Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Abdool Karim (2010)
Title Effectiveness and safety of tenofovir gel, an antiretroviral microbicide, for the prevention of HIV infection in women.
Citation Science
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 94
NumPts 94
Subtype C, A

 

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
120001 120001 None None   V8I, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K275R, E291D, V292I  
120009 120009 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, S162H, K173A, Q174K, V179I, G196E, T200A, I202V, Q207E, V245Q, A272PS, I274IV, E291D, V292I  
120018 120018 None None   V8I, V35M, G45E, S48T, K122E, D123N, K173T, T200A, Q207AV, R211K, V245E, A272P, K277R, E291D, V292I  
120024 120024 None None   V35T, T39AE, S48T, V60I, K122E, D123S, I135V, E138A, I142V, K173R, Q174K, D177E, T200A, Q207I, R211K, F214L, V245Q, A272P, K275R, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I  
120060 120060 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, D177E, I178M, I195L, G196K, T200A, Q207A, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277GR, E291D, V292I P133PS 
120099 120099 None None   V8I, V35T, T39D, S48T, V60I, K122E, D123S, I142V, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207K, R211K, V245Q, A272P, K277R, K281R, T286A, E291D, V292I  
120106 120106 None None   P4T, V35T, E36A, T39K, K43E, S48T, V60I, V118I, K122E, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272S, K277R, T286A, E291D, V292I T253S 
120125 120125 None None  K103N, E138EK V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123N, I142IV, S162A, T165I, K173S, Q174K, Q197H, T200A, I202V, Q207K, R211Q, V245Q, A272P, E291D, V292I  
120146 120146 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, T165V, K166R, K173A, Q174R, D177E, G196E, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272S, K275Q, K277R, R284K, T286A, E291D, V292I  
120149 120149 None None   K11R, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60VI, K122E, D123G, S163T, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K277G, A288AS, E291D, V292I  
120202 120202 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, E138A, K173T, I178M, Q197K, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I  
120207 120207 None None  K103N K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, D123S, K173E, Q174R, D177E, I178L, G196K, T200E, Q207E, R211K, V245Q, E248D, S251N, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
120232 120232 None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123G, K166KR, K173A, Q174K, D177E, T200A, E203ED, Q207A, R211K, V245Q, A272K, K277R, T286A, E291D, V292I  
120233 120233 None None  A98G V35T, T39E, E40D, K43R, S48T, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, D218G, V245Q, A272P, I274V, K275R, K277R, Q278H, K281R, T286A, E291D, V292I  
120234 120234 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123N, K173A, Q174E, D177E, T200A, I202V, Q207D, R211K, P243T, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291A, V292I  
120239 120239 None None   V35T, T39K, S48E, I50V, K122E, D123G, T139A, K173A, Q174R, D177E, Q207E, R211K, F214L, V245Q, D250E, A272S, T286A, V292I  
120250 120250 None None   V35T, T39EG, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, D177E, I178IV, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, I274V, K277R, T286A, E291D, V292I  
120258 120258 None None   P4S, V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, K173A, D177E, T200A, E204D, Q207A, V245Q, A272P, E291D, V292I  
120265 120265 None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48T, V118I, K122E, D123N, I142S, K173A, Q174K, D177E, T200A, K201T, E204K, Q207E, R211K, F214L, V245Q, I257V, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
120266 120266 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, S162A, K173T, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, K275Q, K277R, T286A, E291D, V292I  
120283 120283 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162A, K173T, D177N, T200A, Q207A, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277R, Q278N, K281R, T286A, E291D, V292I  
120284 120284 None None   V8I, K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, K166R, K173A, Q174N, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, V254I, A272S, K277R, T286A, E291D, V292I  
120293 120293 None None  V179D E6N, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, I135T, E138A, S162A, T165I, K173A, Q174R, G196E, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I L100S 
120327 120327 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, D123EG, K166R, K173T, D177E, T200A, K201KR, E204EK, Q207E, I244V, V245Q, D250E, A272P, K275R, K277R, Q278N, T286A, E291D, V292I  
120334 120334 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, I135T, T139S, S162A, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, K277R, E291D, V292I  
120427 120427 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, V118I, K122E, D123S, T139A, K166R, T200A, Q207G, R211K, F214L, V245Q, A272S, K277R, T286A, E291D, V292I  
120476 120476 None None   V35T, T39K, S48T, K104R, K122E, D123S, K173A, Q197H, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, S251N, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
120496 120496 None None   K11R, V35T, T39E, S48T, V60I, K64R, K122E, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K275KQ, K277R, T286A, E291D, V292I  
120503 120503 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, S162CDGY, K166KR, K173AT, D177E, I178IM, T200A, Q207K, R211K, F214FL, K238R, V245Q, E248D, D250E, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
