Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Ndiaye (2013)
Title HIV type 1 subtype C remains the predominant subtype in men having sex with men in Senegal.
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 60
NumPts 60
Subtype CRF02_AG, C, B, CRF09_cpx

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
MS1001 MS1001 None None  E138A V35T, T39S, K43S, K49R, S68G, K122P, I135V, S162A, E169A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, V276X  
MS1005 MS1005 None None   V21I, K32R, R83K, V90I, D123E, T200E, F214FL  
MS1019 MS1019 None None  E138A E6ED, V35T, T39S, K49R, S68G, K122Q, I135T, S162A, E169A, K173T, Q174E, D177E, I178M, G196E, T200A, E204K, Q207E, V245Q  
MS1021 MS1021 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173A, D177E, G196T, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, S251H, L260I, A272P, V276X, K277R  
MS1037 MS1037 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, A158S, K173A, Q174K, D177E, V179I, G196M, T200A, I202V, E204A, Q207E, R211K, V245Q, E248N, A272P P157S 
MS1043 MS1043 None None   V35T, E36A, T39E, D123E, I135M, E169T, K173T, D177E, G196V, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, L260I, A272P  
MS1044 MS1044 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, K122E, D123G, K173A, D177E, G196K, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245K, D250E, L260I, A272P, K277R, T286A, E291D, I293V, Q334N, G335D, R356K, G359T, V365I, K390R, A400T  
MS1047 MS1047 None None   E6EK, K32R, V35T, E36A, T39E, S48T, V118C, K122E, D123S, K173A, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245K, D250E, L260I, A272P, V276X  
MS1067 MS1067 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, A158S, K173A, Q174K, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245H, E248D, L260I, A272P  
MS1068 MS1068 None None  E138A V35T, T39S, K49R, S68G, K122Q, I135V, S162A, E169A, K173T, Q174E, D177E, I178M, G196E, T200A, E204K, Q207E, V245Q, E248D, D250E  
MS1072 MS1072 None None   K11T, V35T, T39E, S48T, K49R, K122E, D123N, I135V, E169Q, K173E, D177E, E194D, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, L260I, A272P  
MS1075 MS1075 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, K122E, D123GS, I135M, K173A, Q174K, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245H, E248D, D250E, L260I, A272P  
MS1078 MS1078 None None   K20R, V60I, R83K, V90I, K122P, I135T, S162Y, K173Q, P176S, T200A, R211K, V245E  
MS1083 MS1083 None None   K20R, V35T, E36D, V60I, K102E, D121H, K122E, S162A, K173T, Q174E, D177E, Q207E, V276X, K277R  
MS1088 MS1088 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, K122E, D123G, K173A, D177E, G196K, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245K, P247L, D250E, L260I, A272P  
MS1092 MS1092 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123S, I135M, K173A, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207A, R211AT, V245Q, D250E, L260I, A272P  
MS1100 MS1100 None None   V35T, E36D, K49R, V60I, D121Y, K122E, I135V, K173A, D177E, G196M, Q197K, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245E, L260I, A272P, V276I, K277R, T286A, E291D, I293V, Q334H, G335D, R356K, G359T, V365I, T377V, K390R, T397V, E399EG, A400T, E404D, E413D  
MS1106 MS1106 None None   K49R, K122E, D123G, I135T, S162C, K173T, D177E, V245K, A272P  
MS1115 MS1115 None None   K49R, R83K, V90I, I135T, I178V, S191SF, Q197QP, R211K, V245K  
MS1117 MS1117 None None  E138A V35T, T39S, K43S, K49R, S68G, K101Q, K122P, I135V, S162A, E169A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
MS1118 MS1118 None None  E138A V35T, T39S, K43S, K49R, S68G, T69N, K122P, I135V, S162A, E169A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
MS1120 MS1120 None None   V35T, E36D, V60I, D121Y, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174QK, D177E, T200A, Q207G K22IRT 
MS1122 MS1122 None None   V35T, E36D, I50V, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207G  
MS1124 MS1124 None None   E29ED, V35T, E36A, T39E, S48T, K122KE, D123X, I135X, S162SC, E169EK, K173A, D177E, G196MV, T200A, I202V, Q207EG, R211K, V245H, D250E, L260I, A272P, K275KQ, K281KR, T286TA, E291D, I293IV, Q334H, G335D, R356RK, G359T, T369TA, K390R, A400T, E404D  
MS1151 MS1151 None None   V35T, E36D, V60I, D121Y, K122E, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245E  
MS1152 MS1152 None None   V35T, T39L, D86DE, K122Q, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
MS1157 MS1157 None None   V35T, E36D, V60I, D121Y, K122E, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207G, R211K, V245E  
MS1162 MS1162 None None   K49R, R83K, V90I, K122R, I135T, K173E, D177E, I178V, V245K, A272P, V276T  
MS1165 MS1165 None None   V35T, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245E  
