Positions with mixtures: Not Excluded
Numbers represent: Absolute numbers
Single occurences: Included
Total number of isolates shown beneath consensus
Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

         10         20
P
185
I
185
S
185
P
199
I
199
E
199
T
201
V
201
P
201
V
201
K
201
L
201
K
201
P
201
G
201
M
201
D
201
G
201
P
201
K
201






S1



D5
K4
R1

A2

L2
I1

D12
G2

I14
G3

R4
T1

W2
F1

#14
N2
*1



K2
R1



I2

#2



R17

         30         40
V
201
K
201
Q
201
W
201
P
201
L
201
T
201
E
201
E
201
K
201
I
201
K
201
A
201
L
201
V
201
E
201
I
603
C
1248
T
1256
E
1259
I3

R2

















L3

Q4
N2





I22
T20
M8
L4
A3

A4
D3

V411

*3
S1
W1

A52
E16
S9
K5
D2
I2
N1
R1
G1
L1

D13
K3
N1
R1
V1

         50         60
M
1261
E
1261
K
1261
E
1261
G
1261
K
1262
I
1262
S
1262
K
1262
I
1262
G
1262
P
1262
E
1262
N
1262
P
1262
Y
1262
N
1262
T
1262
P
1262
V
1262
L36
R2
I1

A1
W1
*1

N7
R6
Q5
E4

D14
K2
G1

E1

Q6
T2
N1
I1
R1
*1

L2
S1
F1
N1
V1

T50
E9
L3
Q2
P1

R84
E2

V31
M6





D14
*6
K3
Q1
G1

T1



*1

K2
Y1



Q1

I144
M1

         70         80
F
1262
A
1262
I
1262
K
1262
K
1262
K
1262
D
1262
S
1262
T
1262
K
1262
W
1262
R
1262
K
1262
L
1262
V
1262
D
1262
F
1262
R
1262
E
1262
L
1262
L2

V9
T2
P1

K1
V1

R32
T2
N2

R8
Q3
N1
E1
Y1

N1
R1

N20
G13
V1

G45
R3
N2

S10
N6
A4
D2
P1

R7
N3
T1
E1



K4
G4
E1

N1
R1

V8
I1

I9
M4
A1
T1
E1
L1

N3

L2

K1

D11
K1
V1

P1

         90         100
N
1262
K
1262
R
1262
T
1262
Q
1262
D
1262
F
1262
W
1262
E
1262
V
1262
Q
1262
L
1262
G
1262
I
1262
P
1262
H
1262
P
1262
A
1262
G
1262
L
1262
H1

R18
N1

K315

P2
A1

H1

E11
N8

L3
S1

C6
S4
R1

K1

I42
A1
M1
L1

K2

I1

*1
E1

M1



N35



S100
E3
P2

W1
V1

I16

         110         120
K
1262
K
1262
K
1262
K
1262
S
1262
V
1262
T
1262
V
1262
L
1262
D
1262
V
1262
G
1262
D
1262
A
1262
Y
1262
F
1262
S
1262
V
1262
P
1262
L
1262
Q13
E11
R8
N2
P2

Q48
R24
N3
E2

N132
R18
S3
T3
E2
Q1
I1

R30
N9
Q1

L1

I22
A2

K5
P1

I27
K1

P1

N9
G2

L8

E1
V1

N28
Y2
H1





Y4
V2
I1

*3
P1
L1

I48

T1

*3

         130         140
D
1262
K
1262
D
1262
F
1262
R
1262
K
1262
Y
1262
T
1262
A
1262
F
1262
T
1262
I
1262
P
1262
S
1262
I
1262
N
1262
N
1262
E
1262
T
1262
P
1262
H44
Y29
C3
N2
A1

E407
P39
R13
Q12
A4
N3
T2
V2
S1
D1
I1

E328
N50
S23
G11
A7
K3
T1

L3

S1

R1
E1



P1

S1
T1
E1
V1

L2

P2
A1
S1
N1

V3

H1

G14
N2
R2

T245
V120
R19
L19
K2
M1

K2

S3
T1
G1

A28
Q1
R1
G1
L1

A8
S3
K3
E2
R2
P1
M1
I1

L1

         150         160
G
1262
I
1262
R
1262
Y
1262
Q
1262
Y
1262
N
1262
V
1262
L
1262
P
1262
Q
1262
G
1262
W
1262
K
1262
G
1262
S
1262
P
1262
A
1262
I
1262
F
1262
R2
E1

