Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author Brooks (2013)
Title Local phylogenetic analysis identifies distinct trends in transmitted HIV drug resistance: implications for public health interventions.
Citation BMC Infect Dis
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 274
NumPts 274
Subtype B, C, A, CRF02_AG, F, CRF01_AE, G, CRF11_cpx, CRF06_cpx


  Page 1 of 3    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 274 Clinical RT Isolates

SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
CAN2013-002 CAN13-002 None None D67N, K219Q  K32N, T39A, V60I, V118I, D123E, I135R, T139A, P176PST, R211K, F214L  
CAN2013-011 CAN13-011 None None   K173Q, D177E, Q207QR, R211ST  
CAN2013-013 CAN13-013 None None T215E  I135T, S162C, I202V, R211K  
CAN2013-014 CAN13-014 None None  V108VI P14A, S162C, T200I  
CAN2013-015 CAN13-015 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, D121DY, K122KE, D123X, K173X, Q174KR, D177DE, I178M, G196GE, Q207A, R211S  
CAN2013-016 CAN13-016 None None   V35I, K102R, K104R, R211K, F214L  
CAN2013-018 CAN13-018 None None   V35I, I50V, S68T, K122E, R211K  
CAN2013-021 CAN13-021 None None  V179D K20R, K102M, D123E, I135T, S162C, D177E, I178M, D192N, R211K  
CAN2013-022 CAN13-022 None None   P14S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E  
CAN2013-023 CAN13-023 None None   D123E, K166KT, G196E, Q207E, R211K  
CAN2013-027 CAN13-027 None None K65KR  V35M, T39A, K122R, D123E, K166R, I180V, Q207N, R211K  
CAN2013-031 CAN13-031 None None   V35I, R83K, K122R, D123E, I135M, K166R, D177G, G196E, Q207E, R211K  
CAN2013-033 CAN13-033 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, I142V, K173I, Q174K, Q207A, R211S  
CAN2013-034 CAN13-034 None None   D123E, S162C, Q174K, P176S, T200E, F214L  
CAN2013-035 CAN13-035 None None   K11KR, V35IM, K102R, I135M, Q207E, R211K  
CAN2013-036 CAN13-036 None None   K32KR, V35T, E36A, T39E, S48T, K104KR, A158S, K173T, D177E, T200A, Q207A, R211K  
CAN2013-039 CAN13-039 None None   V21I, V35T, V60I, K82KR, D177E, I178MV, T200A, Q207E, R211K  
CAN2013-043 CAN13-043 None None   P14T, V35T, S162C, T200I, I202V, Q207E, R211K  
CAN2013-045 CAN13-045 None None   K122P, I135T, K173E, T200A, E204D, Q207E  
CAN2013-047 CAN13-047 None None  V108VI V8VI, K22KR, R83K, K122E, D123E, K173KT, Q174K, L193LF, Q207E V189VM 
CAN2013-049 CAN13-049 None None   E6K, V8I, V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, I135V, S162C, K166R, K173A, D177E, T200A, E204K, Q207D, R211K V111M 
CAN2013-061 CAN13-061 None None  V106I V35I, E36D, D123E, I135R, S162C, D177E, T200A, R211RG  
CAN2013-063 CAN13-063 None None   V35E, E36EK, T39A, G45GE, R83K, K104Q, D123E, D177E, T200A, Q207E G152GE 
CAN2013-069 CAN13-069 None None   V35T, E36D, V60I, R83K, V118VI, K122E, D123E, E169D, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
CAN2013-071 CAN13-071 None None   K20R, V35VI, K122KEQ, D123DN, T165TI, K166KR, P176PS, D177DE, T200TA, R211RKQ, F214L  
CAN2013-076 CAN13-076 None None   K102Q, D121DY, K122E, S162C, T200A  
CAN2013-078 CAN13-078 None None   S68G, D123E, D177E, I178L, I195L, T200A, Q207R, R211EK  
CAN2013-079 CAN13-079 None None   V35I, K43DN, S68G, I135T, G196E, Q197K, R211K  
CAN2013-081 CAN13-081 None None   K49R, V60I, R83K, I135T, I195L, T200A, R211Q  
CAN2013-085 CAN13-085 None None   E36ED, T200TA, R211RK  
