Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Saah (2003)
Title Treatment with indinavir, efavirenz, and adefovir after failure of nelfinavir therapy.
Citation J Infect Dis
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 43
NumPts 43
Subtype B

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
AS-1 AS-1
Consensus 
3TC, AZT, D4T None   I2IV, T7TA, M16ML, V21I, K32KR, S48SP, K173KR, E194EG, R211K, D218DG L74LS, D76DG, F87FS, N175ND, D192DG 
  clone: C1 3TC, AZT, D4T None   V21I, K173R, E194G, R211K, D218G L74S 
  clone: C2 3TC, AZT, D4T None   V21I, R211K D76G 
  clone: C3 3TC, AZT, D4T None   T7A, V21I, R211K  
  clone: C4 3TC, AZT, D4T None   V21I, R211K N175D 
  clone: C5 3TC, AZT, D4T None   V21I, K32R, R211K F87S, D192G 
  clone: C6 3TC, AZT, D4T None   I2V, M16L, V21I, S48P, R211K  
  clone: C7 3TC, AZT, D4T None   V21I, R211K  
AS-10 AS-10
Consensus 
AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, D67DN, M184VA, T215Y  E28EK, L34LI, K64KR, I135V, K154KE, S162C, G196E, T200A, E203EG, Q222QR F61FS, D110DG 
  clone: C1 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  I135V, S162C, G196E, T200A  
  clone: C2 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, T215Y  I135V, K154E, S162C, G196E, T200A D110G, M184A 
  clone: C3 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, D67N, M184V, T215Y  I135V, S162C, G196E, T200A  
  clone: C4 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  I135V, S162C, G196E, T200A F61S 
  clone: C5 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  I135V, S162C, G196E, T200A  
  clone: C6 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  I135V, S162C, G196E, T200A, Q222R  
  clone: C7 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  E28K, I135V, S162C, G196E, T200A  
  clone: C8 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, D67N, M184V, T215Y  L34I, K64R, I135V, S162C, G196E, T200A, E203G  
AS-11 AS-11
Consensus 
AZT, 3TC None   D123E, Q174QHK, D177DE, I178X, T200TSA, K201KR, T215TP P59PL 
  clone: C1 AZT, 3TC None   D123E, Q174H, D177E, I178M  
  clone: C2 AZT, 3TC None   D123E, Q174K, I178L, T200S P59L 
  clone: C3 AZT, 3TC None   D123E, I178L, T215P  
  clone: C4 AZT, 3TC None   D123E, Q174H, D177E, I178V  
  clone: C5 AZT, 3TC None   D123E, Q174H, D177E, I178V, T200A  
  clone: C6 AZT, 3TC None   D123E  
  clone: C7 AZT, 3TC None   D123E, D177E, I178M  
  clone: C8 AZT, 3TC None   D123E, Q174H, D177E, I178M, K201R  
AS-12 AS-12
Consensus 
AZT, 3TC None M41L, V75VA, M184V, T215Y, K219KE E138EG, Y188YH D17DN, I31IM, I63IV, I135T, S163SG, Q207H, R211K N81ND, W88W*, L109LP, N147ND, H208HR 
  clone: C1 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  I135T, S163G, Q207H, R211K  
  clone: C2 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y E138G D17N, I135T, Q207H, R211K  
  clone: C3 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y, K219E Y188H W88*, I135T, Q207H, R211K  
  clone: C4 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  I31M, I63V, I135T, Q207H, R211K  
  clone: C5 AZT, 3TC None M41L, V75A, M184V, T215Y  I135T, Q207H, R211K L109P, N147D, H208R 
  clone: C6 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  I135T, Q207H, R211K  
  clone: C7 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  I135T, Q207H, R211K  
  clone: C8 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  I135T, Q207H, R211K N81D 
AS-13 AS-13
Consensus 
AZT, 3TC None M41ML, A62AV, K70KR, M184V  V10VI, V21VI, V35I, K43KE, T69TN, I135IV, I142V, D186DN, I195IV, G196E, Q207QH, F214FL Y127YC, Y144YH, Y146YH, M164MV 
  clone: C1 AZT, 3TC None A62V, K70R, M184V  V35I, K43E, T69N, I142V, G196E  
  clone: C2 AZT, 3TC None M41L, K70R, M184V  V35I, T69N, I135V, I142V, G196E  
  clone: C3 AZT, 3TC None M184V  V21I, V35I, I135V, I142V, D186N, G196E, Q207H Y146H 
  clone: C4 AZT, 3TC None M41L, K70R, M184V  V10I, V35I, K43E, T69N, I135V, I142V, G196E Y127C 
  clone: C5 AZT, 3TC None A62V, K70R, M184V  V35I, K43E, T69N, I135V, I142V, G196E M164V 
  clone: C6 AZT, 3TC None M184V  V21I, V35I, I135V, I142V, I195V, G196E, F214L  
  clone: C7 AZT, 3TC None M41L, K70R, M184V  V35I, T69N, I135V, I142V, G196E, F214L Y144H 
  clone: C8 AZT, 3TC None A62V, K70R, M184V  V21I, V35I, T69N, I142V, G196E  
AS-14 AS-14
Consensus 
AZT, 3TC None M41ML, M184MV, T215TYC A98AG I2IV, D17DG, V21VA, V35VA, K49KR, I135X, I159IV, S162SCY, E169EA, K173Q, I178IMV, T200A, Q207ED, R211K C38CY, K64KE 
  clone: C1 AZT, 3TC None   I159V, K173Q, I178M, T200A, Q207E, R211K K64E 
  clone: C2 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y A98G S162C, K173Q, T200A, Q207E, R211K  
  clone: C3 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y A98G K49R, I135L, S162C, K173Q, T200A, Q207E, R211K  
  clone: C4 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  V21A, I135T, S162Y, K173Q, I178V, T200A, Q207E, R211K  
  clone: C5 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  I135T, S162C, E169A, K173Q, I178M, T200A, Q207E, R211K  
  clone: C6 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215C A98G I135L, S162C, E169A, K173Q, I178M, T200A, Q207D, R211K  
  clone: C7 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y A98G V35A, S162C, E169A, K173Q, I178M, T200A, Q207E, R211K  
  clone: C8 AZT, 3TC None M41L  S162C, E169A, K173Q, I178M, T200A, Q207E, R211K  