145006 145006 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, D123N, K173V, Q174K, G196E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
145019 145019 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, A158S, K173T, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K275R, V276I, T286A, E291D, V292I  
200014 200014 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, I135V, T165V, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207EG, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200016 200016 None None   V35M, E36A, T39E, S48T, S68SN, K173T, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I  
200023 200023 None None   P4T, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K104R, K122E, D123G, I135V, K173A, Q174K, D177E, I178IV, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I N175ND 
200036 200036 None None   E6K, V35T, T39D, S48T, K122E, D123E, T139M, T165I, K173A, D177E, I178L, T200E, I202V, E203EK, E204R, Q207E, V245Q, A272P, K277R, R284K, T286A, E291D, V292I  
200039 200039 None None  G190GR E6K, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, D177E, T200E, I202V, Q207R, R211K, K238KR, V245Q, A272P, K277R, K281R, T286A, E291D, V292I G112GR 
200040 200040 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, D123E, K166R, F171Y, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277R, T286A, V292I  
200041 200041 None None   K11KR, V35T, E36EA, T39E, E40ED, S48T, V60VI, K104KR, K122E, D123NS, K166KR, K173T, Q174K, D177DE, G196MR, T200A, Q207E, R211RK, V245Q, E248ED, A272AP, T286A, E291D, V292I L279LF 
200042 200042 None None   V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I  
200048 200048 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, I142V, T165I, K173T, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, A272P, V276VI, K277KR, T286A, E291D, V292I  
200051 200051 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, E138A, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, I274V, K275R, Q278N, K281R, T286A, E291D, V292I  
200055 200055 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, S162A, K173A, D177E, Q197EK, T200A, E204EK, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D  
200093 200093 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123G, K173AS, Q174K, D177E, T200A, Q207K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200095 200095 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, I142V, K166R, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200096 200096 None None  V179AD K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K64R, K122E, D123G, I135V, T165I, K173T, Q174R, N175Y, T200A, Q207E, R211K, V245Q, S251I, K275Q, K277R, T286A, E291D, V292I  
200098 200098 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, S162C, K173T, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, P243T, V245Q, A272P, I274V, T286A, E291D, V292I  
200103 200103 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200E, Q207E, R211K, V245Q, E248D, D250K, S251D, A272P, K277R, L279I, E291D, V292I  
200109 200109 None None   E6D, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, S162Y, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, D250E, T286A, E291D, V292I  
200113 200113 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K166KR, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, T286A, E291D, V292I  
200125 200125 None None   P4S, V8I, V35T, T39K, S48T, V60I, K122E, D123G, F171Y, K173A, Q174K, D177E, I202V, Q207K, R211K, V245Q, A272P, K275R, K277R, Q278H, T286A, V292I  
200127 200127 None None   P4S, V8I, V35K, E36A, T39E, S48T, V60I, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272S, K277R, T286A, E291D, V292I  
200129 200129 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173AT, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277KR, L279I, T286A, E291D, V292I  
200131 200131 None None   V21I, V35K, T39E, S48T, V60I, A158S, T165I, K173A, Q174K, D177E, T200A, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200140 200140 None None   V21I, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K101KR, K122E, D123G, I135V, S162C, K173A, Q174K, D177E, E194D, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P, K277KR, E291D, V292I V276VM 
200147 200147 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, Q174K, D177E, T200A, R211K, V245Q, A272S, E291D, V292I  
200150 200150 None None   V35T, T39D, S48T, V60I, K122E, K166R, K173A, Q174R, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272S, K277R, K281R, T286A, E291D, V292I  
200154 200154 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, A158S, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245E, K277R, T286A, E291D, V292I F77FC 
200172 200172 None None   V21I, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, K173A, T200A, Q207G, R211K, V245Q, D250E, K277R, T286A, E291D, V292I  
200185 200185 None None   V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211K, V245Q, D250E, S251C, A272S, T286A, E291D, V292I  
200197 200197 None None   E6K, V35T, E36A, T39E, E40EG, S48T, V60I, K122E, A158S, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200201 200201 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K275R, R284K, T286A, E291D, V292I  
200203 200203 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60I, K122E, D123G, K166R, K173A, Q174K, D177E, G196E, T200A, Q207E, F214L, V245Q, A272P, V276I, T286A, E291D, V292I  
