Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Zhong (2007)
Title Genetic diversity and drug resistance of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) strains circulating in Shanghai.
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 70
NumPts 70
Subtype CRF01_AE, B, CRF07_BC, CRF08_BC, CRF02_AG, G, A, B + CRF01_AE, CRF49_cpx, B + C

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
D0003 05CN_003 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135L, R172K, K173I, Q174K, D177E, Q207A, R211S, V245E  
D0004 05CN_004 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0005 05CN_005 None None   I135V, S162Y, T200A, R211G  
D0006 05CN_006 None None   V35I, T39A, V106L, I135L, S162C, I178M, T200A, R211K  
D0007 05CN_007 None None   E6D, K11T, V35T, T39N, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I202V, Q207S, R211S, K238R, V245E  
D0008 05CN_008 NRTI NVP M41L, T215Y K103N, P225H L34I, V35T, T39K, K43E, V90I, K122E, D123S, I178M, K238R, V245E, N255D V254A 
D0010 05CN_010 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, E203D, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0011 05CN_011 None None D67G  V35T, E36D, V60I, D121Y, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245E, T253A  
D0012 05CN_012 None None   D123E, I135V, S162C, T200A, V245E  
D0013 05CN_013 None None   V35T, E40D, V60I, K122E, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, D237N, V245Q, E248D  
D0014 05CN_014 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, I135T, V245Q  
D0015 05CN_015 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, K103R, I135V, S162C, Q207E, R211K, V245Q, T253A  
D0016 05CN_016 None None   V35T, E36A, T39D, K43R, S48T, E53D, V60I, K103R, V111I, I135V, S162H, E169D, Q207E, R211K, V245Q  
D0017 05CN_017 None None   V35T, T39A, V90I, K122E, D123N, I135T, S162C, V179I, R211K, F214L, V245M  
D0022 05CN_022 NRTI NVP F116Y, Q151M A98G, K103N, E138G E6D, K11T, K20R, V35T, T39E, S68G, K122E, D123S, I135L, R172K, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, V245E V241C 
D0024 05CN_024 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135V, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0025 05CN_025 None None   E6D, K11T, K22R, V35T, T39K, K43E, T69N, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E, T253A D237G 
D0026 05CN_026 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, D121H, K122E, D123S, S162C, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211S, K238R, V245E, T253A  
D0027 05CN_027 None None   E6D, K11A, V21I, V35T, T39K, V60I, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200A, Q207A, R211S, V245E  
D0028 05CN_028 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, Q207S, R211S, K238R, V245A  
D0029 05CN_029 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121H, K122E, I135V, V245Q, E248D  
D0034 05CN_034 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245Q  
D0036 05CN_036 NRTI NVP  V106I V35T, T39A, K122E, D123N, S162C, V179I, R211K, V245M  
D0037 05CN_037 NRTI NVP  K103N E6K, K11T, V35T, T39A, E40D, K122E, D123S, I135T, I142V, S162H, K173L, D177E, V179I, I202V, Q207A, F214L, V245Q, E248Q  
D0038 05CN_038 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, V245E  
D0040 05CN_040 None None   K11R, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, I142T, V245Q  
D0041 05CN_041 None None   E6D, S68G, K122Q, S162D, K166R, D177E, G196E, T200V, R211K  
D0045 05CN_045 None None   E6D, K11T, V35T, T39N, K122E, D123S, S162C, K173I, Q174K, D177E, I202V, Q207S, R211S, K238R, V245E  
D0046 05CN_046 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, K173I, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200I, Q207A, L210F, R211S, K238R, V245E  
D0047 05CN_047 NRTI NVP   T107S, S162C, L210M  
D0048 05CN_048 None None  V106I S162C, Q174H  
D0049 05CN_049 NRTI NVP K65R Y181C, G190S E6D, K11T, K32R, V35T, T39K, K43E, K122E, D123K, K173V, Q174K, D177E, V179T, T200I, I202V, Q207D, R211K, K238R, V245Q G231E 
D0050 05CN_050 None None A62V  E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245Q  
D0051 05CN_051 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q  
D0052 05CN_052 NRTI NVP K65R K103N, V179E, Y181C K20R, V35T, T39N, E40D, V60I, K122E, D123N, K173T, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, F214L, V245Q, E248D  
