, S162C, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K, V245E  
DM58 DM58 None None  V179VD V35T, E36L, T39E, S48T, K122E, D123N, I135IV, I142V, A158AS, E169K, K173E, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245EK, D250E, S251H  
DM6 DM6 None None   P4PS, E6EK, V35IT, E36A, T39D, S48T, K166KR, K173A, D177E, T200A, Q207K, R211K, V245Q, E248DN, D250E, A272P  
DM61 DM61 None None   K20R, V21I, V35K, T39E, V60I, K104R, K173T, Q174R, D177E, I178M, V179I, G196GE, T200A, E204ED, Q207X, R211K, V245Q, A272S  
DM62 DM62 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60VI, D123KN, I135IM, A158AS, S163T, T165TI, K166KR, K173A, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245K, A272P K122EG, N137ND 
DM63 DM63 None None   V8I, K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, D177E, T200A, Q207D, V245Q, A272P  
DM64 DM64 None None   S48T, K104R, K122E, D123N, A158S, K173A, D177E, I178LM, V179VI, T200A, I202IV, E204K, Q207D, R211K, V245Q, D250E, A272P  
DM65 DM65 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123E, K173A, N175H, D177E, I178V, T200A, K201T, E204K, Q207D, R211K, V245K, D250E, A272P T253TP 
DM66 DM66 None None  E138A E6K, V35T, T39E, S48T, I50V, V118I, K122E, K173T, T200A, E204ED, Q207X, R211K, F214L, V245Q, D250E, A272P  
DM67 DM67 None None   V35T, T39K, S48T, K122E, D123S, S162C, E169A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, A272P, I274V  
DM68 DM68 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, Q174R, D177E, G196V, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, I274V  
DM69 DM69 None None  E138A E28A, V35T, E40D, V60I, V118I, K122E, D123N, T139A, T165I, K173A, Q174K, T200A, Q207EG, R211K, F214L, A272P  
DM7 DM7 None None   V35T, E36EA, T39E, S48T, K122E, D123G, E169K, K173E, D177E, T200A, Q207E, R211K, V241I, V245Q, A272P  
DM70 DM70 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245T, E248N, S251I, A272S  
DM71 DM71 None None   E6K, V35T, E36A, T39E, S48T, V118I, K122E, D123S, I135T, T165I, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, E204A, Q207E, F214L, V245Q, A272P  
DM72 DM72 None None   V35T, T39A, S48T, K122E, D123S, I135R, S162C, K173T, Q174K, T200A, K201R, Q207K, R211K, V245Q, E248D, A272P  
DM73 DM73 None None   K20R, V35T, E36AT, T39E, S48T, V60I, K122E, K173A, Q174QR, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P  
DM74 DM74 None None   V35K, T39N, V60I, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207G, R211K  
DM75 DM75 None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, I135T, T139AV, S162C, K173T, Q174K, T200A, Q207D, R211K, F214L, A272S  
DM76 DM76 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123E, A158S, S162CG, S163T, T165I, K173S, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P  
DM77 DM77 None None  A98G V35I, T39E, S48E, V60I, K122E, D123G, I135T, I142T, K173A, Q174K, G196E, T200A, Q207A, R211K, V245K, A272S  
DM78 DM78 None None   V35T, E36EA, T39E, S48T, K122E, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272S  
DM79 DM79 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, K122E, D123DN, G155GR, E169AT, K173A, Q174K, P176Q, D177E, D192E, L193LF, E194K, T200A, Q207EK, R211K, F214L, V245Q, A272P V111VIM, S156P, I167IN, L168LF, N175K, D185E, S191SFL 
DM8 DM8 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, A272P  
DM80 DM80 None None   E6K, K11KN, K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, I135K, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207T, R211Q, V245H, A272P, I274V  
DM81 DM81 None None   V35T, T39N, S48T, V60I, K122E, D123DG, S162F, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211Q, V245Q, E248D, A272P  
DM82 DM82 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162A, K173I, Q174K, D177E, I178V, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
DM84 DM84 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, K173T, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207D, R211K, V245Q, I257V, A272P  
DM85 DM85 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173T, Q174K, T200A, Q207G, R211K, V245Q, D250E, S251D, A272P  
DM86 DM86 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, I135T, K173A, D177E, T200A, E204K, Q207D, R211K, P243T, V245Q, E248T, A272P  
DM87 DM87 None None   V35T, T39N, S48T, V60I, K64N, K102Q, K122E, D123S, E138S, S162C, K173A, Q174KR, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P  
DM88 DM88 None None   V35K, E36A, T39DE, S48T, I50IN, K122E, D123N, K173T, Q174K, D177G, G196E, T200A, Q207X, R211RK, V245Q, A272P V10VE, K32L 
DM89 DM89 None None  E138A V35T, T39E, S48T, S68G, K122E, D123N, T139A, K173T, D177E, I178M, T200A, I202V, Q207D, R211K, V245Q, K249Q, D250E, S251E, A272P, G273R I31IK 
DM9 DM9 None None   P4S, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, I142V, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q  
DM90 DM90 None None  E138A V35T, T39E, S48T, S68G, K122E, D123N, T139A, K173T, D177E, I178M, T200A, I202V, Q207D, R211K, V245Q, K249Q, D250E, S251E, A272P, G273R  
DM91 DM91 None None  E138A K20R, E28A, K32E, V35T, E36A, T39E, D86E, W88C, K122E, I135T, K166R, K173I, Q174K, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, E248D  
DM92 DM92 None None  E138A K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173T, D177G, T200E, Q207T, R211K, V245L, D250E  
DM93 DM93 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122Q, N136X, K173V, D177E, T200A, R211K, V245Q, D250DN, A272P V118VF 
DM94 DM94 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60I, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, I178L, Q207D, R211K, V245K, K249Q, A272P, G273R  
DM96 DM96 None None   V8I, V10I, K20R, E28ED, V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, A158S, E169K, K173A, D177E, T200A, Q207D, R211K, D237E, P243T, V245Q, D250E, N255K, V261I I31K, K49S, N81K, V106E, I202K 
DM97 DM97 None None   V35T, T39E, S48T, V90I, V118I, K122E, D123NS, T165TI, K173T, Q174K, T200A, Q207K, R211K, F214L, D250DE  
DM98 DM98 None None   K20R, V35T, E36A, T39K, K43E, S48T, V60I, K122E, D123S, T165I, K173V, Q174R, D177E, I178L, T200A, R211K, F214L, V245Q, E248N, A272P  
DM99 DM99 None None  V179VD V35T, T39EG, S48T, V60I, V118I, K122E, D123N, T139A, K173KT, Q174H, G196E, Q197K, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245M, E248D, D250E, A272P