  clone: C9 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  I2V, D17G, I135T, S162C, E169A, K173Q, I178M, T200A, Q207E, R211K C38Y 
AS-15 AS-15
Consensus 
AZT, 3TC, DDI None L74LV, M184V  K11KT, K22KR, V35T, E53D, K122KE, D123E, K154KE, K173KR, D177E, R211K D110DG, F130FS, W153W* 
  clone: C1 AZT, 3TC, DDI None M184V  V35T, E53D, D123E, D177E, R211K F130S 
  clone: C2 AZT, 3TC, DDI None M184V  V35T, E53D, D123E, D177E, R211K  
  clone: C3 AZT, 3TC, DDI None M184V  V35T, E53D, D123E, K154E, D177E, R211K  
  clone: C4 AZT, 3TC, DDI None M184V  K22R, V35T, E53D, K122E, D123E, D177E, R211K  
  clone: C5 AZT, 3TC, DDI None L74V, M184V  V35T, E53D, D123E, W153*, D177E, R211K D110G 
  clone: C6 AZT, 3TC, DDI None M184V  V35T, E53D, D123E, K173R, D177E, R211K  
  clone: C7 AZT, 3TC, DDI None M184V  K11T, K22R, V35T, E53D, D123E, D177E, R211K  
AS-16 AS-16
Consensus 
AZT, 3TC, D4T None D67DN, K70R, M184MV  E6EG, K13KR, M16MT, V35VA, I63IV, D113DG, K122E, D123DG, I135V, T139TI, Q151QR, S162SN, S163SN, E169EG, R172RG, V179VI, E203EK, R211RK W24WG, I47IT, V60VIA, R78RG, Y127YH, N175NS, I180IT 
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T None K70R, M184V  K122E, I135V, S163N, V179I, E203K R78G 
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T None K70R, M184V  V35A, V60I, K122E, I135V Y127H 
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T None K70R, M184V  M16T, K122E, D123G, I135V, S162N, R172G W24G 
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V  E6G, K13R, D113G, K122E, I135V, Q151R, S162N, E169G N175S 
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T None K70R, M184V  I63V, K122E, I135V, T139I, S162N  
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T None K70R, M184V  K122E, I135V, S162N, R211K I47T, V60A 
  clone: C7 AZT, 3TC, D4T None K70R  K122E, I135V  
  clone: C8 AZT, 3TC, D4T None K70R, M184V  K122E, I135V I180T 
AS-17 AS-17
Consensus 
AZT, DDI, D4T, 3TC None M41ML, D67DN, T215YF K101KE V35VA, K43KR, V90VI, D123DE, R125RG, I135T, I142IV, S162SCN, T165TI, I202IV, E203ED, Q207E, R211K K64KE, L74LS, E89EG, S156SP, F160FS 
  clone: C1 AZT, DDI, D4T, 3TC None M41L, D67N, T215Y K101E D123E, I135T, T165I, E203D, Q207E, R211K K64E 
  clone: C2 AZT, DDI, D4T, 3TC None M41L, T215Y K101E K43R, I135T, S162C, E203D, Q207E, R211K F160S 
  clone: C3 AZT, DDI, D4T, 3TC None M41L, T215F  V90I, I135T, I142V, S162N, T165I, I202V, Q207E, R211K  
  clone: C4 AZT, DDI, D4T, 3TC None M41L, T215Y  I135T, I142V, T165I, E203D, Q207E, R211K L74S, E89G 
  clone: C5 AZT, DDI, D4T, 3TC None T215Y  R125G, I135T, S162C, E203D, Q207E, R211K S156P 
  clone: C6 AZT, DDI, D4T, 3TC None M41L, T215Y  V90I, I135T, I142V, S162C, E203D, Q207E, R211K  
  clone: C7 AZT, DDI, D4T, 3TC None M41L, T215Y  V90I, I135T, S162C, E203D, Q207E, R211K  
  clone: C8 AZT, DDI, D4T, 3TC None M41L, T215Y  V35A, I135T, I142V, T165I, E203D, Q207E, R211K  
AS-18 AS-18
Consensus 
DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210WG, T215Y A98G K11KN, K22KR, K32KT, V35VM, E44EG, N57NY, K82KR, R83RK, K122E, D123DG, N136NT, V148VG, K173KN, Q207QR, R211K, F227FS N54NY, D76DG, P95PS, K103K* 
  clone: C1 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G K22R, V35M, R83K, K122E, R211K N54Y 
  clone: C2 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G K11N, K122E, K173N, R211K  
  clone: C3 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G N57Y, K122E, R211K  
  clone: C4 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G V35M, E44G, K122E, N136T, R211K  
  clone: C5 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G K32T, V35M, E44G, K82R, R83K, K122E, R211K, F227S P95S 
  clone: C6 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G V35M, R83K, K122E, D123G, V148G, Q207R, R211K  
  clone: C7 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G V35M, R83K, K122E, R211K  
  clone: C8 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y A98G V35M, R83K, K122E, R211K D76G 
  clone: C9 DDC, AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, T215Y A98G V35M, R83K, K103*, K122E, R211K L210G 
AS-19 AS-19
Consensus 
AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  S68SG, R83RK, A98S, K122A, I135V, I142IV, S162A, E169ED, I178IV, V179I, V189VI, T200TI, I202IV, R211K Q85QR, F87FS, E89EG, I132IM, Q161QR 
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, S162A, E169D, V179I, V189I, R211K  
  clone: C10 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, S162A, V179I, R211K E89G 
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  S68G, A98S, K122A, I135V, S162A, V179I, I202V, R211K F87S 
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, S162A, V179I, V189I, R211K  
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, I142V, S162A, V179I, I202V, R211K  
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, S162A, V179I, V189I, R211K  
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, S162A, V179I, T200I, I202V, R211K Q85R, Q161R 
  clone: C7 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, S162A, V179I, V189I, R211K  
  clone: C8 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  R83K, A98S, K122A, I135V, S162A, I178V, V179I, V189I, R211K  
  clone: C9 AZT, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  A98S, K122A, I135V, S162A, V179I, I202V, R211K I132M 
AS-2 AS-2
Consensus 
AZT, 3TC None M41L, M184V, L210LW, T215Y  D17DG, K20KER, E28EG, V60VI, K122E, I142IV, T200I, Q207E, K223KE P25PL, N54NS, M164MT 
