Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Tully (2016)
Title Differences in the Selection Bottleneck between Modes of Sexual Transmission Influence the Genetic Composition of the HIV-1 Founder Virus.
Citation PLoS Pathog
SelectedGene PR
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 71
NumPts 71
Subtype B, CRF02_AG, C

 

Clinical PR Isolates


SubjectIsolatePIsWksPIMajorPIMinorCommonUnusual
1006_08 1006_08 None    M36I, N37D, L63P  
1012_09 1012_09 None    L19T, E35D, N37C, L63P, I64L, I93L  
1018_10 1018_10 None    T12S, I15V, L19I, C67S, H69Y  
1051_11 1051_11 None    L63P, H69Q  
1053_06 1053_06 None    L19I, R41K, L63P, I64L, H69Y  
119534 119534 None    L10I, E35D, N37S, I62V, L63S, I64M, I72V  
135466 135466 None  I54V, V82A, I84V, L90M L10F, L33F I13V, E35D, M36I, N37D, D60E, I62V, L63P, A71V, I72V, P79S  
136172 136172 None    T12S, K14R, R41K, L63P, A71T, V77I, I93L  
143200 143200 None    T12P, K14R, R41K, L63P, I64L, I93L  
147984 147984 None    I15V, E35D, L63A  
154162 154162 None    G16A, E35D, N37D, I62V, A71V, I72T, I93L  
159793 159793 None    I15L, N37D, D60E, L63P  
172508 172508 None    I15V, L19Q, K20M, E35D, M36I  
176952 176952 None    T12A, L19V, E35D, L63P, A71T, V82I, I93L  
231603 231603 None    E35D, M36I, N37D, I62V, L63P, A71T, V77I, Q92K  
255524 255524 None    K20R, M36I, R41K, L63P, V77I, I93L  
268977 268977 None    I15V, E35D  
284160 284160 None    I13V, R57K, D60E, L63P  
290307 290307 None    T12P, K14R, L19I, N37S, I62V, L63S, I93L  
293050 293050 None    K14R, M36I, Q61N, L63S, I64V, E65D, K70Q  
296004 296004 None    R41K, R57K, L63P, E65D  
320435 320435 None    N37S, R41K, I62V, L63S, I64M  
328659 328659 None    E35D, Y59F, L63P  
328893 328893 None    M36I, N37D, Q61E, I62V, L63P, I64L, I93L  
361974 361974 None    M36I, L63P, I64V  
366396 366396 None    T12S, L33I, N37S, R57K, I62V, L63P, I93L  
383086 383086 None    T12S, L19V, L63H  
394242 394242 None    E35D, D60E, L63P  
395718 395718 None    I13V, K14R, L63P, H69Q, V77I  
433768 433768 None    L33I, N37A, D60E, L63P, H69Y, I72E  
464704 464704 None    I13V, E35D, N37D, L63P, A71V, I93L  
479693 479693 None    T12R, I13V, L19V, N37S, R41K, R57K, L63P, I64V, V77I  
481216 481216 None    I15V, R57K, D60E, L63P, I72T  
481811 481811 None   L33F I13V, R41K, I62V, L63T, E65D, I72M  
489910 489910 None    T12P, K14R, L19I, M36I, R41K, L63A, I93L  
509452 509452 None    T12P, N37S, L63T, A71T, I72T, V77I, I93L  
556743 556743 None    E35D, P39T, L63P, I64V  
571373 571373 None    G16E, R41K, W42Y, R57K, I62V, L63P, I64L, A71T, I93L  
574194 574194 None    E35D, N37S, I62V, L63P, V77I, I93L  
585067 585067 None    L19I, E35D, N37D, P39Q, D60E, L63S, A71V, I93L  
587196 587196 None    L10I, L33V, E35D, R57K, L63Q, I64V, E65D, I93L  
607523 607523 None    L10V, E35D, N37D, R57K, L63P, I64L  
608647 608647 None   L33F I13V, M36I, N37S, R41K, R57K, D60E, I62V, L63P, I72L, I93L  
622166 622166 None    L19I, N37S, R41K, L63T, H69K, I93L  
635056 635056 None    I13V, E35D, L63P, A71V, V77I, I93L  
637829 637829 None    L10I, I62V, L63A, C67D, K70R, V77I, I93L  
654207 654207 None    T12A, K14R, L63P, I72V  
678584 678584 None    T12N, L63P  
689801 689801 None    N37D, R57K, D60E, L63P  
701114 701114 None    I13V, K14R, I15V, K20I, E35D, M36I, R41K, I64M, H69K, K70R, L89M  
702865 702865 None    I15V, R41K, D60E, I62V, L63N, I93L  
822582 822582 None    K14R, E35D, N37T, R41K, L63P  
862898 862898 None    T12I, R41K, I62V, L63Q, I64V, I93L  
863847 863847 None    L19I, K20R, M36L, N37D, L63P, I93L  
868558 868558 None    E35D, R41K, L63P, I93L  
880955 880955 None    G16E, N37S, P39S, I62V, L63P, H69Q, I93L  
882283 882283 None    E35D, N37D, L63P  
891439 891439 None    K20R, M36I, N37D, L63Q, H69Q, Q92K  
891676 891676 None    L10I, N37S, P39Q, R41K, D60E, L63T, I72T, V77I  
906153 906153 None    N37S, L63T, I72T, V77I  
912218 912218 None    I13V, M36I, Q61E, I62V, L63H  
923040 923040 None    L10V, T12I, L19V, N37A, I62V, L63P, I93L  
929172 929172 None    Q18L, L19I  
933384 933384 None    I15V, E35D, N37S, R41K, L63P, I93L  
947915 947915 None    L10V, E35D, M36I, N37S, R41K, R57K, I62V, L63C, A71V, I72V, V77I, I93L  
950965 950965 None    I15V, E35D, N37D, R57K, L63H  
954229 954229 None    I15V, M36I, L63S, I72T  
956306 956306 None    L63T, I72E, V77I  
963987 963987 None    I13V, L33I, L63P, A71T, T91I, I93L  
981600 981600 None    N37C  
996401 996401 None    I13V, K14R, R41K, D60E, L63P  

Database

Resources

Team