<!--#if expr="$title" --> <!--#echo var="title" --> <!--#else --> HIV Drug Resistance Database <!--#endif -->
Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author van Zyl (2017)
Title Moderate levels of pre-therapy drug resistance (PDR) in a generalised epidemic: time for better first-line ART?
Citation AIDS
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 59
NumPts 59
Subtype C, B, D

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
CD_F_16-24_none CD_F_16-24_none None None   V35T, E40D, K43R, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207K, R211K, V245Q, D250E  
CD_F_25-30_K103N CD_F_25-30_K103N None None  K103N V35T, T39I, E40D, K43R, K49R, V60I, D121H, K122E, D123S, I135T, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
C_F_16-24_K103N C_F_16-24_K103N None None  K103N V35T, T39E, S48T, E53EG, V60I, K122E, D123G, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245VM  
C_F_16-24_none C_F_16-24_none None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122P, K173I, Q174K, D177E, I178V, Q197K, T200A, Q207X, R211K, V245Q, E248D, D250E  
C_F_16-24_none_2 C_F_16-24_none_2 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, S162T, K173A, I195M, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
C_F_16-24_none_3 C_F_16-24_none_3 None None   K11T, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60I, K122A, D123S, K173T, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
C_F_16-24_none_4 C_F_16-24_none_4 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123G, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E  
C_F_16-24_none_5 C_F_16-24_none_5 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207R, H208Y, R211K, V245Q Q145I 
C_F_16-24_none_6 C_F_16-24_none_6 None None   K20R, V35T, T39E, S48T, K122E, D123S, I135R, S162H, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D  
C_F_16-24_none_7 C_F_16-24_none_7 None None   K11R, E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, I135IV, K166KR, K173A, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250DE  
C_F_25-30_none C_F_25-30_none None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122P, D123N, P170S, K173I, Q174E, D177E, I178V, T200A, E204Q, Q207E, V245Q, E248N, D250E  
C_F_25-30_none_10 C_F_25-30_none_10 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, A98S, K122E, D123N, E138A, K173A, D177E, I178V, G196V, T200A, Q207T, R211K, V245X, D250DE  
C_F_25-30_none_2 C_F_25-30_none_2 None None   K20R, E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, V60I, K102Q, V118I, K122E, I135T, T165I, K173I, Q174K, T200A, Q207X, R211K, F214L, V245Q, D250E  
C_F_25-30_none_3 C_F_25-30_none_3 None None   K32R, V35T, T39A, E40D, S48T, K122E, K173A, Q174K, D177E, T200TA, Q207E, R211K, K238R, V245Q  
C_F_25-30_none_4 C_F_25-30_none_4 None None   V35T, S48T, V60I, K122E, D123G, S162A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q D76DN 
C_F_25-30_none_5 C_F_25-30_none_5 None None   V35T, E36EA, T39D, S48T, V60I, D121H, K122E, K173T, D177E, T200A, Q207K, R211S, V245C  
C_F_25-30_none_6 C_F_25-30_none_6 None None   V8I, V35K, E36A, T39E, S48T, V60VI, K102KQ, K122KE, I135IV, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245Q  
C_F_25-30_none_7 C_F_25-30_none_7 None None   E28K, K32E, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, I135V, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, D250E  
C_F_25-30_none_8 C_F_25-30_none_8 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K122E, D123S, S162C, K166R, K173A, Q174K, D177E, Q207E, R211K, V245Q  
C_F_25-30_none_9 C_F_25-30_none_9 None None   V8I, V35T, T39X, S48T, V60I, K122E, D123S, K173X, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207K, R211K, V245Q  
C_F_31-40_none C_F_31-40_none None None   V35T, T39N, S48T, I135R, K173A, D177E, T200I, Q207E, R211K, V245Q  
C_F_31-40_none_2 C_F_31-40_none_2 None None   V35T, T39E, S48T, V118I, K122E, D123S, K166KR, K173T, T200A, E204K, Q207E, R211K, F214L, V245Q  
C_F_31-40_none_3 C_F_31-40_none_3 None None   V35T, T39E, S48T, V60I, K103KR, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211RK, V245X  
C_F_41-60_K103N C_F_41-60_K103N None None  K103N V35T, E36D, T39K, S48T, K102Q, K122E, D123N, S162C, K173A, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
C_F_41-60_none C_F_41-60_none None None   V35M, T39E, S48T, K122E, D123S, I135R, K173A, D177E, T200A, I202IV, E203EQ, Q207D, R211K, V241I, V245Q, D250DE  
C_F_41-60_none_2 C_F_41-60_none_2 None None   P4Q, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162C, K173A, Q174G, D177E, I178L, I195L, T200A, Q207E, V245Q, D250E  
C_F_41-60_none_3 C_F_41-60_none_3 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, S162A, K173A, Q174K, D177E, I195IL, G196E, T200A, E204D, R211K, Q242QR, V245Q, D250E  
C_F_41-60_none_4 C_F_41-60_none_4 None None   V35T, T39E, V118I, K122E, D123G, I135R, T165I, K173T, D177DE, I178IM, T200A, E204Q, Q207E, R211K, F214L, V245Q  
C_F_41-60_none_5 C_F_41-60_none_5 None None   V35I, T39A, S48T, K122E, D123G, I142T, K173X, Q174A, D177E, I178IM, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q  