  clone: C1 AZT, 3TC None M41L, M184V, L210W, T215Y  K20E, K122E, T200I, Q207E N54S 
  clone: C2 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  E28G, V60I, K122E, I142V, T200I, Q207E P25L 
  clone: C3 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  K122E, T200I, Q207E M164T 
  clone: C4 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  K122E, I142V, T200I, Q207E, K223E  
  clone: C5 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  K122E, T200I, Q207E  
  clone: C6 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  K20R, K122E, T200I, Q207E  
  clone: C7 AZT, 3TC None M41L, M184V, T215Y  D17G, K122E, T200I, Q207E  
AS-20 AS-20
Consensus 
AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, L210LW, T215Y Y188YH D17DG, V60VI, V90VI, K104KR, D121H, K122E, I132IV, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, L210W, T215Y  V60I, V90I, D121H, K122E, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, T215Y  D17G, V60I, V90I, D121H, K122E, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, T215Y  V90I, D121H, K122E, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, T215Y  V60I, V90I, D121H, K122E, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, T215Y Y188H V60I, V90I, D121H, K122E, I132V, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, T215Y  V60I, V90I, D121H, K122E, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
  clone: C7 AZT, 3TC, D4T, DDI None M41L, L210W, T215Y  V60I, K104R, D121H, K122E, I135T, I142V, S162W, V179I, T200I  
AS-21 AS-21
Consensus 
AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y  V35R, T39A, K43E, E53D, P55PS, K101KR, K122E, I135T, I142IV, L149LP, S162Y, T200A, R211RK N54ND 
  clone: C1 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y  V35R, T39A, K43E, E53D, K122E, I135T, S162Y, T200A, R211K  
  clone: C2 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y  V35R, T39A, K43E, E53D, K122E, I135T, S162Y, T200A, R211K  
  clone: C3 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y  V35R, T39A, K43E, E53D, P55S, K122E, I135T, I142V, S162Y, T200A, R211K  
  clone: C4 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y  V35R, T39A, K43E, E53D, K101R, K122E, I135T, S162Y, T200A  
  clone: C5 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y  V35R, T39A, K43E, E53D, K122E, I135T, L149P, S162Y, T200A, R211K  
  clone: C6 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, L210W, T215Y  V35R, T39A, K43E, E53D, K122E, I135T, S162Y, T200A, R211K N54D 
AS-22 AS-22
Consensus 
AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N, K70KR E138EG E29EG, V35VI, T39A, R83K, A98S, D123E, I167IV, D177E, I178V, T200A, E203EK, Q207E, L228LI L26LV, I37IT, G51GE, N54NS 
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N E138G E29G, V35I, T39A, R83K, A98S, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E, L228I N54S 
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N, K70R  V35I, T39A, R83K, A98S, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E N54S 
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N  T39A, R83K, A98S, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E  
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N  T39A, R83K, A98S, D123E, I167V, D177E, I178V, T200A, Q207E L26V, I37T 
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N  V35I, T39A, R83K, A98S, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E  
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N  V35I, T39A, R83K, A98S, D123E, D177E, I178V, T200A, E203K, Q207E  
  clone: C7 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N  V35I, T39A, R83K, A98S, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E G51E 
  clone: C8 AZT, 3TC, D4T, DDI None D67N, K70R  V35I, T39A, R83K, A98S, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E  
AS-23 AS-23
Consensus 
AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  T39TA, S105SA, V118VI, K122E, D123DG, K173KR, D177E, G196E, H208HY, R211RK S3SG, I63IM, R199RG 
  clone: C1 AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  K122E, D177E, G196E, H208Y, R211K  
  clone: C2 AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  T39A, K122E, D177E, G196E I63M 
  clone: C3 AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  T39A, K122E, D177E, G196E, H208Y, R211K  
  clone: C4 AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  K122E, D177E, G196E, R211K R199G 
  clone: C5 AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  S105A, K122E, K173R, D177E, G196E, R211K S3G 
  clone: C6 AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  T39A, V118I, K122E, D123G, D177E, G196E, R211K  
  clone: C7 AZT, DDI, D4T, 3TC, DDC None M41L, D67N, T69D, L210W, T215Y  T39A, K122E, D177E, G196E, H208Y, R211K  
AS-24 AS-24
Consensus 
3TC, D4T None M184V  P119PS, K122E, K173KE, D177DN, R211K, F214L  
  clone: C1 3TC, D4T None M184V  K122E, K173E, R211K, F214L  
  clone: C2 3TC, D4T None M184V  K122E, R211K, F214L  
  clone: C3 3TC, D4T None M184V  K122E, R211K, F214L  
  clone: C4 3TC, D4T None M184V  K122E, R211K, F214L  
  clone: C5 3TC, D4T None M184V  K122E, D177N, R211K, F214L  
  clone: C6 3TC, D4T None M184V  K122E, D177N, R211K, F214L  
  clone: C7 3TC, D4T None M184V  P119S, K122E, D177N, R211K, F214L  
AS-25 AS-25
Consensus 
AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215FS, K219Q  V35M, K43KER, I50V, V60VI, K104N, F116FS, V118VI, I135T, T165TA, I178M, E204EG, Q207QR K13KE, P217PL 
