Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Saah (2003)
Title Treatment with indinavir, efavirenz, and adefovir after failure of nelfinavir therapy.
Citation J Infect Dis
SelectedGene PR
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 43
NumPts 43
Subtype B

 

Clinical PR Isolates


SubjectIsolatePIsWksPIMajorPIMinorCommonUnusual
AS-1 AS-1
Consensus 
None    T12S, K14KT, R41RK, L63P, T91TA G49GR 
  clone: C1 None    T12S, L63P, T91A  
  clone: C2 None    T12S, L63P  
  clone: C3 None    T12S, L63P  
  clone: C4 None    T12S, K14T, L63P  
  clone: C5 None    T12S, R41K, L63P  
  clone: C6 None    T12S, L63P G49R 
  clone: C7 None    T12S, L63P  
AS-10 AS-10
Consensus 
None    M36MI, R57RG, L63P, C67CS, V77VI K55KE, F99FC 
  clone: C1 None    R57G, L63P  
  clone: C2 None    L63P  
  clone: C3 None    L63P  
  clone: C4 None    L63P, V77I K55E 
  clone: C5 None    M36I, L63P  
  clone: C6 None    L63P  
  clone: C7 None    L63P, C67S F99C 
  clone: C8 None    L63P  
AS-11 AS-11
Consensus 
None    I47IM, R57RK, L63LP Q7Q* 
  clone: C1 None      
  clone: C2 None      
  clone: C3 None    I47M, R57K  
  clone: C4 None    R57K  
  clone: C5 None      
  clone: C6 None      
  clone: C7 None    Q7*, L63P  
  clone: C8 None      
AS-12 AS-12
Consensus 
None   N88ND L63P, H69HR, I72IM, V77I, I93L I47IT, L90LS 
  clone: C1 None    L63P, V77I, I93L  
  clone: C2 None    L63P, V77I, I93L  
  clone: C3 None    L63P, V77I, I93L  
  clone: C4 None    L63P, H69R, V77I, I93L  
  clone: C5 None   N88D L63P, V77I, I93L  
  clone: C6 None    L63P, V77I, I93L L90S 
  clone: C7 None    L63P, I72M, V77I, I93L  
  clone: C8 None    L63P, H69R, V77I, I93L I47T 
AS-13 AS-13
Consensus 
None    I47IM, R57RK, I62M, L63P, A71T, I93L, N98NS  
  clone: C1 None    I62M, L63P, A71T, I93L  
  clone: C2 None    I47M, I62M, L63P, A71T, I93L  
  clone: C3 None    I62M, L63P, A71T, I93L  
  clone: C4 None    R57K, I62M, L63P, A71T, I93L  
  clone: C5 None    I62M, L63P, A71T, I93L, N98S  
  clone: C6 None    I62M, L63P, A71T, I93L  
  clone: C7 None    I62M, L63P, A71T, I93L  
  clone: C8 None    I62M, L63P, A71T, I93L  
AS-14 AS-14
Consensus 
None    Q18QR, M36MI, R41K, L63LP, I64IV, E65EG, I93IL L33LS 
  clone: C1 None    R41K, L63P, I64V, E65G, I93L  
  clone: C2 None    Q18R, M36I, R41K L33S 
  clone: C3 None    R41K, L63P, I93L  
  clone: C4 None    M36I, R41K, L63P  
  clone: C5 None    R41K, L63P  
  clone: C6 None    R41K, L63P, I93L  
  clone: C7 None    R41K, L63P, I93L  
  clone: C8 None    R41K, L63P, I93L  
  clone: C9 None    R41K, L63P  
AS-15 AS-15
Consensus 
NFV 65 D30DN N88D Q2QP, T12TA, I13IV, K14R, E21EK, L63P, A71X, V77I W42WG 
  clone: C1 NFV 65 D30N N88D K14R, E21K, L63P, V77I  
  clone: C2 NFV 65 D30N N88D I13V, K14R, L63P, A71V, V77I  
  clone: C3 NFV 65 D30N N88D T12A, I13V, K14R, L63P, A71V, V77I  
  clone: C4 NFV 65 D30N N88D I13V, K14R, L63P, A71T, V77I W42G 
  clone: C5 NFV 65 D30N N88D I13V, K14R, L63P, A71T, V77I  
  clone: C6 NFV 65  N88D T12A, I13V, K14R, L63P, A71T, V77I  
  clone: C7 NFV 65 D30N N88D Q2P, T12A, I13V, K14R, L63P, A71V, V77I  
AS-16 AS-16
Consensus 
NFV 65 D30N, V82VA N88D Q7QR, L10LP, I13IV, L19LP, E35ED, M36X, N37X, R57RK, I62IV, L63P, A71AT, V77I, T91TA, F99FL Q2QR 
