Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Milne (2019)
Title Minority and majority pre-treatment HIV-1 drug resistance associated with failure of 1st-line NNRTI ART in Kenyan women.
Citation AIDS
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 170
NumPts 170
Subtype A, D, C, B, CRF35_AD, G, CRF10_CD

 

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Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 170 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
15482e_NAU53_ce 15482e_NAU53_ce None None   E6D, K11T, V21I, V35T, T39R, V60I, K122E, D123S, I135T, K173S, V179I, I202V, Q207A, R211K  
15975e_MYG38_ce 15975e_MYG38_ce None None   V21I, V35T, T39M, V60I, K122KE, I135T, K173A, D177E, V179VI, V189VI, Q207A, R211S  
16335e_MWX56_ce 16335e_MWX56_ce None None   V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
16562e_OYW56_ce 16562e_OYW56_ce None None   K11KT, V35T, T39A, E40D, K122E, D123N, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211K, F214L  
17427e_MWW40_ce 17427e_MWW40_ce None None   V35T, E40D, K49R, V60I, I135T, E169D, D177E, I178IM, V179I, T200S, Q207E, R211K  
20214e 20214e None None  E138EA V21I, K32KI, V35T, T39TK, V60I, K122E, D123N, I135T, S162SC, K173X, Q174K, D177DE, V179I, Q207AD  
20313e_NAU55_ce 20313e_NAU55_ce None None   E29D, V35T, T39A, S48T, K122E, D123N, I135T, I142V, K173S, Q174K, D177E, V179VI, T200A, Q207A, R211S  
20494e_MWW39_ce 20494e_MWW39_ce None None   V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, S162A, K173S, Q174K, D177E, I178IV, V179I, T200TA, I202V, Q207A, R211K  
22061e_MWW31_ce 22061e_MWW31_ce None None   E6D, V21I, V35T, T39A, E40D, V60I, K122E, D123S, I135T, D177E, I178LM, G196K, T200I, I202IV, Q207G, R211K  
22457e_NAU58_ce 22457e_NAU58_ce None None   V35T, T39TIM, E40ED, V60I, K122E, D123S, I135T, K173L, Q174K, D177E, V179I, G196GE, Q197QK, Q207A, R211S  
22931e_NBI50_ce 22931e_NBI50_ce None None   P4PS, K11T, K20R, V21I, V35T, V60I, K122KE, D123N, S162C, K173S, Q174K, D177E, I178L, V179I, Q207A, R211K  
24199e_MYG40_ce 24199e_MYG40_ce None None   K32R, V35T, T39M, V60I, K122E, D123N, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211K  
28136e_OYW58 28136e_OYW58 None None  E138A E6D, V35T, T39M, D121H, K122E, D123S, I135T, S162C, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200TA, Q207A, R211X  
28490e_NTB130_ce 28490e_NTB130_ce None None   K20R, V35T, E40D, V60I, T69S, V118I, K122E, I135T, T165I, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, F214L  
28521e_NHR58_ce 28521e_NHR58_ce None None   V35T, E40ED, K43KQ, K49KR, I50V, V60I, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
28770e_MYF35_ce 28770e_MYF35_ce None None   K20R, E28A, V35T, V60I, D121H, K122E, I142V, K173LS, V179I, T200A, Q207A, R211S  
30027e 30027e None None   V35T, E36A, T39D, I47L, S48T, K49KR, V60I, K122E, I135R, K173T, D177DE, V179VI, T200A, Q207E, R211K  
30172e 30172e None None   I5IV, E6EK, V35T, T39K, P55PS, D121Y, K122E, D177E, Q207E, R211K K126KE 
30518e_OYW53_ce 30518e_OYW53_ce None None   V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
31834e_MWW32_ce 31834e_MWW32_ce None None   K20KR, V35T, E36EA, T39E, S48T, K122E, D123NS, A158S, S162A, K173A, G196V, T200A, Q207E, R211K  
33658e_OYW51_ce 33658e_OYW51_ce None None   I5V, V35I, V60I, K122E, D123N, I135T, I142V, K173L, Q174K, D177E, I178L, V179I, G196A, T200A, I202V, Q207K, R211S  
40825e 40825e None None   V35M, K43KR, E44D, V60I, D121Y, K122E, I132V, I135R, I178L, Q207G, R211K, F214L  
