Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Inzaule (2013)
Title Field evaluation of a broadly sensitive HIV-1 in-house genotyping assay for use with both plasma and dried blood spot specimens in a resource-limited country.
Citation J Clin Microbiol
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 59
NumPts 41
Subtype A, D, B, C, G, CRF10_CD

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
105 105 AZT, 3TC NVP   P4T, V35T, T39M, K49R, K122E, D123S, I135T, I159V, D177E, Q197K, T200A, Q207G, R211K  
106 106 AZT, 3TC NVP M184V  K11A, E28A, V35T, T39TI, V60I, D121Y, K122E, I135T, K173L, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
113 113 AZT, 3TC NVP   K11T, K20R, V35T, T39N, K122E, D123NS, K166KR, K173LS, D177EG, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S  
   AZT, 3TC NVP M184V K103N K11T, K20R, V35T, T39N, K122E, D123S, I135IT, K166R, K173S, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S  
119 119 None None   K20KR, V21I, V35T, T39A, K49R, V60I, K104R, D121DH, K122E, D123DN, I135T, E169D, K173S, Q174R, D177E, I178L, V179I, G196GE, T200A, I202V, Q207A, R211S, K238R, I244V  
   None None   K20R, V21I, V35T, T39A, K49R, V60I, K104R, K122E, I135T, E169D, K173S, Q174R, D177E, I178L, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S, K238R, I244V  
120 120 AZT, 3TC NVP   E6K, T7TA, K11Q, V35T, E36D, V60I, D121Y, K122E, I142V, D177E, I178L, G196GE, E204EK, Q207EG, R211K  
127 127 AZT, 3TC NVP   E28G, V35T, E40D, K49R, E53D, V60I, K104R, D123E, D177E, G196GR, T200V, Q207G, R211K  
137 137 AZT, 3TC NVP   V35T, K49R, V60I, D121Y, K122E, I159V, D177E, I178M, G196GR, T200TR, Q207E, R211K  
140 140 AZT, 3TC NVP   K20R, V35T, V60I, K122E, D123X, I135T, I142IV, K173S, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S  
144 144 AZT, 3TC NVP   V35T, E36EA, K49R, V60I, D121HY, K122E, I142V, D177E, I178M, T200I, Q207G, R211K  
150 150 AZT, 3TC NVP   T7A, K20R, V35T, E40D, V60I, D121H, K122E, I135T, K173L, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S, F214L  
157 157 AZT, 3TC NVP   V35T, E40D, V60I, K122E, D123S, I135T, D177E, I178L, Q207G, R211K  
158 158 AZT, 3TC NVP  K103KN V35T, V60I, K122KE, D123DG, K173A, Q174K, D177E, Q207D, R211K, E224D  
182 182 AZT, 3TC NVP M184V Y188L V35T, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, K173A, Q174K, V179I, Q207A, R211S  
20 20 AZT, 3TC NVP   V35T, E40ED, K122E, D123S, I135T, S162A, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
200 200 AZT, 3TC NVP   V35T, K43R, V60I, D121H, K122E, D123E, K173L, Q174K, D177DE, Q207A, R211S  
   AZT, 3TC NVP M184V Y181C V35T, K43R, V60I, D121H, K122E, D123E, I135T, T139R, K173L, Q174K, D177E, I178V, Q207A, R211S  
227 227 AZT, 3TC NVP  V106I K11T, K20R, V21I, V35T, T39E, D123N, T139A, K173S, D177G, V179T, T200A, I202V, Q207A, R211N  
   AZT, 3TC NVP  V106I K11T, K20R, V21I, V35T, T39E, D123N, K173S, D177G, V179IT, T200A, I202V, Q207A, R211N  
230 230 AZT, 3TC NVP  K103N V35T, K49R, V60I, K122E, I135T, E169D, D177E, T200A, Q207E, R211K, I244V  
   AZT, 3TC NVP M184V  V35T, K49R, V60I, K122E, I135T, D177E, T200A, Q207E, R211K, I244V  
266 266 AZT, 3TC None   V35T, E40ED, V60I, K122E, D123N, I135T, K173S, Q174K, T200TA, Q207A, R211KN  
289 289 AZT, 3TC None M184V  K11Q, V21VI, V35T, V60I, K64R, D121H, K122E, D123S, I135T, E169N, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207E, R211RS  
317 317 AZT, 3TC NVP M184V Y181C E6D, V21VI, V35T, T39L, E40D, K49R, V60I, K64R, K102KQ, D121Y, K122E, I135R, D177E, T200I, E203K, Q207E, R211K  
   AZT, 3TC NVP K70KR, M184V Y181C E6D, V21VI, V35T, T39L, E40D, K49R, V60I, K64KR, D121Y, K122E, I135R, D177E, V179VI, T200I, E203K, Q207E, R211K  
357 357 AZT, 3TC NVP M184V G190GA V21I, T27S, V35T, T39A, E40D, V60I, K122E, D123G, I135T, K173S, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K  
   AZT, 3TC, ABC NVP M184V, T215Y A98AG, K103S, G190A V21I, T27S, V35T, T39A, E40D, V60I, K122E, D123G, I135T, K173S, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K  
