Positions with mixtures: Not Excluded Numbers represent: Absolute numbers Single occurences: Included Total number of isolates shown beneath consensus Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

10

20

P 159

I 159

S 159

P 159

I 159

E 159

T 159

V 159

P 159

V 159

K 159

L 159

K 159

P 159

G 159

M 159

D 159

G 159

P 159

K 159

S1

D4

I1

R5

G1

Q1

R35

30

40

V 159

K 159

Q 159

W 159

P 159

L 159

T 159

E 159

E 159

K 159

I 159

K 159

A 159

L 159

V 159

E 159

I 159

C 159

T 159

E 159

I8

S1

G2 A2 K1

L7

N1 E1

G3

I15 M8 L6 R4 T4 A1

Q1 A1 D1

L3

A23 K2 S2 E2 N1 R1

F3

50

60

M 159

E 159

K 159

E 159

G 159

K 159

I 159

S 159

K 159

I 159

G 159

P 159

E 159

N 159

P 159

Y 159

N 159

T 159

P 159

V 159

L93

A1

E19 Q16 N4 T1 M1

D16 A7

T7

R14

V5

D1

I1

N1

I28

70

80

F 159

A 159

I 159

K 159

K 159

K 159

D 159

S 159

T 159

K 159

W 159

R 159

K 159

L 159

V 159

D 159

F 159

R 159

E 159

L 159

V7

R7 N6 H3 Y1

R1

N60 G7 E3

G6 N2

N14 D14 S8 A2

R61 N1

G4

V6 I2

T5 I2 M1

L1

P1

90

100

N 159

K 159

R 159

T 159

Q 159

D 159

F 159

W 159

E 159

V 159

Q 159

L 159

G 159

I 159

P 159

H 159

P 159

A 159

G 159

L 159

R1

K26 G2

P1

E1

I6

S10 G3

I1

110

120

K 159

K 159

K 159

K 159

S 159

V 159

T 159

V 159

L 159

D 159

V 159

G 159

D 159

A 159

Y 159

F 159

S 159

V 159

P 159

L 159

Q3 R2

Q5 R2 E1

R5

N14 R7

I2

S1

V1

Y2

I41 L1

A1

130

140

D 159

K 159

D 159

F 159

R 159

K 159

Y 159

T 159

A 159

F 159

T 159

I 159

P 159

S 159

I 159

N 159

N 159

E 159

T 159

P 159

Y5 H2

E37 P4 Q1 *1 T1

E32 N5 G1

Y1

R1

R1

T1

T39 V24 M5 L2

S1 D1

S1

A3 V1 Q1

K1 M1

150

160

G 159

I 159

R 159

Y 159

Q 159

Y 159

N 159

V 159

L 159

P 159

Q 159

G 159

W 159

K 159

G 159

S 159

P 159

A 159

I 159

F 159

V16 T2 N1

*1 S1 T1

C1 S1

M1

Q2 E2

S10

170

180

Q 159

S 159

S 159

M 159

T 159

K 159

I 159

L 159

E 159

P 159

F 159

R 159

K 159

Q 159

N 159

P 159

D 159

I 159

V 159

I 159

E1

C16 A9 Y9 N3 D3 H1 G1

I2 L1

R17 T2 Q1 E1

V1

D8

R3 N2 E2 T1

R1 K1 L1

Y3 H2

Q1

E22 V1

M17 L8 R1

I8 G1 D1

190

200

Y 159

Q 159

Y 159

M 159

D 159

D 159

L 159

Y 159

V 159

G 159

S 159

D 159

L 159

E 159

I 159

G 159

Q 159

H 159

R 159

T 159

V93 L1

P1

D1

L2

E30 D1

E2 P1 H1 I1 R1 K1

T1

A16 I9 E4

210

220

K 159

I 159

E 159

E 159

L 159

R 159

Q 159

H 159

L 159

L 159

R 159

W 159

G 159

F 159

T 159

T 159

P 159

D 159

K 159

K 159

N1 T1

V11 M1

D11 K7 V2

D3 Q2

E36 N3 H3 D2 R1

Y11

W56 F1 S1

K75 Q4 N3 S2 E2 G1 T1 D1

L21

Y78 F19 V3 I2 S1

E17

Q40 N4 E4 R3

N1 E1

230

240

H 159

Q 159

K 159

E 159

P 159

P 159

F 159

L 159

W 159

M 159

G 159

Y 159

E 159

L 159

H 159

P 159

D 159

K 159

W 158

T 158

Y3

Q3 N1 E1

D3

H19 R7 Q1

H1

R1

N1

S1

250

260

V 158

Q 158

P 158

I 158

V 157

L 157

P 157

E 157

K 157

D 156

S 155

W 155

T 155

V 154

N 153

D 153

I 153

Q 152

K 148

L 148

S1

M13 K13 E10 T8 R3 Q2 I2

D6 N1 K1

Q3 R2

E5

I2 C1

P1 S1

A1

*1 R1 E1

270

280

V 147

G 144

K 143

L 143

N 143

W 143

A 142

S 140

Q 139

I 138

Y 136

A 135

G 133

I 133

K 131

V 131

K 130

Q 129

L 129

C 129

R1

D1

C1

N1

F1

*2

P64 S6 G1 T1

V1

R4 N1 Q1

I2

R42 Q1

H10 E3 P1 A1

W1

290

300

K 127

L 126

L 124

R 121

G 118

T 117

K 113

A 113

L 110

T 107

E 103

V 99

I 93

P 93

L 89

T 79

E 69

E 61

A 57

E 53

R5 E1

I4 V1

K2 T2 M1

A32 P3 G1 S1

N2

S5 T3

V1

A1 S1

D2

I5 G1

V56 L1

Q2 T1

S1

K16 Q2 A2 V1

D1

G6

D1

L 50

E 47

L 31

A 3

E 2

V1

D1