Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Lunar (2019)
Title Sequence ambiguity determined from routine pol sequencing is a reliable tool for real-time surveillance of HIV incidence trends.
Citation Infect Genet Evol
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 353
NumPts 353
Subtype B, A, CRF02_AG, CRF01_AE, C, F, CRF43_02G, CRF56_cpx, D

 

  Page 1 of 4    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 353 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
11313-07 11313-07 None None   K20R, V35I, R83K, I142T, I178L, I195L, T200A, I202V  
12747-10 12747-10 None None   K11KT, V21VI, V35T, E36ED, T39KR, K122E, D123NS, A158S, K173AS, Q174K, D177E, T200TA, Q207AT, R211RS  
13343-09 13343-09 None None   I142T, S162A, R211K, F214L  
13937-09 13937-09 None None   K11T, V35T, E36D, T39N, S48T, V60I, K122E, D123S, S162A, E169ED, K173S, Q174N, D177E, T200TA, Q207A, R211S  
14748-07 14748-07 None None   V35VI, D123E, I135T, S162C, D177DE, I178IMV, R211K  
14963-10 14963-10 None None   V35E, V60I, A98S, K122E, D123DN, T139K, I142V, T200I, Q207E, L210F, R211K  
15020-09 15020-09 None None   K11T, K20R, V35T, E36D, T39K, K122E, D123S, I142T, A158S, K173S, Q174K, D177E, I202IV, Q207AT, R211S  
18036-10 18036-10 None None T215V  E36ED, S68G, I135T, T139TA, D177E, T200I, R211K  
18173-09 18173-09 None None   K20R, V35I, R83K, D123E, I178L, I195L, T200K, I202V  
19063-10 19063-10 None None   V35M, S68G, D121H, K122E, I135T, I142V, T200TI, R211X  
19424-09 19424-09 None None   K122E, D123N, I135V, S162T, I178L, I202V  
19912-10 19912-10 None None   D123E, R211EK  
2140-10 2140-10 None None   V35I, S68G, D123E, I135T, D177N, I178L, G196E, Q207E, R211K  
3179-06 3179-06 None None   V35I, I135M, R211K  
388-09 388-09 None None   V35I, T58TN, I135M, A158AS, R211K  
5273-07 5273-07 None None  E138A D123E, S162C, Q174K, I178L, V179I, G196E, Q197E, T200S, Q207K, R211Q  
5558-07 5558-07 None None   K20R, V35I, R83K, I178L, I195L, T200A, I202V, R211RK, F214L  
5760-09 5760-09 None None  V179VD K20R, V35I, D121Y, K122E, I135T, I178IL, G196E, R211K, F214L  
5935-10 5935-10 None None   V35VI, G196E, T200A, F214L  
6113-06 6113-06 None None   K49KR, V60I, S68G, K122P, I135T, D177E, T200A, Q207H, R211K  
8151-08 8151-08 None None   I178M, G196E  
819-06 819-06 None None   T27S, V35I, V60I, K122E, D123N, I132IV, T139K, I142V, Q174K, T200I, Q207D, R211K  
8916-07 8916-07 None None   V60I, A98S, D123X, T139K, I142V, S162SC, D177E, V179I, T200I, Q207D, R211K  
DB_SI10311-03 SI10311-03 None None   E6ED, K20R, V35M, T39A, K122E, I178L, T200A, I202V, E204EK, R211G, A272P, T286A, P294Q, A304E  
DB_SI10858-04 SI10858-04 None None   V35T, K49R, V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207X, R211K, A272S, Q278E, E297A, Q334H  
DB_SI11518-04 SI11518-04 None None   K20R, V35I, R83K, K104KN, I178L, I195L, T200A, I202V, A272P, K277R, P294S, D324N, Q334H  
