Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Rasmussen (2018)
Title Tracking external introductions of HIV using phylodynamics reveals a major source of infections in rural KwaZulu-Natal, South Africa.
Citation Virus Evol
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 212
NumPts 212
Subtype C

 

  Page 1 of 3    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 212 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
1001155 1001155 None None   P4S, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, I135K, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V  
1008973 1008973 None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, I135V, S162C, K173A, Q174K, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, T286A, E291D, V292I, I293V  
1009132 1009132 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K102Q, D123S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1009162 1009162 None None   I31M, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, Q174R, D177G, G196E, T200A, Q207E, V245K, A272P, K275R, Q278H, E291D, V292I, I293V  
1011979 1011979 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, V90I, K122E, D123G, I135V, I142V, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207N, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1012606 1012606 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123S, S162C, K173T, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, V245Q, A272P, I274V, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1013115 1013115 None None  K103N E6D, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, K173AT, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1013393 1013393 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123T, K173R, D177E, T200V, Q207E, R211K, V245K, A272P, K275Q, K277R, Q278N, T286A, E291D, V292I, I293V K73N 
1014055 1014055 None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, A98S, K122E, I135V, K173A, Q174K, D177E, T200E, Q207E, F214L, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V  
1014219 1014219 None None   V35T, T39A, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245K, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
1014283 1014283 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K102Q, K122E, D123N, S162C, K173A, Q207E, R211K, V245Q, T286A, V292I, I293V  
1014347 1014347 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123S, S162A, K166R, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245Q, E248D, D250E, A272P, K275Q, K277R, E291D, V292I, I293V  
1014681 1014681 None None  V179D K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, S251D, A272K, Q278E, T286A, E291D, V292I  
1015015 1015015 None None   E6A, V35I, T39D, S48T, D123E, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, Y271F, A272P, K277T, T286A, E291D, V292I, I293V  
1015177 1015177 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, E248EK, K281R, R284K, T286A, K287R, E291D, V292I, I293V  
1015287 1015287 None None   K11Q, A33S, V35T, E36A, T39E, S48T, I63L, D121Y, K122E, D123G, S162C, T165I, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, D250E, A272P, T286V, E291D, V292I, I293V P140PS 
1015362 1015362 None None  K101E, E138A E6K, V35T, E36A, T39E, S48E, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, E248V, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
1015471 1015471 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, E53D, D121Y, K122E, S162Y, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, E248T, D250E, A272P, E291D, V292I, I293V  
1015683 1015683 None None   V21I, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, S162C, K173T, Q174K, D177E, T200A, E204K, Q207E, V245Q, A272S, E291D, V292I, I293V W266R 
1015807 1015807 None None  V106M, E138A P4S, V35T, T39E, S48T, K64R, K122E, S162C, K173A, D177E, I178L, V179I, T200A, E204K, Q207D, R211K, V245Q, A272Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1015994 1015994 None None  K103N V35T, T39DE, S48T, V60I, K122E, D123G, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207K, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1016209 1016209 None None   V35T, E36A, T39DE, S48T, V60VI, K122E, D123GS, I135IV, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K, D237N, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T  
1016901 1016901 None None   K11Q, V35T, T39K, D121Y, K122E, D123G, I135T, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K277R, T286V, E291D, V292I, I293V  
1016939 1016939 None None   V35K, T39E, S48T, V60I, K173A, D177E, T200A, R211K, V245K, A272P, K275R, K277N, Q278K, T286A, E291D, V292I, I293V  
1017360 1017360 None None   V35T, E36A, T39K, K43E, S48T, E53D, V60I, V118I, K122E, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, K281R, E291D, V292I, I293V  
1017571 1017571 None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48T, V118I, K122E, D123G, T165I, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, Q278N, T286A, I293V  
1017679 1017679 None None   V35T, T39K, S48T, V60I, K102Q, K122E, I142T, K173A, Q174K, D177E, Q197K, T200A, I202V, Q207E, R211Q, V245K, A272P, I274V, Q278N, K281R, E291D, V292I, I293V  
1017943 1017943 None None   K11R, V21I, V35T, T39E, E40D, V60I, T131P, K173I, Q174K, E194K, Q197L, T200A, I202V, Q207K, R211K, V245Q, A272P, K277S, Q278R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1017950 1017950 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, T286A, V292I, I293V  
1018023 1018023 None None D67N, T215A, K219Q Y181C, G190A, H221Y V35T, T39E, S48T, V60I, K101Q, D121H, K122E, R125K, T165I, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, E203K, Q207E, R211K, F214L, D218E, V245K, D250E, A272P, K275Q, T286V, A288T, E291D, V292I, I293V  
1018332 1018332 None None   K32R, V35T, T39K, S48T, I50V, V60I, K122E, D123N, S162C, K173E, D177E, T200A, Q207E, V245K, A272P, K277R, T286V, E291D, V292I, I293V  