  clone: C1 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215F, K219Q  V35M, I50V, K104N, F116S, I135T, I178M, E204G, Q207R K13E 
  clone: C2 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215F, K219Q  V35M, K43E, I50V, K104N, V118I, I135T, I178M  
  clone: C3 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215S, K219Q  V35M, I50V, K104N, I135T, I178M P217L 
  clone: C4 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215F, K219Q  V35M, I50V, V60I, K104N, I135T, I178M  
  clone: C5 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215F, K219Q  V35M, I50V, K104N, I135T, I178M  
  clone: C6 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215F, K219Q  V35M, I50V, K104N, I135T, I178M  
  clone: C7 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215F, K219Q  V35M, K43R, I50V, K104N, I135T, I178M  
  clone: C8 AZT, DDC, 3TC, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215F, K219Q  V35M, I50V, K104N, I135T, T165A, I178M  
AS-26 AS-26
Consensus 
AZT, 3TC None M41L, K70KR, M184V  T7TP, K11R, D123DN, I135IT, I142IV, E169D, P170PS, G196E, T200TI L100LS, K122KEG, N147ND, I180IT 
  clone: C1 AZT, 3TC None M41L, M184V  K11R, K122E, E169D, G196E, T200I  
  clone: C2 AZT, 3TC None M41L, M184V  K11R, K122E, E169D, G196E  
  clone: C3 AZT, 3TC None M41L, M184V  K11R, K122E, I142V, E169D, G196E, T200I  
  clone: C4 AZT, 3TC None M41L, M184V  K11R, E169D, P170S, G196E, T200I N147D 
  clone: C5 AZT, 3TC None M41L, K70R, M184V  T7P, K11R, D123N, I135T, E169D, G196E K122G, I180T 
  clone: C6 AZT, 3TC None M41L, M184V  K11R, K122E, E169D, G196E, T200I  
  clone: C7 AZT, 3TC None M41L, M184V  K11R, K122E, E169D, G196E, T200I L100S 
  clone: C8 AZT, 3TC None M41L, M184V  K11R, K122E, E169D, G196E, T200I  
AS-27 AS-27
Consensus 
AZT, 3TC None M41ML, M184V V106VI K43KR, E44EG, R83RG, I135T, K166R, I167IV, K173E, Q174QR, V179VI, Q207E, F214L, E224EG H208HR 
  clone: C1 AZT, 3TC None M184V V106I E44G, I135T, K166R, K173E, V179I, Q207E, F214L  
  clone: C2 AZT, 3TC None M41L, M184V V106I R83G, I135T, K166R, K173E, Q207E, F214L  
  clone: C3 AZT, 3TC None M41L, M184V V106I I135T, K166R, K173E, Q207E, F214L, E224G  
  clone: C4 AZT, 3TC None M41L, M184V  I135T, K166R, K173E, V179I, Q207E, F214L H208R 
  clone: C5 AZT, 3TC None M41L, M184V V106I I135T, K166R, I167V, K173E, Q207E, F214L  
  clone: C6 AZT, 3TC None M41L, M184V V106I K43R, I135T, K166R, K173E, Q207E, F214L  
  clone: C7 AZT, 3TC None M41L, M184V  I135T, K166R, K173E, Q174R, V179I, Q207E, F214L  
AS-28 AS-28
Consensus 
3TC, D4T, AZT None K70KR, M184V  E28EK, K32KR, I50IV, R83K, K104KT, D123E, I142IV, K154KR, E169D, D177E, T200A, I202IM, R211K D76DG, Y144YC 
  clone: C1 3TC, D4T, AZT None M184V  E28K, K32R, R83K, D123E, K154R, E169D, D177E, T200A, R211K D76G 
  clone: C2 3TC, D4T, AZT None M184V  R83K, D123E, E169D, D177E, T200A, R211K  
  clone: C3 3TC, D4T, AZT None M184V  K32R, I50V, R83K, D123E, E169D, D177E, T200A, R211K Y144C 
  clone: C4 3TC, D4T, AZT None K70R, M184V  K32R, R83K, D123E, E169D, D177E, T200A, R211K  
  clone: C5 3TC, D4T, AZT None M184V  R83K, D123E, I142V, E169D, D177E, T200A, R211K  
  clone: C6 3TC, D4T, AZT None M184V  K32R, R83K, D123E, E169D, D177E, T200A, R211K  
  clone: C7 3TC, D4T, AZT None M184V  K32R, R83K, K104T, D123E, E169D, D177E, T200A, I202M, R211K  
  clone: C8 3TC, D4T, AZT None M184V  K32R, R83K, D123E, E169D, D177E, T200A, R211K  
AS-29 AS-29
Consensus 
AZT, 3TC, D4T None D67DG, M184V  P19PS, V35R, E36EG, E42EK, F77FS, I135V, S162CY, R172RG, K173T, V179VA, I180IV, G196R, Q207E, R211K S156STP, L209LP 
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T None M184V  P19S, V35R, I135V, S162C, K173T, G196R, Q207E, R211K  
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T None M184V  V35R, F77S, I135V, S162C, K173T, G196R, Q207E, R211K  
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T None M184V  V35R, I135V, S162Y, K173T, I180V, G196R, Q207E, R211K S156T 
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T None M184V  V35R, I135V, S162C, R172G, K173T, V179A, G196R, Q207E, R211K  
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T None D67G, M184V  V35R, I135V, S162C, K173T, G196R, Q207E, R211K S156P, L209P 
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T None M184V  V35R, E36G, E42K, I135V, S162C, K173T, I180V, G196R, Q207E, R211K  
  clone: C7 AZT, 3TC, D4T None M184V  V35R, I135V, S162C, K173T, G196R, Q207E, R211K  
AS-3 AS-3
Consensus 
AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  I5IT, K20KR, V35L, V90VI, K102KR, F171FL, D177E, I178V, T200A, E203EKG, Q207E D123EV, N136NS, Y146YH, D186DV 
  clone: C1 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  V35L, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E  
  clone: C2 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  V35L, D123E, D177E, I178V, T200A, E203K, Q207E N136S 
  clone: C3 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  V35L, V90I, D123E, D177E, I178V, T200A, Q207E  
  clone: C4 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  V35L, D123E, D177E, I178V, T200A, E203K, Q207E  
  clone: C5 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  K20R, V35L, D123E, D177E, I178V, T200A, E203K, Q207E  
  clone: C6 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  V35L, D123E, D177E, I178V, T200A, E203K, Q207E D186V 