DB_SI1305-01 SI1305-01 None None   D123E, S162C, T200A, V245E, V276VI, Q278H, I293V, E297M, K311R  
DB_SI1761-01 SI1761-01 None None   V60I, D123E, I135T, I142IM, D177E, I202V, F214L, V245Q, A272P, K277R, A288S, I293V, E297Q, L325I, Q334L  
DB_SI18-04 SI18-04 None None   V35I, I135M, R211K, P294Q, V317A  
DB_SI1994-00 SI1994-00 None None   E53D, S68G, S162C, K166R, D177E, T200A, R211K, A288S, I293V, E312EQ, I326V  
DB_SI2063-00 SI2063-00 None None   K102KQ, K122E, D123E, S162C, Q174K, I178L, G196E, Q197K, T200S, R211RK, V245E, A272P, K277R, I293V, P294S, E297K  
DB_SI2113-03 SI2113-03 None None  V179D T200I, V245E, K277R, A288S, V292I, I293V, P294T, I326V  
DB_SI2338-00 SI2338-00 None None   K20R, V35I, E53D, S68G, I135T, S162C, K166KR, D177E, T200A, R211K, I293V, I326V  
DB_SI3076-00 SI3076-00 None None   K49R, V60I, R83K, I135T, E169D, G196GE, A272P  
DB_SI3099-01 SI3099-01 None None   V35I, R83K, K101R, K173R, T200A, A272P, K277R, P294S, E297R, I329V  
DB_SI3418-01 SI3418-01 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207D, R211K, A272S, E297A  
DB_SI3458-02 SI3458-02 None None   V60VI, D121HY, K122E, I135T, G196E, T200I, L283I, I293V  
DB_SI3493-03 SI3493-03 None None  V179D I5V, E6D, K11T, K20R, V35T, T39K, K43EQ, V60I, S68G, V111I, K122E, D123N, S163T, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E, L282C, T286A, E291D, V292I, I293V, P294Q, E312T, V314A, S322L, I329V, K331N  
DB_SI376-02 SI376-02 None None   V35T, E40D, V60I, K102Q, K122E, D123E, I135V, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, K281KR, T286A, E291D, V292VI, I293V, P294T, S322P, K331N  
DB_SI378-02 SI378-02 None None   V35T, E40D, V60I, K102Q, K122E, D123E, I135V, S162A, K173T, D177E, T200A, E204K, Q207E, V245Q, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T, S322A  
DB_SI4037-02 SI4037-02 None None   K11T, V35I, E36D, T39K, K122E, D123S, I132V, A158S, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S, V245M, E248D, A272P, K277S, T286A, V292L, I293V, P294T, K323Q, I326V  
DB_SI4314-03 SI4314-03 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207N, L210F, R211K, A272S, E297A  
DB_SI444-01 SI444-01 None None   S68G, K122P, I135T, D177E, I178V, T200A, Q207E, K277KR, T286A, Q334L  
DB_SI4688-03 SI4688-03 None None   E6ED, K49R, R211K, T286A, I293V, E297A, K311R, D324E, A327V, I329L V292E 
DB_SI4715-01 SI4715-01 None None   K20R, V35I, R83K, T165TI, I178L, G196E, I202V, R211RG, A272P, P294Q, A304E, E308EQ, I329V  
DB_SI4736-03 SI4736-03 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207D, L210F, R211K, A272S, E297A I329R 
DB_SI4993-02 SI4993-02 None None   K46Q, T69A, K122E, I135L, Q197K, A272P, L283I, I293V, P294PS, E297T, L301M  
DB_SI5191-04 SI5191-04 None None   K20R, K49R, K122Q, I135V, S162C, K173R, D177E, R211S, E291D, I293V  
DB_SI5301-03 SI5301-03 None None   V35I, Q207D, R211K, V245T, I293V, I329L, Q334N E300G 
DB_SI5335-02 SI5335-02 None None   K22R, D123E, I135T, I142V, T165I, G196E, F214L, V245E, A272P, V276I, T286A, I293V, D324E  