  clone: C1 NFV 65 D30N, V82A N88D E35D, M36I, N37S, I62V, L63P, A71T, V77I, F99L  
  clone: C2 NFV 65 D30N N88D N37C, R57K, I62V, L63P, A71T, V77I  
  clone: C3 NFV 65 D30N N88D I13V, N37C, L63P, A71T, V77I, T91A Q2R 
  clone: C4 NFV 65 D30N N88D E35D, M36I, N37S, I62V, L63P, A71T, V77I  
  clone: C5 NFV 65 D30N N88D Q7R, L10P, N37C, L63P, A71T, V77I  
  clone: C6 NFV 65 D30N N88D E35D, N37S, L63P, A71T, V77I  
  clone: C7 NFV 65 D30N N88D E35D, M36V, N37S, L63P, V77I  
  clone: C8 NFV 65 D30N N88D L19P, E35D, M36V, N37S, L63P, A71T, V77I  
AS-17 AS-17
Consensus 
NFV 78 D30N, I47IV N88ND E35D, M36I, P39PS, I62IV, L63P, I93L  
  clone: C1 NFV 78 D30N  E35D, M36I, L63P, I93L  
  clone: C2 NFV 78 D30N  E35D, M36I, P39S, I62V, L63P, I93L  
  clone: C3 NFV 78 D30N  E35D, M36I, I62V, L63P, I93L  
  clone: C4 NFV 78 D30N, I47V  E35D, M36I, I62V, L63P, I93L  
  clone: C5 NFV 78 D30N N88D E35D, M36I, I62V, L63P, I93L  
  clone: C6 NFV 78 D30N  E35D, M36I, I62V, L63P, I93L  
  clone: C7 NFV 78 D30N  E35D, M36I, I62V, L63P, I93L  
  clone: C8 NFV 78 D30N  E35D, M36I, I62V, L63P, I93L  
AS-18 AS-18
Consensus 
NFV 55 D30N N88D I13V, K20KR, E35D, M36I, P39PT, R41RK, K43KR, I62V, L63P, A71AT L23LP, P44PS, V56VI, T74TI, C95CR 
  clone: C1 NFV 55 D30N N88D I13V, K20R, E35D, M36I, R41K, I62V, L63P L23P 
  clone: C2 NFV 55 D30N N88D I13V, E35D, M36I, I62V, L63P, A71T T74I 
  clone: C3 NFV 55 D30N N88D I13V, E35D, M36I, R41K, K43R, I62V, L63P  
  clone: C4 NFV 55 D30N N88D I13V, E35D, M36I, R41K, I62V, L63P, A71T  
  clone: C5 NFV 55 D30N N88D I13V, E35D, M36I, R41K, I62V, L63P, A71T V56I 
  clone: C6 NFV 55 D30N N88D I13V, E35D, M36I, R41K, I62V, L63P, A71T C95R 
  clone: C7 NFV 55 D30N N88D I13V, E35D, M36I, P39T, R41K, I62V, L63P, A71T  
  clone: C8 NFV 55 D30N N88D I13V, E35D, M36I, R41K, I62V, L63P, A71T P44S 
  clone: C9 NFV 55 D30N N88D I13V, K20R, E35D, M36I, R41K, I62V, L63P, A71T  
AS-19 AS-19
Consensus 
NFV 50 D30N, I50IV N88D L19LP, M36MV, G40GR, Q61QR, L63P, I64V, V77I, I93L H69HP 
  clone: C1 NFV 50 D30N N88D L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C10 NFV 50 D30N N88D Q61R, L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C2 NFV 50 D30N, I50V N88D L19P, L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C3 NFV 50 D30N N88D L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C4 NFV 50 D30N N88D L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C5 NFV 50 D30N N88D L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C6 NFV 50 D30N N88D M36V, L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C7 NFV 50 D30N N88D L63P, I64V, V77I, I93L  
  clone: C8 NFV 50 D30N N88D G40R, L63P, I64V, V77I, I93L H69P 
  clone: C9 NFV 50 D30N N88D L63P, I64V, V77I, I93L  
AS-2 AS-2
Consensus 
None  I50IV, N88NT  N37S, I64V D29DA, W42WR 
  clone: C1 None    N37S, I64V W42R 
  clone: C2 None  I50V  N37S, I64V  
  clone: C3 None    N37S, I64V  
  clone: C4 None    N37S, I64V  
  clone: C5 None    N37S, I64V  
  clone: C6 None  N88T  N37S, I64V D29A 
  clone: C7 None    N37S, I64V  
AS-20 AS-20
Consensus 
NFV 52 D30N  I13IV, E35D, M36I, K43KE, L63P, I64IV, V75VI, N98ND  
  clone: C1 NFV 52 D30N  E35D, M36I, K43E, L63P  
  clone: C2 NFV 52 D30N  E35D, M36I, L63P  
  clone: C3 NFV 52 D30N  E35D, M36I, L63P, V75I  
  clone: C4 NFV 52 D30N  E35D, M36I, L63P  
