Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Derache (2008)
Title Evolution of genetic diversity and drug resistance mutations in HIV-1 among untreated patients from Mali between 2005 and 2006.
Citation J Antimicrob Chemother
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 186
NumPts 186
Subtype CRF02_AG, CRF06_cpx, A, CRF09_cpx, G, F, B, A + G

 
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Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 186 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
BKO-1011 BKO-1011 None None   V35K, E40G, V60I, K64R, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207E  
BKO-1014 BKO-1014 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, V60I, I135T, S162A, K173A, Q174K, D177E, V189I, T200A, Q207E, E224D  
BKO-1015 BKO-1015 None None   K22R, K32N, V35T, T39L, W88C, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, W239R M230T 
BKO-1016 BKO-1016 None None  E138A L12F, K32R, V35E, T39S, S48T, V60I, D121Y, K122E, I135T, S162A, K173A, Q174K, D177E, V179I, T200E, Q207D, R211K  
BKO-1018 BKO-1018 None None   K22N, V35T, T39E, K49R, V60I, S68G, K122E, D123N, I135R, T165I, K173R, Q174H, D177E, I178M, E194D, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1020 BKO-1020 None None   K46E, V60I, S162A, K173A, Q174K, D177E, I195L, T200A  
BKO-1021 BKO-1021 None None   V35I, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V, S162H, K173L, D177E, V179I, Q207A  
BKO-1022 BKO-1022 None None  E138A I5V, K20R, V35T, E36A, T39D, V60I, I135V, T139I, K173A, Q174K, T200E, Q207A, R211K, F214L  
BKO-1023 BKO-1023 None None   V35T, E36A, T39K, K43E, D123N, I135T, S162H, K173S, D177E, V179I, T200L, Q207A, R211K, F214L  
BKO-1027 BKO-1027 None None   V35T, E36D, V60I, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1029 BKO-1029 None None   D17E, V35T, V60I, D86E, S162A, K173T, Q174E, D177E, I178M, T200A, Q207E  
BKO-1031 BKO-1031 None None   V35T, E36D, V60I, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211G  
BKO-1032 BKO-1032 None None   P9S, V35T, T39K, F87L, D123E, I135T, I142V, S162Y, K173S, Q174E, D177G, V179T, Q207A, F214L  
BKO-1034 BKO-1034 None None   E6D, V35T, E36D, K122E, I135V, S162A, K173I, Q174K, D177E, E194K, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1037 BKO-1037 None None   E6D, V35T, K122E, D123N, A158S, K166Q, K173A, Q174K, T200A, Q207A, R211N  
BKO-1038 BKO-1038 None None   K20R, T27S, V35T, E40Q, K43E, V60I, D123E, I135V, S162F, K173I, Q174K, N175Y, I180V, T200E, R211K  
BKO-1040 BKO-1040 None None   K22N, V35T, D123E, S162A, F171Y, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1044 BKO-1044 None None   K32R, V35T, T39A, N57H, V60I, K122E, D123N, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K T107I 
BKO-1045 BKO-1045 None None   V21I, V35T, V60I, I135V, S162A, E169K, K173T, Q174E, D177E, T200A, Q207E  
BKO-1047 BKO-1047 None None T69G  E6K, K11T, V35T, E36A, T39K, K43E, V60I, V75L, K102Q, K122E, D123S, I135T, I142V, S162Y, K173S, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211T, F214I  
BKO-1048 BKO-1048 None None   K11T, V35T, E36D, E40D, K49R, S162A, E169Q, K173E, Q174K, N175Y, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1051 BKO-1051 None None  A98G V35T, E36D, T39K, S48A, I50V, V60I, S68G, V90I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, E203G, Q207D, R211K, Q222P  
BKO-1052 BKO-1052 None None   V35T, E36D, V60I, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1053 BKO-1053 None None   V35T, E36D, I135V, S162A, K173I, Q174K, P176S, D177E, T200A, Q207E, R211K F61V 
BKO-1054 BKO-1054 None None   Q23P, V35T, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K  
BKO-1057 BKO-1057 None None   E28A, V35T, E36D, V60I, K122E, D123E, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1058 BKO-1058 None None   Q23P, V35P, T39N, V60I, K122P, D123N, I135T, K173A, Q174R, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1059 BKO-1059 None None   K20R, V35T, E40D, K43N, K49R, V60I, K122E, S162A, E169Q, K173T, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1060 BKO-1060 None None   K32R, V35T, V60I, K122E, D123N, I135V, S162C, P170L, K173E, Q174R, D177E, T200E, Q207A, R211K  
BKO-1061 BKO-1061 None None   T27S, V35T, T39L, V60I, D123E, Q174K, D177E, I178V, Q197P, T200A, I202V, Q207E, R211K T131A, N175V 