  clone: C7 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  I5T, V35L, D123E, D177E, I178V, T200A, E203G, Q207E  
  clone: C8 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  V35L, D123E, D177E, I178V, T200A, E203K, Q207E Y146H 
  clone: C9 AZT, DDI, 3TC, D4T, ABC None M184V  V35L, K102R, F171L, D177E, I178V, T200A, E203K, Q207E D123V 
AS-30 AS-30
Consensus 
3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215YH  V21VI, E36EG, T39K, E40EV, K43E, K49R, E53EG, I63IV, F77FS, K102KR, V118VI, K122E, T139TA, T165TA, E169KR, P170PL, K173E, V179VA, Q197QL, Q207EG, R211RK, D218DE C38CR, I47IT, D192DG 
  clone: C1 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215Y  E36G, T39K, K43E, K49R, K122E, T139A, E169K, K173E, Q207E  
  clone: C2 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215Y  T39K, K43E, K49R, K122E, T165A, E169K, K173E, Q207E, R211K D192G 
  clone: C3 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215Y  T39K, K43E, K49R, E53G, K122E, E169K, P170L, K173E, Q207E, R211K C38R 
  clone: C4 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W  T39K, K43E, K49R, V118I, K122E, E169K, K173E, Q197L, Q207G I47T, T215H 
  clone: C5 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215Y  V21I, T39K, K43E, K49R, V118I, K122E, E169K, K173E, V179A, Q207E, R211K  
  clone: C6 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215Y  T39K, E40V, K43E, K49R, K102R, V118I, K122E, E169K, K173E, Q207E, R211K  
  clone: C7 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215Y  T39K, K43E, K49R, F77S, K122E, E169R, K173E, Q207E, R211K, D218E  
  clone: C8 3TC, D4T None M41L, M184V, L210W, T215Y  T39K, K43E, K49R, I63V, K122E, E169K, K173E, Q207E, R211K  
AS-31 AS-31
Consensus 
AZT, 3TC None D67DN, K70KR, M184V  E6EKG, V35VM, K43KR, E53ED, V118I, K122E, I135T, T165I, K173KE, R211RG, F214L N54ND, H96HR, P97PL 
  clone: C1 AZT, 3TC None D67N, K70R, M184V  V35M, V118I, K122E, I135T, T165I, K173E, F214L  
  clone: C2 AZT, 3TC None M184V  E6K, E53D, V118I, K122E, I135T, T165I, F214L  
  clone: C3 AZT, 3TC None M184V  K43R, V118I, K122E, I135T, T165I, F214L N54D, H96R 
  clone: C4 AZT, 3TC None M184V  V118I, K122E, I135T, T165I, F214L  
  clone: C5 AZT, 3TC None D67N, K70R, M184V  E6G, V35M, V118I, K122E, I135T, T165I, F214L P97L 
  clone: C6 AZT, 3TC None M184V  V118I, K122E, I135T, T165I, F214L  
  clone: C7 AZT, 3TC None D67N, K70R, M184V  V35M, V118I, K122E, I135T, T165I, F214L  
  clone: C8 AZT, 3TC None M184V  V118I, K122E, I135T, T165I, R211G, F214L  
AS-32 AS-32
Consensus 
AZT, DDI, D4T None M41ML, D67N, K70R, T215Y, K219Q  K20KR, V60I, K104KQ, D121Y, K122E, D177E, V179VA, I180IV L168LS, N175NS, Y188Y* 
  clone: C1 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E  
  clone: C2 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  K20R, V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E  
  clone: C3 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E, V179A  
  clone: C4 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E  
  clone: C5 AZT, DDI, D4T None M41L, D67N, K70R, T215Y, K219Q  V60I, D121Y, K122E, D177E, Y188* N175S 
  clone: C6 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  K20R, V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E  
  clone: C7 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E, I180V L168S 
  clone: C8 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E  
  clone: C9 AZT, DDI, D4T None D67N, K70R, T215Y, K219Q  K20R, V60I, K104Q, D121Y, K122E, D177E  
AS-33 AS-33
Consensus 
3TC, D4T None M184V  I2IT, P4PS, E6EK, W24WR, V35I, G45GE, S48SP, G51GR, S68SG, R83K, K102KR, D123E, I135T, N136NT, I142IV, S162SN, K166KR, K173KN, G190GR, G196GR, I202IV, Q207QR, R211KE, F214FL, K220KN K30K*, V60VA, W88W*, T128TI, T131TA, T139TP, W153W*, N175NS, S191SP, D192DG, T216TA 
  clone: C1 3TC, D4T None M184V  W24R, V35I, R83K, D123E, I135T, R211K  
  clone: C10 3TC, D4T None M184V  I2T, K30*, V35I, R83K, D123E, I135T, K166R, R211K, F214L T128I 
  clone: C11 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, S162N, K166R, R211K  
  clone: C12 3TC, D4T None M184V  P4S, V35I, S48P, R83K, D123E, I135T, N136T, K166R, K173N, R211K T131A, T139P 
  clone: C13 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, K166R, I202V, R211K V60A 
  clone: C14 3TC, D4T None M184V  V35I, G51R, R83K, W88*, D123E, I135T, W153*, K166R, G190R, G196R, R211K  
  clone: C15 3TC, D4T None M184V  V35I, G45E, R83K, D123E, I135T, I142V, K166R, I202V, R211K  
  clone: C16 3TC, D4T None M184V  E6K, V35I, R83K, D123E, I135T, S162N, K166R, R211K  
  clone: C2 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, R211K D192G, T216A 
  clone: C3 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, K166R, R211E  
  clone: C4 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, K166R, Q207R, R211K  
  clone: C5 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, K166R, I202V, R211K  
  clone: C6 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, K102R, D123E, I135T, K166R, R211K  
  clone: C7 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, R211K, K220N  
  clone: C8 3TC, D4T None M184V  V35I, S68G, R83K, D123E, I135T, R211K S191P 
  clone: C9 3TC, D4T None M184V  V35I, R83K, D123E, I135T, K166R, R211K N175S 
AS-34 AS-34
Consensus 
AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  K13KR, W24WR, T69N, R83K, K122KE, T139TA, I142IV, V179VI, T200TA, R211K, K220KE K73KE, E79EG, Q91QP, F116FL, Q161QR, R206RG 
  clone: C1 AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  T69N, R83K, K122E, T200A, R211K  
  clone: C2 AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  T69N, R83K, K122E, I142V, V179I, T200A, R211K  
  clone: C3 AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  T69N, R83K, I142V, V179I, T200A, R211K K73E, E79G, F116L 
  clone: C4 AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  K13R, T69N, R83K, K122E, T200A, R211K  
  clone: C5 AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  T69N, R83K, K122E, T200A, R211K  
  clone: C6 AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  T69N, R83K, K122E, T139A, R211K Q161R, R206G 
  clone: C7 AZT, DDC, 3TC, D4T None M41L, K70R, M184V  W24R, T69N, R83K, K122E, T200A, R211K, K220E Q91P 
AS-35 AS-35
Consensus 
AZT, 3TC, D4T None M184V, K219KR  M16MT, V60I, K66KE, R83RK, F87FL, K122E, D123EG, E194EG, G196GE Q161QR, I167IT, L205LP, R206RG 
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T None M184V, K219R  V60I, R83K, K122E, D123E  
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T None M184V  V60I, R83K, K122E, D123E, G196E  
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T None M184V  M16T, V60I, R83K, K122E, D123E, G196E L205P, R206G 
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T None M184V  V60I, R83K, K122E, D123G, G196E Q161R, I167T 
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T None M184V  V60I, R83K, K122E, D123E, G196E  
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T None M184V  V60I, K66E, F87L, K122E, D123E, E194G, G196E  
AS-36 AS-36
Consensus 
AZT, 3TC None M184V  E6K, K46KE, V60I, K122E, D123E, I135T, G196GE, Q197K, T200I, F214L, K223KE R78RG, V118IT, I180IT 
  clone: C1 AZT, 3TC None M184V  E6K, K46E, V60I, V118I, K122E, D123E, I135T, G196E, Q197K, T200I, F214L, K223E  
  clone: C2 AZT, 3TC None M184V  E6K, V60I, K122E, D123E, I135T, G196E, Q197K, T200I, F214L V118T 
  clone: C3 AZT, 3TC None M184V  E6K, V60I, V118I, K122E, D123E, I135T, Q197K, T200I, F214L, K223E  
  clone: C4 AZT, 3TC None M184V  E6K, V60I, V118I, K122E, D123E, I135T, G196E, Q197K, T200I, F214L I180T 
  clone: C5 AZT, 3TC None M184V  E6K, V60I, V118I, K122E, D123E, I135T, G196E, Q197K, T200I, F214L  
  clone: C6 AZT, 3TC None M184V  E6K, V60I, V118I, K122E, D123E, I135T, G196E, Q197K, T200I, F214L R78G 
  clone: C7 AZT, 3TC None M184V  E6K, V60I, V118I, K122E, D123E, I135T, G196E, Q197K, T200I, F214L  
AS-37 AS-37
Consensus 
AZT, 3TC None M41ML, D67N, K70KR, M184MV, T215YI, K219KE  K13KR, T27TA, V60VI, K66KR, S68SG, K122KT, I135IT, Q151QR, K173KE, G196GE, K201KR, R211K, D218DG L26LS, L80LP, K154KQ, R199RGK 
  clone: C1 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  R211K, D218G  
  clone: C2 AZT, 3TC None D67N, T215I, K219E  K13R, V60I, S68G, I135T, G196E, K201R, R211K L26S 
  clone: C3 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  K173E, R211K  
  clone: C4 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  R211K  
  clone: C5 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  T27A, R211K L80P 
  clone: C6 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  R211K  
  clone: C7 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  R211K R199G 
  clone: C8 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  K122T, Q151R, R199K, R211K  
  clone: C9 AZT, 3TC None M41L, D67N, K70R, M184V, T215Y  K66R, K154X, R211K  
AS-38 AS-38
Consensus 
3TC, D4T None M41ML, D67DN, T69TD, K70KR, V75VT, M184MV, T215TF, K219KQ G190GS I5IV, K20KR, V35VM, K49KR, V60VI, F87FL, A98AS, K101KR, K102KRE, D121DH, K122KE, I135IV, K166KR, E169ED, D177DE, I180IV, G196GR, T200TEA, I202IV, Q207QEK, R211RK, D218DE, L228LH R78RG, F116FL, Y127YH, Q182Q*, W212W*, H221HR 
  clone: C1 3TC, D4T None M184V  K20R, K49R, K102R, E169D, G196R, T200E, Q207K, W212*  
  clone: C10 3TC, D4T None V75T, M184V  K20R, K49R, K101R, E169D, Q182*, G196R, T200E, I202V, Q207E  
  clone: C2 3TC, D4T None M184V  K20R, K49R, E169D, G196R, T200E, Q207E R78G, H221R 
  clone: C3 3TC, D4T None M184V  K20R, K49R, E169D, G196R, T200E, Q207E  
  clone: C4 3TC, D4T None   V35M, F87L, D121H, K122E, K166R, D177E, I180V, T200A, R211K  
  clone: C5 3TC, D4T None M184V  K20R, K49R, E169D, G196R, T200E, Q207E  
  clone: C6 3TC, D4T None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q G190S I5V, V60I, A98S, K102E, I135V, D218E, L228H Y127H 
  clone: C7 3TC, D4T None M184V  K20R, K49R, E169D, G196R, T200E, Q207E  
  clone: C8 3TC, D4T None M184V  K20R, K49R, E169D, G196R, T200E, Q207E F116L 
  clone: C9 3TC, D4T None D67N, M184V  K20R, K49R, E169D, G196R, T200E, Q207E  
AS-39 AS-39
Consensus 
AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41ML, A62AV, D67N, K70KR, T215TFI, K219QE  V8VI, K13KR, I31IV, V35VI, E40EGD, K43KNE, V60I, S68SG, T69X, V90VI, A98AS, D123DE, I135VT, S162SN, R172RK, I178IV, G196GE, K201KR, R211RK, F214FL, D218DE, K223KR, L228LHN K22KT, L26LS, R78RG, K104KNS, D110DG, N136NS, R143RG, P150PL, F160FL, N175NS 
  clone: C1 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, K104N, D123E, I135V, L228H  
  clone: C10 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V60I, A98S, I135V, D218E, L228H  
  clone: C11 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None D67N, T215I, K219E  K13R, V60I, S68G, I135T, G196E, K201R, R211K L26S 