  clone: C5 NFV 52 D30N  E35D, M36I, L63P, I64V  
  clone: C6 NFV 52 D30N  E35D, M36I, L63P  
  clone: C7 NFV 52 D30N  I13V, E35D, M36I, L63P, N98D  
AS-21 AS-21
Consensus 
NFV 41 D30N L89LV I13V, L63P, A71AV, V77VI K20KER, L90LS 
  clone: C1 NFV 41 D30N L89V I13V, L63P  
  clone: C2 NFV 41 D30N  I13V, L63P, A71V, V77I L90S 
  clone: C3 NFV 41 D30N L89V I13V, L63P K20E 
  clone: C4 NFV 41 D30N  I13V, L63P, A71V  
  clone: C5 NFV 41 D30N L89V I13V, K20R, L63P  
  clone: C6 NFV 41 D30N  I13V, L63P, A71V, V77I  
AS-22 AS-22
Consensus 
NFV 78 D30N  I13V, Q18QL, L19LP, K20R, E35D, M36IV, K43KR, K45Q, I62IV, L63Q, I64V  
  clone: C1 NFV 78 D30N  I13V, Q18L, K20R, E35D, M36I, K45Q, L63Q, I64V  
  clone: C2 NFV 78 D30N  I13V, Q18L, K20R, E35D, M36V, K45Q, L63Q, I64V  
  clone: C3 NFV 78 D30N  I13V, Q18L, K20R, E35D, M36I, K45Q, I62V, L63Q, I64V  
  clone: C4 NFV 78 D30N  I13V, L19P, K20R, E35D, M36I, K43R, K45Q, I62V, L63Q, I64V  
  clone: C5 NFV 78 D30N  I13V, Q18L, K20R, E35D, M36I, K45Q, I62V, L63Q, I64V  
  clone: C6 NFV 78 D30N  I13V, Q18L, K20R, E35D, M36I, K45Q, I62V, L63Q, I64V  
  clone: C7 NFV 78 D30N  I13V, Q18L, K20R, E35D, M36I, K45Q, I62V, L63Q, I64V  
  clone: C8 NFV 78 D30N  I13V, Q18L, K20R, E35D, M36I, K45Q, I62V, L63Q, I64V  
AS-23 AS-23
Consensus 
NFV 56 D30DN, M46MI  L10I, N37X, D60E, I62V, L63AT, V77I, N88X, T91TA, I93L  
  clone: C1 NFV 56 M46I, N88S  L10I, N37S, D60E, I62V, L63A, V77I, I93L  
  clone: C2 NFV 56 D30N N88D L10I, N37T, D60E, I62V, L63A, V77I, I93L  
  clone: C3 NFV 56 M46I, N88S  L10I, N37S, D60E, I62V, L63A, V77I, I93L  
  clone: C4 NFV 56 M46I, N88S  L10I, N37S, D60E, I62V, L63T, V77I, I93L  
  clone: C5 NFV 56 D30N N88D L10I, N37T, D60E, I62V, L63A, V77I, I93L  
  clone: C6 NFV 56 M46I, N88S  L10I, N37S, D60E, I62V, L63A, V77I, T91A, I93L  
  clone: C7 NFV 56 D30N N88D L10I, N37T, D60E, I62V, L63A, V77I, I93L  
AS-24 AS-24
Consensus 
NFV 51 D30DN, N88NS  I13V, L19LV, M36I, N37ND, R57RK, Q61QR, L63P  
  clone: C1 NFV 51   I13V, M36I, L63P  
  clone: C2 NFV 51   I13V, M36I, L63P  
  clone: C3 NFV 51 D30N  I13V, L19V, M36I, Q61R, L63P  
  clone: C4 NFV 51 D30N, N88S  I13V, L19V, M36I, L63P  
  clone: C5 NFV 51 D30N  I13V, L19V, M36I, R57K, L63P  
  clone: C6 NFV 51   I13V, M36I, N37D, L63P  
  clone: C7 NFV 51   I13V, M36I, N37D, L63P  
AS-25 AS-25
Consensus 
NFV 106 D30N G73GS, N88D T4TA, I13V, E34EG, E35ED, M36MI, N37C, I62V, L63P, A71AT, I72T L89LP 
  clone: C1 NFV 106 D30N N88D I13V, E34G, E35D, M36I, N37C, I62V, L63P, I72T  
  clone: C2 NFV 106 D30N N88D I13V, E35D, M36I, N37C, I62V, L63P, I72T L89P 
  clone: C3 NFV 106 D30N N88D I13V, E35D, M36I, N37C, I62V, L63P, A71T, I72T  
  clone: C4 NFV 106 D30N N88D I13V, N37C, I62V, L63P, A71T, I72T  
  clone: C5 NFV 106 D30N N88D T4A, I13V, E35D, M36I, N37C, I62V, L63P, I72T  
  clone: C6 NFV 106 D30N G73S, N88D I13V, E35D, M36I, N37C, I62V, L63P, I72T  
  clone: C7 NFV 106 D30N N88D I13V, E35D, M36I, N37C, I62V, L63P, A71T, I72T  
  clone: C8 NFV 106 D30N N88D I13V, E35D, M36I, N37C, I62V, L63P, I72T  
AS-26 AS-26
Consensus 
NFV 52 D30N N88ND T12TA, Q18QR, K20KR, E21EG, Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L T80TI 