BKO-1062 BKO-1062 None None   I135V, S162A, K173L, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1063 BKO-1063 None None  V179E K20R, V35T, E36D, T39K, K43Q, V60I, K102Q, I135V, I142M, S162A, K166R, K173T, Q174R, D177E, Q207D, R211K  
BKO-1065 BKO-1065 None None   Q23P, V35T, E36A, D123K, I142V, S162A, K173T, Q174K, D177E, V189I, Q197E, T200A, Q207E, F214L  
BKO-1066 BKO-1066 None None   Q23P, V35T, T39A, D123E, I135T, K173M, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1067 BKO-1067 None None  E138A K20R, V35T, E36D, T39N, V60I, D123N, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-1069 BKO-1069 None None   V21G, T27A, V35T, T39A, I135T, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L K22Q, Q23A 
BKO-1093 BKO-1093 None None   E28G, V35I, E36D, K49R, V60I, K104R, D121Y, K122E, I135V, S162A, K173A, Q174N, D177E, T200A, Q207E  
BKO-1098 BKO-1098 None None   V35T, E36D, T39M, I135V, T139K, I142M, S162A, T165I, K173T, Q174E, T200A, Q207E, F214L  
BKO-879 BKO-879 None None  E138A Q23P, V35T, E40D, V60I, S68G, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174N, T200A, Q207E, R211K, F214L  
BKO-881 BKO-881 None None   P9Q, I31M, K32Q, V35T, T39A, K49R, S162A, E169Q, K173E, Q174K, N175Y, D177E, T200A, Q207E, R211K E40Y 
BKO-882 BKO-882 None None   V35E, E36D, T39L, K122A, D123N, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-883 BKO-883 None None  E138A V35T, T39A, D123E, S162A, Q174G, T200E, I202V, Q207E A33E 
BKO-886 BKO-886 None None   V35T, E36V, G112E, K122E, D123N, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207D  
BKO-887 BKO-887 None None  V108I V35T, E36D, V60I, K122P, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
BKO-891 BKO-891 None None   E28G, V35T, D123E, K173A, Q174K, D177E, I178L, Q207E, R211K  
BKO-894 BKO-894 None None   V35T, E40D, K122P, I135V, S162H, K173L, D177G, V179I, T200A, Q207D, R211K  
BKO-896 BKO-896 None None   K22N, V35T, E36D, T39A, E40D, K49R, I135V, S162T, K173T, Q174K, D177E, I178M, V189I, T200A, Q207E  
BKO-899 BKO-899 None None   V35T, E36D, K122E, I135T, S162A, K173T, Q174D, D177E, T200A, E203D, Q207D, R211K  
BKO-901 BKO-901 None None   V35T, E36D, V60I, K122E, I135V, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207E  
BKO-902 BKO-902 None None   V35T, E36A, T39K, K43E, E53D, K122E, D123G, I135T, S162Y, K173S, D177E, V179I, Q207A, R211K, F214L  
BKO-903 BKO-903 None None   K20R, V35T, E36D, T39A, E40D, K49R, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E  
BKO-906 BKO-906 None None   E6D, V21I, T27S, V35T, E36D, K49R, V60I, I135T, Q174R, D177E, I178V, T200A, E203D, Q207E, R211K N175V 
BKO-907 BKO-907 None None   K30E, V35Q, T39S, E53G, Q91H, I135V, S162A, K173S, Q174R, D177E, V179I, T200I, Q207N, R211K, F214L I31P, N81H 
BKO-910 BKO-910 None None   V35T, N57D, K122E, D123N, I135V, S162A, K173T, Q174E, D177E, T200A, Q207E  
BKO-911 BKO-911 None None   V35T, E36D, T39M, D123E, S162A, K173T, Q174K, D177E, I195L, T200A, Q207E, R211K K30P 
BKO-917 BKO-917 None None   V35T, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
BKO-918 BKO-918 None None   V35T, E36D, T39L, K122E, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, Q242R  
BKO-924 BKO-924 None None   V35T, E36D, S48T, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174R, D177E, I178M, T200A, Q207G, R211S, K223R  
BKO-925 BKO-925 None None   V21I, K32R, V35T, V60I, A98S, D123T, Q174K, D177E, I178V, T200A, Q207E, R211K, W239R  
BKO-926 BKO-926 None None   V35T, E36D, V60I, D123E, I135V, S162A, K173A, Q174E, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-927 BKO-927 None None   K11T, V35T, E36D, V60I, K122E, D123N, I135T, I142V, S162H, K173S, T200A, Q207A, R211K, E224D P133S 
BKO-933 BKO-933 None None   K20R, V35T, E36D, K49R, V60I, K122T, I135V, S162T, T165I, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K K30P 
BKO-935 BKO-935 None None   V35L, E36A, V60I, K122E, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200E, Q207E Y56S, V241G 
BKO-936 BKO-936 None None   V35T, T39V, V60I, I135V, I142T, S162A, K173R, Q174K, T200A, Q207E, R211Q, H235P  
BKO-937 BKO-937 None None   V35T, K122E, I135V, T139A, S162A, K173T, Q174K, N175Y, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-940 BKO-940 None None   V35T, T39L, D123E, S162A, T165I, K173T, Q174K, D177E, I195L, T200A, Q207E, R211K  
