Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Perez-Parra (2017)
Title High prevalence and diversity of HIV-1 non-B genetic forms due to immigration in southern Spain: A phylogeographic approach.
Citation PLoS One
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 142
NumPts 142
Subtype CRF02_AG, A, G, F, C, CRF06_cpx, A + CRF02_AG, CRF01_AE, CRF43_02G

 
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Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 142 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
100101550 100101550 None None   T39N, E40D, K49KR, V60I, K122E, D123S, I135V, K173T, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200A, Q207E, R211K  
100403512 100403512 None None   T39K, K43E, K102Q, K122E, D123DG, I142V, S162Y, F171Y, K173X, D177E, V179I, T200A, I202IV, Q207A, R211RK  
100501395 100501395 None None   V60I, A98S, K122P, D123S, I135T, K173AT, Q174K, D177E, I178IM, T200A, Q207K, R211S  
10085735 10085735 None None   V60I, I135V, S162A, K173IT, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, P243T  
102001415 102001415 None None   T39D, S48T, V60I, K122E, S162A, K173A, Q174QK, D177E, T200A, Q207E, R211K  
102001712 102001712 None None   T39TA, K122E, I135V, I142V, S162SC, K173A, Q174K, T200A, Q207E, R211K  
102401475 102401475 None None   K102Q, D121H, K122E, T139TM, S162A, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
102601400 102601400 None None   T39A, K122R, I135V, S162A, K173T, Q174E, D177E, I178IM, T200A, Q207E  
103102015 103102015 None None   E40D, K43R, V60VI, A98S, K122E, D123S, I135T, R211RK  
10430036 10430036 None None   T39E, S48T, K122E, D123S, I135T, K166R, K173T, D177E, I195M, T200A, I202IV, Q207E, R211K, F214L Q197C 
110570046 110570046 None None   T39N, K122E, D123S, A158S, K173A, Q174K, Q207P, R211N R206E 
110600192 110600192 None None  V179E V60I, K122E, D123E, Q174E, D177E, I178M, I195L, T200A, Q207E, R211K  
110802219 110802219 None None   V60I, A98S, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178V, V179I, G196E, T200A, Q207E, R211K, F214L  
111309051 111309051 None None   T39R, V60VI, S68G, T69TN, K102KQ, K122E, D123NS, K173S, Q174K, D177E, Q207A, R211S P225A 
111702092 111702092 None None A62V  T39K, K122E, D123NS, A158S, K173L, Q174K, D177E, T200TI, Q207A, R211S  
11201648 11201648 None None   T39K, K43KE, V60I, S68G, K101R, D121Y, K122E, D123G, A158AS, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211RS, I244V  
112101403 112101403 None None A62V  T39K, K43E, K82R, K102Q, K122E, D123N, S162H, K173L, D177DE, V179I, T200A, Q207A, R211K, P243A  
113017139 113017139 None None   D123E, S162A, F171FY, K173AT, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
11901347 11901347 None None  E138A T39L, A98S, I135V, S162C, K173A, Q174K, D177DE, V179I, T200IV, R206RK, R211K  
11903479 11903479 None None  E138A T39L, A98S, I135V, S162C, K173A, Q174K, D177DE, V179I, T200IV, R206RK, R211K  
120201718 120201718 None None   T39N, K49R, I50V, V118I, K122E, D123S, A158S, K173A, Q174K, Q207A, R211K  
120301562 120301562 None None   V60I, K102Q, I135V, S162A, K173Q, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L  
120501406 120501406 None None   K43KR, K49KR, V60I, A98S, K122E, D123N, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177EG, I178IM, T200A, Q207E  
121007081 121007081 None None   V60I, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207EK, R211S  
21600814 21600814 None None A62V  T39K, K122E, D123S, I135T, A158S, K166R, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
22380082 22380082 None None   T39N, K64R, K122E, D123S, I135L, T139K, I142T, K173S, Q174K, I195V, T200I, Q207A, R211N  
22401740 22401740 None None   V60VI, A98S, K122A, K173T, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211S  
225021843 225021843 None None   V90I, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178V, T200A, Q207E, R211K  
25050040 25050040 None None M184V  T39K, V60I, K104KR, V111VL, K122X, D123X, R125X, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207D Y127YDN 
25050085 25050085 None None   T39X, D123S, A158S, K173L, Q174K, D177E, V179VI, Q207A, R211S  
25060 25060 None None   T39K, K43E, K122E, I135T, I142T, K173A, D177A, T200A, Q207A, R211S  
25060416 25060416 None None   V60I, K122E, D123N, I135V, I142V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E  
25071922 25071922 None None   V60I, K104R, A158X, K173T, D177E, I178M, T200A, Q207D N137NT, W153W* 
2507246 2507246 None None   T39E, S48T, K122E, D123N, K173T, D177E, I195M, Q197R, T200A, Q207G  
25072467 25072467 None None   T39E, S48T, K122E, D123S, I142IT, K173T, Q174K, T200E, Q207EG, R211RK Q197C 
25080472 25080472 None None   T39A, E40D, V60I, K104R, K122KE, D123S, K173T, D177E, I178M, T200A, Q207G  
25080474 25080474 None None   V60I, K122E, D123N, I135T, I142IT, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L  
25081926 25081926 None None  V179E V60I, F87FL, K102Q, D123E, K173IR, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
25081927 25081927 None None   K49KR, I50V, V60I, K104R, K122E, D123S, I135IM, K173T, Q174R, D177E, I178M, T200A, Q207EG, R211K  
25082019 25082019 None None   K43R, V60I, A98S, K122E, D123NS, I135T, K173I, Q174K, D177E, V179VA, G196GE, T200A, I202V, Q207K, R211S  
