Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Wu (2020)
Title Characterization of HIV-1 subtypes and transmitted drug resistance among treatment-naive HIV-infected individuals in Shanghai, China, 2013-2015.
Citation Direct Genbank Submission
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 167
NumPts 167
Subtype CRF01_AE, B + C, CRF07_BC, A, B, CRF68_01B, CRF55_01B, C, G, B + CRF01_AE, CRF08_BC

 

  Page 1 of 2    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 167 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
13CNSH011 13CNSH011 None None   E6D, V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, I135V, S162C, I178L, T200I, Q207K, R211K, V245Q I31K 
13CNSH021 13CNSH021 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
13CNSH032 13CNSH032 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q, E248V, K249Q  
13CNSH051 13CNSH051 None None   P4S, E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
13CNSH061 13CNSH061 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V75L, D121H, K122E, D123S, I135R, S162C, F171Y, K173R, Q174K, D177E, I178M, V179I, G196E, T200R, Q207A, R211S, K238R, V245E  
13CNSH073 13CNSH073 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, D177E, I178M, E204K, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH112 14CNSH112 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K102R, K122E, I135T, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH129 14CNSH129 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K103R, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E I31K 
14CNSH133 14CNSH133 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, I135T, I142T, F214L, K238E, V245Q, K249Q  
14CNSH134 14CNSH134 None None   E6D, E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121H, K122E, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH201 14CNSH201 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH205 14CNSH205 None None   E6D, V8I, K11T, V35T, T39K, V111I, K122E, D123S, I135T, K173L, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
14CNSH222 14CNSH222 None None  V108I E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, V189I, T200I, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
14CNSH227 14CNSH227 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173S, Q174K, D177E, E203D, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH232 14CNSH232 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, D121N, K122E, D123S, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH233 14CNSH233 None None   S3T, E6D, K11T, Q23H, V35T, T39K, K43E, D121N, K122E, D123S, S162G, E169K, R172K, K173T, Q174K, D177E, I178M, M184L, G190R, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH241 14CNSH241 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162C, Q174N, D177E, Q207A, R211S, V245E  
14CNSH284 14CNSH284 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, Q207E, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH285 14CNSH285 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH293 14CNSH293 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH302 14CNSH302 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, I135V, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH305 14CNSH305 None None   V35I, T39N, T107S, K122E, D123S, I135V, S162C, K173R, Q174N, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH306 14CNSH306 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39K, K43E, K122E, D123N, S162C, K173A, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH313 14CNSH313 None None   V35T, T39K, V111I, V118I, D121H, K122E, D123S, I135T, K173T, Q174K, D177E, T200M, Q207A, L210M, R211S, F214L, K238R, V245E  
14CNSH330 14CNSH330 None None   E6D, V8I, K11T, V35T, T39K, V60I, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
14CNSH345 14CNSH345 None None   V35I, K103R, K166R, I202V, Q207E, F214L  
14CNSH346 14CNSH346 None None   E6D, K11T, V35T, T39R, K43E, D121H, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, V179I, Q207A, L210S, R211S, K238R, V245E  
14CNSH348 14CNSH348 None None  V179D E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K102E, K103R, D121Y, K122E, S162C, Q207E, R211K, F214L, D237N, V245Q  
14CNSH350 14CNSH350 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, E203D, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH356 14CNSH356 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, R211K, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH366 14CNSH366 None None   V10I, E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH367 14CNSH367 None None   K11T, V35T, T39K, K43E, K102M, K122E, D123N, S162C, K173A, Q174K, D177E, E203D, Q207T, R211S, K238R, V245E  
14CNSH370 14CNSH370 None None   K49R, V60I, I135T, T139I, K166R, Q174E, F214L  
14CNSH372 14CNSH372 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, I135K, V245K  
