Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Kotaki (2015)
Title HIV-1 transmitted drug resistance mutations among antiretroviral therapy-naive individuals in Surabaya, Indonesia
Citation AIDS Res Ther
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 47
NumPts 47
Subtype CRF01_AE, B, CRF02_AG, B + CRF01_AE

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
DN2 DN2 None None   E6D, V35T, T39A, K43R, K122E, D123S, I135T, I142T, T165I, K173I, Q174K, D177E, I178M, I202V, Q207A, R211S, V245E  
DN3 DN3 None None   E6D, K11T, V35T, T39N, D86E, K122E, D123N, I135V, S162R, K173I, Q174K, D177E, I178M, I202V, Q207T, R211S, V245E  
DN6 DN6 None None  E138G E6D, K11T, V35T, T39K, K82R, R83K, V118I, K122E, D123S, R172K, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
DN9 DN9 None None   E6A, V35I, T39K, K43E, R83K, K122E, D123S, F171Y, K173I, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
IDU1 IDU1 None None   E6D, V35T, T39K, K43Q, R83K, K122E, D123S, R172K, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
IDU10 IDU10 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, R83K, K122E, D123S, R172K, K173IV, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245K  
IDU11 IDU11 None None   K11T, K102Q, K122E, D123S, R172K, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245K  
IDU12 IDU12 None None   E6D, V8I, K11T, V35T, T39K, K43E, D123N, K173I, Q174K, D177E, I178V, V179I, I202V, Q207E, R211K, V245E  
IDU13 IDU13 None None   E6D, K11T, K20R, V35T, T39K, K43E, D86E, V111I, V118I, K122E, D123N, I135V, S162Y, K173I, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S, F214L, V245E F87I 
IDU14 IDU14 None None   P4H, E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K64R, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178L, V179I, I202V, E204K, Q207E, R211S, V245E, K249R  
IDU16 IDU16 None None   R83K, K166R, T200A, Q207E, R211K  
IDU18 IDU18 None None   E6D, K11T, V35K, T39E, R83K, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S, V245E  
IDU2 IDU2 None None   K102Q, S162SC  
IDU3 IDU3 None None   E6D, K11T, V35T, T39N, W88C, K122E, D123N, S162H, K173I, Q174K, V179I, I202V, Q207A, R211S, K238R, V245E  
IDU4 IDU4 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K102Q, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207E, R211S, V245E, E248D, K249Q  
IDU5 IDU5 None None   R83K, D123E, E169D, T200A, Q207E, R211K  
IDU7 IDU7 None None   E6D, V35T, T39K, R83K, K122E, D123S, R172K, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200I, Q207A, R211S, F214L, K238KR, V245K  
IDU9 IDU9 None None  E138A E6D, K11T, V35T, T39K, K102R, K122E, D123N, I142V, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207D, R211S, V245E  
PJ105 PJ105 None None   E6D, V8I, K11T, V35T, T39K, D86E, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200I, I202V, Q207D, V245E  
PJ109 PJ109 None None   E6D, V35T, T39K, K43Q, R83K, K122E, D123S, R172K, K173I, Q174K, D177E, E203D, Q207A, R211S, V245K  
PJ117 PJ117 None None   P4S, E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207E, V245E  
PJ121 PJ121 None None   V35T, V60I, K102Q, K122E, D123N, I135L, S162A, K173I, Q174K, T200A, Q207E, R211K, V245E  
PJ22 PJ22 None None   E6D, V35T, T39K, K122E, D123S, R172K, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207A, K238R, V245K  
PJ28 PJ28 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, F171Y, K173I, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245Q  
PJ37 PJ37 None None   V35T, T39K, K43E, D86E, K122E, D123N, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245N  
PJ39 PJ39 None None   E6A, V35T, T39R, K43E, D86E, K122E, D123N, I135T, I142T, K173I, Q174K, D177E, I202V, Q207A, R211S, K238R, V245E  
PJ68 PJ68 None None   E6P, K11T, V35T, T39K, K43E, V111I, K122E, D123N, I135T, I142T, K173V, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211S, F214L, V245E, E248K, S251N  
PJ81 PJ81 None None  V179E E6D, V35T, T39K, K43E, R83K, K122E, D123N, K173I, Q174K, E194D, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
PJ90 PJ90 None None T215A  E6D, V35T, T39K, K43E, S68G, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, T200I, Q207D, F214L, V245E  
SM11 SM11 None None   V35I, S68G, K122E, D123N, I135R, K173I, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, V245E  
SM18 SM18 None None  K101E, E138G E6D, V35T, T39N, K49R, R83K, D86E, K122E, D123N, I135L, R172K, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200E, Q207A, R211S, V245E  
SM2 SM2 None None   E6N, V35T, T39K, K43E, V111I, K122E, D123N, I142T, K173I, Q174K, Q207A, R211S, K238R, V245E  
SM26 SM26 None None   E6A, K11T, V35T, T39N, V60I, A98S, K122E, D123S, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S, F214L, V245E  
SM35 SM35 None None   E6D, K11T, V21I, K32I, V35T, T39K, W88C, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245K  
SM44 SM44 None None   E6A, V8I, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, I135T, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
SM51 SM51 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211S, K238R  
SM56 SM56 None None   E6D, K11T, V35T, T39E, K122E, D123S, I142V, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q197L, Q207A, R211S, K238R, V245N  
SM65 SM65 None None   E6D, K22R, V35T, T39K, K43E, V118I, K122E, D123N, T165I, K166R, K173I, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
UA14 UA14 None None   S162C, E169D, F171Y, Q174K, T200A, Q207E, R211K, F214L, E248V  
UA15 UA15 None None  V179D E6D, V35T, E36D, T39K, K43E, D86E, K122E, D123T, K173T, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
UA19 UA19 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, I135V, R143K, S162C, E169K, R172K, K173I, Q174K, D177K, I180V, T200R, I202V, Q207A, R211S, E224D, K238R, V245E V106G, V111G 
UA20 UA20 None None   K11KT, V35T, K102Q, V245E  
UA21 UA21 None None   E6D, K20R, V35T, T39K, K43E, V60I, D121H, K122E, K173I, Q174K, D177E, I202V, Q207A, R211S, V245E  
UA4 UA4 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, D121H, K122E, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245K  
UA6 UA6 None None D67N, K70R, M184V, T215F, K219Q A98G, K103N E6D, K20R, V35T, T39K, K43E, V60I, T69N, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, T200A, I202V, E203D, Q207A, R211S, V245E, E248D  
UA7 UA7 None None  E138A E6D, K11A, V35T, T39K, K43Q, R83K, K122E, D123S, T139E, I142V, R172K, K173I, Q174K, D177E, T200A, E204D, Q207A, R211S, K223T, V245Q  
UA8 UA8 None None   E6D, K11A, V35T, T39N, D121H, K122E, I142V, K166R, R172K, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211S, V245E, E248N  

Database

Resources

Team