41364e_TST31_ce 41364e_TST31_ce None None   K11E, T27S, V35T, T39L, D121H, K122E, D123S, I135T, T165I, K173S, Q174K, D177E, V179I, G196E, T200A, Q207A, R211S, V245K, D250E  
41440e_MYY58_ce 41440e_MYY58_ce None None   V35T, V60I, D121H, K122KE, D123DE, K173S, Q174K, D177E, V179I, G196E, Q207A, R211S  
43828e_MYF32_ce 43828e_MYF32_ce None None   K11E, K20R, V35T, T39A, V60I, D121H, K122E, D123S, I135T, K173S, Q207A, R211RS  
44017e_NAU49_ce 44017e_NAU49_ce None None   T27S, V35T, E40D, V60I, K102Q, D123DE, I142T, I178ILM, Q207D, R211K  
44602e_NAU54_ce 44602e_NAU54_ce None None   E6D, K11T, K20R, V35T, T39K, K43Q, K122E, D123N, K166KR, K173AT, D177E, V189VI, Q207E  
45053e_MYY49_ce 45053e_MYY49_ce None None  V106VI V21VI, V35T, T39M, K49KR, V60I, K122E, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200TA, Q207A  
45804e_MYG33_ce 45804e_MYG33_ce None None   V35T, V60I, D121Y, K122E, I135T, K173S, Q174K, D177DN, V179I, T200E, Q207A, R211S  
47780e_NHR68_ce 47780e_NHR68_ce None None   E6N, K11T, L34I, V35T, K49R, V60I, T69TN, D121C, K122E, S162A, E169D, I178M, T200R, Q207E, R211K  
48299e_NEV49_ce 48299e_NEV49_ce None None   K11X, K20R, V35A, T39A, E40ED, S48T, V60I, D121Y, K122E, S162A, K173S, Q174K, I178L, V179I, V189VI, Q207A, R211S  
49108e_MWW34_ce 49108e_MWW34_ce None None   K11T, K20R, V21I, V35T, T39KR, D123N, K173S, D177E, V179I, Q207A, P225S P217PS 
50100e_OYW49_ce 50100e_OYW49_ce None None   P4H, V35T, T39M, V60I, D121H, K122E, I135T, K173S, Q174K, D177E, I178IM, V179I, Q207A, R211S P9E 
55696_MWW36_ce 55696_MWW36_ce None None D67N, K70R, M184V, T215TI, K219Q G190A V35T, T39L, V60I, T69N, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, P176PS, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211K  
56898e_NBI53_ce 56898e_NBI53_ce None None   E28A, V35T, E40D, V60I, D121H, K122E, I135T, I142IV, K173LS, Q174K, D177E, V179VI, T200TA, Q207A, R211X, F214FL  
63246e 63246e_PBMC None None   E6S, V35T, V60I, K122E, D123N, I135T, I142V, K166R, K173E, Q174R, D177E, V179I, T200TA, Q207A, R211S  
66309e 66309e None None   K32KN, V35I, S48T, V60I, D121Y, K122E, I135IT, D177E, I178M, V179I, Q207E, R211K, E224EK  
66893e_OYW57_ce 66893e_OYW57_ce None None   V35T, V60I, K122E, D123DG, I135T, I142IV, S162A, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200TA, Q207E, R211S  
68045e_MWW33_ce 68045e_MWW33_ce None None   K20R, V35T, T39TA, V60I, K64R, K102KQ, K122E, D123N, I135T, I142V, K173L, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
68509e_NBI57_ce 68509e_NBI57_ce None None   V21I, V35K, T39A, S48T, V60I, K122E, D123S, I135T, T165I, K173S, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
69791e_MWW38_ce 69791e_MWW38_ce None None   P4Q, I5V, V35T, T39TA, E40ED, K43R, V60I, K122E, D123T, I135T, K173X, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S, F214L  
69833e_OYW54 69833e_OYW54 None None   E6N, V8VI, K11H, V35T, K49R, V60I, D121H, K122E, S162D, D177E, I178M, T200TA, Q207E, R211K  
70545e_OYW52_ce 70545e_OYW52_ce None None   V35T, T39E, V60I, K122E, D123X, I135T, K166KR, K173L, D177E, T200I, Q207E, R211K  
70717e_OYW55_ce 70717e_OYW55_ce None None   K32R, V35T, E40D, K49R, V60I, D123E, I135T, D177E, I178V, T200IL, I202V, Q207E, R211K  
71369e_MYG34_ce 71369e_MYG34_ce None None   V35T, V60I, K122A, I135T, D177E, I178M, T200K, Q207G, R211K  
74975e_MYG39_ce 74975e_MYG39_ce None None K70KR  T27TA, V35T, E40ED, V60I, K122E, D123N, I135T, K173A, Q174QK, D177E, V179VI, T200TA, Q207A, R211RS  
