Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author Meixenberger (2014)
Title Assessment of ambiguous base calls in HIV-1 pol population sequences as a biomarker for identification of recent infections in HIV-1 incidence studies.
Citation J Clin Microbiol
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 2203
NumPts 2203
Subtype B, CRF02_AG, A, C, CRF01_AE, G, F, CRF12_BF, D, CRF20_BG, CRF18_cpx, CRF06_cpx


  Page 1 of 23    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 2203 Clinical RT Isolates

SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
00-00260 00-00260 None None   T27S, D123E, E138A, I142T, K166R, I202V, R211K, K277R  
00-00970 00-00970 None None   K11R, T39A, R83K, S162C, D177E, I178L, I195L, G196E, Q197L, T200I, Q207H, R211K, A272P  
02-00055 02-00055 None None   K49KR, K82KR, A98AS, K101KR, D123E, E169D, D177G, Q207H, R211K, A272P, K277R  
02-00180 02-00180 None None   S48T, Q207E, R211K, F214L, V245Q, K277R  
02-00622 02-00622 None None   S68G, K103R, S162C, R211G, T286P  
02-00641 02-00641 None None   K11R, D123E, S162C, T200V, R211K, A272P, K281R  
02-00679 02-00679 None None   K11R, K20R, V35I, R83K, A98S, K122E, I135T, A158S, V245E, V276I  
02-00732 02-00732 None None   V60I, R83K, I135T, S162Y, T200I, R211K, A272P, K277R, A288T E42K, D185N 
03-00127 03-00127 None None   D123E, I135T, N175Y, G196E, T200I, Q207A, V245K, A288S Y56YF 
03-00136 03-00136 None None   K20R, K103R, T200I, Q207E, R211K, F214L, V245EK, K277R  
03-00148 03-00148 None None   S68G, K122P, I135T, D177E, T200A, R211K, K277R, T286A  
03-00336 03-00336 None None   I135V, S162A, K173Q, T200A, E203D, Q207E, R211K, V245M, A272P, K277R, L283I  
04-00370 04-00370 None None T215S  K20R, V35T, R83K, K122E, I142V, D177E, Q207E, V245A, A272P, K277R, T286P  
04-00518 04-00518 None None   E6ED, V60I, D123E, I142V, T200I, R211K, V245EK, K277R  
04-00611 04-00611 None None T215A  V35I, R83K, A98S, I135M, S162Y, R211G, V245M, A272P, K277R  
04-00720 04-00720 None None   V35T, V60I, K122KE, I135LV, I142V, R211K, A272P, K277R, L283I  
05-00148 05-00148 None None   V35I, S68G, D123E, I135T, I178V, G196E, R211RK, F214L, V245E, K275Q, V276I  
05-00282 05-00282 None None  V179D S68G, K122R, E169D, T200A, R211K, K277R, A288S  
05-00501 05-00501 None None   K20KR, V118VI, I135T, S162SC, T165TI, R211G, F214L, V245I, K277R, T286A, A288S  
05-00576 05-00576 None None   I135T, V189I, V245M, K277R, T286A  
05-00604 05-00604 None None   K20R, D123E, D177E, T200A, Q207R, R211K, V245M, D250E  
05-00638 05-00638 None None   I135V, R211K, V245K, T286A  
05-00981 05-00981 None None   K20R, K122E, D177E, F214L, A272P, V276VI, K277KR  
05-01170 05-01170 None None   V8VI, K64KR, K122KE, D123N, S162C, P176Q, T200A, R211K, A272P, K277R, A288AS T253S 
06-00052 06-00052 None None   V35T, K49KR, A98S, K122E, K173R, T200I, Q207E, R211K, V245I, K277R, T286A, A288AS  
06-00178 06-00178 None None   D121H, K122E, I135IM, D177E, I178V, A272P, K277R, T286A  
06-00544 06-00544 None None   K11T, D121H, K122E, D123S, I135T, S162C, D177DE, I178IM, G196E, V245VE, A272P, K277R, T286P  
06-00635 06-00635 None None   K173E, I178M, E204K, R211S, V245M, S251I, A272P  
06-00668 06-00668 None None   D121DH, D123DE, S162C, F171Y, V179I, T200A, W212WG, V245E, A272P, K277R  
06-00856 06-00856 None None   K49R, V60I, D123E, I135T, I178M, A272G, K277R  
06-00875 06-00875 None None  V179E E36D, D123E, I135V, S162A, K173V, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211RK, P243PS, V245Q, K277R, T286A, E291D  
06-00888 06-00888 None None   V35T, T39A, V60I, A98S, D177G, R211K, T286A  
06-00921 06-00921 None None   V35T, S162C, T200I, R211A, S251H, K277R  
06-01006 06-01006 None None   D121H, K122KE, I142V, I180V, Q207E, R211K, V245T, K277R, T286A  
06-01017 06-01017 None None   A98S, K122A, A158S, I178V, V245E, A272P, K277R  
07-00185 07-00185 None None   E6D, D123N, S162A, Q174N, I178M, T200A, R211Q, D237E, D250E, S251H, K277R, A288S  
07-00364 07-00364 None None  G190A E6D, K122E, I142V, S162A, F214L, T286A, A288S  
07-00376 07-00376 None None   V35T, T39A, S48T, V60I, A98S, K122E, D123N, I135K, K173A, Q174K, I178L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, E291D  
