Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Arimide (2018)
Title HIV-genetic diversity and drug resistance transmission clusters in Gondar, Northern Ethiopia, 2003-2013.
Citation PLoS ONE
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 67
NumPts 67
Subtype C, A, B

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
ETHTDRGON001 ETHTDRGON001 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, A158S, K173A, D177E, G196K, Q197L, T200AS, Q207A, R211K, V245Q  
ETHTDRGON010 ETHTDRGON010 None None  E138A K20R, V35T, T39E, S48T, K122E, D123NS, S162C, E169ED, K173A, Q174X, D177E, T200A, Q207E, R211K, P243PT, V245Q, D250E  
ETHTDRGON011 ETHTDRGON011 None None   V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, A158S, I159V, K173A, D177E, T200A, E203D, E204K, Q207E, V245K  
ETHTDRGON015 ETHTDRGON015 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, K122E, D123S, A158S, S162A, K173A, D177E, T200A, Q207G, R211K, V245Q K22Q 
ETHTDRGON016 ETHTDRGON016 None None   V35T, E36EV, T39D, K103R, K122KE, K173A, D177E, V179VI, G196K, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q  
ETHTDRGON018 ETHTDRGON018 None None   P4T, E6ED, E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, I135T, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248N  
ETHTDRGON029 ETHTDRGON029 None None  V179D V35T, T39E, K43R, A98S, K102KQ, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, I178LM, T200A, Q207E, R211RK, F214L, V245Q  
ETHTDRGON030 ETHTDRGON030 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, I135T, E169D, K173AV, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245E, E248D, D250E  
ETHTDRGON038 ETHTDRGON038 None None   V35T, E36A, T39D, K49R, V60I, A98S, K122E, D123NS, K173A, Q174QK, D177E, V179T, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D, D250E  
ETHTDRGON039 ETHTDRGON039 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K102R, D121H, K122E, A158S, T165I, K173A, Q174K, D177E, G196E, Q197K, T200A, Q207E, V245Q  
ETHTDRGON043 ETHTDRGON043 None None   P14A, V35T, T39E, S48T, K173A, D177E, E194D, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, E248N, D250E  
ETHTDRGON044 ETHTDRGON044 None None   V21VI, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123GS, I142V, K173T, D177E, I178L, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
ETHTDRGON045 ETHTDRGON045 None None   E6EK, V8I, K20R, K32E, V35T, E36A, T39E, K49R, K122E, I135R, A158S, K173A, D177E, V189VI, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
ETHTDRGON047 ETHTDRGON047 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, K43KQ, K49R, I50IV, K122E, D123G, A158S, E169D, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, V245Q, E248V  
ETHTDRGON048 ETHTDRGON048 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, S162AT, T165TI, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245Q, E248D, D250E, S251AD  
ETHTDRGON049 ETHTDRGON049 None None   K20KR, V35T, E36A, T39E, V60I, K122KE, I135L, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
ETHTDRGON050 ETHTDRGON050 None None   E6ED, V35M, E36A, T39E, E40ED, S48T, V60I, K122E, D123S, I135T, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245Q  
ETHTDRGON052 ETHTDRGON052 None None   V8I, E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60VI, K102KQ, K122E, D123NS, I135T, Q145M, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
ETHTDRGON053 ETHTDRGON053 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, A158S, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207E, F214FL, V245Q, E248D, D250E  
ETHTDRGON055 ETHTDRGON055 None None  K103KN E6ED, K22KR, V35X, T39X, K122KE, D123X, I135IT, I142IV, K173X, Q174QK, D177DE, I195IL, T200TA, Q207QE, R211RK, F214FL  