200204 200204 None None  E138K P4S, E6D, V35T, T39K, S48T, K122E, D123S, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207G, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200231 200231 None None   E6D, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K166R, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, E248N, A272P, K277KR, E291D, V292I  
200233 200233 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123DG, S162C, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K281R, T286A, E291D, V292I  
200242 200242 None None   P4S, V35T, E36A, T39D, S48T, V118I, K122E, D123N, E138A, T139A, I142T, T165I, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200245 200245 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, K166R, K173I, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207A, R211K, F214L, A272P, T286A, E291D, V292I  
200256 200256 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, I135T, K173T, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245K, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200267 200267 None None   E6K, K20R, V35T, E36A, T39K, K43E, S48T, V60I, A62T, K122E, D123S, S162Y, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, Q278H, K281R, T286A, A288T, E291D, V292I  
200270 200270 None None   V35T, E36A, T39E, V60I, K122E, I135M, K173A, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P, R284K, T286A, E291D, V292I  
200307 200307 None None   V35T, E36AV, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I142V, K173T, T200A, Q207E, V245H, P247A, A272P, K277T, T286A, E291D, V292I  
200308 200308 None None   K20R, T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K173A, Q174KR, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, S251C, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200320 200320 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, V118I, K122E, D123G, I135V, T139A, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, A272P, K275R, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I  
200326 200326 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D, A272P, K277R, L279LIM, E291D, V292I  
200327 200327 None None   V35T, T39E, S48T, V60I, D121Y, K122E, K166R, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245E, E248D, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I  
200329 200329 None None   K32Q, V35Q, T39A, V60I, K122E, D123S, I135K, K173L, Q174K, I178L, V179I, V189I, Q207E, R211K, I244V, V245Q, D250E, T286A, E291D  
200338 200338 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211T, V245K, R284K, T286A, E291D, V292I D76N 
200357 200357 None None   V21I, V35T, T39A, S48T, I50V, V60I, K122E, D123S, I135IMT, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, L210S, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I  
200362 200362 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, S162Y, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277Q, Q278K, K281R, T286A, E291D, V292I  
200368 200368 None None   V35T, T39A, S48T, K122E, D123G, S162C, K166R, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207N, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286V, E291D, V292I  
200376 200376 None None  V179D K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, A158S, K166R, K173A, Q174K, D177E, L193F, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, D250E, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200399 200399 None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135V, I142T, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207D, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200406 200406 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, K166R, K173T, D177E, T200A, Q207K, I244V, V245Q, E248D, D250E, S251N, K277R, T286A, E291D, V292I  
200407 200407 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, I135V, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, D250E, A272S, K281R, T286A, E291D, V292I  
200408 200408 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207G, R211K, V245Q, S251SN, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I  
200425 200425 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, D123N, K173T, Q174K, I178IM, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, T286A, E291D, V292I  
200490 200490 None None   P4S, V35T, T39E, S48T, K103R, K122E, D123S, K173T, Q174K, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245H, D250E, A272P, K275R, K277R, Q278N, T286A, T290S, E291D, V292I T128TI 
200495 200495 None None   V35T, E36A, T39EK, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L, V245Q, A272P, K277R, E291D, V292I  
200532 200532 None None   V35T, E36EA, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, A158AS, K173A, Q174K, D177E, T200AE, Q207E, R211K, F214L, P243PS, V245KQ, A272P, K275Q, Q278N, T286A, E291D, V292I  
200552 200552 None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, K104R, V118I, K122E, D123N, E138A, T139A, T165I, R172K, K173A, Q174K, T200A, Q207T, R211K, F214L, V245Q, E248D, S251H, K277R, E291D, V292I  
200553 200553 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123S, E138A, K173A, Q174R, G196E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K275Q, Q278N, T286A, E291D, V292I  
200582 200582 None None   P4S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, K173A, D177E, G196M, T200A, E204K, Q207E, F214L, V245Q, A272P, K281R, E291D, V292I  
200585 200585 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, A158S, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, K281R, T286A, E291D, V292I  
200618 200618 None None   V35T, E36A, T39E, K102R, K122E, D123S, T165I, K173T, Q174K, G196E, T200A, Q207E, F214L, V245Q, A272P, K275Q, E291D, V292I  

Database

Resources

Team