D0053 05CN_053 None None  V179E V21I, V35T, V60I, K122E, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
D0055 05CN_055 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K103R, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, V179I, L193F, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0057 05CN_057 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0058 05CN_058 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123N, Q145H, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E, I257L D256V 
D0059 05CN_059 None None   E6D, V8I, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135R, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q182H, G196E, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0060 05CN_060 None None   E6D, V8I, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135K, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0061 05CN_061 NRTI NVP  K103N E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, T200I, I202V, Q207T, L210S, R211S, V245E  
D0062 05CN_062 None None   E6D, K11T, V35T, E36D, T39K, K43E, D121H, K122E, D123S, I135T, S162A, K173I, Q174K, D177E, T200R, I202V, Q207D, R211S, V245E  
D0063 05CN_063 None None   I135V, S162C, T200A  
D0065 05CN_065 None None   V35T, T39N, S48T, E53D, V60I, K122E, I135V, S162C, Q207E, R211K, L228H, V245E  
D0067 O5CN_067 NRTI NVP   V35T, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, Q197E, T200A, Q207N, V245Q, E248N, D250E  
D0068 05CN_068 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, I135V, S162C, Q197K, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
D0069 05CN_069 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, I135V, S162C, Q197K, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
D0070 05CN_070 NRTI NVP  E138A V35T, E36A, K43Q, K49R, V60I, K122E, D123S, K173T, Q174K, D177E, Q207A, R211K, V241A, V245Q, E248D, D250E, S251N, I257L  
D0072 05CN_072 None None   V35T, T39D, S48T, V60I, D121H, K122E, R211T, V245Q  
D0073 05CN_073 None None   I5V, V35T, T39N, V60I, D121H, K122E, V245Q S3D 
D0074 05CN_074 None None   E6A, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0075 05CN_075 None None   K20R, V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, I135V, S162C, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
D0076 05CN_076 None None   K20R, V60I, K122E, I135K, S162C, K201R  
D0077 05CN_077 NRTI NVP  Y181C E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, T69N, K122E, D123N, D177E, I178M, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0078 05CN_078 None None   I135V, S162C  
D0079 05CN_079 None None  V106I V35T, T39A, K122E, D123N, I135T, S162C, V179I, R211K, V245M  
D0080 05CN_080 NRTI NVP K65R, K70N K103N, E138G, V179E K20R, L34I, V35T, T39M, S68G, V90I, K122E, D123N, I135L, R143K, K173T, Q174K, D177K, I178M, T200A, I202L, R206K, Q207E, H208L, K220R, E233D, P236L, K238I, P243A, V245H, E248D, D250E  
D0081 05CN_081 NRTI NVP M184I  M16I, V35M, E36A, T39D, M41I, G45R, S48T, G51R, V60I, R78K, G93R, G112E, D121Y, K122E, G141R, R172K, G190R, G196R, W212G, W229L, V245Q G18R, C38Y, G152R, G231K, W239K 
D0082 05CN_082 NRTI NVP M41L, M184V, T215Y K101E, G190S I135V, S162D, T200A  
D0083 05CN_083 None None   K122E, I135V, S162C, T200A, V245E  
D0084 05CN_084 NRTI NVP K65R V179D, G190A, K238T E6D, K11A, V35T, T39K, K43E, S68G, V90I, K122E, D123S, I135T, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211S, V245E  
D0085 05CN_085 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D121Y, K122E, V245Q  
D0086 05CN_086 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135V, T165I, K173T, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E, E248D N136D 
D0087 05CN_087 None None  V179D E6D, K20R, V35T, E36A, T39D, S48T, E53D, V60I, T69S, V111I, K122E, K166R, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q  
D0088 05CN_088 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K103R, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
D0089 05CN_089 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162C, K173I, Q174K, D177E, T200I, Q207A, R211S, K238R, I244V, V245E  
D0091 05CN_091 None None  V106I V118I, D121H, K122E, I135T, K166R, K173E, R211K, F214L, V245M  
D0093 05CN_093 None None   I135V, S162C, T200A  
D0095 05CN_095 None None   E6D, K11T, V35T, T39K, K43E, K64R, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200I, Q207A, R211S, K238R, V245E  

Database

Resources

Team