14CNSH377 14CNSH377 None None  V179D E28K, K32E, V35T, E36A, T39N, S48T, V60I, D121Y, K122E, T200I, F214L, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH380 14CNSH380 None None  V106I V35I, V118I, K122E, I135T, E169D, I202V, R211K, F214L  
14CNSH382 14CNSH382 None None   K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162C, F171Y, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207T, R211S, K238R, V245E  
14CNSH384 14CNSH384 None None   E6D, E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121H, K122E, I135T, K173R, I202V, V245H, K249Q  
14CNSH385 14CNSH385 None None  V106I E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162C, K173R, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH387 14CNSH387 None None   K11T, E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, Q197K, V245Q, E248V, K249Q  
14CNSH388 14CNSH388 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39N, S48T, K49R, V60I, D121H, K122E, T139I, R211K, V245Q, K249Q  
14CNSH389 14CNSH389 None None   V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
14CNSH390 14CNSH390 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, I135T, R143K, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q182H, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH392 15CNSH392 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, F171Y, Q174K, D177E, I178M, G196E, E203D, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH395 15CNSH395 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43A, K122E, D123S, S162Y, Q174N, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E, E248V  
15CNSH396 15CNSH396 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, D121H, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, I178V, V179I, G196E, Q207A, R211S, I244V, V245E  
15CNSH397 15CNSH397 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43A, K122E, D123S, I135V, S162C, Q174R, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH398 15CNSH398 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135V, S162C, K173R, Q174K, D177E, V179I, T200I, Q207D, R211S, K238R, V245E  
15CNSH401 15CNSH401 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39N, V60I, D121H, K122E, Q242H, V245Q, E248V, K249Q  
15CNSH402 15CNSH402 None None   E6D, V8I, V35T, T39K, K122E, D123N, I135T, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH403 15CNSH403 None None  V179D E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, D177E, I178M, E203D, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH404 15CNSH404 None None   S3I, E6D, V10L, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, Q174N, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH408 15CNSH408 None None   V35T, T39K, K43E, D121H, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, V179I, Q207A, L210S, R211S, K238R, V245E  
15CNSH409 15CNSH409 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174N, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH410 15CNSH410 None None   E6D, K11T, V35T, T39R, K43E, K122E, D123S, S162C, K173T, Q174K, D177E, E203D, Q207A, R211S, K238R, I244V, V245E  
15CNSH411 15CNSH411 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K49R, D121H, K122E, R125K, I135T, S162C, E169D, Q174K, D177E, I178M, Q207S, R211S, K238R, V245E  
15CNSH414 15CNSH414 None None   E6D, K11S, V35T, T39K, E40Q, K43E, K122E, D123S, I135T, I142T, K173M, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
15CNSH415 15CNSH415 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q, E248V, K249Q  
15CNSH416 15CNSH416 None None   E6D, E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121H, K122E, I135T, V245Q, E248V, K249Q  
15CNSH423 15CNSH423 None None   E6D, V35T, T39K, V60I, D121N, K122E, D123S, R125K, I135V, S162C, S163N, E169K, R172K, K173R, Q174K, D177E, I178M, E194K, Q207A, R211T, K238R, V245E  
15CNSH424 15CNSH424 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, D123N, S162C, K173R, Q174K, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH425 15CNSH425 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, D123N, I135V, S162C, K173R, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH426 15CNSH426 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, I135T, I178M, I244V, V245Q, E248V, K249Q  
15CNSH427 15CNSH427 None None   E6D, K11T, V35T, V60I, K102R, K104R, K122E, D123S, S162C, Q174N, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH428 15CNSH428 None None   E6D, V35T, T39R, K43E, D121H, K122E, D123S, S162A, K173T, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH431 15CNSH431 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, S105A, K122E, D123S, I135T, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, V245E  
15CNSH433 15CNSH433 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, I135V, S162C, V245Q, E248V, K249Q  