MS1169 MS1169 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, I135M, E169K, K173A, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, L260I, A272P  
MS1177 MS1177 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, I135V, E169K, K173A, D177E, G196V, T200A, I202V, Q207G, R211K, V245Q, D250E, L260I, A272P, K275Q, T286A, E291D, I293V, Q334N, G335D, R356K, G359T, T377M, K390R, A400T, E404D, E413D  
MS1178 MS1178 None None   V35K, T39E, S48T, K122E, D123S, I135T, S162C, K173A, Q174K, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, D250E, L260I, A272P  
MS1179 MS1179 None None   V21I, V35T, E40D, K49R, V60I, K64R, I135T, S163T, K173R, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
MS1184 MS1184 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123G, I135V, K173A, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, E248D, D250E, L260I, A272P  
MS1186 MS1186 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123S, I135M, K173A, D177E, I178L, G196M, T200A, I202V, Q207K, R211A, V245K, D250E, L260I, A272P  
MS1189 MS1189 None None   I5V, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, I135M, S163T, E169K, K173E, D177E, G196MV, T200A, I202V, Q207G, R211K, V245Q, E248D, D250E, L260I, A272P, K275Q  
MS1193 MS1193 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, I135M, S162N, E169K, K173A, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, L260I, A272P, K275Q, T286A, E291D, I293V, Q332QR, Q334H, G335D, R356K, G359T, T377M, K390R, A400T, E404D, E413D  
MS1196 MS1196 None None   V35T, T39E, K122E, D123G, I135M, E169T, K173A, D177E, G196V, T200A, I202V, Q207K, R211A, V245H, D250E, L260I, A272P  
MS1200 MS1200 NRTI NNRTI  Y181C, H221HY T27S, V35T, E36EA, T39E, S48T, K122E, D123N, A158S, K173A, Q174K, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, E248D, L260I, A272P, K277R  
MS1208 MS1208 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123G, K173A, D177E, G196K, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, L260I, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, Q334H, G335D, R356K, G359A, V365I, K390R, A400T  
MS1215 MS1215 None None   V35T, V60I, S68SG, K102N, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245M  
MS1225 MS1225 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, A158S, S163T, T165I, K173A, Q174K, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245H, E248D, L260I, A272P  
MS1226 MS1226 None None   K49R, R83K, V90I, K122R, I135T, D177E, I178V, V245K, A272P, V276T, I293V, R307K, Q334W, M357T, A360T, K390R, K395R, A400S, E413D Q407QL 
MS1229 MS1229 None None   V35T, E36D, T39M, S68G, K122P, I135IV, S162A, E169D, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
MS1237 MS1237 None None  E138A V35T, T39S, K43S, K49R, S68G, K102R, K122P, I135V, S162A, E169A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245K  
MS1248 MS1248 None None  E138A V35T, T39S, K43S, K49R, S68G, K122P, I135V, S162A, E169A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, V276X, K277R  
MS1259 MS1259 None None   V35K, T39E, K122E, D123S, I135T, S162C, K173A, D177E, G196M, T200A, I202V, Q207E, P243T, V245Q, D250E, L260I, A272P  
MS1268 MS1268 None None   V21I, V35T, I37IF, I47IF, V60I, K64R, R72K, D123E, I135T, S163T, K173R, Q174K, P176Q, V179I, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, E248N, A272P  
MS1289 MS1289 None None   K20R, V35T, E36D, V60I, D121H, K122E, S162A, K173T, Q174E, D177E, Q207E, V276X, K277R  
MS1292 MS1292 None None   V35T, E36D, V60I, D121Y, K122E, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245E  
MS1296 MS1296 None None   V35T, E36D, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245Q K73KN 
MS1302 MS1302 None None   K32R, K49R, R83K, V90I, T200A, V245K, V276T  
MS2016 MS2016 None None  V106I M16V, V35I, S48T, K49R, R83K, D123DN, E169D, K173E, I178L, G196K, R211K, V245E, A272P, V276T, G333E, Q334M, R356K, M357T, A360T, A376T, T377K, T386I, K390R, A400T, T403P, E413EK, T439L  
MS2054 MS2054 NRTI NNRTI M184MV K103N, V108I V35T, E36D, T39M, K101Q, K122P, I135V, S162A, E169D, K173T, Q174KR, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
MS3007 MS3007 None None   A158S, I159IV, S162A, E169Q, K173T, Q174E, T200A, Q207E, V245Q  
MS3022 MS3022 None None   K11T, V35T, E36D, V60I, D121Y, K122E, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245E  
MS4017 MS4017 None None   K20R, V35T, K49R, V60I, D121H, K122E, I135T, Q174R, D177E, I178V, V179I, T200A, K201T, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P  
MS4026 MS4026 None None   V35T, E36A, V60I, K102E, D121Y, K122E, S162A, K173T, Q174E, D177E, Q207E  
MS4040 MS4040 None None   K32E, V35T, E36A, V60I, K102E, D121HY, K122E, I135R, S162A, K173T, Q174K, D177E, Q207E, V245E  
MS4077 MS4077 None None K70N  K20R, V35T, E36D, V60I, K102E, G112GE, D121H, K122E, S162A, K173T, Q174E, D177E, Q207E, S268X Q91QLP, D123DY