1018577 1018577 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, D177G, T200A, Q207E, R211K, V245Q, S251N, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1018671 1018671 None None   P4S, K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162A, K173A, D177E, G196K, T200A, E204D, Q207A, R211K, V245Q, E248D, D250E, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1018920 1018920 None None M41L, T215F K103S E28A, K32R, V35T, T39A, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, S162C, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272S, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1019646 1019646 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1019696 1019696 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, A158S, K173A, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1019831 1019831 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, D123N, K173A, Q174K, I178L, G196E, T200A, Q207S, R211K, F214L, V245Q, E248D, I257L, A272P, V276I, K281R, E291D, V292I, I293V  
1019835 1019835 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, V60I, I135V, K173A, Q174K, D177E, I178M, G196R, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, E297A  
1020064 1020064 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, Q174K, T200A, Q207N, R211K, V245Q, D250E, A272P, R284K, T286A, V292I, I293V  
1020275 1020275 None None   V35T, T39E, S48T, K103R, K122E, D123S, K173T, Q174R, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, I274V, K277R, Q278N, E291D, V292I, I293V  
1020593 1020593 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207G, R211K, V245Q, D250E, A272P, I274V, K275R, E291D, P294T, E297K  
1021098 1021098 None None  K103N V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K166R, K173A, Q174D, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245K, A272P, K277G, T286A, E291D, V292I, I293V  
1021453 1021453 None None   P4S, V35T, T39K, S48T, V60I, K122E, D123G, S162C, K173T, I195L, T200A, Q207E, V245Q, D250E, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1022090 1022090 None None  E138A V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, K173T, Q174R, I178V, V179I, G196E, T200A, Q207E, V245K, A272P, E291D, V292I  
1022254 1022254 None None   V8I, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173T, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, E248D, T286A, E291D, V292I, I293V  
1022644 1022644 None None   V35M, E36A, T39E, S48T, S162H, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, E204D, Q207N, R211K, V245Q, A272P, Q278N, E291D, V292I  
1022816 1022816 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, T165I, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, V276T, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V  
1022852 1022852 None None   P4S, E6D, V35T, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, A272P, K275R, Q278S, T286A, V292I, I293V  
1022921 1022921 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272S, K277R, E291D, V292I, I293V  
1023331 1023331 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, T200A, Q207E, R211K, V245E, A272P, Q278N, E291D, V292I, I293V, E297A  
1023732 1023732 None None   K20R, V35T, T39K, S48T, V60I, K122E, K173A, Q174K, G196E, T200A, Q207E, H208Y, R211K, F214L, V245Q, A272P, K275Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1024164 1024164 None None  K103N, E138A V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, S162C, K173L, Q174K, T200A, I202V, Q207G, V245Q, A272K, T286A, V292I, I293V  
1024390 1024390 None None   V35T, T39E, S48T, A98S, K122E, K173A, D177E, G196R, T200A, Q207K, V245Q, A272P, K277R, L283I, V292I, I293V  
1024512 1024512 None None   V35T, E36A, T39K, K43E, S48T, V60I, K122E, E169D, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, R211K, F214L, V245Q, D250E, A272P, V292I, I293V  
1024573 1024573 None None   E6T, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, I135L, S162Y, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200E, Q207A, R211K, V245Q, D250E, A272P, T286V, E291D, V292I, I293V, P294L  
1025166 1025166 None None   V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K166R, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
1025964 1025964 None None   K11R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, S162C, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, V245E, E248N, A272S, E291D, I293V  
1026043 1026043 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162C, K173A, D177E, T200A, E204K, Q207D, R211A, V245Q, A272P, I274V, Q278H, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1026120 1026120 None None   K20R, V35M, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, D250N, A272P, Q278H, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1026349 1026349 None None   P4S, V35T, T39K, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, V245K, A272P, K275Q, K277R, T286A, A288S, E291D, V292I, I293V  
1026765 1026765 None None  K103N V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K166R, K173A, Q174N, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245K, A272P, K277Q, T286A, E291D, V292I, I293V  
1026775 1026775 None None   E6K, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123N, K173T, D177G, T200A, Q207E, R211K, D250E, S251N, A272P, I274V, K277R, Q278N, E291D, V292I, I293V  
1026828 1026828 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, T139A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245R, D250E, S251N, A272P, K275R, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1026929 1026929 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K173T, T200A, Q207E, R211K, V245K, S251I, K275S, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1027105 1027105 None None   K32R, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, K173A, Q174K, D177E, E194EK, T200A, R206RK, Q207E, R211K, D218DN, V245Q, E248EK, A272P, T286V, I293V, E297R  
1027112 1027112 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177N, T200E, Q207E, R211K, F214L, V245Q, E248D, E291D, V292I, I293V  
