Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Bessong (2006)
Title Resistance mutational analysis of HIV type 1 subtype C among rural South African drug-naive patients prior to large-scale availability of antiretrovirals.
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 35
NumPts 35
Subtype C

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
POB_01PB10ZA 01PB10ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K166R, K173E, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K275R, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB11ZA 01PB11ZA None None  Y318F K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, V118I, K122E, D123G, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB16ZA 01PB16ZA None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173I, T200A, Q207A, R211K, V245L, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB24ZA 01PB24ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, I135T, T165I, Q174N, D177E, I178V, T200A, Q207E, V245Q, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB25ZA 01PB25ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K82R, A98S, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K275R, K277R, Q278H, L282C, T286A, V292I, I293V  
POB_01PB31ZA 01PB31ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, E53D, K122E, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
POB_01PB32ZA 01PB32ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, I142V, K173A, D177E, T200A, E204K, Q207D, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB34ZA 01PB34ZA None None  E138A T27S, V35T, T39K, S48T, V60I, V118I, K122E, D123S, E169Q, K173T, Q174R, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245L, E248D, A272P, K275R, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB35ZA 01PB35ZA None None   K32I, V35T, E36A, T39E, S48T, K82R, A98S, K122E, I135K, K173A, Q174K, D177E, V179I, Q207E, V245Q, D250E, A272P, V292I, I293V  
POB_01PB36ZA 01PB36ZA None None   V35T, E36A, T39E, E40D, K122E, D123S, S162Y, K166R, K173T, D177E, T200A, R211Q, V245Q, E248D, D250E, A272P, K275Q, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB39ZA 01PB39ZA None None   K20R, V35T, E36T, T39E, S48T, V60I, K122E, F171Y, K173T, Q174K, V245Q, D250E, S251H, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, E297D  
POB_01PB40ZA 01PB40ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K173T, D177E, T200E, Q207E, V245Q, E248D, D250E, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB41ZA 01PB41ZA None None   E6K, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, I135V, K173A, D177E, T200A, Q207T, R211K, V245K, D250E, L283I, V292I, I293V  
POB_01PB42ZA 01PB42ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, A98S, K122E, D123N, K173A, D177G, T200A, I202V, Q207V, R211K, V245Q, A272P, K277R, V292I, I293V  
POB_01PB43ZA 01PB43ZA None None  Y318F V35T, T39K, S48T, K122E, D123S, K173L, D177E, I178V, T200A, Q207A, L210F, V245Q, A272P, K277R, T286A, V292I, I293V  
POB_01PB5ZA 01PB5ZA None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123G, S162D, E169K, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_01PB6ZA 01PB6ZA None None  E138A, Y318F V35T, T39E, S48T, V118I, K122E, D123N, I142V, E169Q, K173T, Q174R, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, E248N, A272P, K275R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V, Y319F  
POB_01PB9ZA 01PB9ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, A98S, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207E, V245Q, V292I, I293V  
POB_02TS14ZA 02TS14ZA None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, T165I, K173A, Q174K, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, E248D, A272P, K275R, K277R, Q278H, E291D, V292I, I293V, E297V A129T 
POB_02TS16ZA 02TS16ZA None None   V35T, T39E, S48T, K122E, S162C, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, L228H, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V  
POB_02TS17ZA 02TS17ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_02TS18ZA 02TS18ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D123E, I135T, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, E291D, V292I, I293V  
POB_02TS19ZA 02TS19ZA None None   V35K, E36A, T39E, S48T, V60I, K64R, K122E, D123S, K166R, K173T, T200A, Q207E, R211K, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_02TS22ZA 02TS22ZA None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, S162C, K173A, D177E, I178L, G196K, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_02TS26ZA 02TS26ZA None None   K20R, T27A, V35T, E36A, T39E, K122E, D123S, K166R, E169D, K173A, Q174R, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
POB_02TS30ZA 02TS30ZA None None  E138A V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D, A272P, K275R, Q278H, T286V, E291D, V292I, I293V, D320G  
POB_02TS3ZA 02TS3ZA None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123S, S162C, K173V, D177E, I178L, G196K, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_04J8129ZA 04J8129ZA None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D86E, K122E, D123G, K166R, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211M, V245Q, A272P, K277R, T286A, V292I, I293V, P294S  
POB_04J8717ZA 04J8717ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, Q207K, V241I, V245Q, A272S, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_04J8820ZA 04J8820ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173V, Q174K, D177E, T200A, R211Q, V245Q, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_04J8832ZA 04J8832ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V90I, K122E, D123S, I135V, A158P, S162C, K173T, D177E, I178M, V179I, T200A, Q207K, R211A, V245K, A272S, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_04J8839ZA 04J8839ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, A158S, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
POB_04J8840ZA 04J8840ZA None None   V35K, E36A, T39E, S48T, V60I, K64R, K122E, D123S, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245Q, K249Q, A272P, K275R, E291D, V292I, I293V  
POB_04J8946ZA 04J8946ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, I202V, E204K, Q207D, R211K, V245K, D250E, A272K, E291D, I293V  
POB_04J8980ZA 04J8980ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173T, Q174K, I178M, G196E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, S251A, A272S, K277R, Q278N, V292I, I293V