Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author Ross (2014)
Title HIV-1 transmission patterns in antiretroviral therapy-naive, HIV-infected North Americans based on phylogenetic analysis by population level and ultra-deep DNA sequencing.
Citation PLoS ONE
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 690
NumPts 690
Subtype B, C, CRF02_AG, A, CRF01_AE, D, CRF24_BG


  Page 1 of 7    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 690 Clinical RT Isolates

SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
100 100 None None   R83K, V90I, K122E, S162C, R211K  
1004 1004 None None   I135T, S162SA, G196E, Q207E, R211K, F214L  
1005 1005 None None   T39E, S48T, V60I, K104KR, K173T, Q174K, T200E, Q207A, F214L N137NT 
1008 1008 None None   R83K, K122KQ, D123DE, D177E, T200A Y144YHPS 
1011 1011 None None   V60I, W88C, I135T, E169D, Q174K, T200V, Q207K, R211T, V245E  
1018 1018 None None   D123E, K173KE, I178IM, V245E  
102 102 None None   D123E, D177DE, I202IV, R211Q, V245E  
1048 1048 None None   D123E, E138A, S162C, V179I, R211K  
1052 1052 None None   T39E, I135T, K173AV, Q174K, D177E, I195IL, T200A, I202V, Q207D, R211K, V245Q  
1053 1053 None None   K49R, D123E, I135IT, S162C, R211T, V245LM  
1057 1057 None None   R83RK, K166KR, T200A, R211K  
1065 1065 None None   T39K, K43E, K122E, D123S, I135T, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S, V245E  
1075 1075 None None  V179E K102KR, K104KN, D121H, K122E, I135L, S162A, T200A, E203D, Q207E, I244V  
1076 1076 None None   D123E, K166R, I178M, T200TI, I202IMV, Q207GR, R211K  
1078 1078 None None  V179D E169D, R211K, F214L, V245KQ  
1079 1079 None None   K49KR, V60I, A98S, D123E, I135V, K166R, E169D, D177E, G196E, R211S, V245M K223KIN 
1091 1091 None None   D86E, A98S, D123E, I142M, Q174K, V245VE  
1113 1113 None None   K122E, D123A, A158S D76DN, D113DN 
1118 1118 None None   V60VI, K122E, E169D, G196E, Q197K  
1139 1139 None None  V179D S68G, V90I, K101R, D123N, I135T, K173N, Q174K, T200A, Q207E, R211RK, F214L  
1153 1153 None None   T39A, S68G, R83K, I135K, S162H, I178L, R211K  
1163 1163 None None   I135V, I142T, S162A, I167IV, E203D, Q207E, R211K  
1174 1174 None None   K49R, I50V, K64R, D123E, T165I, E169D, Q174K, G196E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245VEKM  
1208 1208 None None   E53D, K122KE, D123E, K173KR, T200AE, R211K, F214FL  
1221 1221 None None  K103N D86E, A98S, I135V, S162C, R211K, P243ST  
1223 1223 None None   V60I, T69TI, A98S, I135V, G196E, P243T  
1304 1304 None None   I50V, K64R, Q207A, R211K, F214L I47IM 
1305 1305 None None  V108VI, G190GA K66KE, S68SG, K103KR, K104KR, K122AEPQ, I135IT, I142IV, S162SC, G196GE, T200TA, F214FL, V245VA P176PHQ 
139 139 None None   Q174R, G196E, Q197K, R211K, F214L  
144 144 None None   K122E, D123G, S162C, K173KE, I178ILM  
148 148 None None  K103N I178M, Q197QH, R211K, V245Q  
149 149 None None   K64KR, K122E, D123DE, K173R, Q207A, R211K  
153 153 None None   K122E, I135T, T139A, I142V, S162C, V245HQ  
176 176 None None   V118I, D123E, Q174H, T200I, R211K, F214L, V245M  
194 194 None None   R83K, K122E, I135V, S162C, T200A, E204D, R211RK, V245M  
227 227 None None  K103KN V60I, D123DE, I132IL, I135T, S162A, F171Y, I195IM, T200I, R211K, F214L  
234 234 None None   I135T  
241 241 None None   S162C, D177E, Q197E, Q207EG, V245VM  
27 27 None None   T69S, K102KQ, V118I, I135T, K166R, T200TA, Q207E, R211RK, F214L  
286 286 None None   V90I, A98S, D123E, S162A, D177DE, I178IM, Q207E, R211K  
33 33 None None   S68G, I135V, S162C, G196E, L228Q, V245MT  
37 37 None None   K49R, V60I, R83K, I135V, T165I, I202V, R211K  
381 381 None None   I135V, K173N, V179I, R211RG, V245KQ  
419 419 None None   K82R, R83K, K122P, D177DE, T200TA, R211K  
421 421 None None   R83K, D123E, R211K  
424 424 None None   V60I, S162C, D177E, T200E, Q207E, R211K, V245E  
434 434 None None   T69S, I135T, T139TA, R211K  
