Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Tchiakpe (2020)
Title Moderate rate of resistance mutations transmitted to antiretrovirals and genetic diversity in newly HIV-1 patients diagnosed in Benin.
Citation Direct Genbank Submission
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 248
NumPts 248
Subtype CRF02_AG, CRF06_cpx, G, A, CRF09_cpx, B, CRF01_AE, F, H, CRF49_cpx, A + G

 

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Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 248 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
BEN100 BEN100 None None   V35T, K49R, V60I, S162A, F171Y, K173A, Q174K, D177E, I178M, G196GE, T200AE, Q207G, R211K  
BEN101 BEN101 None None D67G, K70R, M184V, K219Q A98G, V106M, V108I, Y181C, G190A, H221Y K20R, V35T, T39N, E40D, K46Q, T69N, V111VI, D123E, K173T, Q174K, D177E, I178L, T200A, E203V, Q207E, R211K, F214L, E224D N54NS 
BEN105 BEN105 None None   V35T, E36ED, V60I, S68SG, K102KQ, K122KE, I135V, A158AS, I159V, S162A, Q174E, D177E, I178IM, T200AE, Q207K, R211A  
BEN108 BEN108 None None   V35T, T39R, K102KE, D123N, I142V, S162Y, K173LS, D177DE, V179I, Q207E, R211K S117SL, D185DN 
BEN109 BEN109 None None  E138A K20R, V21VI, V35T, T39A, K49R, T69TS, K122E, S162A, E169K, K173T, Q174A, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K  
BEN110 BEN110 None None   V35T, E36A, T39K, K43E, K102Q, K122E, D123N, I135T, I142V, S162Y, K173L, D177E, V179I, Q207A, F214L  
BEN111 BEN111 None None   K20R, V35T, T39L, V60I, K104KR, K122E, D123G, I135V, S162A, Q174E, D177E, T200A, Q207N, R211K  
BEN112 BEN112 None None   K20R, V35T, T39KN, E40D, K49R, V60I, D121H, K122E, T165I, Q174E, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BEN114 BEN114 None None   V35T, T39I, G45GR, K122E, D123DN, I135V, S162C, F171Y, K173A, Q174K, I178L, T200A, Q207E, R211K  
BEN131 BEN131 None None   V35T, V60I, S68G, V90I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211K K126M 
BEN134 BEN134 None None   K20R, E28ED, V35T, E36D, V60I, K104R, K122E, D123N, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211K, V245Q, E248D, D250E  
BEN140 BEN140 None None   K32Q, V35T, E36D, K43Q, K49R, I50IV, V60VI, K122EQ, I135V, S162A, K173IV, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
BEN141 BEN141 None None   V35T, T39L, K122E, S162A, E169R, K173T, D177E, G196E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, D250E  
BEN145 BEN145 None None   K11Q, V35T, E36D, K122E, D123N, I135T, S162A, K173IT, Q174KN, D177E, I178M, T200A, R211K, P243S, V245Q  
BEN16 BEN16 None None   V35T, T39M, K43E, K49R, V60I, A98S, D123DE, I135V, T139TS, I142IV, S162A, K173T, Q174KN, D177E, I178MV, G196E, T200A, E203ED, Q207K, R211K, W212G  
BEN163 BEN163 None None   V21I, V35T, V60I, K122E, D123E, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, V179VA, I202IV, Q207E, R211K  
BEN165 BEN165 None None   V35T, E36D, T69S, K122E, K173I, Q174K, D177E, T200L, Q207E, R211K  
BEN166 BEN166 None None   K20R, V35T, E36D, V60I, D123N, I135V, S162A, E169G, R172RK, K173D, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, F214L  
BEN169 BEN169 None None  G190GA V21I, V35T, T39E, E40D, V60I, D121H, K122E, I135T, S162SC, K173S, Q174K, D177E, G196E, T200KN, Q207A, R211K  
BEN171 BEN171 None None  V106I V21I, V35T, T39I, V60I, K101Q, K122E, S162A, T165I, Q174E, D177E, I178MV, T200A, Q207E, W212R  
BEN176 BEN176 None None   V21I, V35T, V60I, D123NT, I159IV, K173KR, D177E, I195IL, G196E, T200A, Q207E  