DB_SI5336-02 SI5336-02 None None   V35I, D121HY, K122E, I135T, G196E, T200TI, L283I, V292I, I293V K66KN 
DB_SI548-03 SI548-03 None None  V179VD I178IMV, T200TI, V245EK, K277R, A288S, V292I, I293V, P294T, I326V, G335A  
DB_SI6145-02 SI6145-02 None None  E138A V60VI, S68G, K102Q, K122P, D123E, I135T, D177E, T200A, H221Q, A272P, T286A, V292I, K311R, H315P, I326LV D86G, F87S, T165LQ 
DB_SI6198-03 SI6198-03 None None   K122E, D123E, I135V, S162C, T200A, R211RK, V245E, K277R, I293V, E297K  
DB_SI6422-02 SI6422-02 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, S162C, T200I, Q207D, R211K, A272S, E297A  
DB_SI6423-02 SI6423-02 None None   K122E, D123G, S162C, Q174K, I178L, G196E, Q197K, T200S, R211K, V245E, A272P, K277R, I293V, P294S, E297R, I329V  
DB_SI6424-02 SI6424-02 None None   K64R, K122E, S162C, K173N, Q174K, I178L, G196E, Q197K, T200S, R211K, V245E, A272P, K277R, I293V, P294Q, E297R, I329V  
DB_SI6439-02 SI6439-02 None None   V35I, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207D, L210F, R211K, A272S, E297A  
DB_SI6515-04 SI6515-04 None None   R83K, D123E, G196E, Q197K, R211K, V245E, A272P, V276I, K281R, L283I, I293V, P294S, E297K  
DB_SI6663-03 SI6663-03 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207A, L210F, R211K, A272S, E297A  
DB_SI6826-01 SI6826-01 None None   V35I, V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207D, R211K, A272S, E297A  
DB_SI7136-03 SI7136-03 None None   S117P, K122E, A272P, K277R  
DB_SI7655-04 SI7655-04 None None   V35VI, V60I, A98AS, K122E, D123N, T139K, I142V, T200I, Q207E, L210F, R211K, A272S, E297A  
DB_SI7918-02 SI7918-02 None None   R83K, D123E, I135T, S162C, Q174K, G196E, Q197K, E204D, R211K, V245K, A272P, K281R, V292I, I293V, E297K, Q334N  
DB_SI8213-02 SI8213-02 None None   K122E, D123N, I142T, K166R, Q197P, Q207D, R211K, A272S, K277KR  
DB_SI8421-02 SI8421-02 None None   V35T, E40D, K49R, D123E, I135L, S162C, K173A, Q174KR, I178IL, T200IV, Q207A, R211K, L228H, V245Q, E248D, A272P, L283I, T286V, E291D, V292I, I293V, E297T, K323R, Q334L  
DB_SI8427-04 SI8427-04 None None   V35T, E36D, T39M, K43N, K49R, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, P176S, D177E, I178IM, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T, E297K, V317A  
DB_SI879-00 SI879-00 None None   K20R, V35I, R83K, Q197K, T200I, I202V, R211K, A272P, K277R, L303LW, I329V, Q334L  
DB_SI900-02 SI900-02 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, I244V, V245E, T286A, E291D, V292I, I293V, E312T, I326V, I329V  
DB_SI9180-04 SI9180-04 None None   I135T, K173KE, D177E, A272P, K277KR, I293V, I326V  
pt1009 7162702707 None None   V35I, D121Y, K122E, I135T, G196E, K277R, L283I, V292I, I293V  
pt1045 6957369518 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, S162A, Q174K, T200M, Q207D, R211K, A272S, E297A, K311R  
pt1074 6769579978 None None   V35I, I135M, R211K, K277R, P294Q, V317A  