15CNSH435 15CNSH435 None None   E6D, K11T, V35T, T39R, K43E, K122E, D123S, S162Y, K173S, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH442 15CNSH442 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, E53D, V60I, D121Y, K122E, D177E, V245Q, E248V  
15CNSH443 15CNSH443 None None   K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, S162C, D177E, E204Q, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH444 15CNSH444 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D76N, K104R, V106L, D113N, D121Y, K122E, D123N, I135T, S163T, E169K, R172K, D177N, T200I, Q207T, V245Q, E248V, K249Q  
15CNSH445 15CNSH445 None None   K20R, V35T, T39S, S48T, V60I, K103R, K122E, I135T, K166R, V179I, Q207E, V245K  
15CNSH446 15CNSH446 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, T69S, K122E, D123S, S162C, K173G, Q174K, D177E, T200E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH448 15CNSH448 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, D123N, I135V, S162C, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH451 15CNSH451 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH456 15CNSH456 None None   S3T, E6D, K11T, V35T, T39A, V111I, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, Q207A, L210M, R211S, F214L, K238R, V245E  
15CNSH457 15CNSH457 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K103R, K122E, D123S, S162C, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH462 15CNSH462 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, I195L, T200I, Q207A, L210S, R211S, K238R, V245D  
15CNSH464 15CNSH464 None None A62V, K65R, M184I V106M, V179D, M230L E6D, K11T, V35T, T39K, K43Q, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, E203D, Q207A, R211S, V245Q  
15CNSH466 15CNSH466 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, F171Y, K173R, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH468 15CNSH468 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, R211K, V245Q, E248V, K249Q  
15CNSH472 15CNSH472 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135V, S162C, F171Y, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH474 15CNSH474 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH475 15CNSH475 None None   E6D, E29K, V35T, T39K, T69P, D76N, D121Y, K122E, D123N, R125K, T131P, Q161H, S162C, E169Q, K173I, Q174K, D177E, I178M, E203K, Q207A, R211S, K238R, V241A, V245E C38F, V118F, R143I, R172I, R206T 
15CNSH480 15CNSH480 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, I135V, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, I195L, T200A, Q207A, R211S, L228F, K238R, V245E  
15CNSH483 15CNSH483 None None   S3T, E6D, V35T, T39K, K43E, E53D, V106L, T107A, D113N, K122E, D123S, S162G, F171Y, K173R, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E H96A, Q145R 
15CNSH490 15CNSH490 None None   K103R, V118I, K122E, I135T, I142V, R211K, F214L  
15CNSH491 15CNSH491 None None   S3I, I5M, E6D, T7P, V10L, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, S162C, K173M, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E V8E 
15CNSH509 15CNSH509 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K102Q, K122E, D123S, S162C, Q174R, D177E, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH511 15CNSH511 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V118I, K122E, D123S, I135T, T165I, K173I, Q174K, D177E, T200R, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
15CNSH512 15CNSH512 None None   I5V, K11T, V35T, T39K, K43E, D121H, K122E, D123S, S162C, K173T, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E, P247Q  
15CNSH516 15CNSH516 None None   S162C, K173D, Q174K, Q207N, R211K  
15CNSH539 15CNSH539 None None   E6G, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162W, Q174R, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH543 15CNSH543 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135K, S162H, F171Y, K173R, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH544 15CNSH544 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, T69N, K122E, D123S, I135T, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, I180L, Q197L, T200A, I202V, Q207A, R211S, V245E  
15CNSH562 15CNSH562 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, E203D, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH572 15CNSH572 None None   E6D, K11T, E28K, K32E, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K101R, D121Y, K122E, I135T, I159V, V245Q, K249Q  
15CNSH579 15CNSH579 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135V, T139A, S162Y, K173S, Q174K, D177E, I178M, I195L, Q207A, R211S, K238R, V245E  
15CNSH582 15CNSH582 None None K65E  E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, E138D, S162W, Q174N, D177E, I178M, G196R, R199K, E203D, Q207A, R211S, Q222H, K238R, V245K V90L, E169H, R206I 
15CNSH594 15CNSH594 None None D67N, K70E, M184V V106M, V179D E6D, K11T, V35T, K103R, K122E, D123N, S162H, K166Q, K173S, Q174K, D177E, I178M, Q207T, R211S, V245E