Positions with mixtures: Not Excluded Numbers represent: Absolute numbers Single occurences: Included Total number of isolates shown beneath consensus Legend:    Red >=5%    Blue 1-4.5%    Grey <1%

10

20

P 112

I 112

S 112

P 112

I 112

E 112

T 112

V 112

P 112

V 112

K 113

L 113

K 113

P 113

G 113

M 113

D 113

G 113

P 113

K 114

R1

D3

P1

I2

R5 S1 Q1 N1

F1

Q1

A1

R19 T1

30

40

V 114

K 114

Q 114

W 114

P 114

L 114

T 114

E 114

E 114

K 114

I 114

K 114

A 114

L 114

V 114

E 115

I 115

C 115

T 115

E 115

I2

N1 R1

H1

C1 G1

F1

S1

*2 G1

L2 V1

R1

I17 M3 T1 L1

A1 D1

L3 M1

A15 E1

D2

50

60

M 115

E 115

K 115

E 115

G 115

K 115

I 115

S 115

K 115

I 115

G 115

P 115

E 115

N 115

P 115

Y 115

N 115

T 115

P 115

V 115

L37

Q1

E5 Q4 N2

D6 V1

F1

T4

R10

D1

H1

I14

70

80

F 115

A 115

I 115

K 115

K 115

K 115

D 115

S 115

T 115

K 115

W 115

R 115

K 115

L 115

V 115

D 115

F 115

R 115

E 115

L 115

L1

V6

R3

R3

N26 E3

G2

S9 N9 A3 D3

R38 S1 E1

C2

V26

T5

E1

L1

K1

90

100

N 115

K 115

R 115

T 115

Q 115

D 115

F 115

W 115

E 115

V 115

Q 115

L 115

G 115

I 115

P 115

H 115

P 115

A 115

G 115

L 115

R3

K33

L1

I10

S12

F1

110

120

K 115

K 115

K 115

K 115

S 115

V 115

T 115

V 115

L 115

D 115

V 115

G 115

D 115

A 115

Y 115

F 115

S 115

V 115

P 115

L 115

Q2 R1

Q4 R3 E2

R4

N10 R3 Q1

I1

P2

Y2

I17

130

140

D 115

K 115

D 115

F 115

R 115

K 115

Y 115

T 115

A 115

F 115

T 115

I 115

P 115

S 115

I 115

N 115

N 115

E 115

T 115

P 115

Y1

E19 P7 R1

E24 S2 N1

P1

T1

R1

R2

T25 V8 M5 L3 A1

T1 I1

S1

A2

N1 P1

150

160

G 115

I 115

R 115

Y 115

Q 115

Y 115

N 115

V 115

L 115

P 115

Q 115

G 115

W 115

K 115

G 115

S 115

P 115

A 115

I 115

F 115

V4 T3 M1

C1

Y1

S8

L1

170

180

Q 115

S 115

S 115

M 115

T 115

K 115

I 115

L 115

E 115

P 115

F 115

R 115

K 115

Q 115

N 115

P 115

D 115

I 115

V 115

I 115

C14 A10 Y7 N3 H2

I6

R9 I1

D5 A1

Y2

N4 R2 A1 I1 E1

H5 R3

Y2

S1

E18 H1

L10 M9 V1

I4 D1 G1

V2

190

200

Y 115

Q 115

Y 115

M 115

D 115

D 115

L 115

Y 115

V 115

G 115

S 115

D 115

L 115

E 115

I 115

G 115

Q 115

H 115

R 115

T 115

C3

C1

V36 I1

A1

F1

D1 K1 *1

E20

R2 H1 P1 L1 E1

R1

A15 I5 E2 P1 K1 V1

210

220

K 115

I 115

E 115

E 115

L 115

R 115

Q 115

H 115

L 115

L 115

R 115

W 115

G 115

F 115

T 115

T 115

P 115

D 115

K 115

K 115

V7

D1 V1

A2 D2

G1

E18 A3 R3 H1 D1

Q1 Y1

W23

K46 S5 Q3 G1

L15

Y42 I3 F2 S1 N1 V1

E5

Q16 N2 M1

N1

230

240

H 115

Q 115

K 115

E 115

P 115

P 115

F 115

L 115

W 115

M 115

G 115

Y 115

E 115

L 115

H 115

P 115

D 115

K 115

W 115

T 115

Y3

Q2 N1 R1

H6 R1

V1

R1

C1

S1

250

260

V 115

Q 115

P 115

I 115

V 115

L 115

P 114

E 114

K 114

D 114

S 114

W 113

T 113

V 112

N 112

D 112

I 112

Q 112

K 111

L 110

E1

T1

M12 K4 T3 Q2 E2 R1 I1

T1

D4

E2

I5

P1

H1

270

280

V 110

G 106

K 105

L 105

N 104

W 102

A 100

S 98

Q 96

I 96

Y 95

A 93

G 93

I 91

K 88

V 85

K 82

Q 80

L 79

C 78

R1 E1 V1

D1 K1

C1

S2

H1

*1

P41 S6 Q1

R1

M1

N1

A1

R30 S1

H3

290

300

K 77

L 77

L 77

R 76

G 73

T 70

K 70

A 70

L 70

T 70

E 68

V 65

I 63

P 63

L 63

T 61

E 58

E 57

A 53

E 50

R6 E1

I1

I1 K1

A20 N1 P1

N3

S3 T2

D1 R1

I2 S1 G1

V32 L1

T3 Q2

S2

K12 A6 R4

G4

D2 *1

310

L 49

E 42

L 27

A 6

E 3

N 2

R 2

E 2

I 2

L 2

K 2

E 2

P 1

V1

D5 *2

G1

G1

D1