BKO-941 BKO-941 None None   V35T, E36D, T39A, S48T, I135V, S162A, K173R, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-942 BKO-942 None None   V35T, K122E, D123N, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, G196K, T200A, Q207E, R211K  
BKO-943 BKO-943 None None   V21I, K32R, V35T, V60I, K102Q, K122E, S162A, T165I, Q174R, D177E, I178M, T200A, I202V, Q207E, R211K N175T 
BKO-948 BKO-948 None None   V35T, K64R, V90I, K102Q, D123E, S162A, K173T, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-949 BKO-949 None None   P14S, V35T, T39L, I135T, I142V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K L210R 
BKO-950 BKO-950 None None   K11R, V35T, E40D, K49R, V60I, K122E, D123S, K173I, Q174K, T200A, Q207N, R211G  
BKO-953 BKO-953 None None   K22N, V35T, E36D, T39A, E40D, K49R, K122E, D123N, I135T, A158S, S162A, T165I, K173T, I195L, T200A, I202V, R211K  
BKO-954 BKO-954 None None   V35T, T39M, K46Q, V60I, S68G, V90I, D123E, I135V, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-955 BKO-955 None None  E138A E6K, K22N, V35T, T39A, K122E, I135V, T139A, S162A, K173T, Q174A, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L  
BKO-956 BKO-956 None None   E6K, V35T, K102Q, K122E, D123E, I135T, I142V, S162Y, F171Y, K173S, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211K, F214L, L228Q  
BKO-959 BKO-959 None None   V21D, V35T, V60I, K122E, D123N, K126R, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-960 BKO-960 None None   K20R, V35T, V60I, S68G, D123E, S162A, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-962 BKO-962 None None   V35T, E36D, K43Q, K122E, D123N, I135L, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, F214L L26W 
BKO-964 BKO-964 None None K219Q  V35T, E36D, V60I, K122P, I135R, S162A, K173T, Q174E, D177E, T200A, Q207E  
BKO-967 BKO-967 None None   V35T, E36D, T39K, I50V, V60I, S68G, V90I, I135V, S162A, K173V, Q174K, D177E, T200A, E203Q, Q207D, R211K  
BKO-969 BKO-969 None None   V35T, T39A, I135T, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, R211K  
BKO-970 BKO-970 None None   V35T, E36D, T39A, K122A, I135V, S162A, K173A, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-971 BKO-971 None None   V35T, E36D, V60I, I135V, S162A, F171Y, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211S  
BKO-976 BKO-976 None None   V35I, E36D, K102E, I135V, A158S, S162A, T165I, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
BKO-977 BKO-977 None None   T27S, V35T, E36D, K102Q, I135V, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K K43H 
BKO-978 BKO-978 None None  E138A K20R, V35M, E36D, T39A, K122E, D123N, I142V, S162A, K173T, Q174R, D177E, V189I, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L  
BKO-979 BKO-979 None None  V106I V21I, K32R, V35T, V60I, K122E, D123N, I135T, Q174R, D177E, I178V, T200A, I202V, Q207E, R211K N175V 
BKO-980 BKO-980 None None   V21I, V35T, T39M, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207G, R211K  
BKO-983 BKO-983 None None   K30E, V35P, V60I, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174E, D177E, I178M, T200A, Q207G, R211K I31P 
BKO-984 BKO-984 None None   V35T, E36A, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200A, Q207E, F214L  
BKO-985 BKO-985 None None   K11T, K32Q, V35T, E36D, T39Q, D121Y, K122E, D123G, K173L, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211N K46I 
BKO-987 BKO-987 None None   E6N, K11T, K43E, K46R, K102Q, D121H, K122E, D123S, I142V, S162Y, F171Y, K173A, Q174K, D177E, V179I, T200A  
BKO-988 BKO-988 None None   V35T, T39N, V60I, T69P, R83K, K102Q, I135V, S162A, T165I, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
BKO-989 BKO-989 None None   V35T, E36D, T39N, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
BKO-990 BKO-990 None None   T27S, K32N, V35E, K122E, S162A, K173T, Q174K, D177E, Q197H, T200A, Q207E, R211K, K223E K30P, D192V 
BKO-992 BKO-992 None None   Q23P, V35T, D123E, I135T, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178V, T200A, Q207G, R211S  
SGO-01 SGO-01 None None   M16V, K22E, V35T, T39S, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, Q197P, T200A, Q207D, F214L  
SGO-02 SGO-02 None None   V35L, E36D, I135V, S162H, K166R, K173S, V179I, Q207A  
SGO-03 SGO-03 None None  E138A M16V, K20Q, V35T, E36D, T39I, V60I, I135V, A158S, S162A, T165I, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E  

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