  clone: C1 NFV 52 D30N N88D Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C2 NFV 52 D30N N88D Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C3 NFV 52 D30N N88D Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C4 NFV 52 D30N N88D T12A, Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L T80I 
  clone: C5 NFV 52 D30N  Q18R, Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C6 NFV 52 D30N N88D K20R, E21G, Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C7 NFV 52 D30N N88D Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C8 NFV 52 D30N N88D Q61E, I62V, L63P, V77I, I93L  
AS-27 AS-27
Consensus 
NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, T31TA, R57K, I62V, L63P, A71AT, V77I, I93L V11VG 
  clone: C1 NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, R57K, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C2 NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, R57K, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C3 NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, R57K, I62V, L63P, A71T, V77I, I93L  
  clone: C4 NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, R57K, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C5 NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, T31A, R57K, I62V, L63P, V77I, I93L V11G 
  clone: C6 NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, R57K, I62V, L63P, V77I, I93L  
  clone: C7 NFV 64 D30N N88D T12A, K14R, I15V, R57K, I62V, L63P, V77I, I93L  
AS-28 AS-28
Consensus 
NFV 84 D30N N88D I13V, I15IV, M36MV, N37S, K45KR, L63QP, A71VT, V77I I47IT 
  clone: C1 NFV 84 D30N N88D I13V, N37S, L63Q, A71V, V77I  
  clone: C2 NFV 84 D30N N88D I13V, N37S, L63Q, A71V, V77I I47T 
  clone: C3 NFV 84 D30N N88D I13V, N37S, K45R, L63P, A71T, V77I  
  clone: C4 NFV 84 D30N N88D I13V, N37S, L63Q, A71V, V77I  
  clone: C5 NFV 84 D30N N88D I13V, M36V, N37S, K45R, L63Q, A71V, V77I  
  clone: C6 NFV 84 D30N N88D I13V, N37S, L63Q, A71V, V77I  
  clone: C7 NFV 84 D30N N88D I13V, I15V, N37S, L63Q, A71V, V77I  
  clone: C8 NFV 84 D30N N88D I13V, N37S, L63Q, A71V, V77I  
AS-29 AS-29
Consensus 
NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, R57RK, L63LP, A71V, N98ND  
  clone: C1 NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, L63P, A71V  
  clone: C2 NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, L63P, A71V  
  clone: C3 NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, L63P, A71V  
  clone: C4 NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, A71V  
  clone: C5 NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, R57K, L63P, A71V  
  clone: C6 NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, L63P, A71V  
  clone: C7 NFV 72 D30N N88D I13V, Q18L, N37S, L63P, A71V, N98D  
AS-3 AS-3
Consensus 
None    K14KR, I15IV, M36MI, N37ND, R41K, K43KR, L63LP, I93IV  
  clone: C1 None    I15V, M36I, N37D, R41K, L63P  
  clone: C2 None    M36I, N37D, R41K, L63P  
  clone: C3 None    I15V, R41K  
  clone: C4 None    I15V, M36I, N37D, R41K, L63P, I93V  
  clone: C5 None    I15V, M36I, N37D, R41K, L63P  
  clone: C6 None    K14R, I15V, M36I, N37D, R41K, K43R, L63P  
  clone: C7 None    I15V, M36I, N37D, R41K, L63P  
  clone: C8 None    I15V, R41K  
  clone: C9 None    I15V, R41K, L63P  
AS-30 AS-30
Consensus 
NFV 96 D30N, M46MLV L10LF, N88D I13IV, N37NS, R41RK, R57RK, I62V, L63P, A71T, I72IT, V77I, T91TA, Q92QR, I93L W6W*, C67CR 
  clone: C1 NFV 96 D30N L10F, N88D N37S, R57K, I62V, L63P, A71T, V77I, I93L  