pt1142 6315700286 None None   D123E, S162C, Q174E, I178L, V179I, V189I, I195L, G196E, Q197K, T200S, R211Q, V245E, A272P, K277R, K281R, I293V, P294S, E297K, V317A, Q334L  
pt1237 5784172435 None None   K122E, I135T, T139R, I142T, T200A, F214L, E224D, I244V, V245K, K277KR, L283I, T286P, A288S, I293V, E297K  
pt1293 5439372363 None None  V179D V35L, R83K, D123E, G196E, Q197K, R211K, V245E, A272P, V276I, K281R, L283I, I293V, P294T, E297K  
pt1303 5383101971 None None   V35I, I135T, D177E, T200I, V245K, K277R, V292I, I293V, I326V  
pt1315 5314345068 None None   D123E, I135T, S162C, R211K, V245M, D250DE, S251I, K277R, E291D, E297A, D324E, I329L  
pt1347 5133450941 None None   V35T, D177E, I178V, T200I, V245E, K277KR, V292I, I293V, I326V  
pt1450 4558440144 None None  V179D K20R, T200I, V245E, K277R, A288S, V292I, I293V, P294T, I326V, G333D  
pt1471 4464641873 None None   T27TS, V35I, V60I, K122E, D123DN, T139K, I142V, Q174K, T200IL, Q207D, R211K, A272S, E297A  
pt1530 4093797321 None None   E6D, D121Y, K122E, I135T, S162Y, Q207E, T286A, E291D, K311R, D324E, Q334D  
pt1591 3824337138 None None   V35I, I135M, R211K, K238R, K277R, P294Q, V317A  
pt1618 3640057927 None None   E36G, I142T, S162A, K166R, R211K, K277R, L283I, I293V, Q334E  
pt1706 3127279339 None None   V60I, S68G, K122Q, I135T, D177E, T200A, Q207H, R211K, T286A, D324E, I326V  
pt1814 2443409798 None None  V179D D123E, T200I, V245E, K277R, A288S, V292VI, I293V, P294T, I326V  
pt1857 2115109319 None None   D123E, S162C, Q174E, I178L, V179I, V189VI, I195L, G196E, Q197K, T200S, R211Q, V245E, A272P, K277R, K281R, I293V, P294S, E297K, V317A  
pt1867 2063487117 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, S162A, Q174K, T200M, Q207D, R211K, A272S, T286TA, E297A, K311R  
pt2021 1214439289 None None   E6D, D121Y, K122E, I135T, S162C, Q207E, T286A, E291D, K311R, D324E, Q334D  
pt2090 774899151 None None   V35I, I135M, R211K, K277R, P294Q, V317A  
pt552 9629311501 None None   D123E, I135T, S162C, R211K, V245M, D250E, S251I, K277R, E291D, E297A, D324E, I329L  
pt572 9526613047 None None   S68G, D123E, S162A, D177E, I178V, R211K, V245E, K277R, T286A, A288S, I293V, E297K, G333E  
pt582 9488643021 None None   V35I, I135T, D177E, T200I, V245K, K277R, V292I, I293V, I326V  
pt613 9329543392 None None   K11R, T200AV, R211K, K277R, A288S, I293V  
pt614 9317917952 None None   D123E, I135T, S162C, R211K, V245M, D250E, S251I, K277R, E291D, E297A, D324E, I329L  
pt669 9013581209 None None   K122E, D123E, I142V, T200AV, E204EG, V245E, K277R, I293V, E297R  
pt741 8694470308 None None  Y181C V35A, T39A, E40D, D123E, I135T, T200A, I202V, R211K, D250E, A272P, V292I, R307K, K311R, I329V, Q334E  
pt967 7430279324 None None   V60I, K122E, D123N, T139K, I142V, Q174K, T200M, Q207D, R211K, A272S, A288S, E297A  
pt985 7354679039 None None   P4S, D123E, I178V, F214L, V292I, I293V, E297A  
pt991 7324703900 None None  E138A K122E, D123N, I142V, S162C, T200R, Q207E, R211K, A272S, K277R, I293V, E297A