Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Nazziwa (2012)
Title HIV-1 transmitted drug resistance and evidence of transmission clusters among recently infected antiretroviral naive individuals from Ugandan fishing communities of Lake Victoria
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 46
NumPts 46
Subtype D, A, B, C, G, CRF10_CD

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
1005301 1005301 None None   V35T, K49R, V60I, K122E, D123G, K166R, D177Q, I178M, T200A, Q207E, V245K, E248D, D250E, A272P, K277R, L282C, T286V, I293V, E297Q, G335D  
1011601 1011601 None None   V35T, T39A, E40D, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V  
1021602 1021602 None None  K103N V35T, T39I, E40D, K49R, V60I, K122E, D123N, T165I, D177E, I178M, Q207G, R211K, V245M, E248N  
1023620 1023620 None None   K32R, V35T, T39A, E40D, K122E, D123G, K166R, K173L, Q174K, D177E, I178M, Q207E, R211K  
1024130 1024130 None None  K103N V35T, T39I, E40D, K49R, V60I, K122E, D123N, T165I, D177E, I178M, Q207G, R211K, V245M, E248N, A272P, K277R, L282C, T286A, I293V, E297A, G335D  
1033802 1033802 None None   K11T, K20R, V21I, V35T, T39R, E40D, V60I, K122E, D123N, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S, V245Q, E248D, D250E, A272V, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, E312N, I329V, G335D  
1044001 1044001 None None  V106A K11T, K20R, V21I, V35T, T39K, V60I, K122E, D123N, K173S, Q174S, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211K, V245Q, E248H, A272P, T286A, A288S, E291D, V292I, I293V, E312D, V317A, G335D  
3024602 3024602 None None   E6D, V8I, V35T, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, T200V, Q207E, R211K, P243A, I244V, V245Q, E248D, T286A, E291D, V292I, I293V, P294Q  
3036401 3036401 None None   V35T, T39R, I47L, K49R, V60I, D121Y, K122E, D123G, K173E, T200I, Q207E, R211K  
3036602 3036602 None None   K11T, K22R, V35T, T39K, E40D, K122E, D123G, I135T, K173L, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S  
3037102 3037102 None None   V35T, K49R, V60I, D121HY, K122E, I135K, T139V, D177E, I178M, T200I, Q207EG, R211K, V245T, I257L, L282C, T286A, I293V, G335D  
3039201 3039201 None None   P4T, I5V, V35T, E40D, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, K173A, D177E, V179I, Q207A, R211S, V245K, E248D, D250E, A272Q, L282C, A288T, I293V, G335D  
3039202 3039202 None None   P4T, I5V, V35T, E40D, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, K173A, D177E, V179I, Q207A, R211S, V245K, E248D, D250E, A272Q, L282C, A288T, I293V, G335D  
3043906 3043906 None None   K11T, K20R, V21I, T27S, V35T, T39R, V60I, K122E, D123N, K173S, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S  
3053501 3053501 None None   V21VI, K32KT, V35T, T39IM, K49KR, V60I, K102KQ, D121DY, K122E, E169D, D177E, I178M, T200I, Q207E, R211K  
3058001 3058001 None None   V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S, V245Q, E248D, D250E, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V, L295M, E312D, P321S, D324E, G335D  
3065402 3065402 None None   V35M, S48E, V60I, D177E, V179VI, Q207A, R211K  
3067801 3067801 None None   E6A, V21I, V35T, S48T, V60I, K122E, D123N, K173S, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S, I244V, V245T, D250E, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T, E297K, E312D, I329V, Q334H, G335D  
3096301 3096301 None None   P4N, V35T, E40D, K49R, V60I, K122E, D123N, D177E, I178M, T200I, Q207G, R211K, V245I, D250E, A272P, K277R, L282C, L283I, I293V, K311R, G335D  
3100501 3100501 None None   V21I, V35T, V60I, D121Y, K122E, D177E, I178M, T200M, Q207E, R211K W212Y 
3111130 3111130 None None   V35T, V60I, T200I, I202V, Q207E, R211K  
3111801 3111801 None None   V21I, V35I, E40D, V60I, T200Q, I202V, Q207E, R211K, V245K, A272P, K277R, L282C, E297T  
3147901 3147901 None None   E6D, V35T, T39K, K49R, V60I, K122E, D123N, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207E, R211K, F214L  
3152701 3152701 None None   V35K, V60I, D177E, T200I, Q207G, R211K, V245T, I257V, A272P, K277R, L282C, L283I, I293V, G335D  