438 438 None None   T39A, K49KR, R83K, V118VI, K122KE, D123DE, I135K, I178IL, G196E, V245VM  
453 453 None None  E138EK R83RK, K102Q, K103KR, K104KR, K122E, I142IT, K166R, K173R, T200E, I202V, Q207EG, R211K T216TR 
458 458 None None   R83K, D123E, I135V, S162SC, I178M, I202IV, R211K, P243PH, V245E  
474 474 None None   K101Q, D123E, I135L, E138G, D177DE, V179I, G196GE, V245M  
51 51 None None   R83K, V118I, K122KE, I135T, F214L, V245E  
514 514 None None   V60I, I135T, V245E  
539 539 None None   I135V, S162C, I178M, T200I, F214FL  
55 55 None None   E53D, V60I, I135T, I178M, R211K, V245E L149LP 
564 564 None None T215C  S68N, I135T, S162C, G196E, R211T  
569 569 None None   K104KR, K122E, S162C, Q174QR, V189VI, T200A, I202V, Q207EG, R211RG, V245I  
572 572 None None   K49R, R83K, V245M Q161QP 
58 58 None None   S162C, D177E  
586 586 None None   V60I, K104R, V118I, D123E, I135T, T165I, D177E, F214L, V245Q  
593 593 None None   T39A, K49R, I142A, K173T, T200TIR, R211K  
594 594 None None   T39K, Q174H, I178IM, Q207K, R211E, V245K  
611 611 None None  V179D K122KE, I135IT, I142IMT, G196E, T200TA, E204A, Q207E, R211K, F214L  
634 634 None None   R83K, V118I, I135T, E138A, T165TI, R211G, F214L, V245L  
644 644 None None   V60I, A98S, K104N, K122E, I142IT, T200K, R211A, H235Q  
652 652 None None   S68SG, I135T, S162C, Q174QK, N175NH, I178IM, T200A, L210LF  
664 664 None None   D121C, K122E, S162C, D177E, Q207E, R211RK, V245E D113DN 
679 679 None None   S68G, K122P, K166R, K173Q, D177E, I178L, V189I, V245N  
681 681 None None   V60I, T69S, R83K, K122E, K173E, Q207E  
684 684 None None   T39K, K43E, V60I, S68G, D121H, K122E, D123S, I135R, K173IT, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S, K238R, V245E  
695 695 None None   A98S, K102Q, K122E, D123DE, T165I, R211K  
698 698 None None  K101KE K122E, I135R, K173Q, V245K  
710 710 None None   K122E, K166KR, I178M, T200A, R211RK, F214FL, V245E  
719 719 None None   R83K, D123DE, I135T, E138A, S162CY, P243T  
74 74 None None   R83K, I135T, S162SC, R172RK, D177E, R211K  
756 756 None None M184MV  R83RK, K102Q, N175H, D177E, I178IM, Q207QE, R211K, V245VE  
765 765 None None   K104KR, K173E, F214L, V245M  
777 777 None None   K122KE, L193LF, I195M, G196E, E204D, V245T  
781 781 None None   D123N, S162C, E169D, Q207E, R211K, V245E  
795 795 None None   V60VI, R83K, T165I, E169D, T200A, I202IV, Q207A, R211K  
801 801 None None   V90VI, K122E, Q197E, Q207N, R211K  
809 809 None None   D123E, I142T, D177E, I178M, E194D, I195L, R211K  
815 815 None None   S48T, S105SA, K122E, G196E, T200TA, Q207E, R211K, I244IV, V245M  
819 819 None None   K103R, K122E, I135V, S162C, E169D, V179I, R211K  
822 822 None None   V60I, S68G, I135T, K166KR, D177E, V245T  
825 825 None None   D123E, I142IM, F171Y, Q174QH, T200A, V245E  
842 842 None None   I50V, S68G, K122KE, D123E, E169D, I178L, G196E, T200A, V245E  
843 843 None None   V118I, K122KE, T200I, R211K, F214L  
849 849 None None   R83K, V118VI, K122KN, D123E, K166R, R211K, V245Q  
850 850 None None   D86E, K122P, D123E, I135V, S162A, E169D, K173T, Q174K, D177E, I178IM, T200A, Q207E, R211RK D186DN 
86 86 None None   A98S, K122E, I178M, R211K, P243T, V245E  
87 87 None None   E53ED, K173KR, D177DE, I178M, R211RK, V245K  
873 873 None None   T39A, K49R, K122E, I135T, E169D, T200E, I202V, R211RK R172R* 
876 876 None None   K122E, D123S, I178V, T200A, Q207QR, R211EK  
879 879 None None   R83K, Q174QL, G196K, Q197E, T200A  
883 883 None None  V179D V60I, R83K, K102M, K122P, S134SG, E138A, I142T, K173E, D177E, I195IM, Q207K, V245K  
888 888 None None   K102Q, D121Y, K122E, I135A, S162Y, Q197E, R211K, V245VEKM  
892 892 None None   T200I, Q207K, R211S, V245K  
908 908 None None   T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, I135R, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q  
911 911 None None   D86DE, V90VI, A98AS, K102KQ, K122KE, E138A, I142IT, S162C, I180IV, R211RK