C_F_41-60_none_6 C_F_41-60_none_6 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, E169X, K173T, D177E, T200X, I202V, Q207E, R211K, V245Q  
C_F_41-60_none_7 C_F_41-60_none_7 None None   V35T, E40D, K43R, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V, K173I, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207K, R211K, V245Q, D250E  
C_M_16-24_K103N C_M_16-24_K103N None None  K103N E6EK, K32R, V35T, T39A, E40D, S48T, K122E, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, K238R, V245Q  
C_M_16-24_none C_M_16-24_none None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, T165I, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
C_M_16-24_none_2 C_M_16-24_none_2 None None   V35T, K49R, K122E, S162C, E169K, K173E, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245I, D250N  
C_M_16-24_none_3 C_M_16-24_none_3 None None   E6ED, V35T, E36A, T39E, S48T, K122P, T139TI, K173I, Q174K, D177E, I178V, Q197K, T200E, Q207D, R211K, V245Q, E248D, D250E  
C_M_16-24_T215E C_M_16-24_T215E None None T215E  V35T, T39E, E40A, S48T, D121H, K122E, D123S, T139TS, I142IT, K173T, D177E, I178M, T200A, Q207R, V245Q  
C_M_25-30_none C_M_25-30_none None None   V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, T139TS, K173A, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200A, Q207G, R211K, V245Q  
C_M_25-30_none_2 C_M_25-30_none_2 None None   V35T, E36A, T39E, K64R, K122E, D123S, K166R, K173T, P176T, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
C_M_25-30_none_3 C_M_25-30_none_3 None None   P4S, V35T, T39K, S48T, V60I, V118I, K122E, D123S, I135T, E138A, S162C, K173R, Q174K, T200A, E203D, Q207E, R211K, F214L, V245Q  
C_M_25-30_none_4 C_M_25-30_none_4 None None   V35M, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, A158S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245K, D250E  
C_M_25-30_none_5 C_M_25-30_none_5 None None   V8I, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, S162C, K173A, Q174N, D177E, I178M, T200A, Q207N, R211K, V245Q  
C_M_31-40_K103NP225H C_M_31-40_K103NP225H None None  K103N, P225H K22R, V35T, T39E, S48T, E53D, S162Y, K173A, D177X, G196E, T200A, Q207E, R211K, K238Q, V245Q D123V 
C_M_31-40_none C_M_31-40_none None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, T131X, I135T, I142V, K173T, Q174R, G196GE, T200A, Q207E, R211K, F214FL, V245K, D250E I132H 
C_M_31-40_none_10 C_M_31-40_none_10 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, D177E, I178L, Q197K, T200A, Q207A, R211K, P243Q, V245Q, D250E  
C_M_31-40_none_2 C_M_31-40_none_2 None None   K20KR, V35T, T39N, E40D, S48T, V60I, K122E, D123X, S162A, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
C_M_31-40_none_3 C_M_31-40_none_3 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60VL, K122E, D123N, K173A, I178V, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
C_M_31-40_none_4 C_M_31-40_none_4 None None   K11R, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K49R, V60I, K122E, D123G, K173V, Q174K, D177E, I195L, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245H  
C_M_31-40_none_5 C_M_31-40_none_5 None None   V21I, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
C_M_31-40_none_6 C_M_31-40_none_6 None None   V8I, V35K, E36T, T39E, S48T, V60I, K64R, I135T, K166KR, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K  
C_M_31-40_none_7 C_M_31-40_none_7 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, A158S, T165TI, K173A, T200A, Q207E, R211K, V245X  
C_M_31-40_none_8 C_M_31-40_none_8 None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162A, K173A, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207D, R211RK, V245Q, E248X, D250DE  
C_M_31-40_none_9 C_M_31-40_none_9 None None  F227FL V35T, E36A, T39E, S48T, K104N, K122E, D123S, E169K, K173T, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q  
C_M_41-60_none C_M_41-60_none None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122P, D123N, S162C, K173I, Q174X, D177E, I178V, T200A, E204Q, Q207E, V245Q, E248N, D250E  
C_M_41-60_none_2 C_M_41-60_none_2 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, W88C, A98S, K122E, I159V, K173I, Q174K, T200A, E203D, Q207D, V245Q, D250E  
C_M_41-60_none_3 C_M_41-60_none_3 None None   P4S, K20R, K32R, V35T, E36A, T39E, S48T, V118I, K122E, D123S, T139S, S162C, Q174QK, T200A, Q207A, R211K, F214L, D250DE  
C_M_41-60_none_4 C_M_41-60_none_4 None None   V35X, T39E, S48T, K173A, D177E, G196E, T200A, Q207E, R211RK  
C_M_41-60_none_5 C_M_41-60_none_5 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, E53D, V60I, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, I195K, G196E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q  
C_M_41-60_none_6 C_M_41-60_none_6 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, V111I, K122E, D123S, I135T, K173A, T200A, E204K, Q207E, F214L, V245Q, D250E  
C_M_41-60_none_7 C_M_41-60_none_7 None None   V35K, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, D123S, S162C, K173A, Q174K, G196E, T200A, Q207N, V245Q