BEN189 BEN189 None None   K20R, V21I, V35T, T39E, E40D, V60I, W88C, K122E, D123N, I135T, E138D, S162A, K173R, Q174R, G196E, T200A, Q207E, F214L  
BEN2 BEN2 None None   V35M, T39A, S68G, I135T, Q145H, S162A, K173T, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
BEN202 BEN202 None None   V21I, V35T, V60I, D123E, T165I, Q174K, D177E, G196E, T200V, Q207QH, R211K  
BEN205 BEN205 None None   V35T, T39A, E40D, V60I, K64R, K122P, I135L, R143RK, A158AS, S162A, Q174E, D177EG, V189I, T200A, Q207A  
BEN212 BEN212 None None K65KR, M184MI K103N, Y188L K32R, V35T, T39M, V60I, K102X, K122E, D123S, I135V, S162A, T165I, K173S, Q174K, D177E, V179T, I180IV, T200A, Q207A, F214L  
BEN214 BEN214 None None  K103N V35T, E36A, T39K, V60I, D121H, K122E, I135T, S162A, K173KT, Q174N, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BEN218 BEN218 None None  K103KN V35T, E36A, T39K, K43E, D123N, I135M, I142V, S162F, K173S, Q174K, I178L, V179I, T200TA, Q207A, R211K  
BEN226 BEN226 None None  K103N, V106VI K20KR, V35T, E36EA, T39K, K43E, D121H, K122E, I142V, S162H, K173A, Q174K, D177DE, T200A, Q207A  
BEN227 BEN227 None None   V35T, E36D, T39K, S48T, K49KR, V60I, G93GR, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174AT, D177E, I178IM, V179VI, T200A, Q207N, R211K, W212G, P225T, Y232YH  
BEN232 BEN232 None None M184V  V35T, E36A, T39K, K43E, V60I, D121Y, K122E, I135T, K173S, D177E, T200A, Q207A  
BEN234 BEN234 None None   V35T, E36D, G45GR, V60I, A98S, K122KE, I135V, S162A, K173AT, Q174K, D177E, I178IM, T200A, Q207E, R211K, P225T  
BEN239 BEN239 None None   T27TS, E28A, V35T, E36D, T39K, K43E, G45GR, D123E, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178IL, T200AE, Q207E, R211K  
BEN268 BEN268 None None   V35T, E36A, T39K, K43E, K122P, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, R211EK  
BEN292 BEN292 None None  V179E V21A, V35T, E36D, T39M, K49R, E53D, V60I, D123E, I135V, S162A, E169Q, K173T, Q174A, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L  
BEN297 BEN297 None None   V35K, V60I, S68G, K102Q, D121Y, K122E, I135T, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178L, V179VI, T200A, E204Q, Q207E  
BEN300 BEN300 None None   L34F, V35T, T39L, K102Q, K122P, I135V, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E I167IM 
BEN311 BEN311 None None   V35T, T39R, K43E, G45GR, I135V, S162A, K173A, Q174E, D177E, S191SF, T200A, Q207E, R211K, W212G  
BEN36 BEN36 None None  V106I V21I, V35T, T39L, V60I, K122E, D123N, I135T, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178V, T200A, Q207E G93Q 
BEN385 BEN385 None None   V35T, T39L, V60I, S68G, K82R, I135V, T139TA, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207A, F214FL  
BEN386 BEN386 None None  V179VE V35I, V60I, K64KR, V111VI, K122AV, D123DN, I135IT, I142V, A158AP, T165I, F171X, Q174X, D177E, I178L, T200E, E204KQ, Q207K, F214FL  
BEN387 BEN387 None None   K32R, V35T, T39M, K102R, K122R, D123E, I135LV, A158AP, S162A, K173T, Q174T, N175Y, T200A, Q207E, R211K G93GE 
BEN39 BEN39 None None  E138A K20R, V35T, E36D, E40D, K49R, V60I, D121DH, K122KE, D123DE, Q145C, S162A, K173S, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, W212G, F214L  
BEN390 BEN390 None None  K103N V35T, V60I, V90VI, K102R, K122PQ, I135V, S162A, E169Q, K173T, Q174E, D177E, I178M, T200A, Q207R, R211EQ  
BEN391 BEN391 None None   V35T, V60I, D121H, K122E, I135IT, K173AV, Q174K, D177E, G196E, T200K, Q207E, V245Q, D250DE  
BEN394 BEN394 None None   K20Q, V35T, E36D, V60I, D123E, I135V, P150PS, S162A, Q174E, D177E, I195L, T200A, Q207E I47V 