25091424 25091424 None None   T39A, S68SG, T69N, K122E, D123DN, I135L, S162A, K173T, Q174R, I178M, T200A, Q207E  
25091425 25091425 None None   V60I, K122E, I135L, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207D  
25101699 25101699 None None   V60VI, K104R, D123E, I135T, S162A, K173A, Q174K, D177E, V189I, Q197E, T200A, I202V, Q207E  
25111026 25111026 None None  A98AG T39K, K43KE, I135V, S162A, K173I, Q174EK, D177E, G196GE, T200A, Q207N, R211K  
26021345 26021345 None None   T39R, K43E, D123E, I135V, I142T, S162A, K173T, Q174K, T200A, Q207D, R211RK  
26030982 26030982 None None   T39A, I142V, S162A, K173V, D177E, V179I, T200A, Q207E, F214L  
26032029 26032029 None None   S48T, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174N, D177E, T200A, Q207E, R211K  
260406 260406 None None   T39K, K122E, D123G, A158S, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S Y115H 
26070956 26070956 None None   T39S, K102R, K104KR, K122KE, S162T, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K  
26071356 26071356 None None   T39L, V90I, D123E, S162A, K173T, Q174A, D177E, T200A, Q207E  
26100456 26100456 None None   T39K, K122E, D123S, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
26101400 26101400 None None   K49R, V60I, D121Y, K122E, I135V, I142IV, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
26123001 26123001 None None   T39E, E40D, K43R, S48T, D86E, D121Y, K122E, I135T, S162C, K173A, I195M, T200A, Q207D  
27010002 27010002 None None   T39A, E40D, V60I, K102KR, D123E, I135V, S162X, F171FY, K173X, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
27010004 27010004 None None   I50V, I135V, A158S, S162A, K173T, Q174K, D177E, I180V, V189VI, T200A, Q207E, R211K, F214L  
27010005 27010005 None None   S48A, K122P, I135L, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178V, T200A, Q207E, R211RK  
27011286 27011286 None None   E53D, K122T, I135V, S162A, K173A, Q174R, D177E, I178M, T200Q, Q207D  
27030715 27030715 None None   V60I, K102KQ, D123E, K173T, Q174K, D177E, I178IM, T200A, Q207E, R211K  
27030717 27030717 None None   K102KR, K122E, I135V, S162A, E169X, K173T, Q174EK, D177E, I178M, V189VI, T200A, Q207E, R211RK, P243S  
27031791 27031791 None None   T39EK, S48T, D123E, E138D, K166KR, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
27031792 27031792 None None   T39L, I135V, S162A, K173T, Q174E, D177E, I178M, T200E, Q207E, R211RK, P243T  
27040006 27040006 None None   V60I, V90VI, V118I, I135V, T139S, K166KR, F171Y, K173DN, Q174K, D177E, I178M, T200E, I202V, Q207G, R211K, F214L, P243AS  
27041480 27041480 None None  V179E S68G, K122Q, I159V, K173T, Q174K, D177E, T200E, Q207E  
27041481 27041481 None None   T39K, K122E, D123S, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211N  
27051501 27051501 None None   T39K, S68G, K122P, I159V, K173T, Q174K, D177E, T200E, Q207E  
30201736 30201736 None None A62V E138A D123N, A158S, S162C, K173S, Q174K, Q207AS, R211X  
311016623 311016623 None None   K49R, V60VI, K122Q, I135T, S162A, Q174E, D177E, T200A, Q207E, R211K  
32230007 32230007 None None  K103N K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q197K, T200A, Q207A, R211S  
323017430 323017430 None None   K49R, V60I, I135V, A158AS, S162A, E169Q, K173T, Q174K, D177E, I178IMV, T200A, I202V, Q207E, R211RK, F214FL  
32502119 32502119 None None A62V  T39K, K122E, D123S, A158S, K173L, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S  
32600843 32600843 None None   T39N, V60I, K122E, D123S, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
401016712 401016712 None None   K49R, V111VL, D123E, S162C, E169D, K173A, Q174K, I178L, T200A, Q207DE, R211X  
40702050 40702050 None None A62V E138EA T39K, V90I, K122E, D123N, A158S, K173LS, Q174K, T200TA, Q207A, R211S  
409015819 409015819 None None   K49R, V60I, D67X, S68X, K70X, K122E, I135V, S162A, K173T, D177E, I178M, G196X, T200A, Q207K, R211E D185DG, K220I 
41301747 41301747 None None   T39K, K122E, D123S, A158S, E169ED, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
414015907 414015907 None None   T39L, E40ED, V90I, K122V, S162A, K173AV, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K  
415021949 415021949 None None   I142V, A158AS, I159IV, S162SA, K173T, Q174K, D177E, I178ILM, I195L, T200A, Q207E, R211K  
41601512 41601512 None None   V60I, A98S, K101Q, K122E, D123S, A158AS, K173A, Q174K, D177E, E194A, T200A, Q207E  
416016015 416016015 None None   E40D, V118VI, I135L, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
416801095 416801095 None None  V106VI E40D, V60I, D123E, I135IV, S162A, Q174E, D177E, T200A, Q207E, R211RK  
42300114 42300114 None None   T39A, D123E, I135V, S162C, K173T, Q174K, D177E, I180V, Q207ADE, R211K  
428001031 428001031 None None   T39E, K122E, D123S, I135T, T165TI, K173A, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L  
429015155 429015155 None None   K122P, D123S, I142V, K173AV, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, P243A  
505020566 505020566 None None   T39TS, K43KR, V60I, K122E, D123G, I135V, S162A, K173T, Q174EK, D177E, T200A, Q207G, L210M A62C, H235Y 
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92930026 92930026 None None   T39M, S162C, K173T, Q174K, Q207E, R211KNT  

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