ETHTDRGON056 ETHTDRGON056 None None  G190S K20R, V35T, T39E, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, K173L, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
ETHTDRGON058 ETHTDRGON058 None None  K103KN, E138EA K20R, V35T, E36A, T39D, V60I, K122E, D123G, A158AS, T165TI, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, D250N  
ETHTDRGON059 ETHTDRGON059 None None   V35T, T39E, V60VI, K122E, D123DG, I135T, S162C, K173S, Q174K, D177E, G196E, Q207A, V245E, E248D  
ETHTDRGON060 ETHTDRGON060 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123S, I135V, Q145C, K173T, Q174K, D177EK, G196K, Q197E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
ETHTDRGON061 ETHTDRGON061 None None   V35T, E36A, T39E, E40ED, S48T, K122E, D123N, I142V, A158S, K173S, D177E, T200A, R211K, V245K  
ETHTDRGON062 ETHTDRGON062 None None  V179E K20R, T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, A158S, K173A, D177E, G196K, Q197K, T200E, Q207E, R211RK, V245Q  
ETHTDRGON063 ETHTDRGON063 None None   V35T, T39D, K49R, A98S, K122E, D123N, I159V, K173T, D177E, T200A, E204K, Q207E, R211K, V245K, D250E  
ETHTDRGON064 ETHTDRGON064 None None   E29D, V35T, T39A, S48T, K101Q, K122E, D123G, K173S, Q174K, D177G, V179I, T200A, Q207E, V245Q  
ETHTDRGON066 ETHTDRGON066 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, Q145V, A158S, K173T, Q174K, Q197PR, T200D, I202IV, Q207E, V245K, E248D  
ETHTDRGON068 ETHTDRGON068 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, K122E, D123G, A158S, K173A, D177E, T200I, Q207A, R211K, V245Q, D250E, S251D  
ETHTDRGON069 ETHTDRGON069 None None   V35T, T39N, S48T, V60I, K122E, D123S, I135IV, I142IV, A158AS, S162A, T165I, K173A, D177E, T200TA, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
ETHTDRGON070 ETHTDRGON070 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, I135T, K173A, D177E, I178L, T200A, E204EK, Q207E, V245Q, E248D, D250S  
ETHTDRGON071 ETHTDRGON071 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, D123S, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
ETHTDRGON072 ETHTDRGON072 None None   V35T, E36M, T39E, K43KN, K49R, A98S, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, I202IV, Q207E, R211K, V245Q  
ETHTDRGON073 ETHTDRGON073 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, I142V, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, K249Q  
ETHTDRGON075 ETHTDRGON075 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, K101KR, T139TA, A158S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, E248D  
ETHTDRGON077 ETHTDRGON077 None None   K20R, V35M, E36A, T39E, S48T, K122E, K173A, Q174K, D177E, G196K, I202V, Q207E, F214L, V245Q, D250DA  
ETHTDRGON078 ETHTDRGON078 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248V  
ETHTDRGON079 ETHTDRGON079 None None   E6D, K20R, V35T, E36A, T39E, K122E, D123S, I135IV, T139A, A158AS, K173AT, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
ETHTDRGON080 ETHTDRGON080 None None   V35T, E36EA, T39K, E40D, K122E, D123S, K173T, D177E, Q207KR, V245N, D250E  
ETHTDRGON081 ETHTDRGON081 None None   K20R, V35T, E36V, T39E, K104N, E169D, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248N  
ETHTDRGON082 ETHTDRGON082 None None   K20R, V35T, T39E, E40D, K49R, K122E, D123S, A158S, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200E, Q207K, R211A, V245Q  
ETHTDRGON083 ETHTDRGON083 None None   V35T, T39E, S48T, K104R, V118I, K122E, K166R, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q  
ETHTDRGON084 ETHTDRGON084 None None   V8I, V35T, T39E, E40D, K101R, K122E, D123S, K166R, K173A, D177E, T200I, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, S251SN  