BEN395 BEN395 None None   V35T, E36D, V60I, D123E, I135V, S162A, Q174E, D177E, I195L, T200A, Q207E, R211RK, V245E  
BEN414 BEN414 None None  V179E K20R, V21I, V35K, T39N, S48SP, V60I, K102Q, D121H, K122E, I135K, T165I, Q174R, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, W212M  
BEN416 BEN416 None None   V35T, E36D, K104R, K122E, S162A, K173T, Q174K, T200A, Q207A, R211K  
BEN419 BEN419 None None   V35T, K49R, K103R, D123E, S162A, K173T, Q174K, D177E, G196E, E203A, Q207E, R211K, F214L  
BEN42 BEN42 None None   K32KR, V35T, K49KR, V60I, K122E, I135V, S162A, K173T, D177E, Q197QK, T200A, Q207E, R211K  
BEN423 BEN423 None None   E6D, V35T, E36D, E40EG, D123E, I142IV, S162A, K173T, Q174N, D177E, T200A, Q207E  
BEN428 BEN428 None None   V35T, E36D, V60I, D123E, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E F61I, L149LF 
BEN47 BEN47 None None   V35T, T39A, K122E, I135V, I142V, S162A, K173T, Q174E, D177E, T200A, Q207E  
BEN497 BEN497 None None   V35T, T39K, K43E, E53D, K122E, D123N, I135T, S162HY, K173S, Q174K, D177E, V179I, E204Q, Q207E, R211K, F214L  
BEN499 BEN499 None None   V35T, T39M, K122E, D123S, I135T, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207KN, R211K, F214FL  
BEN5 BEN5 None None   V35T, V60VI, K122Q, I135V, S162A, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207D, R211K, F214L  
BEN501 BEN501 None None   V35T, E36D, T39L, V60VI, D123E, I135IR, S162A, Q174E, D177E, I178IV, T200A, E204D, Q207E, F214L  
BEN505 BEN505 None None   K20R, V35T, T39N, E40D, V60I, D121Y, K122E, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178IM, T200A, Q207K, R211E  
BEN507 BEN507 None None   V35ST, E36D, T39A, G45GR, K49KR, T107TP, K122E, D123EK, T131TP, I135R, S162A, E169EK, K173T, Q174E, D177E, T200A, I202V, E204EK, Q207E, R211K H96HL, L149LF 
BEN513 BEN513 None None   V35T, D121H, K122E, A158S, S162A, T165I, K173S, D177DEG, V179I, T200A, Q207E, L210M, R211K  
BEN524 BEN524 None None   V35T, T39A, E40ED, V60I, S68G, T69N, T107S, L109I, D121H, K122E, D123E, I135K, T165I, D177E, I178IM, T200A, Q207A, R211K  
BEN525 BEN525 None None  V108VI V35I, D121H, K122E, I135L, T139A, A158S, S162A, E169D, K173KT, Q174KN, D177E, I195IL, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
BEN529 BEN529 None None   V35T, V60I, S68G, T69TN, K122E, I135R, S162A, K173T, Q174KR, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q  
BEN530 BEN530 None None   V35T, S48T, V60I, K122E, K173N, Q174K, D177E, I178M, G196GE, T200A, Q207E, R211Q  
BEN534 BEN534 None None   V35T, E36D, K49R, V60I, D121HY, K122E, S162A, Q174EG, D177E, T200E, Q207AT, R211K, V245Q, E248DN  
BEN539 BEN539 None None   V35T, E36D, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, P243PS, V245K  
BEN610 BEN610 None None   V35T, V60I, K122E, D123N, I132V, T165I, K173T, Q174K, D177E, I178L, Q207E, R211K  
BEN615 BEN615 None None   V35T, E36A, K122P, D123E, S162A, F171Y, K173T, Q174N, D177E, I178M, T200A, Q207A  
BEN618 BEN618 None None   V35T, K49R, V60VI, K122E, D123NS, I135V, S162A, E169Q, K173T, Q174KR, D177E, I178M, T200A, Q207X, R211K, W212R  
BEN619 BEN619 None None   V35T, K49R, V60VI, K122E, D123N, I135V, S162A, E169Q, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, W212R  
BEN644 BEN644 None None   V35ST, E40EA, D123E, R125RK, I135T, S162C, K173A, Q174K, D177E, G196GE, T200A, I202V, Q207D D192DV 
BEN645 BEN645 None None   V35T, T39A, K43E, K49KR, V60I, I135A, S162A, K173A, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K I31K, N136K 
