Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Kostaki (2018)
Title Molecular Analysis of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1)-Infected Individuals in a Network-Based Intervention (Transmission Reduction Intervention Project): Phylogenetics Identify HIV-1-Infected Individuals With Social Links.
Citation J Infect Dis
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 117
NumPts 117
Subtype G, CRF35_AD, B, A, B + CRF02_AG

 

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Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 117 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
TRIP_1006 TRIP_1006 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I135R, I142V, K166R, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1031 TRIP_1031 None None   K43R, A98S, K122KE, D123DN, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1038 TRIP_1038 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_1050 TRIP_1050 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, K166R, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1055 TRIP_1055 None None  E138K V60I, K122E, D123N, K173L, Q174K, I178M, Q207A, R211S  
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TRIP_1122 TRIP_1122 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
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TRIP_1212 TRIP_1212 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135RT, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
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TRIP_1278 TRIP_1278 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, S162A, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1281 TRIP_1281 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1332 TRIP_1332 None None   K43KE, K102KQ, K122E, D123N, K173S, Q174K, Q197K, Q207A, R211S  
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TRIP_1358 TRIP_1358 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K, F214FL  
TRIP_1371 TRIP_1371 None None   V60I, K122E, D123N, I135T, K173L, Q174K, I178M, Q207A, R211S  
TRIP_1428 TRIP_1428 None None   K43R, I50N, A98S, D121DY, K122E, I135IT, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1429 TRIP_1429 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173IT, Q174K, P176PS, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1446 TRIP_1446 None None  E138Q K43R, A98S, K122E, D123N, I135M, T139A, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1449 TRIP_1449 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_1482 TRIP_1482 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I135T, I142V, K166R, Q197E, T200TA, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1485 TRIP_1485 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1498 TRIP_1498 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1502 TRIP_1502 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1517 TRIP_1517 None None   V60I, A98AS, K122E, D123N, I135RT, K173IL, Q174K, D177DE, I178ILM, T200TA, Q207X, R211X  
TRIP_1541 TRIP_1541 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, I142IT, K166KR, K173I, Q174K, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1542 TRIP_1542 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177K, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1546 TRIP_1546 None None   K43R, A98S, K122E, D123DN, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1562 TRIP_1562 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1578 TRIP_1578 None None   K102Q, D121H, K122E, D123S, A158S, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
TRIP_1585 TRIP_1585 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1616 TRIP_1616 None None   V60I, K102Q, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, D177E, I178ILV, V179I, T200A, Q207AT, R211S, F214L  
TRIP_1617 TRIP_1617 None None   S48T, K49R, V60I  
TRIP_1621 TRIP_1621 None None   V60I, K122E, D123N, I132V, I135T, K173L, Q174K, I178M, Q207A, R211S  
TRIP_1627 TRIP_1627 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177Q, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1633 TRIP_1633 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, K173IR, Q174K, D177EG, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1638 TRIP_1638 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, K166R, D177E, I178M, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1650 TRIP_1650 None None  K101KE K43R, A98AS, D121DY, K122E, D123DN, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q K126KE 
TRIP_1652 TRIP_1652 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, K166R, R172RK, D177E, I178M, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1672 TRIP_1672 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1696 TRIP_1696 None None   V60I, A98S, K122E, D123N, I135R, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1700 TRIP_1700 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, K166R, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1706 TRIP_1706 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1711 TRIP_1711 None None   V60I, K102Q, K122E, D123N, I135T, K173A, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211N  