  clone: C2 NFV 96 D30N, M46L N88D R41K, I62V, L63P, A71T, V77I, I93L  
  clone: C3 NFV 96 D30N L10F, N88D N37S, R57K, I62V, L63P, A71T, V77I, Q92R, I93L  
  clone: C4 NFV 96 D30N, M46L N88D I13V, R41K, I62V, L63P, A71T, V77I, T91A, I93L  
  clone: C5 NFV 96 D30N, M46L N88D I13V, R41K, I62V, L63P, A71T, V77I, I93L  
  clone: C6 NFV 96 D30N, M46L N88D W6*, I13V, R41K, I62V, L63P, A71T, V77I, I93L  
  clone: C7 NFV 96 D30N M46V, N88D N37S, R41K, I62V, L63P, A71T, I72T, V77I, I93L C67R 
  clone: C8 NFV 96 D30N L10F, N88D N37S, R57K, I62V, L63P, A71T, V77I, I93L  
AS-31 AS-31
Consensus 
NFV 44 D30N N88D E35D, M36MV, N37ND, L63P, I93L, F99FL F53FS 
  clone: C1 NFV 44 D30N N88D E35D, L63P, I93L  
  clone: C2 NFV 44 D30N N88D E35D, M36V, N37D, L63P, I93L  
  clone: C3 NFV 44 D30N N88D E35D, M36V, N37D, L63P, I93L, F99L  
  clone: C4 NFV 44 D30N N88D E35D, M36V, N37D, L63P, I93L  
  clone: C5 NFV 44 D30N N88D E35D, L63P, I93L  
  clone: C6 NFV 44 D30N N88D E35D, M36V, N37D, L63P, I93L F53S 
  clone: C7 NFV 44 D30N N88D E35D, N37D, L63P, I93L  
  clone: C8 NFV 44 D30N N88D E35D, L63P, I93L  
AS-32 AS-32
Consensus 
NFV 102 M46MI, L90M Q58QE, G73GS I13IV, K14KR, K20V, L63P, A71V, V77I L23LP 
  clone: C1 NFV 102 L90M G73S I13V, K20V, L63P, A71V, V77I L23P 
  clone: C2 NFV 102 M46I, L90M Q58E, G73S I13V, K20V, L63P, A71V, V77I  
  clone: C3 NFV 102 L90M G73S I13V, K20V, L63P, A71V, V77I  
  clone: C4 NFV 102 L90M Q58E, G73S I13V, K20V, L63P, A71V, V77I  
  clone: C5 NFV 102 L90M Q58E, G73S I13V, K20V, L63P, A71V, V77I  
  clone: C6 NFV 102 M46I, L90M Q58E, G73S I13V, K20V, L63P, A71V, V77I  
  clone: C7 NFV 102 M46I, L90M Q58E, G73S I13V, K14R, K20V, L63P, A71V, V77I  
  clone: C8 NFV 102 M46I, L90M Q58E I13V, K20V, L63P, A71V, V77I  
  clone: C9 NFV 102 L90M G73S K20V, L63P, A71V, V77I  
AS-33 AS-33
Consensus 
NFV 34 L90LM K20KT L10LI, K14KR, E35DG, M36MV, N37ND, R57RK, D60DE, I62IVL, L63LTP, I64IV, I66IF, T74TS, V77VI, I93IL R8RL, L19VIG, L23LP, G78GE, R87RG, L89LP, C95CR 
  clone: C1 NFV 34   K14R, L19I, E35D, M36V, N37D, R57K, I64V, T74S, V77I  
  clone: C10 NFV 34 L90M K20T L10I, L19V, E35D, N37D, I64V, T74S, V77I R87G 
  clone: C11 NFV 34  K20T L10I, L19V, E35D, I64V, T74S, V77I, I93L G78E, L89P 
  clone: C12 NFV 34  K20T K14R, L19V, E35D, N37D, I62L, I64V, T74S, V77I R8L 
  clone: C13 NFV 34  K20T L10I, L19V, E35D, N37D, D60E, L63T, I66F, V77I  
  clone: C14 NFV 34  K20T E35D, L63P, I64V, T74S, V77I L19G 
  clone: C15 NFV 34  K20T K14R, L19V, E35G, I64V, T74S, V77I  
  clone: C16 NFV 34  K20T K14R, L19V, E35D, I64V, T74S, V77I  
  clone: C2 NFV 34  K20T L10I, L19V, E35D, I62V, I64V, T74S, V77I  
  clone: C3 NFV 34  K20T K14R, L19V, E35D, I64V, T74S, V77I C95R 
  clone: C4 NFV 34  K20T K14R, L19V, E35D, I64V  
  clone: C5 NFV 34 L90M K20T L10I, K14R, L19V, E35D, I64V  
  clone: C6 NFV 34 L90M  L10I, L19V, E35D, M36V, I64V  
  clone: C7 NFV 34  K20T L10I, L19V, E35D, I64V, T74S, V77I  
  clone: C8 NFV 34  K20T L10I, L19V, E35D, N37D, I64V, T74S, V77I L23P 
  clone: C9 NFV 34  K20T L19V, E35D, I64V, T74S, V77I  
AS-34 AS-34
Consensus 
NFV 58 L90LM K20T, G73GS, N83ND I13V, E35D, M36I, G40GR, I62IVM, L63P, A71AVT, I93IL R41RG, M46MT, Y59YC 
  clone: C1 NFV 58  K20T, G73S I13V, E35D, M36I, L63P, A71V, I93L  
