Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Auwanit (2009)
Title Detection of drug resistance-associated and background mutations in human immunodeficiency virus type 1 CRF01_AE protease and reverse transcriptase derived from drug treatment-naive patients residing in central Thailand.
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 50
NumPts 50
Subtype CRF01_AE, B

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
104 AE-RT104 None None  E138G E6D, K11S, K20KR, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K166R, K173E, Q174R, D177E, I178L, T200A, E203D, Q207D, R211K, V245E  
105 AE-RT105 None None   E6D, K11S, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K166R, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, E203D, Q207D, R211K, V245E  
107 AE-RT107 None None  V179D E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K173L, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E V111IM 
111 AE-RT111 None None   E6D, V8VI, K11T, V35T, T39EK, K43E, V60I, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, I178IM, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
112 AE-RT112 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K166KR, K173M, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207E, R211K, K238R, V245N  
113 AE-RT113 None None   V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, E169D, K173A, Q174K, D177E, T200LQ, Q207A, R211S, K238R, V245E  
114 AE-RT114 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K49KQ, D121H, K122E, S162A, K173T, Q174K, D177E, V179VI, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E I94IT 
119 AE-RT119 None None   E6D, K11A, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
121 AE-RT121 None None   E6D, V35T, T39K, K43A, K122E, D123E, T165I, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200I, I202V, Q207DE, R211K, V245E D121V, F124M 
124 B-RT124 None None   E6D, K122E, I135V, S162C, V245I  
128 AE-RT128 None None   E6D, K22R, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, I135T, K173IT, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, F214L, K238R, V245E  
129 AE-RT129 None None   E6D, V35T, T39K, K43KE, V111I, K122E, S162Y, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
13 AE-RT13 None None   E6D, V35IT, T39K, K43E, K122E, D123S, T165TI, K173L, Q174K, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
130 AE-RT130 None None   E6D, K20R, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, T165I, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245Q  
133 AE-RT133 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, V60VI, K122E, D123S, S162C, K173M, Q174E, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207A, R211S, K238R, V245E, K249R K13T 
134 AE-RT134 None None   E6D, K11A, V35T, T39K, K43A, V60I, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, I178V, V179I, T200V, Q207A, R211S, K238R, V245E K22T 
135 AE-RT135 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207A, L210M, R211S, K238KR, V245X  
138 B-RT138 None None   E6D, V35L, T39A, S162C, T200A, I202V  
14 AE-RT14 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K173I, Q174K, I178M, T200IM, E203ED, Q207A, R211S, V245Q  
140 AE-RT140 None None  V179VD E6D, K11T, K20R, V35T, T39K, K43E, V60I, T69S, K122E, D123S, I142V, K173L, Q174K, D177E, T200IL, Q207A, R211S, V245E  
143 AE-RT143 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200TA, E204Q, Q207A, R211S, K238R, V245D  
153 AE-RT153 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, I135T, I142IV, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207A, L210M, R211S, V245E  
156 AE-RT156 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, V118VI, K122E, D123S, S162C, K173V, Q174K, D177DE, I180IL, Q207A, R211S, V245E K73N 
158 AE-RT158 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V111I, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, V179I, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245Q  
159 AE-RT159 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123N, K173IT, Q174K, D177E, V179I, G196E, T200A, Q207A, R211RS, K238R, V245E  
161 AE-RT161 None None  V106I E6D, V35T, T39K, K43E, V118I, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S, K238R, I244V, V245E  
162 AE-RT162 None None  V106I E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173T, Q174K, T200A, Q207X, L210M, R211X, K238R, V245E, K249R  
164 AE-RT164 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, S68G, V111I, K122E, D123S, I135R, K173I, Q174K, D177E, I178L, Q207A, R211S, I244V, V245E D86G 
17 AE-RT17 None None   E6D, K11T, K32KI, V35T, T39N, V60I, K122E, D123S, I135V, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200TI, Q207A, R211S, K238R, V245E  
19 AE-RT19 None None  E138G E6D, K11T, V35T, T39KN, K102E, K122E, D123S, S162C, R172K, K173X, Q174K, Q207A, R211S, K238R, V245Q  
21 AE-RT21 None None   E6D, K11T, V35T, T39EK, K43KE, T69TS, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E, E248Q K73E 
23 AE-RT23 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, T69TN, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
25 AE-RT25 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200K, I202V, Q207A, R211S, I244IM, V245E  
40 B-RT40 None None   S162C, Q197E, T200TA, I202IV, Q207QH  
42 AE-RT42 None None  V106I E6D, V35T, T39K, K43E, S162Y, K173M, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S, V245E  
61 AE-RT61 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K173IL, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E  
65 AE-RT65 None None   E6AT, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200AE, Q207A, R211S, K238R, V245E, E248D, K249R  
67 AE-RT67 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43EQ, K122E, D123S, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211T, K238KR, V245E  
68 AE-RT68 None None   E6D, V35T, T39E, K122E, D123S, T165I, K173R, Q174E, D177E, T200A, E204ED, Q207A, R211S, V245Q V8T 
69 AE-RT69 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, K64R, K122E, D123S, K173M, Q174K, D177E, V179I, G196GE, Q207A, R211S, K238R, V245E  
70 B-RT70 None None   V8A, I135V, I142V, S162C, I195IK, G196E, R211G, V245K, L246LM  
76 AE-RT76 None None   E6D, K11T, V35T, T39N, V60I, G112E, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200M, Q207A, R211S, K238R, V245E S105P 
79 AE-RT79 None None  V106I E6D, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, S162Y, K173A, Q174KR, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238KR, V245E  
81 AE-RT81 None None   E6D, K11T, E28K, K32E, V35T, T39X, K122E, D123S, K173L, Q174N, D177E, Q207A, R211K, V245K  
83 AE-RT83 None None  V179D E6D, V35T, T39K, V111I, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, K238R, V245E, L246M  
91 AE-RT91 None None   E6D, K20R, V35T, T39K, K43E, V60I, V111I, S117P, D123T, F124L, R125G, I142F, K173M, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E V8VL, P97S, L120F, D121K, K122*E, Y127N 
93 AE-RT93 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K49R, K122E, D123N, I135T, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200TA, Q207A, R211S, V245E  
95 AE-RT95 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207AG, R211K, V245KQ  
97 AE-RT97 None None  V179D E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, T69N, V111I, K122E, D123N, I135T, I142V, S163ST, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, V245K  
98 AE-RT98 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, T58I, K122E, D123NS, K173I, Q174K, D177E, I178MV, V179VI, T200TA, I202IV, Q207A, R211S, K238KR, V245E  

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