Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Bussmann (2005)
Title HIV-1 subtype C drug-resistance background among ARV-naive adults in Botswana.
Citation Antivir Chem Chemother
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 71
NumPts 71
Subtype C, CRF49_cpx

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
01BW025N 01BW025N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, S162N, K173A, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245K, A272P, E291D, V292I, I293V  
01BW0498S 01BW0498S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K173A, D177E, T200A, Q207R, R211K, V245Q, D250E, A272P, E291D, V292I, I293V  
01BW0797N 01BW0797N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K166R, E169D, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, E248D, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW0800N 01BW0800N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173A, D177E, T200E, E204K, Q207A, R211K, V245Q, E248A, D250E, A272P, K275Q, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V, I326V, Q334E  
01BW0961S 01BW0961S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, Q174R, D177E, T200A, Q207D, R211K, P243T, V245Q, E248T, S251N, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW0971S 01BW0971S None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, S162C, K173T, Q174R, T200A, Q207E, F214L, V245E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW0972S 01BW0972S None None   V35T, T39E, E40G, S48T, K122E, D123S, S162F, K166R, K173T, Q174R, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P, K277Q, E291D, V292I, I293V  
01BW187S 01BW187S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, S162C, E169D, K173T, Q174K, D177E, V179T, T200A, Q207E, R211K, F214L, L228H, V245Q, E248N, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW2053S 01BW2053S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, I135K, K173A, D177E, I178L, T200A, Q207K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T  
01BW2064S 01BW2064S None None   K22R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, I135T, S162C, K173A, D177E, T200A, I202V, Q207E, V245Q, D250E, S251I, T286A, E291D, V292I, I293V, P313Q  
01BW2065S 01BW2065S None None   V35K, E36A, T39D, S48T, K122E, D123N, I135T, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, E224D, V245Q, A272P, L279M, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW2165S 01BW2165S None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48E, K173T, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW2206N 01BW2206N None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, S162C, K173A, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V, V317A, D324E  
01BW2210N 01BW2210N None None   V35T, T39A, S48E, D123E, I135L, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272K, K277R, E291D, V292I, I293V, I329V  
01BW2413S 01BW2413S None None   E6A, K11N, K20R, V35T, K122E, D123N, S162C, K173A, Q174K, D177E, K201I, Q207G, R211K, V245Q, E248D, D250E, S251D, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V, E297A, P321S, S322A, I329V, G333R, Q334A  
01BW2414S 01BW2414S None None   P4S, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, D121Y, K122E, I142T, K173A, Q174K, D177E, I178L, I202V, Q207K, V245K, D250E, A272K, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW2433N 01BW2433N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207E, L228M, V245K, D250E, S251D, K277R, T286A L283V 
01BW2508S 01BW2508S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207A, V245E, E248D, S251N, A272P, K275R, Q278N, L283I, E291D, V292I, I293V  
01BW2528S 01BW2528S None None   E6K, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245H, A272P, K277R, V292I, I293V, E297R, D324E  
01BW2614N 01BW2614N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K173T, D177E, T200A, Q207G, R211K, I244M, V245Q, A272P, K277R, Q278H, K281R, E291D, V292I, I293V  
01BW2673S 01BW2673S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, T139A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW2790S 01BW2790S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, T165I, K173A, D177E, I178L, T200A, Q207D, R211K, F214L, V245Q, E248T, A272P, V276I, L279I, K281R, E291D, V292I, I293V G273K 
01BW2793S 01BW2793S None None   V35T, E36V, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207K, V245K, D250E, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, K311R  
01BW2796S 01BW2796S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, P247T, E248D, D250E, A272P, K277T, T286A, V292I, E297K, E300A  
01BW2844N 01BW2844N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, Q174R, D177E, T200A, Q207E, V245Q, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V, K311R  
01BW3224N 01BW3224N None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, Q174R, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K, P243A, V245Q, E248T, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW3226N 01BW3226N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, A158S, K173A, D177E, G196K, T200A, E204Q, Q207A, R211K, V245K, A272P, K277R, Q278H, E291D, V292I, A327V  
01BW3368N 01BW3368N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, D121H, K122E, D123S, I135R, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272S, T286A, E291D, I293V, E328D, Q334R  
01BW3374N 01BW3374N None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K173A, D177E, G196R, T200A, Q207E, R211K, V245E, D250E, A272P, T286A, E291D  
01BW3381N 01BW3381N None None   V35K, E36A, T39E, S48T, D123E, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, E297K K32L 
01BW3383N 01BW3383N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW3388N 01BW3388N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, V245Q, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW3389N 01BW3389N None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, I135T, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207N, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, V317A  
01BW3538S 01BW3538S None None  E138A V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, I135T, I142T, K173A, Q174N, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, G273R, K275R, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW3582N 01BW3582N None None   E6D, V8I, K11N, K13N, K22N, T27S, K32Q, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162C, K173A, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272Q, E291D, V292I, I293V, D324E  