75584e 75584e_PBMC None None   K11KT, K20KR, V21I, V35T, T39IM, V60I, K122E, D123DN, I135IT, S162SC, K173AS, D177E, V179VI, V189VI, T200TA, I202IV, Q207A, R211S E224KR 
76640e 76640e None None   E28K, K32E, K49R, I50V, V60I, D121Y, K122E, I135T, A158S, S162A, D177E, I178M, T200I, Q207G, R211K  
76814e_MYG31_ce 76814e_MYG31_ce None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123E, K166KR, K173A, D177N, G196T, T200A, I202V, Q207E, R211K  
77933e 77933e None None  E138A V21I, V35T, T39K, V60I, K122E, D123N, I135T, S162C, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A K32IV 
78330e_OYW50 78330e_OYW50 None None   V35T, E36D, T39L, E44ED, V60I, K101KR, K122E, D123S, I135T, K173AT, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S  
79114e 79114e None None   V35T, E40ED, K49R, V60I, K122E, D123N, S162SN, D177E, I178IM, Q207QK, R211K  
79992e_MWX54_ce 79992e_MWX54_ce None None   V35T, T39L, V60I, D177E, I178M, G196E, Q207E, R211K  
80351e 80351e_PBMC None None   K11T, V35IT, K122E, D123S, I135T, K173S, D177E, V179I, Q207A, R211S  
81010e_MWX58_ce 81010e_MWX58_ce None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48T, D121H, K122E, D123S, S162C, K173A, D177E, G196E, T200A, Q207A, R211K  
81251e 81251e None None   E6K, K20R, V35T, E40D, K49KR, V60I, V118VI, K122E, K173L, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, F214L  
81297e 81297e None None  K103KN K11T, K20KR, V21I, V35T, T39R, K122E, D123N, S162C, K173S, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S  
81902e 81902e_PBMC None None   V35T, T39TM, E40ED, V60I, D121H, K122E, I135T, K173A, Q174K, V179I, Q207A, R211S  
81902e_MWX53_ce 81902e_MWX53_ce None None   V35T, T39TIM, E40ED, V60I, D121H, K122E, I135T, K173A, Q174K, V179I, Q207A, R211S  
82093e_NBI55_ce 82093e_NBI55_ce None None   P4S, V35T, E40D, S48T, V60I, D121H, K122E, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
82643e_NTB137_ce 82643e_NTB137_ce None None   V35I, V60I, D121Y, K122E, I135L, T165I, Q174R, D177E, I178M, T200L, Q207E, R211K  
84272e_NAU50_ce 84272e_NAU50_ce None None  E138EA I5V, V35T, V60I, K64R, D121HY, K122E, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, G196GE, Q197QL, Q207A, R211S  
88197e_MYG32_ce 88197e_MYG32_ce None None   T27TS, V35T, E36A, T39D, S48T, K49R, K173T, Q174K, G196E, T200A, Q207E, R211RK  
89492e_NAU56_ce 89492e_NAU56_ce None None   V21VI, V35T, T39MR, K49R, V60I, D121DY, K122E, I135M, E169D, D177E, V189VI, T200A, Q207E, R211K  
90162e_MYY50_ce 90162e_MYY50_ce None None   E6K, V35T, T39N, E40D, V60I, K122E, I135T, I142T, K173L, Q174K, D177DE, T200A, I202IV, Q207A, R211S, F214L  
90909e_MWX49_ce 90909e_MWX49_ce None None   V35T, T39A, E40D, K49R, V60I, D121Y, K122E, I135IT, I142IV, D177E, T200S, Q207D, R211K  
92743e_NHR49_ce 92743e_NHR49_ce None None M184V G190A V35T, T39A, E40D, I47L, K49R, V60I, K101A, K122E, D123S, S162AD, D177E, V179I, T200M, Q207G, R211K  
92744e_OYW59_ce 92744e_OYW59_ce None None   V35T, T39Q, V60I, K122E, D123S, I135T, A158S, T165I, K173AS, Q174K, D177E, V179I, T200TA, Q207A, R211S  
95651e_MWX55_ce 95651e_MWX55_ce None None   K11Q, V35T, K49R, V60I, K122E, D123N, I135T, T165TI, K173S, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200V, Q207A, R211RK  
96377e_NBI51_ce 96377e_NBI51_ce None None   V35T, V60I, D121Y, K122E, D177E, I178M, T200I, Q207X, R211K  
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