CAN2013-086 CAN13-086 None None   V35T, T39E, A98AS, K122E, I135T, T165TI, K173A, D177E, T200A, I202IV, E204K, Q207E, R211K Q182Q* 
CAN2013-089 CAN13-089 None None   E6D, V35T, E36A, T39D, S48T, K173T, Q174R, T200A, R206RK, Q207E, R211K  
CAN2013-093 CAN13-093 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, K49KR, I50V, K122E, D123S, A158S, K173IT, Q174QK, N175NH, D177E, T200AV, Q207E, R211KQ  
CAN2013-096 CAN13-096 None None   K20KR, V35I, K64KR, I135V, S162C, E169D, R211A  
CAN2013-108 CAN13-108 None None   R211K  
CAN2013-109 CAN13-109 None None   K43KR, Y127YF, I135V, V189I  
CAN2013-110 CAN13-110 None None   R211K  
CAN2013-111 CAN13-111 None None   A98S, K166R, I178M, Q207E, R211K  
CAN2013-112 CAN13-112 None None   P4PS, V35T, E36A, T39E, S48T, D123E, I135M, S162Y, K173T, D177E, G196K, T200A, Q207E, R211K  
CAN2013-113 CAN13-113 None None   D123E, I135T, D177DE, V179VI, R211A, F214L  
CAN2013-118 CAN13-118 None None   V35T, E36A, T39D, S48ST, V60I, K102R, V111VI, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211RK  
CAN2013-119 CAN13-119 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K103KR, V111I, D121X, K122E, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214FL  
CAN2013-121 CAN13-121 None None   K11T, K20R, V35T, T39X, D123NS, E169D, K173S, Q174K, D177E, I178IM, V179I, G196GE, T200A, Q207A, R211K  
CAN2013-123 CAN13-123 None None D67N, K219Q  K20R, T27TA, T39A, V60I, T69N, K103R, K122E, D123N, I135T, Q197E, T200I, F214L  
CAN2013-126 CAN13-126 None None   V8I, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K102KE, T107S, K122E, D123N, S162SN, K173T, Q174KR, T200A, Q207E, R211K  
CAN2013-127 CAN13-127 None None   V35T, E36D, V60I, I135V, S162A, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
CAN2013-128 CAN13-128 None None  V106I V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122KE, D123S, K173A, D177E, T200A, Q207N, R211K  
CAN2013-131 CAN13-131 None None   V35T, E36A, T39E, K43R, I47L, S48T, K122E, D123S, A158S, K173AT, D177E, T200A, Q207K, R211K  
CAN2013-132 CAN13-132 None None   E6D, K20R, V35T, A98S, K102Q, D123DN, S162A, K173Q, D177DG  
CAN2013-134 CAN13-134 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, E40ED, K122E, D123S, I135V, S162A, K173A, D177EG, T200A, Q207E, R211K  
CAN2013-135 CAN13-135 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, E40ED, S48T, K122E, D123S, A158S, K173A, D177DE, T200A, Q207X, R211K  
CAN2013-140 CAN13-140 None None D67N, K219Q  K32N, T39A, V60I, V118I, D123E, I135R, T165I, E169ED, R211K, F214L  
CAN2013-141 CAN13-141 None None   V35I, T39S, A98S, T107A, T200A, Q207E  
CAN2013-154 CAN13-154 None None   V35M, I135T, S162HY, E169EA, K173KE, Q174QK, D177E, I178IV, I202V, R211G  
CAN2013-157 CAN13-157 None None   V118I, T165TI, T200TI, R211K, F214L  
CAN2013-159 CAN13-159 None None   K122E, I135V, S162C, R211K  
CAN2013-161 CAN13-161 None None   D123E, E169D, R211K  
CAN2013-164 CAN13-164 None None   V35VI, I135T, T200K, R211Q  
CAN2013-167 CAN13-167 None None   T200A, R211RK  
CAN2013-170 CAN13-170 None None   K49R, V60I, R83K, I135T, I195L, T200A, Q207K, R211Q  
CAN2013-171 CAN13-171 None None D67N, K219Q  K32N, T39A, V60I, V118I, D123E, I135R, T139TA, S162X, T165TI, K166KT, R211K, F214L  
CAN2013-172 CAN13-172 None None   T200A, I202IV, R211K  
CAN2013-174 CAN13-174 None None   V35VI, V60I, S68G, D123E, I135R, I178L, R211EK  