TRIP_1716 TRIP_1716 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1754 TRIP_1754 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1759 TRIP_1759 None None   S48E, D123E, Q174H, T200A, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_1764 TRIP_1764 None None  K101KE, E138K K43R, A98S, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177EKQ, I178IM, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1778 TRIP_1778 None None M184V K103N, V179E K43R, V90VI, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1814 TRIP_1814 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1825 TRIP_1825 None None   K43E, K122E, D123N, I135T, I142V, T165I, F171Y, K173A, Q174K, V179I, T200I, Q207A, R211S  
TRIP_1834 TRIP_1834 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_1902 TRIP_1902 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, K166KR, R172K, D177E, I178M, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_2033 TRIP_2033 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135IT, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q F87FS 
TRIP_2038 TRIP_2038 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_2173 TRIP_2173 None None   K43R, V60VI, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_2334 TRIP_2334 None None   K43KR, V60VI, D121DY, K122E, D123DN, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q A98PS 
TRIP_2609 TRIP_2609 None None   V60I, K122E, D123N, I135T, A158T, K173L, Q174K, I178M, Q207A, R211S  
TRIP_2692 TRIP_2692 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_2728 TRIP_2728 None None   K43KR, V60VI, A98AS, K101KQ, S105SA, D121DY, K122E, D123DN, I135RT, K173KIT, Q174QKR, N175NI, D177E, V179VIM, T200X, Q207X, R211KQ L168LS 
TRIP_2950 TRIP_2950 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, S162SN, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_3509 TRIP_3509 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_3712 TRIP_3712 None None   K43R, A98S, D123N, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_4232 TRIP_4232 None None   A98S, K122E, D123N, I135T, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_4244 TRIP_4244 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_4341 TRIP_4341 None None  E138Q K102Q, K103R, D123E, I142V, K166KR, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_4600 TRIP_4600 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_4682 TRIP_4682 None None  E138Q K102Q, K103R, V118VI, D123E, I135R, I142V, K166R, R172K, D177E, I178M, Q197E, T200A, E204Q, R206Q, Q207E, R211K, F214L  
TRIP_5108 TRIP_5108 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K, K223KR  
TRIP_5328 TRIP_5328 None None A62V  K122V, D123N, I135T, E169D, K173E, Q174K, D177E, Q207A, R211KN D76DG 
TRIP_5363 TRIP_5363 None None   A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, I178IV, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_5405 TRIP_5405 None None   K43R, A98S, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_5619 TRIP_5619 None None   V60I, K122E, D123N, I132V, I135T, K173L, Q174K, I178M, Q207A, R211S  
TRIP_5783 TRIP_5783 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_6025 TRIP_6025 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_6065 TRIP_6065 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_6477 TRIP_6477 None None   V60I, K122E, D123N, I135T, K173V, Q174K, Q207A, R211S  
TRIP_6573 TRIP_6573 None None   V60VI, D121Y, K122KE, I135IR, D177DE, V179I, T200TI, Q207A, R211K M164MK 
TRIP_6695 TRIP_6695 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_7020 TRIP_7020 None None  E138K K43R, A98S, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_7329 TRIP_7329 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_7441 TRIP_7441 None None  E138EQ A98AS, K102KQ, K103KR, K122KE, D123EK, I142IV, K166R, R172RK, D177DE, Q197QE, T200A, E204Q, R206RQ, Q207DE, R211K, F214FL, D218DN  
TRIP_7734 TRIP_7734 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, S162SC, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_7810 TRIP_7810 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_8226 TRIP_8226 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177EK, I178IM, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_8309 TRIP_8309 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_8352 TRIP_8352 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_8390 TRIP_8390 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, I142T, K173I, Q174K, D177EK, I178IV, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_8634 TRIP_8634 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q F124Y, Y146H 
TRIP_8663 TRIP_8663 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_8846 TRIP_8846 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_8952 TRIP_8952 None None   V60I, K122E, D123N, I135T, K173IL, Q174K, D177DE, I178IM, T200TA, Q207X, L210LF, R211RKQ  
TRIP_9222 TRIP_9222 None None   V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_9321 TRIP_9321 None None  K101KE V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211K  
TRIP_9398 TRIP_9398 None None   K43R, A98S, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_9726 TRIP_9726 None None  K101E, E138K K43R, A98S, K122KE, D123X, I135M, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q  
TRIP_9795 TRIP_9795 None None   V60I, K122E, D123N, I132V, I135T, K173L, Q174K, I178M, Q207A, R211S