  clone: C2 NFV 58 L90M K20T I13V, E35D, M36I, I62V, L63P, I93L R41G, Y59C 
  clone: C3 NFV 58 L90M K20T I13V, E35D, M36I, L63P, A71V  
  clone: C4 NFV 58  K20T I13V, E35D, M36I, G40R, I62V, L63P, I93L M46T 
  clone: C5 NFV 58  K20T, N83D I13V, E35D, M36I, L63P, A71T, I93L  
  clone: C6 NFV 58  K20T, G73S I13V, E35D, M36I, I62M, L63P, A71V, I93L  
  clone: C7 NFV 58  K20T, G73S I13V, E35D, M36I, L63P, A71V, I93L  
AS-35 AS-35
Consensus 
NFV 52 L90M  K20I, M36I, N37NS, K43R, R57K, L63P, H69HQ, A71AVI, V77VI  
  clone: C1 NFV 52 L90M  K20I, M36I, K43R, R57K, L63P, H69Q, A71V  
  clone: C2 NFV 52 L90M  K20I, M36I, K43R, R57K, L63P, H69Q, A71V  
  clone: C3 NFV 52 L90M  K20I, M36I, K43R, R57K, L63P, A71V, V77I  
  clone: C4 NFV 52 L90M  K20I, M36I, K43R, R57K, L63P  
  clone: C5 NFV 52 L90M  K20I, M36I, K43R, R57K, L63P, A71V, V77I  
  clone: C6 NFV 52 L90M  K20I, M36I, N37S, K43R, R57K, L63P, A71I  
AS-36 AS-36
Consensus 
NFV 41 L90M G73GS W6WL, L10I, K14KE, N37D, D60E, L63P, I66IF, A71X, I72L, V77I Q58QR 
  clone: C1 NFV 41 L90M G73S W6L, L10I, N37D, D60E, L63P, A71T, I72L, V77I  
  clone: C2 NFV 41 L90M  L10I, K14E, N37D, D60E, L63P, I66F, A71I, I72L, V77I  
  clone: C3 NFV 41 L90M G73S L10I, N37D, D60E, L63P, A71T, I72L, V77I  
  clone: C4 NFV 41 L90M G73S L10I, N37D, D60E, L63P, A71T, I72L, V77I Q58R 
  clone: C5 NFV 41 L90M  L10I, N37D, D60E, L63P, I66F, A71T, I72L, V77I  
  clone: C6 NFV 41 L90M  L10I, N37D, D60E, L63P, I66F, A71I, I72L, V77I  
  clone: C7 NFV 41 L90M  L10I, N37D, D60E, L63P, I66F, A71I, I72L, V77I  
AS-37 AS-37
Consensus 
NFV M46MI, L90LM  T12NP, I13IV, L19IM, K20IR, L33LV, M36VI, N37ND, R41RK, L63LP, I64IV, A71AV, I93L I47IT, G49G*, I84IM 
  clone: C1 NFV L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, L63P, A71V, I93L  
  clone: C2 NFV   T12P, I13V, L19M, K20R, L33V, M36I, R41K, I64V, I93L  
  clone: C3 NFV M46I, L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, L63P, A71V, I93L  
  clone: C4 NFV M46I, L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, L63P, A71V, I93L I47T 
  clone: C5 NFV M46I, L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, L63P, A71V, I93L  
  clone: C6 NFV M46I, L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, L63P, A71V, I93L I84M 
  clone: C7 NFV L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, L63P, A71V, I93L  
  clone: C8 NFV M46I, L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, G49*, L63P, A71V, I93L  
  clone: C9 NFV M46I, L90M  T12N, L19I, K20I, M36V, N37D, L63P, A71V, I93L  
AS-38 AS-38
Consensus 
NFV 33 M46ML, V82VF, L90LM L10LFI, G73GS Q7QR, T12TI, I15IV, G16GE, L19LT, N37ND, R41RK, G49GE, K55KR, D60DE, L63X, H69HQ, I72IV, T74X, Q92QR, I93IL D30DG, C95CR 
  clone: C1 NFV 33 M46L, L90M L10F T12I, I15V, L19T, L63T, I72V, T74S D30G 
  clone: C10 NFV 33 M46L L10F, T74P T12I, I15V, G16E, L19T, G49E, L63T, I72V  
  clone: C2 NFV 33 M46L, L90M L10F T12I, L19T, L63T, I72V, T74S  
  clone: C3 NFV 33 M46L L10F, T74P Q7R, T12I, I15V, L19T, L63T, I72V  
  clone: C4 NFV 33   N37D, D60E, L63P, H69Q  
  clone: C5 NFV 33 M46L, V82F  T12I, I15V, L19T, L63T, I72V, T74A C95R 
  clone: C6 NFV 33  G73S L10I, R41K, K55R, D60E, L63P, Q92R, I93L  
  clone: C7 NFV 33 M46L L10F, T74P T12I, I15V, G16E, L19T, L63T, I72V  
  clone: C8 NFV 33 M46L, L90M L10F T12I, I15V, G16E, L19T, L63T, I72V, T74S  