CAN2013-179 CAN13-179 None None   E36EK, D121DN, R211K  
CAN2013-180 CAN13-180 None None   S48T, K104KR, D123E, I178V, Q207E, R211K  
CAN2013-183 CAN13-183 None None   K32R, S48T, D121H, K122E, S162C, D177E, I178V, T200I, H208Y  
CAN2013-188 CAN13-188 None None D67N, K70R, M184V, T215F, K219E K103N K20R, V35I, I135L, S162A, Q174N, Q207R, R211Q  
CAN2013-189 CAN13-189 None None   A98S, T139TA, S162C, T200A, Q207A, L210LF, R211K  
CAN2013-190 CAN13-190 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, I135IV, I142V, K173A, D177E, Q207E, R211K  
CAN2013-192 CAN13-192 None None D67N, K219Q  K32N, T39A, V60I, V118I, D123E, I135R, K166KT, K173KR, R211K, F214L  
CAN2013-193 CAN13-193 None None  V179D K20R, K102KQ, V118VI, K122KE, I135IV, A158AS, S162A, F214L  
CAN2013-196 CAN13-196 None None   K104N, K122KE, F171Y, T200A  
CAN2013-197 CAN13-197 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, E40D, V60I, K122E, D123S, I135R, K173A, D177E, T200A, Q207A, R211K  
CAN2013-198 CAN13-198 None None   T165TI, E169ED, R211K, F214L  
CAN2013-199 CAN13-199 None None   G45GE, S68G, A158S, T200I  
CAN2013-201 CAN13-201 None None   V35T, E36D, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E K122S 
CAN2013-206 CAN13-206 None None   K22R, R83K, K122P, D123E, I135T, S163T, K166KR, D177E, E204ED, Q207E  
CAN2013-207 CAN13-207 None None   V35T, E36D, V60I, S162A, Q174E, D177E, T200A, Q207E, F214L  
CAN2013-210 CAN13-210 None None   E42EK, W88WR, D123E, I135T, M164MI, T165I, D177E, I178M, D186DN, V189VI, F214L W153W*, G213GE 
CAN2013-219 CAN13-219 None None  G190A K102Q, K104R, D121HY, K122E, I135T, S162C, V179I, T200A, R211K  
CAN2013-220 CAN13-220 None None   S162C, Q207E, R211K  
CAN2013-226 CAN13-226 None None  V106I E6EK, K11A, V35T, E36A, T39K, K43E, K102KR, K122E, D123S, I135T, S162HY, K173S, D177E, V179I, Q207A, R211S, F214L  
CAN2013-228 CAN13-228 None None  V179VD K102KR, K104KR, G112GE, I135T, S162C, P176PT, R211K, F214L G93GE 
CAN2013-231 CAN13-231 None None   D123E, I135T, S162C, D177E, Q207E, F214L  
CAN2013-232 CAN13-232 None None  V106VI V35I, K122KE, D123E, T139TA, S162C, D177E, Q207E, R211K  
CAN2013-235 CAN13-235 None None   K43Q, K49R, D123E, S162C, T200A, E204K, Q207E, R211Q  
CAN2013-240 CAN13-240 None None   I135T, S162C, T200V, R211K  
CAN2013-241 CAN13-241 None None   V35I, D123E, I135T, S162C, D177DE, Q207E  
CAN2013-245 CAN13-245 None None M41L, T215E  V60I, T69N, A98S, D123E, I142V  
CAN2013-247 CAN13-247 None None  G190A F77FS, K102R, D121Y, K122E, I135T, S162C, Q207H, R211K  
CAN2013-248 CAN13-248 None None  V106VI, G190A D121Y, K122E, I135T, S162C, V179I, R211K, F214L  
CAN2013-250 CAN13-250 None None   K122E, I135T, S162C, R211K, F214L  
CAN2013-255 CAN13-255 None None   D123E, I135T, S162C, D177E, Q207E  
CAN2013-257 CAN13-257 None None   V60I, D123E, I135IMT, S162C, Q174K, T200A, Q207E, R211Q  
CAN2013-258 CAN13-258 None None   K102R, K104KR, S162C, R211K  
CAN2013-263 CAN13-263 None None   D123E, I135T, S162C, T200IR, Q207DEG, R211RK  
CAN2013-269 CAN13-269 None None   D123E, I135T, S162C, D177E, Q207E, F214L  
CAN2013-270 CAN13-270 None None  V106I E6K, K11A, V35T, E36A, T39K, K43E, K122E, D123NS, S162Y, K173S, D177E, V179I, T200TA, Q207A, R211S, F214L  
CAN2013-271 CAN13-271 None None  V106VI, G190A D121Y, K122E, I135T, S162C, V179I, R211K, F214FL  
CAN2013-272 CAN13-272 None None   S162C, G196E