Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Phung (2016)
Title Prevalence of drug resistance and associated mutation among HIV-1 naive infected children at the National Hospital of Pediatrics, Hanoi Vietnam.
Citation Direct Genbank Submission
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 68
NumPts 68
Subtype CRF01_AE

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
NHP01 NHP01-pol None None   E6D, K11T, V35T, T39E, V60I, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP02 NHP02-Pol None None   E6D, T27S, V35T, T39E, V111I, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207S, R211S  
NHP03 NHP03-Pol None None   K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, I135T, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207D, R211S  
NHP05 NHP05-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39K, V60I, V111I, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, V179I, T200M, Q207S, R211S  
NHP06 NHP06-Pol None None   E6D, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211S  
NHP07 NHP07-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39E, K122E, D123S, I135T, S162C, R172K, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP08 NHP08-Pol None None   E6D, M16L, V35M, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207S, R211S  
NHP09 NHP09-Pol None None  V106I E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207S, R211S  
NHP10 NHP10-Pol None None   E6D, K11T, T27S, V35T, T39K, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207S, R211S  
NHP100 NHP100-RT None None   E6D, K11T, V35T, T39E, K122E, D123N, S162C, K173T, Q174K, D177E, I178M, V189I, Q207K, R211S  
NHP101 NHP101-Pol None None   E6D, V35T, T39E, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP102 NHP102-RT None None   E6D, K11T, E28A, V35T, T39E, T69S, V75L, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, T200I, E203D, Q207S, R211S  
NHP104 NHP104-Pol None None   E6D, K11R, V21G, V35T, T39K, K122E, S162C, K173M, Q174K, D177E, T200A, Q207S, R211S D123R 
NHP11 NHP11-Pol None None   E6D, K20R, V35I, T39E, K122E, D123N, S162Y, K173S, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207S, R211S  
NHP110 NHP110-Pol None None   E6D, K11T, V35T, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207S, R211S  
NHP111 NHP111-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I202V, Q207N, R211S  
NHP114 NHP114-RT None None   E6D, M16L, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173M, Q174K, D177E, T200A, Q207S, R211S  
NHP116 NHP116-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173L, Q174K, D177E, G196R, Q207D, R211S  
NHP119 NHP119-Pol None None  V106I E6D, K11T, V35T, T39E, T107S, V118I, K122E, D123N, I142V, K166R, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
NHP12 NHP12-Pol None None   E6D, K11T, V35T, V75L, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207N, R211S  
NHP126 NHP126-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39E, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, I202V, Q207G, L210M, R211S, D218E  
NHP127 NHP127-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39N, K122E, D123S, I142V, S162C, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207S, R211S  
NHP14 NHP14-Pol None None  V106I E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207S, R211S  
NHP143 NHP143-RT None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173L, Q174K, D177E, T200I, Q207S, R211S  
NHP154 NHP154-RT None None  V106I E6D, K11T, V35T, T39E, S105A, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178L, Q207S, R211S  
NHP169 NHP169-RT None None  V179D E6N, K11I, L12I, E28K, K32E, V35T, T39K, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP17 NHP17-Pol None None K70Q V106I E6D, V35T, T39K, V60I, S68G, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q207S, R211S  
NHP172 NHP172-RT None None K65R, Q151M K101E, Y181C E6D, K11T, L12I, K20R, V35T, T39K, S68G, D86N, K122E, D123N, S162C, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207N, R211S  
NHP174 NHP174-Pol None None   E6D, K11T, V35T, V75L, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207G, R211S  
NHP176 NHP176-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39A, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178L, V179I, T200A, Q207N, R211N  
NHP178 NHP178-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39K, T69S, V111I, K122E, D123N, I135T, S162C, K173V, Q174K, D177E, T200E, Q207S, R211S  
NHP18 NHP18-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39E, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