1027342 1027342 None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, A272P, E291D, V292I, I293V  
1027347 1027347 None None K219E  E6K, K11R, K20R, V21I, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, I142V, T165I, K173E, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V  
1027510 1027510 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, A98S, K122E, D123G, K173A, D177E, E194K, T200A, Q207E, V245Q, A272S, E291D, V292I, I293V  
1027941 1027941 None None   P4S, V35T, E36I, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, A158S, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245K, A272P, E291D, V292I, I293V  
1027988 1027988 None None   K20R, K32R, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, K173A, D177E, T200A, E204K, Q207E, R211K, V245K, A272P, K275R, Q278N, E291D, V292I, I293V  
1028193 1028193 None None  K103N V35T, E36L, T39E, S48T, V60I, K173A, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, R211K, V245Q, A272P, K275Q, E291D, V292I, I293V  
1028518 1028518 None None   V35K, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245Q, E248D, T286A, E291D, V292I, I293V  
1028571 1028571 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, I135V, K173A, Q174S, D177G, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K275Q, K277R, Q278N, T286A, E291D, V292I, I293V  
1029130 1029130 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, R125G, T165I, K173A, Q174K, N175I, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I, P294T  
1029554 1029554 None None   K20R, T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K102Q, K122E, D123G, T165I, K173A, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K281R, E291D, V292I, I293V  
1029570 1029570 None None   V35T, E36A, T39D, W88C, K122E, D123G, K166R, K173A, D177E, I178L, G196E, T200A, E204K, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1029573 1029573 None None   V35T, E36A, T39D, W88C, K122E, D123DN, K166R, K173A, D177E, I178L, G196E, T200A, E204K, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1029586 1029586 None None   V35T, E36A, T39D, K122E, D123S, K166R, K173A, D177E, I178L, G196E, T200A, E204K, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1030203 1030203 None None   P4S, V8I, K11Q, V35T, T39K, S48T, V60I, S68G, V90I, D121Y, K122E, D123G, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207D, R211K, F214L, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V  
1030290 1030290 None None   V8I, V35K, T39E, S48T, A98S, S162C, K173A, D177E, V179I, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, V292I, I293V  
1031171 1031171 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, D177E, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, V292I, I293V  
1031458 1031458 None None   K11R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, E248D, D250E, A272S, T286A, E291D, V292I, I293V  
1032591 1032591 None None   V8I, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, Q174R, D177E, Q207D, R211K, V245K, E248D, D250E, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T  
1032938 1032938 None None   V35K, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, D177E, I195L, T200A, Q207E, R211K, V245K, T286A, E291D, V292I, I293V  
1033510 1033510 None None   T27A, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207G, R211K, V245K, T253S, A272P, E291D, V292I, I293V  
1034071 1034071 None None   V35T, E36A, T39E, K104N, K122E, D123N, I135V, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211Q, V245Q, A272P, K275R, Q278N, T286A, E291D, V292I, I293V  
1034088 1034088 None None   P4S, E6D, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, S162C, K166R, K173A, Q174K, D177E, I195L, G196E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, T286A, E291D, V292I, E297K  
1034637 1034637 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123S, T139S, K173A, Q174K, D177E, I178V, T200A, I202V, Q207A, R211K, F214L, V245Q, D250X, A272P, E291D, V292I, I293V, P294S  
1034891 1034891 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123G, F171Y, K173A, Q174K, D177E, Y188*, T200A, I202V, Q207E, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, L295M  
1037574 1037574 None None   V35K, T39E, S48A, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211K, V245K, T253S, T286A, E291D, V292I, I293V, E297K  
1037693 1037693 None None   K11Q, V35R, T39E, S48T, T69N, D121Y, K122E, D123G, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, Q278N, K281R, T286V, E291D, V292I, I293V  
1037699 1037699 None None   E6K, V35T, T39E, S48T, K122E, S162C, T200A, Q207K, R211T, F214L, V245M, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1038099 1038099 None None   K32N, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, I135K, S162C, K173A, T200A, Q207A, R211K, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1038320 1038320 None None   P4S, K11Q, V35K, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, D177E, G196K, I202V, Q207E, R211K, V245K, D250E, A272P, K275R, K277G, T286A, E291D, I293V  
1038722 1038722 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, I135V, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207G, R211K, V245E, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
1039127 1039127 None None   P4S, V35Q, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, S251I, A272P, R284K, T286A, E291D, V292I, I293V  
1040852 1040852 None None   M16I, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K64R, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, Q278N, T286A, E291D, V292I, I293V, E297K  
1042238 1042238 None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D121H, K122E, D123S, I142T, S162C, K173A, Q174K, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, A272P, Q278H, K281R, T286A, V292I, I293V  
1042935 1042935 None None   V21I, V35T, T39E, S48T, V60I, I135T, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207K, V245Q, D250E, A272P, Q278N, T286A, E291D, V292I, I293V