  clone: C12 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, K104N, D123E, I135V, D218E, L228H N175S 
  clone: C13 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, K104N, I135V, D218E, L228H R143G 
  clone: C14 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V8I, K43E, V60I, A98S, D123E, I135V, D218E, L228H N136S 
  clone: C15 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  E40D, V60I, A98S, K104N, I135V, D218E, L228H F160L 
  clone: C16 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  I31V, V60I, A98S, K104N, I135V, I178V, D218E, L228H D110G, P150L 
  clone: C17 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None D67N, K70R, T215F, K219Q  V60I, T69N, V90I, A98S, K104N, D123E, I135V, S162N, R172K, F214L, D218E, L228H  
  clone: C2 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69G, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, K104N, D123E, I135V, D218E, L228H N136S 
  clone: C3 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, K104N, D123E, I135V, D218E, L228N  
  clone: C4 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, D123E, I135V, D218E, L228H  
  clone: C5 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V60I, A98S, D123E, I135V, D218E, L228H  
  clone: C6 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  K43E, V60I, A98S, I135V, D218E, K223R, L228H R78G, K104S 
  clone: C7 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, A62V, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, K104N, D123E, I135V, L228H K22T 
  clone: C8 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None M41L, D67N, T69D, K70R, T215F, K219Q  V35I, K43N, V60I, A98S, K104N, D123E, I135V, D218E, L228H  
  clone: C9 AZT, DDC, 3TC, D4T, DDI None D67N, K70R, K219Q  E40G, V60I, T69N, V90I, A98S, K104N, D123E, I135V, L228H  
AS-4 AS-4
Consensus 
AZT, DDI, 3TC, D4T None M41ML, M184V, T215Y  V8VI, K20KR, K22KR, K82KR, K101R, K126KR, I135T, I142IV, K166KR, R172RG, I202IT, E204EKG, R211K G18GS, V148VL, T216TA 
  clone: C1 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  K20R, K101R, I135T, K166R, E204K, R211K  
  clone: C2 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  K101R, I135T, I142V, K166R, R172G, R211K V148L 
  clone: C3 AZT, DDI, 3TC, D4T None M184V, T215Y  K101R, K126R, I135T, K166R, R211K G18S 
  clone: C4 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  V8I, K101R, I135T, I142V, K166R, I202T, R211K T216A 
  clone: C5 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  K101R, I135T, K166R, R211K  
  clone: C6 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  K82R, K101R, I135T, K166R, E204G, R211K  
  clone: C7 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  K22R, K101R, I135T, I142V, R211K  
AS-40 AS-40
Consensus 
AZT, 3TC, D4T None D67DN, K70KR, F77FL, M184V Y188YH K20KR, E53EG, R83K, K102Q, D123DN, R143RK, T200TA, L228LP K64KE, D185DN, L209LP 
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T None F77L, M184V Y188H K20R, R83K, K102Q, D123N, R143K, T200A  
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T None M184V  R83K, K102Q  
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V  R83K, K102Q, L228P K64E 
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T None M184V  K20R, E53G, R83K, K102Q, T200A  
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T None M184V  K20R, R83K, K102Q, T200A D185N 
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T None M184V  R83K, K102Q, T200A L209P 
  clone: C7 AZT, 3TC, D4T None M184V  R83K, K102Q, T200A  
AS-41 AS-41
Consensus 
3TC, D4T None M184V  K11KE, K20KR, T27S, I31IM, V35VE, W88WR, V118VAI, K122E, I135T, I142M, R211RG, F214L P55PL, A114AT, I132IM 
  clone: C1 3TC, D4T None M184V  K20R, T27S, V35E, V118A, K122E, I135T, I142M, F214L  
  clone: C2 3TC, D4T None M184V  K20R, T27S, K122E, I135T, I142M, F214L  
  clone: C3 3TC, D4T None M184V  T27S, K122E, I135T, I142M, F214L  
  clone: C4 3TC, D4T None M184V  K11E, T27S, V118I, K122E, I135T, I142M, F214L P55L, I132M 
  clone: C5 3TC, D4T None M184V  K20R, T27S, K122E, I135T, I142M, F214L  
  clone: C6 3TC, D4T None M184V  K20R, T27S, K122E, I135T, I142M, R211G, F214L  
  clone: C7 3TC, D4T None M184V  K20R, T27S, K122E, I135T, I142M, F214L A114T 
  clone: C8 3TC, D4T None M184V  T27S, I31M, W88R, K122E, I135T, I142M, F214L  
AS-42 AS-42
Consensus 
AZT, D4T, DDI None A62AV, F77FL, F116Y, Q151M  V35T, I37IV, T39TA, V90I, K102KR, V118VA, D123E, I142V, D177E, E203EV, E224ED R78RG, D86DG, Q145QR, H221HP 
  clone: C1 AZT, D4T, DDI None F77L, F116Y, Q151M  V35T, V90I, K102R, D123E, I142V, D177E  
  clone: C2 AZT, D4T, DDI None F77L, F116Y, Q151M  V35T, V90I, D123E, I142V, D177E, E224D H221P 
  clone: C3 AZT, D4T, DDI None F77L, F116Y, Q151M  V35T, V90I, D123E, I142V, D177E, E203V R78G 
  clone: C4 AZT, D4T, DDI None F77L, F116Y, Q151M  V35T, V90I, D123E, I142V, D177E  
  clone: C5 AZT, D4T, DDI None F116Y, Q151M  V35T, V90I, D123E, I142V, D177E D86G 
  clone: C6 AZT, D4T, DDI None A62V, F116Y, Q151M  V35T, I37V, V90I, V118A, D123E, I142V, D177E  
  clone: C7 AZT, D4T, DDI None F116Y, Q151M  V35T, T39A, V90I, D123E, I142V, D177E Q145R 
  clone: C8 AZT, D4T, DDI None F77L, F116Y, Q151M  V35T, V90I, D123E, I142V, D177E  
AS-43 AS-43
Consensus 
3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, K46KE, S48T, V60I, K64KR, I135IR, S162CA, K166KR, P176PL, V179VI, G196E, Q207EK, K220X A33AT, N147ND, Y183YC, Q197Q*, R206RG 