BEN646 BEN646 None None  V108I K11Q, V21I, V35T, T39A, V60I, D123N, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K K122M 
BEN653 BEN653 None None   V35T, E36D, T39K, K43E, V60VI, K122KE, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
BEN654 BEN654 None None  V179E V35K, K43E, V90I, K122P, D123DN, S162A, E169R, K173T, Q174K, D177E, T200E, Q207K, R211E  
BEN657 BEN657 None None T215S  V35T, T39A, E40D, A98AS, D113DN, K122P, I135V, I142V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178IM, T200A, Q207E, R211K, F214I, Y232YH  
BEN672 BEN672 None None   K20KR, V35T, K49R, V60I, K122P, I135V, A158AS, S162A, S163ST, E169ED, K173T, Q174K, D177E, T200A, R211K  
BEN673 BEN673 None None   E28EK, V35K, E36D, K49R, K122P, I135V, S162A, E169K, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211E  
BEN676 BEN676 None None   V21I, V35T, E40D, V60I, K122P, I135V, S162A, K173D, Q174K, D177E, I178IM, T200AE, E204EK, Q207QK, R211K  
BEN677 BEN677 None None   V35T, T39L, V60I, D121Y, K122E, I135T, S162A, K173T, Q174K, G196E, T200A, E204Q, Q207E, R211K S117SL, S156SL 
BEN682 BEN682 None None   K32E, V35T, V118I, K122V, I135T, S162Y, P170S, K173A, Q174K, D177E, V179I, G196E, T200A, Q207D, R211K, F214L E203T, G213E 
BEN686 BEN686 None None   K20R, V21I, V35T, T39G, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, G196E, Q197QH, T200A, Q207D, L210M  
BEN688 BEN688 None None   V35T, E44G, V60I, I135L, S162A, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211T G45K 
BEN692 BEN692 None None   V35T, E36D, T39M, V60I, S68SN, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207D, R211K, V245E, N255K  
BEN709 BEN709 None None   V35T, E36A, T39A, S117T, D123E, S162A, K173T, Q174R, D177E, T200A, Q207E, W212R E169H, R172T 
BEN713 BEN713 None None   V35T, T39L, A62T, D121Y, K122E, I135T, S162A, E169D, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E F61C 
BEN724 BEN724 None None   V35T, K122E, D123N, I135V, S162A, K173I, Q174K, D177G, T200V, Q207E  
BEN734 BEN734 None None   V21I, V35T, T39A, V60I, S68N, V90I, K122E, D123N, I135R, S162Y, K173T, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K  
BEN739 BEN739 None None   V35M, E40D, V60I, S68G, K122Q, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BEN742 BEN742 None None   V35T, E36D, T39A, A98S, I135V, T139A, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178V, G196E, T200A, E203D, Q207E, R211K A33AT 
BEN743 BEN743 None None   V35T, E36D, T39L, S48T, V60VI, I135V, T139A, S162A, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, T215X  
BEN768 BEN768 None None  V106VI V35T, E36D, T39K, K43E, D123E, S162A, K173T, Q174A, D177E, G196GE, T200A, Q207E, R211K, V245K, K259KR  
BEN770 BEN770 None None   V35T, K49R, V60I, D123E, I135V, I142V, S162A, Q174E, D177E, T200A, Q207K, R211K  
BEN775 BEN775 None None  V106I V21I, V35T, T39E, D123E, S162C, K173T, Q174K, D177E, I178L, V179T, T200V, Q207AD, R211K, I244V, V245I, D250E  
BEN776 BEN776 None None   V35T, K49KR, V60I, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245E  
BEN781 BEN781 None None   V35T, E36D, T39M, K122E, D123E, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207D, R211K  
BEN782 BEN782 None None   V35M, E36D, T39M, E40D, K122P, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174E, D177E, T200A, E204K, Q207N, R211K, F214L H96Q, A98D 
BEN9 BEN9 None None   K20R, V35T, T39K, V60I, D121H, K122E, I135V, K173T, Q174R, D177E, I178M, G196E, T200A, Q207E, R211K  
BEN96 BEN96 None None   V35T, E36D, K122E, I135V, S162A, K173AT, Q174K, D177E, I178IL, T200A, Q207E, R211K, F214L