01BW3605N 01BW3605N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207K, V245K, D250E, S251N, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V, K311R  
01BW3726N 01BW3726N None None   V35T, T39E, S48T, K104R, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, Q207T, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW374S 01BW374S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173T, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW375S 01BW375S None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123N, K173T, Q174K, T200A, Q207K, R211K, F214L, V245Q, E248D, D250E, S251D, E291D, V292I, I293V  
01BW3772S 01BW3772S None None   P4S, V35I, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, I135T, S162C, K173T, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V  
01BW378S 01BW378S None None   V35K, T39E, S48T, K122E, D123S, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW3845N 01BW3845N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, I142V, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, Q278H, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW386S 01BW386S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207N, V245H, D250E, S251N, A272P, E291D, V292I, G333E, Q334H  
01BW387S 01BW387S None None   K20R, V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, S162H, K173A, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245Q, D250E, S251D, A272P, K277R, T286V, V292I, D324E, L325I  
01BW3895N 01BW3895N None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, A158S, S162A, K173A, T200A, I202V, Q207E, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, I293V, E297D, V317A  
01BW3920N 01BW3920N None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123S, I135V, S162C, K173A, D177E, Q207E, R211K, V245Q, D250E, S251D, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, V317A  
01BW392S 01BW392S None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, L193F, G196E, T200A, Q207E, D250E, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW3930N 01BW3930N None None  E138A V35T, T39E, S48T, K122E, D123S, I142T, K173T, T200A, Q207E, R211K, F214L, A272P, E291D, V292I, I293V  
01BW3931N 01BW3931N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, A98S, K122E, D123N, I135R, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, E248D, A272S, T286A, A288S, E291D, V292I, I293V, V317A  
01BW4009S 01BW4009S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K166R, K173A, Q174K, D177E, I178V, T200E, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, I293V, A304E  
01BW4011S 01BW4011S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, I135M, S162Y, K166R, K173A, T200A, Q207E, R211K, P243T, V245Q, A272K, T286A, E291D, V292I, I293V, Q334H  
01BW4012S 01BW4012S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211K, V245Q, E248D, D250A, A272P, V276I, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, I326T  
01BW4013S 01BW4013S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, A158S, T165I, K173A, Q174K, D177E, G196T, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D, A272P, L279M, E291D, V292I, I293V, E297A, V317A, Q334D  
01BW4127N 01BW4127N None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, K173T, Q174K, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272S, K277R, T286A, E291D, V292I, Q334H  
01BW4136N 01BW4136N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245K, D250E, A272P, E291D, V292I, I326V  
01BW4271N 01BW4271N None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122P, D123G, S162C, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K281R, E291D, V292I, I293V  
01BW4292N 01BW4292N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245K, D250E, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, K311R, I326V  
01BW4309N 01BW4309N None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, S162C, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V  
01BW432N 01BW432N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, K173T, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW4330N 01BW4330N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173T, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, E297A  
01BW451N 01BW451N None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123N, K173A, Q174R, T200A, Q207R, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
01BW4589N 01BW4589N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, I135T, S162C, K166R, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K, P243S, V245Q, D250E, A272P, E291D, V292I, I293V  
01BW4755N 01BW4755N None None  E138A V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, I178M, G196E, T200A, E204K, Q207D, P243T, V245K, A272P, K275R, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, H315Q  
01BW4789N 01BW4789N None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104N, K122E, D123N, K166R, K173A, Q174R, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, E248D, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, V317A  
01BW4902N 01BW4902N None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K104R, K122E, D123G, S162C, K166R, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272S, K277R, E291D, V292I, I293V, K311R  
01BW549S 01BW549S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, I135V, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207D, P243T, V245Q, E248T, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V, P294T  
01BW557S 01BW557S None None   V35T, E36A, T39D, S48T, I50V, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277T, T286A, E291D, V292I, I293V, K311R P247I 
01BW780S 01BW780S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, I142V, S163T, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V  
01BW899S 01BW899S None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, D123S, I135T, S162C, K173A, Q174K, T200A, Q207K, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V  
01BW900S 01BW900S None None   E6K, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, K166R, K173A, D177E, E203D, Q207D, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, E328D  
01BW934S 01BW934S None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248N, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I