36 36 AZT, 3TC NVP A62AV  V21VI, V35T, V60I, D121H, K122E, I135T, S162A, T165TI, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
360 360 ABC, AZT None M184MV  V35T, T39I, K49R, I50V, D121Y, K122E, I135T, S162C, K173L, Q174K, Q207A, R211S  
410 410 None None T215D  V35T, K43R, V60I, D121Y, K122E, I142V, D177E, T200I, Q207G, R211K  
   ABC, AZT None M184MV, T215Y  V35T, K43R, V60I, D121Y, K122E, I142V, D177E, T200I, Q207G, R211K  
42 42 AZT, 3TC NVP   P4Q, K11T, V35T, T39E, D121H, K122E, D123S, A158S, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
433 433 AZT, 3TC None M184V  P4H, V35T, E40A, V60I, K122E, D123S, I135T, S162A, K173S, Q174K, D177E, Q207D, F214L  
437 437 None None   I5V, K11Q, V35T, V60I, D121Y, K122E, D123G, I135T, K173A, Q174K, D177E, V179I, V189I, Q207A, R211S  
   None None M184V  I5V, K11Q, V35T, V60I, D121Y, K122E, D123G, I135T, K173A, Q174K, D177E, V179I, V189I, Q207A, R211S  
457 457 None None K65KR, M184MV  K20R, V35T, E40D, V60I, D121H, K122E, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S, F214L  
472 472 None None   K11S, K20R, V21I, V35T, T39N, E40D, I50V, K122KE, D123N, Y146YS, S163T, K173S, D177G, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211K  
   ABC, AZT None M184V K103N K11S, K20R, V21I, V35T, T39N, E40D, I50V, K122E, D123N, K173S, D177G, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211K  
    ABC, AZT None M184V K103N K11S, K20R, V21I, V35T, T39N, E40D, I50V, K122E, D123N, T139TK, K173S, D177G, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211K  
    ABC, AZT, 3TC NVP K65KR, M184MV K103N, Y181YC K11S, K20R, V21I, V35T, T39N, E40D, I50V, D123N, K173S, D177G, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211K, L228LR  
475 475 AZT, 3TC None   K11T, K20R, V35T, T39G, K122E, D123S, K173A, Q174QK, D177E, T200I, I202V, Q207AG, R211S, F214L  
496 496 None None   V35T, V60I, K104R, K122E, D123S, I135T, I142V, K173S, Q174R, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
   None None   V35T, V60I, T69TS, K104R, K122E, D123S, I135T, I142V, K173S, Q174R, D177E, V179I, G196E, Q197QE, T200A, Q207A, R211S  
    AZT, 3TC None K65KR, M184MV H221Y V35T, V60I, K104R, K122E, D123S, I135T, I142V, K173S, Q174R, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
517 517 None None   V35T, E40D, K49KR, V60I, D121H, K122E, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207E  
519 519 AZT, 3TC None   V21I, V35T, E40D, K43R, V60I, K122E, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207K, R211N  
523 523 AZT, 3TC NVP V75VA  V8I, V35T, V60I, D121Y, K122E, A158S, D177E, T200A, Q207E  
53 53 AZT, 3TC NVP   V35T, V60I, K122E, D123G, T139M, K173A, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
56 56 AZT, 3TC NVP  K103N V35T, E36A, T39A, S48E, K173A, D177E, V179VI, T200A, Q207AE  
66 66 None None   K11T, K20R, V21I, V35T, T39M, V60I, D121Y, K122E, K173S, Q174K, I178L, V179I, T200A, Q207A, R211S  
   AZT, 3TC NVP D67DN, T215F G190A K11T, K20R, V21I, V35T, T39IM, V60I, V90VI, D121Y, K122E, K173S, Q174K, I178L, V179I, T200A, Q207A, R211S  
    AZT, 3TC NVP D67DN, K70KR, M184V, T215FS, K219KE K103KN, E138EQ, G190GA, K238KT K11T, K20R, V21I, V35T, T39IM, V60I, K101KQ, D121Y, K122E, I135IT, K173S, Q174K, I178L, V179I, T200A, Q207A, R211S  
73 73 AZT, 3TC NVP M184V V108I, E138A, Y181I I31IL, V35T, T39L, K64KR, D121H, K122E, I142V, T165TM, K173N, Q174K, D177E, V179I, Q207E, R211K  
79 79 AZT, 3TC NVP M184V K101E, G190A E6T, E28A, V35T, V60I, D121F, K122E, D177E, I178M, E203Q, Q207E, R211K  
   AZT, 3TC NVP K65KR, M184MIV K101KE, K103KN, Y181YC, G190A E6T, E28A, V35T, V60I, D121F, K122E, D177E, I178M, E203EQ, Q207E, R211K  
85 85 AZT, 3TC NVP   V35T, E36A, T39E, S48T, K102KR, K104R, K122E, D123G, K173T, D177E, T200A, Q207E  
93 93 AZT, 3TC NVP   V35T, V60I, K122E, D123G, I135T, K173S, Q174K, Q207A, R211S, F214L  

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