3153701 3153701 None None   V35T, E40D, K49R, V60I, D177E, Q207E, R211K  
3154302 3154302 None None   V35T, E36K, K49R, V60I, K122E, D123N, Q174R, D177E, T200M, Q207E, R211K, K238R, P243A, V245T, D250E, A272P, L282C, L283I, K287R, I293V, D324E, G335D  
5013302 5013302 None None   E6D, V35T, T39K, K49R, V60I, K122E, D123N, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207E, R211K, F214L, V245Q, D250E, T286A, A288G, E291D, V292I, I293V, P294V, E312D, V317A, D324E, G335D  
5023701 5023701 None None   E6DN, V35T, V60I, K122E, D123N, I135T, E169D, K173S, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S, D250E, A272P, I274V, K275R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T, E312N, G335D  
5044501 5044501 None None   I5V, V35T, T39A, E40D, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V, D177E, I178M, V179I, T200I, Q207E, R211K, P243T, V245Q, T286A, E291D, I293V, P294T  
5046302 5046302 None None   V35T, T39TK, D121Y, K122E, K173S, N175H, T200A, Q207A, R211K, V245K, D250E, A272P, K277R, L282C, T286A, I293V, E297K, G335D  
5069102 5069102 None None   A33AV, V35IT, V60I, D177E, I178M, T200I, Q207E, R211K, V245E, D250E, A272P, K277R, L282C, G335D  
5096501 5096501 None None   K11T, K20R, V21I, T27S, V35T, T39R, V60I, K66E, K122E, D123N, K173S, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S, V245Q, E248D, T286A, E291D, I293V, P294T, E312D, I329V, G335D  
5106402 5106402 None None   E6D, V21I, V35T, V60I, T69I, K122E, D123N, I135T, S162C, I178M, T200I, Q207E, R211K, K238R, V245E, D250E, A272P, K275R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T, G335D  
5119101 5119101 None None   K11T, V35T, T39K, K122E, D123N, I135T, I142V, K173S, D177E, T200A, Q207A, F214L, V245Q, E248N, T286A, E291D, V292I, I293V, E312D, I326V, G335D  
5120902 5120902 None None   V35T, V60I, K122E, D123E, I135V, S162C, D177E, I178M, Q207E, R211K, V245T, D250E, K277R, T286A, E291D, I293V, P294A, E312D  
5130801 5130801 None None   V35T, T39M, V60I, K122A, D123S, I135V, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207K, R211E, V245Q, E248D, D250E, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V, E297V  
5130903 5130903 None None   P4H, E6N, V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, T165V, K173A, Q174K, D177E, V179T, T200I, Q207K, R211S, F214L, V245K, D250E, A272P, K277R, L282C, R284K, T286A, I293V, G335D L205V 
5134130 5134130 None None   P4H, K20R, V35T, E40D, K49R, V60I, I135V, T139I, Q145V, S162A, D177E, I178M, Q207G, R211K, V245T, D250E, A272P, K277R, L282C, L283I, I293V, G335D  
5136031 5136031 None None   I5V, K11T, V35T, K49R, V60I, D121Y, K122E, I142V, D177E, I178M, T200I, Q207G, R211K, V245K, D250E, A272S, K277R, L282C, T286A, G335S  
5137630 5137630 None None   E6EG, K11N, V21I, V35T, K122E, D123N, T165I, D177E, I202V, Q207A, R211N, V245Q, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T, E312D, S322A, G335D  
6307501 6307501 None None   K11R, V35T, T39K, E40D, K49R, V60I, D121Y, K122E, I135T, T139V, T165V, Q174R, D177E, Q207E, R211K, F214L, D250G, A272P, T286A, V292I, K311R  
6320901 6320901 None None   V35K, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, I135M, T139A, K173A, Q174R, D177K, I202V, Q207A, R211K, F214L, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V, P294Q, K311R, I329V, Q334H, G335D  
6321430 6321430 None None   V8I, V35T, K49R, V60I, D121Y, K122E, I135R, D177E, G196K, Q207E, P243T, V245K, D250E, A272S, T286A, I293V, I309L, G335D  
7027701 7027701 None None   E6A, V35T, V60I, K122E, D123G, K173S, Q174R, D177E, I178M, V179I, T200A, Q207A, R211S, E248Q, D250E, K277R, T286A, E291D, I293V, P294T, G335D  
7053801 7053801 None None   E6D, K11N, K20R, V35T, V60I, D121C, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, I178L, V179I, T200A, I202V, Q207D, V245E, E248D, D250E, A272T, T286A, E291D, V292I, I293V, P321S, D324E, G335D  
7054101 7054101 None None   V35L, E40D, S48T, K49R, V60I, D121Y, K122E, S162C, D177E, T200I, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277R, L282C, L283I, I293V, K323R, D324E, G335D  

Database

Resources

Team