  clone: C9 NFV 33 M46L L10F, T74P T12I, I15V, G16E, L19T, L63T, I72V  
AS-39 AS-39
Consensus 
NFV 38 I54IL, N88NSI, L90LMS G73GS, T74TAP I3IF, L10LI, T12TP, I13IV, K14KR, I15IV, L19LM, K20KR, L33LV, M36MI, R41RK, K55KR, D60DE, L63LPH, I64IV, A71AV, V77VI, V82VI, Q92QKR, I93L L38LS, F53FS 
  clone: C1 NFV 38 N88S  L10I, D60E, V77I, I93L  
  clone: C10 NFV 38   L10I, R41K, D60E, L63H, Q92K, I93L F53S 
  clone: C11 NFV 38   T12P, I13V, L19M, K20R, L33V, M36I, R41K, I64V, I93L  
  clone: C12 NFV 38   L10I, D60E, I93L  
  clone: C13 NFV 38   L10I, R41K, D60E, L63P, Q92R, I93L  
  clone: C14 NFV 38   L10I, R41K, K55R, D60E, A71V, V77I, I93L  
  clone: C15 NFV 38   K14R, R41K, D60E, I93L  
  clone: C16 NFV 38   L10I, I15V, R41K, D60E, Q92K, I93L  
  clone: C17 NFV 38   K14R, R41K, D60E, V82I, I93L N88I 
  clone: C2 NFV 38   L10I, D60E, I93L  
  clone: C3 NFV 38   L10I, D60E, A71V, T74A, I93L  
  clone: C4 NFV 38  T74P L10I, D60E, L63P, I93L  
  clone: C5 NFV 38 L90M  L10I, R41K, D60E, A71V, I93L  
  clone: C6 NFV 38 I54L  L10I, R41K, D60E, V77I, I93L L38S 
  clone: C7 NFV 38  G73S L10I, D60E, I93L  
  clone: C8 NFV 38   L10I, D60E, I93L L90S 
  clone: C9 NFV 38   I3F, K14R, R41K, D60E, I93L  
AS-4 AS-4
Consensus 
None    T12TA, I15V, L19LP, E35ED, N37NS, P39S, R57RG, I62IV, L63P, I72IM D25DG 
  clone: C1 None    T12A, I15V, E35D, P39S, I62V, L63P  
  clone: C2 None    I15V, E35D, P39S, I62V, L63P  
  clone: C3 None    I15V, L19P, N37S, P39S, I62V, L63P  
  clone: C4 None    I15V, E35D, P39S, I62V, L63P  
  clone: C5 None    T12A, I15V, E35D, P39S, I62V, L63P  
  clone: C6 None    I15V, E35D, P39S, R57G, I62V, L63P, I72M D25G 
  clone: C7 None    I15V, E35D, P39S, L63P  
AS-40 AS-40
Consensus 
NFV 79 M46I, L90M K20KIT, Q58QE I13IV, L19LIM, M36MI, K55KR, D60DE, I62V, L63S, I64V, A71AV, I72IT, T74TS, V77I, I93L  
  clone: C1 NFV 79 M46I, L90M K20T, Q58E I13V, M36I, K55R, I62V, L63S, I64V, V77I, I93L  
  clone: C2 NFV 79 M46I, L90M  L19M, K20I, D60E, I62V, L63S, I64V, A71V, V77I, I93L  
  clone: C3 NFV 79 M46I, L90M Q58E I13V, I62V, L63S, I64V, T74S, V77I, I93L  
  clone: C4 NFV 79 M46I, L90M Q58E L19I, K20I, M36I, I62V, L63S, I64V, I72T, V77I, I93L  
  clone: C5 NFV 79 M46I, L90M Q58E L19I, K20I, M36I, I62V, L63S, I64V, V77I, I93L  
  clone: C6 NFV 79 M46I, L90M Q58E L19I, K20I, M36I, I62V, L63S, I64V, I72T, V77I, I93L  
  clone: C7 NFV 79 M46I, L90M Q58E I13V, I62V, L63S, I64V, V77I, I93L  
AS-41 AS-41
Consensus 
NFV 68 L90M L10LF, K20T I13V, K14KR, I15V, E35EG, M36I, N37NT, D60E, I62V, T74TA, L89I  
  clone: C1 NFV 68 L90M L10F, K20T I13V, I15V, M36I, D60E, I62V, T74A, L89I  
  clone: C2 NFV 68 L90M K20T I13V, I15V, M36I, D60E, I62V, L89I  
  clone: C3 NFV 68 L90M K20T I13V, I15V, M36I, N37T, D60E, I62V, T74A, L89I  
  clone: C4 NFV 68 L90M L10F, K20T I13V, I15V, M36I, D60E, I62V, T74A, L89I  
  clone: C5 NFV 68 L90M K20T I13V, I15V, E35G, M36I, D60E, I62V, L89I  
  clone: C6 NFV 68 L90M K20T I13V, I15V, M36I, D60E, I62V, T74A, L89I  
  clone: C7 NFV 68 L90M K20T I13V, K14R, I15V, M36I, D60E, I62V, L89I  
  clone: C8 NFV 68 L90M K20T I13V, I15V, M36I, D60E, I62V, T74A, L89I  
AS-42 AS-42
Consensus 
NFV 111 L90M Q58QE, G73GS L10I, K20KM, M36MI, D60DE, I62V, L63T, I64IM, E65ED, A71V, T74X, V77I, I93IL R87RG 
