Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Razafindratsimandresy (2006)
Title High HIV type 1 subtype diversity and few drug resistance mutations among seropositive people detected during the 2005 second generation HIV surveillance in Madagascar.
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 31
NumPts 31
Subtype A, B, CRF02_AG, C, CRF06_cpx

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
RR_MAD-GF301 MAD-GF301 None None   V35T, T39A, E40D, D86E, S162A, K173N, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207G, R211K  
RR_MAD-GI061 MAD-GI061 None None   V35T, E40D, K49R, V60I, K102KQ, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, F214FL, V245Q, E248N  
RR_MAD-GP009 MAD-GP009 None None   V35T, E40D, K122Q, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
RR_MAD-GP017 MAD-GP017 None None   V8I, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, I135T, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, E248D  
RR_MAD-GP035 MAD-GP035 None None   K11T, V35T, E36A, T39K, K43E, W88C, K122E, D123S, I135T, S162H, K173LS, D177E, I178IV, V179I, T200TI, I202V, Q207A, R211K, F214L, V245Q  
RR_MAD-GP052 MAD-GP052 None None   V35T, E40D, D121Y, K122E, S162A, K173N, D177E, T200AV, Q207E, R211K, V245E  
RR_MAD-GP074 MAD-GP074 None None   V35T, T39E, E40D, K122E, D123S, I135R, S162C, K173AT, D177DE, T200A, Q207N, R211K, V245Q  
RR_MAD-GP099 MAD-GP099 None None   V35T, E36D, T39A, E40D, K122KR, D123DE, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
RR_MAD-GP203 MAD-GP203 None None   E36D, V60I, I135V, S162A, K173T, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L  
RR_MAD-GP225 MAD-GP225 None None  V179E V21I, V35T, T39L, V60I, K122E, D123N, I135K, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
RR_MAD-HF003 MAD-HF003 None None   I135V, S162C, T200A, V245Q  
RR_MAD-MO008 MAD-MO008 None None   E6K, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, F171Y, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245Q  
RR_MAD-MO023 MAD-MO023 None None   K11T, K20R, V21I, V35T, T39M, K122KE, D123N, K173S, D177G, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S  
RR_MAD-MO055 MAD-MO055 None None   V35T, T39K, V60I, D121H, K122E, K166KR, G196E, I202V, Q207A, R211K  
RR_MAD-MO105 MAD-MO105 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123X, K173AT, D177E, T200A, Q207E  
RR_MAD-MO132 MAD-MO132 None None   K102KR, D123E, S162C, K173Q, Q174R, I178L, T200A, R211K, V245T, D250E  
RR_MAD-MO250 MAD-MO250 None None   I135V, S162C, T200E, Q207E  
RR_MAD-PI041 MAD-PI041 None None   V35T, V60I, D121DH, K122E, D123E, I135T, I142IV, S162C, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
RR_MAD-PI044 MAD-PI044 None None   V21G, V35T, E40ED, V60I, K122E, D123S, I135T, S162CY, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, V245K, D250E K13E 
RR_MAD-PO10 MAD-PO10 None None   V35T, K122E, D123N, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, V245K, D250E  
RR_MAD-RF012 MAD-RF012 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123S, I135T, F171Y, K173A, Q174K, T200A, Q207E, R211K, F214L  
RR_MAD-RF272 MAD-RF272 None None   V21I, E28A, V35T, T39L, I50IV, V60I, K101KR, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200TI, I202V, Q207DE  
RR_MAD-RI115 MAD-RI115 None None   V8I, V21I, K32R, V35T, T39K, S48E, V60I, I135T, K173R, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q, V245Q  
RR_MAD-RI136 MAD-RI136 None None   V21I, V35T, V60I, W88WS, K122E, D123DN, K173L, Q174K, D177E, I178L, V179T, I202V, Q207D, R211S, F214L, V245E, D250E  
RR_MAD-TI058 MAD-TI058 None None   V35T, V60I, K122E, D123N, I135T, I142T, K173L, Q174K, V179I, Q207A, R211S, V245K, D250E  
RR_MAD-TO086 MAD-TO086 None None   D123E, S162C, K173Q, Q174R, I178L, T200A, R211K, V245T, D250E  
RR_MAD-TO182 MAD-TO182 None None   R83K, K122E, K166R, K173Q, T200E, K220E, V245K  
RR_MAD-TO193 MAD-TO193 None None   D123E, S162C, K173Q, Q174R, I178L, T200A, R211K, V245T  
RR_MAD-UF113 MAD-UF113 None None   D123E, S162C, K173Q, Q174R, I178L, T200A, R211K, V245T, D250E  
RR_MAD-UO062 MAD-UO062 None None   V21D, K32R, V35T, T39K, S48E, V60I, I135T, K173R, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q, V245Q  
RR_MAD-UO286 MAD-UO286 None None  H221HY K32R, V35T, T39K, S48E, V60I, I135T, K173R, Q174K, D177E, T200A, Q207K, R211Q, V245Q  

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