ETHTDRGON085 ETHTDRGON085 None None   V35T, E36A, T39D, V60VI, K64R, K173A, D177E, E194D, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, E248N, D250E  
ETHTDRGON086 ETHTDRGON086 None None   V35T, E36A, T39E, A98S, K122E, D123S, I135L, T139A, I142IT, A158S, K173A, D177E, T200A, E203D, Q207E, R211KT, V245E, D250E, S251N  
ETHTDRGON087 ETHTDRGON087 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, A98S, K122E, D123G, T139A, S162C, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207D, R211K, V245Q  
ETHTDRGON088 ETHTDRGON088 None None  Y181YC V35T, E36A, T39E, E40D, K49R, K122E, D123G, A158S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, V245E, E248D, D250E  
ETHTDRGON089 ETHTDRGON089 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123S, I142V, A158AS, S163ST, T165I, K173AT, Q174R, D177E, G196E, T200A, Q207E, V245Q  
ETHTDRGON091 ETHTDRGON091 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123X, I135T, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245H, E248ED  
ETHTDRGON092 ETHTDRGON092 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, I135T, S162ST, K173A, Q174X, D177E, T200A, Q207E, V245H, E248D, D250E  
ETHTDRGON094 ETHTDRGON094 None None   V35T, T39E, D86DE, A98S, K101R, K122E, D123N, K166R, K173A, Q174E, D177E, T200A, Q207E, V245Q, D250E, S251C  
ETHTDRGON507 ETHTDRGON507 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, D121Y, K122E, D123G, I135T, S162C, K173A, D177E, I178L, T200A, Q207E, V245E, D250EG  
ETHTDRGON508 ETHTDRGON508 None None   V35T, T39E, A98S, K122E, D123S, I135R, A158S, K173A, Q174R, Q207E, V245K, D250E  
ETHTDRGON510 ETHTDRGON510 None None   V35T, T39E, A98S, K122E, D123DG, I135T, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, V245E V189VE 
ETHTDRGON511 ETHTDRGON511 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, K49KR, I50V, V60I, K122E, D123G, I135MT, K173A, Q174K, N175H, T200A, Q207D, R211K, V245Q, D250E  
ETHTDRGON513 ETHTDRGON513 None None   V35T, T39E, K64R, A98S, K122E, D123N, I135V, A158S, K173A, Q174K, D177E, I195IM, T200AV, Q207E, V245Q  
ETHTDRGON514 ETHTDRGON514 None None  E138A V35T, E36A, T39E, K49R, A98S, K122E, D123G, T139V, A158S, K173T, Q174K, D177E, I178IV, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, S251D  
ETHTDRGON516 ETHTDRGON516 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123S, I135T, K173T, D177E, T200A, Q207A, V245K, D250E  
ETHTDRGON518 ETHTDRGON518 None None   V35IMT, E36A, T39E, S48T, E53D, K122DE, D123S, A158S, K173A, D177E, E194D, G196K, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
ETHTDRGON519 ETHTDRGON519 None None   V8VI, K11R, V35T, E36A, T39DE, K49R, E53D, K122E, D123G, S162SN, K166R, K173A, D177E, I178M, T200TA, E204Q, Q207E, R211RK, V245Q, E248N  
ETHTDRGON520 ETHTDRGON520 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, I135T, K173A, D177E, G196K, T200A, R206Q, Q207A, R211K, V245Q, E248D  
ETHTDRGON522 ETHTDRGON522 None None   V35T, T39K, K43KE, K49R, K102KQ, K122E, D123N, A158S, S162C, K173T, D177E, T200R, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
ETHTDRGON526 ETHTDRGON526 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, K173A, D177E, G196KR, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, E248N  
ETHTDRGON527 ETHTDRGON527 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, I142T, A158S, K173A, D177Q, T200A, Q207E, R211K, V245E  
ETHTDRGON528 ETHTDRGON528 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123G, A158S, S162C, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
GONDORHIVDR051 GONDORHIVDR051 None None   K11Q, K20R, V35T, E36A, T39E, E40ED, K122E, D123N, I135T, S162C, K173A, D177E, T200AE, Q207D, R211K, V245Q, E248N  

Database

Resources

Team