  clone: C1 NFV 111 L90M Q58E, G73S L10I, D60E, I62V, L63T, I64M, A71V, T74A, V77I  
  clone: C2 NFV 111 L90M Q58E, G73S L10I, D60E, I62V, L63T, A71V, T74A, V77I  
  clone: C3 NFV 111 L90M Q58E, G73S L10I, D60E, I62V, L63T, A71V, T74A, V77I  
  clone: C4 NFV 111 L90M Q58E, G73S L10I, D60E, I62V, L63T, A71V, T74A, V77I  
  clone: C5 NFV 111 L90M  L10I, K20M, M36I, I62V, L63T, E65D, A71V, T74S, V77I  
  clone: C6 NFV 111 L90M  L10I, K20M, M36I, I62V, L63T, E65D, A71V, T74S, V77I, I93L R87G 
  clone: C7 NFV 111 L90M Q58E, G73S L10I, D60E, I62V, L63T, A71V, T74A, V77I  
  clone: C8 NFV 111 L90M Q58E, G73S L10I, D60E, I62V, L63T, A71V, T74A, V77I  
AS-43 AS-43
Consensus 
NFV 75   I15IV, L19LP, L33V, R41K, L63QR, I64V  
  clone: C1 NFV 75   L19P, L33V, R41K, L63Q, I64V  
  clone: C2 NFV 75   L33V, R41K, L63Q, I64V  
  clone: C3 NFV 75   L33V, R41K, L63Q, I64V  
  clone: C4 NFV 75   L33V, R41K, L63R, I64V  
  clone: C5 NFV 75   L33V, R41K, L63Q, I64V  
  clone: C6 NFV 75   L33V, R41K, L63Q, I64V  
  clone: C7 NFV 75   I15V, L33V, R41K, L63Q, I64V  
  clone: C8 NFV 75   L33V, R41K, L63Q, I64V  
AS-5 AS-5
Consensus 
None   F53FL I15IV, A22AV, E35DG, I62IM, L63P, I93L R8R* 
  clone: C1 None    A22V, E35D, L63P, I93L  
  clone: C2 None    R8*, I15V, E35D, L63P, I93L  
  clone: C3 None    E35D, L63P, I93L  
  clone: C4 None    E35G, L63P, I93L  
  clone: C5 None    E35D, L63P, I93L  
  clone: C6 None    E35D, L63P, I93L  
  clone: C7 None   F53L E35D, L63P, I93L  
  clone: C8 None    E35D, I62M, L63P, I93L  
AS-6 AS-6
Consensus 
None    M36MI, N37ND, R41K, R57RK, L63P, V77I, I93IL F53FS 
  clone: C1 None    M36I, N37D, R41K, L63P, V77I, I93L  
  clone: C2 None    M36I, N37D, R41K, L63P, V77I, I93L  
  clone: C3 None    R41K, L63P, V77I, I93L F53S 
  clone: C4 None    M36I, N37D, R41K, L63P, V77I, I93L  
  clone: C5 None    M36I, N37D, R41K, L63P, V77I, I93L  
  clone: C6 None    M36I, N37D, R41K, L63P, V77I  
  clone: C7 None    M36I, N37D, R41K, R57K, L63P, V77I, I93L  
AS-7 AS-7
Consensus 
None    L10LI, T12TI, K20KR, M36MI, N37ND, I62IV, L63X, I64IL, H69HY, V82VI, L89LM, Q92QR, I93IL, T96TA  
  clone: C1 None    L10I, K20R, L63S, I93L, T96A  
  clone: C2 None    L10I, L63S, I93L  
  clone: C3 None    I62V, L63P, L89M  
  clone: C4 None    L63S, H69Y, L89M, I93L  
  clone: C5 None    I62V, L63P, I64L, L89M  
  clone: C6 None    I62V, L63P, L89M, Q92R, I93L  
  clone: C7 None    N37D, L63S, I93L  
  clone: C8 None    L10I, L63S, V82I, I93L  
  clone: C9 None    L10I, T12I, M36I, I62V, L63P, L89M  
AS-8 AS-8
Consensus 
None    K43KR, L63LP, I64IM F53FS, I85IT 
  clone: C1 None      
  clone: C2 None      
  clone: C3 None      
  clone: C4 None      
  clone: C5 None      
  clone: C6 None    K43R  
  clone: C7 None    L63P, I64M F53S, I85T 
  clone: C8 None      
AS-9 AS-9
Consensus 
None    T12TPA, K14KR, G16E, L38I, L63SA, I72IV, V77I I64IT 
  clone: C1 None    G16E, L38I, L63S, V77I  
  clone: C2 None    G16E, L38I, L63S, V77I I64T 
  clone: C3 None    G16E, L38I, L63S, V77I  
  clone: C4 None    G16E, L38I, L63S, I72V, V77I  
  clone: C5 None    T12A, G16E, L38I, L63S, V77I  
  clone: C6 None    T12P, K14R, G16E, L38I, L63S, V77I  
  clone: C7 None    T12P, K14R, G16E, L38I, L63A, V77I  
  clone: C8 None    T12P, K14R, G16E, L38I, L63S, V77I