NHP180 NHP180-RT None None   E6D, K11T, E28K, K32E, V35T, T39N, V60I, D121H, K122E, I135T, I142V, S162C, K173T, Q174K, D177E, I178M, Q207N, R211S  
NHP184 NHP184-Pol None None   E6D, M16L, V35T, T39N, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, V189I, T200A, Q207S, R211S  
NHP186 NHP186-Pol None None   E6D, K11T, V21I, V35T, T39N, V60I, V118I, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, E194D, Q207S, R211S  
NHP187 NHP187-Pol None None   E6D, V35I, K122E, D123S, I135T, S162C, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207S, R211S, F214L  
NHP19 NHP19-Pol None None   E6D, P9S, K11T, K32I, V35T, T39K, K122E, D123S, I135K, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
NHP191 NHP191-Pol None None   E6D, K11T, K20R, V35I, D121H, K122E, S162C, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207R, R211S  
NHP192 NHP192-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39K, V75L, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207S, R211S  
NHP193 NHP193-Pol None None   E6D, K20R, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP21 NHP21-Pol None None   E6D, V35I, K43R, S68G, T69S, K122E, D123S, I135V, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207R, R211S  
NHP29 NHP29-RT None None   E6D, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207N, R211S  
NHP31 NHP31-RT None None   E6D, K11T, E28K, V35T, T39E, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, T200TA, Q207S, R211S  
NHP33 NHP33-Pol None None  V106I E6D, K11T, V35T, T39N, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207N, R211S  
NHP35 NHP35-Pol None None M184I  E6D, V35T, T39K, K122E, D123S, S162Y, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200A, Q207N, R211S  
NHP39 NHP39-RT None None   E6D, V21I, V35K, T39E, D86E, K122E, D123S, S162C, R172K, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207S, R211S  
NHP40 NHP40-Pol None None   E6D, M16L, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, T200A, E203D, Q207N, R211S  
NHP43 NHP43-Pol None None   E6D, V35T, K102Q, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, Q207S, R211S  
NHP50 NHP50-Pol None None   E6D, V35I, K43R, S68G, T69S, K122E, D123S, I135V, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207R, R211S  
NHP53 NHP53-Pol None None   E6D, K11T, K32I, V35T, T39K, V75L, K122E, D123S, I135R, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
NHP54 NHP54-RT None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123N, I142V, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP58 NHP58-RT None None  V106I E6D, K11T, E28A, V35T, T39E, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I202V, Q207S, R211S  
NHP63 NHP63-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K49R, V60I, T107TS, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q207S, R211S  
NHP64 NHP64-Pol None None   V35T, T39E, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, T200K, Q207S, R211S  
NHP68 NHP68-RT None None  V179D E6D, K11T, V35T, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP69 NHP69-Pol None None   E6D, K11T, V35T, T39E, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S, K220R  
NHP73 NHP73-Pol None None   E6D, K11T, P14L, V35T, T39E, K122E, D123S, S162C, K173M, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207S, R211S  
NHP74 NHP74-Pol None None  V106I, V179D V8A, V35T, T39K, K43E, T69A, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178L, I202V, Q207A, R211S  
NHP76 NHP76-Pol None None  V179D E6D, K11T, P14L, V35T, T39N, K122E, D123S, S162C, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207S, R211S  
NHP77 NHP77-Pol None None  V179D E6D, K11S, P14L, V35T, T39N, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207S, L210M, R211S  
NHP78 NHP78-Pol None None M184V Y181C E6D, K11T, V35T, T69N, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, Q207N, R211S  
NHP80 NHP80-RT None None   E6D, K20R, V35T, T39A, S162C, R172K, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP82 NHP82-Pol None None   E6D, V35T, T39K, K43E, P119S, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207N, R211S  
NHP84 NHP84-Pol None None  Y181C E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207N, R211S  
NHP86 NHP86-RT None None   E6D, V8A, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173V, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP92 NHP92-Pol None None   E6D, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S  
NHP97 NHP97-Pol None None   E6D, V8A, K11T, V35T, T39E, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S  
NHP99 NHP99-RT None None   E6D, P14L, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211S