  clone: C1 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, K46E, S48T, V60I, S162A, G196E, Q207E, K220X Y183C 
  clone: C2 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, S48T, V60I, S162C, K166R, V179I, G196E, Q207K  
  clone: C3 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, S48T, V60I, K64R, S162C, K166R, V179I, G196E, Q197*, Q207E  
  clone: C4 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, S48T, V60I, I135R, S162C, K166R, V179I, G196E, Q207E A33T 
  clone: C5 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, S48T, V60I, S162C, K166R, G196E, Q207E  
  clone: C6 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, S48T, V60I, S162C, V179I, G196E, Q207E  
  clone: C7 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, S48T, V60I, S162C, V179I, G196E, Q207E N147D 
  clone: C8 3TC, D4T DLV  K103N V35E, T39A, S48T, V60I, S162C, K166R, P176L, V179I, G196E, Q207E R206G 
AS-5 AS-5
Consensus 
AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  T27TS, E28EK, I31IM, V60VI, I135V, W153WR, Q207E, D218E, Q222QR L34LS, C38CR, V111VA, Y115Y*, Q161QR, M164MV, R206RG 
  clone: C1 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  Y115*, I135V, Q207E, D218E V111A 
  clone: C2 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  V60I, I135V, Q207E, D218E  
  clone: C3 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  I135V, Q207E, D218E  
  clone: C4 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  V60I, I135V, Q207E, D218E C38R 
  clone: C5 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  I31M, I135V, Q207E, D218E L34S 
  clone: C6 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  T27S, V60I, I135V, Q207E, D218E, Q222R Q161R, R206G 
  clone: C7 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  E28K, V60I, I135V, W153R, Q207E, D218E M164V 
  clone: C8 AZT, 3TC, D4T None D67N, K70R, M184V, K219Q  I135V, Q207E, D218E  
AS-6 AS-6
Consensus 
DDC, AZT, 3TC, D4T None K65KR, M184V  V8VA, K11KER, T39TA, S48SP, K82KR, R83RK, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K F130FV, P157PS 
  clone: C1 DDC, AZT, 3TC, D4T None M184V  K11E, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C2 DDC, AZT, 3TC, D4T None M184V  K82R, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C3 DDC, AZT, 3TC, D4T None M184V  S48P, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K F130V 
  clone: C4 DDC, AZT, 3TC, D4T None K65R, M184V  R83K, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C5 DDC, AZT, 3TC, D4T None M184V  K11R, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C6 DDC, AZT, 3TC, D4T None M184V  T39A, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K P157S 
  clone: C7 DDC, AZT, 3TC, D4T None M184V  V8A, V90I, S162Y, D177E, Q207E, R211K  
AS-7 AS-7
Consensus 
AZT, 3TC None M184V  P1PS, K13KR, D17DE, E28EG, R83RK, V90VI, A98S, K102X, D123E, I142IV, S162Y, E169EG, V189VA, D192DN, T200TA, R211RK, H221HL F61FL, T128TA 
  clone: C1 AZT, 3TC None M184V  K13R, D17E, R83K, V90I, A98S, D123E, S162Y, T200A F61L 
  clone: C2 AZT, 3TC None M184V  V90I, A98S, K102Q, D123E, I142V, S162Y, T200A  
  clone: C3 AZT, 3TC None M184V  E28G, V90I, A98S, K102E, D123E, S162Y, T200A  
  clone: C4 AZT, 3TC None M184V  E28G, A98S, K102E, D123E, S162Y, T200A, H221L  
  clone: C5 AZT, 3TC None M184V  P1S, R83K, A98S, K102Q, D123E, I142V, S162Y, D192N, T200A  
  clone: C6 AZT, 3TC None M184V  E28G, A98S, K102E, D123E, S162Y, R211K  
  clone: C7 AZT, 3TC None M184V  R83K, A98S, K102Q, D123E, S162Y, V189A, T200A  
  clone: C8 AZT, 3TC None M184V  A98S, K102E, D123E, S162Y  
  clone: C9 AZT, 3TC None M184V  V90I, A98S, K102E, D123E, I142V, S162Y, E169G, T200A T128A 
AS-8 AS-8
Consensus 
AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y, K219KE  E29EG, I37IV, E44EG, S48T, P119PS, K122P, F130FL, I135V, K173Q P19PL, A129AV, W153W*, R172R*, N175NS 
  clone: C1 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  I37V, S48T, K122P, F130L, I135V, K173Q  
  clone: C2 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  S48T, K122P, I135V, K173Q  
  clone: C3 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  E44G, S48T, K122P, I135V, K173Q  
  clone: C4 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  S48T, K122P, I135V, R172*, K173Q P19L, N175S 
  clone: C5 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y, K219E  E29G, S48T, K122P, I135V, K173Q A129V 
  clone: C6 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  S48T, K122P, I135V, K173Q  
  clone: C7 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  S48T, K122P, I135V, W153*, K173Q  
  clone: C8 AZT, DDI, 3TC, D4T None M41L, M184V, T215Y  S48T, P119S, K122P, I135V, K173Q  
AS-9 AS-9
Consensus 
D4T, DDI None Q151QL  E28EG, V35VI, D123E, D177E, Q207E, R211K E44EV, I47IV, P97PT, S191SP 
  clone: C1 D4T, DDI None   D123E, D177E, Q207E, R211K E44V, P97T 
  clone: C2 D4T, DDI None   D123E, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C3 D4T, DDI None Q151L  D123E, D177E, Q207E, R211K I47V 
  clone: C4 D4T, DDI None   V35I, D123E, D177E, Q207E, R211K S191P 
  clone: C5 D4T, DDI None   D123E, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C6 D4T, DDI None   D123E, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C7 D4T, DDI None   E28G, D123E, D177E, Q207E, R211K  
  clone: C8 D4T, DDI None   V35I, D123E, D177E, Q207E, R211K