V84
T42
M9
S1
A1

S1
K1

H2

E4
C1
R1
*1







F1
P1

S1

M5
H1

R1
E1

*1

E2

E1

T1
L1

S1

S33
T4

V7
K2
T1

S1
I1
L1

         170         180
Q
1262
S
1262
S
1262
M
1262
T
1262
K
1262
I
1262
L
1262
E
1262
P
1262
F
1262
R
1262
K
1262
Q
1262
N
1262
P
1262
D
1262
I
1262
V
1262
I
1262
P1
*1

C193
A50
Y18
T15
N13
H6
G5
R2
D1

T8
C2
G1

I1

I67
L1
V1

R95
I5
Q2
T2

M2
V1



D66
A3
K2
N1
R1
*1

S1
T1

Y16
L2

K13
S1

E38
R26
T22
Q22
N20
A17
S6
V2
M1
L1

K43
R21
H14
N6
E5
A4
G3
L2

H8
Y3

S9
Q5
T1
K1

E335
G14
N9
S2
Q1

M203
L93
V25

I63
D11
E4
A1
F1
M1

V12

         190         200
Y
1262
Q
1262
Y
1262
M
1262
D
1262
D
1262
L
1262
Y
1262
V
1262
G
1262
S
1262
D
1262
L
1262
E
1262
I
1262
G
1262
Q
1262
H
1262
R
1262
T
1262
C2
D1
I1

L1

H1
N1

V110
I2
T1

N1
G1

Y2

V1

H8
L6
C1

I15
A1
L1

S13
A5
E1



N8
H1
Y1

F2

K6
D4
Q2
A1
N1
G1

L21
M4
T4

E202
R6
V2
Q1
D1

K25
H7
P7
E7
L5
D1
R1



K1

A243
I88
E14
V14
K12
S4
R3
L3
Q2
M1
D1
G1

         210         220
K
1262
I
1262
E
1262
E
1262
L
1262
R
1262
Q
1262
H
1262
L
1262
L
1262
R
1262
W
1262
G
1262
F
1262
T
1262
T
1262
P
1262
D
1262
K
1262
K
1262
R3
E1

V99

D8
Q3
K1

D12
K11
Q8
A3
G1

M1



E216
K24
A20
H20
R19
G12
N10
D6
T2
P2

Y11
R1



F22
W9
M6
S1
C1
V1

K648
G33
Q27
S21
T11
A10
M5
E3
N1
P1



D1

L160

Y15
S14
D9
E5
C3
A1
I1
L1

K1



E4

Q5
R5
*1

N1

         230         240
H
1262
Q
1262
K
1262
E
1262
P
1262
P
1262
F
1262
L
1262
W
1262
M
1262
G
1262
Y
1262
E
1260
L
1260
H
1260
P
1260
D
1253
K
1250
W
1249
T
1249
Y16
L2



R5
I4

D3
G3
K2
N1

H18



S2

R11
Q4
F2
H2
P1

G1

L7
V1

V1



K2

P2

Q1
Y1





R6
N5
T4
E1

C2

S2

         250         260
V
1248
Q
1247
P
1243
I
1242
V
1238
L
1233
P
1219
E
166
K
166
D
166
S
166
W
165
T
164
V
161
N
161
D
161
I
161
Q
159
K
157
L
153
L1

H3
*2

S22
H7
T6
A3
Q2
L1

V17

E166
M147
K77
Q60
T25
I21
L12
A5
R3
D2
N1
Y1



A1

D20
H2
N2
T1
V1

Q3

E9
H1

I4
C1

C1

S2
A1







L2



N1
R1

V2

         270         280
V
150
G
149
K
148
L
146
N
145
W
145
A
145
S
143
Q
143
I
143
Y
143
A
142
G
142
I
141
K
138
V
138
K
137
Q
137
L
137
C
137
G1
L1

E1





D1

C1

S1

R1

E1





P81
S8
G2
T1

V1

V2

N1

I10
G1

R51

H1
E1





         290         300
K
133
L
133
L
133
R
130
G
126
T
125
K
124
A
124
L
122
T
118
E
115
V
113
I
110
P
108
L
107
T
105
E
104
E
100
A
90
E
85
R17
Q1
T1
E1



I6
F1

K5
M1
T1

V1

A39
P3
S2
G1
V1

Q1

S15
T1





D10

I14
G1

V56
L2
G1

T6
Q5
S1



S3

K34
A8
R5
T2
G1



G2

G1

         310         320
L
75
E
68
L
57
A
45
E
44
N
43
R
43
E
43
I
43
L
43
K
43
E
43
P
43
V
43
H
43
G
43
V
43
Y
43
Y
42
D
42
V2
I1

D3
G1

S1
M1

T1













R3

G1









A2







         330          
P
42
S
42
K
42
D
42
L
6
I
6
A
6
E
6
I
6
Q
6
K
6
Q
6
G
6
Q
5
G
4
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 


T5
A2







V1





L2
V1









L1
E1