07-01003 07-01003 None None M184V  K11KR, V35X, A98S, I135T, S162C, T200I, R211A, K277R  
07-01074 07-01074 None None   V35T, K43R, D123E, I135T, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245E, S251C, T286A  
07-01138 07-01138 None None   D123E, I135IT, I142IV, S162Y, T200S, Q207E, R211RK, V245E, K277R  
08-00284 08-00284 None None   R83K, D123E, I135T, S162C, E169D, D177E, T200A, R211K, V245I, K277R  
08-00296 08-00296 None None   K20R, T39A, I142T, S162C, R211A, K277R, T286A, A288S  
08-00337 08-00337 None None  K103N, E138EK K20R, V118I, T165TI, K173E, D177N, T200A, R211RK, F214IL, V245KPQT, K277KR, A288S, E291Q  
08-01517 08-01517 None None   K102Q, D123DN, I135T, T165I, F214L, V245M, A272P, V276I, K277KR  
08-01543 08-01543 None None   D123E, K173T, Q174QR, P176PQ, D177E, T200A, I202V, E203EG, R211K, F214L, V245E, A272P, K277R  
08-01977 08-01977 None None   T27TS, V35I, I135V, S162C, Q207E, R211K, V245M, K277R, A288S  
08-02260 08-02260 None None   E6D, K173E, I178M, T200I, Q207D, V245M, E248D, T286A  
08-03089 08-03089 None None   K122E, D123N, I135T, D177E, I202V, R211Q, A272P, K277R  
08-03555 08-03555 None None   V35T, D123E, I135V, D177E, G196E, Q207E, R211K, V245M, A288S  
08-03749 08-03749 None None   I135V, G196E, Q207E, R211I, K277R, A288S  
08-03876 08-03876 None None   E6D, V35T, T39K, K43E, K102Q, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174N, D177E, T200A, Q207A, R211S, K238R, V245E, A272P, I274V, T286A, E291D  
08-03972 08-03972 None None   I135V, Q174K, G196E, T200I, E204D, R211S, F214L, V245I, A272P  
09-00453 09-00453 None None   V35VAIT, T39TA, R83K, I135T, S162C, I178L, I202V, Q207K, R211EG, V245E, E248D, A272P, K277R  
09-00740 09-00740 None None M41L, T215D  T7P, A98S, S162C, R211RK, L228H, V245E, K277R, L283I, A288S S251SCNY 
09-00775 09-00775 None None   E6K, K49R, V60I, K122E, I135T, S163A, K166T, K201R, I202V, L210F, R211K, A272P, K277R, T286A  
09-01194 09-01194 None None   K49R, K122E, I178M, G196E, Q197K, Q207R, R211Q, K277R, E291D  
09-01311 09-01311 None None   K122E, D123N, I135T, K166KR, D177E, I202V, R211Q, A272P, K277R  
09-01318 09-01318 None None   D123E, D177DE, I178M, R211K, V245E, E248ED, D250DN, S251SN, K277KR, T286A  
09-01462 09-01462 None None   K11R, K20R, V35I, R83K, A98S, K122E, I135T, D177E, V245E, V276I  
09-01466 09-01466 None None   I135T, S162C, R211K, V245VG, K249KQ, K263KR, A272AP, K277R, T286TA  
09-01655 09-01655 None None   K20R, T39A, K122E, I135T, T139TA, S162C, G196E, I202V, R211A, F214L, A272P, K277R, T286A, A288S  
09-01681 09-01681 None None   R83K, D123E, I135T, I178IL, Q207QR, R211RG, V245K, A272P, V276T, K277R  
09-01724 09-01724 None None   A98AS, D123E, E138A, I142V, I178M, Q207L, R211K, V245E, A272P, K277KR, T286A  
09-02071 09-02071 None None   E6D, K11KR, T27S, K122KE, D123E, E138A, I142IT, I202V, Q207E, R211RK  
09-02128 09-02128 None None   V35T, E36D, D123EK, I135T, S162A, K173T, Q174T, D177E, T200A, Q207E, R211RK, V245E, S251C, K277KR, T286A  
09-02735 09-02735 None None   V35T, V60I, K122E, D123T, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, E194D, T200A, Q207A, R211K, V245I, D250E, T286A, E291D K32K* 
09-02961 09-02961 None None   V35T, E36D, V60I, I135V, S162A, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, D250E, K277R, T286A  
10-00274 10-00274 None None M41L, T215S  K32KN, V60I, K122P, I135R, I178V, G196GE, Q207E, R211K, V245T, Q278H, T286A  
10-00418 10-00418 None None   V35E, V60VI, S68G, D123E, I135V, T139K, S162C, T200R, R211K, V245M, A272P  
10-00425 10-00425 None None   K64R, D123E, K173L, Q174K, D177E, V179I, E194D, T200A, Q207A, R211S, V245I, D250E, A272P, K277R, K281R, T286A, E291D  
10-00457 10-00457 None None   I135T, K166R, K173E, I178M, V179VI, E204K, R211S, V245M, D250E, S251I, A272P  
10-00783 10-00783 None None V75L, F77L  E6K, K103KR, V118I, K122E, I135T, T165TI, E169EK, K173KE, Q207E, R211Q, F214L, K238KR, V245E, A272P  
10-00852 10-00852 None None   K20R, V35I, R83K, K122KE, D123DE, I135T, T200TI, A272P, V276I, K277R  
10-00989 10-00989 None None   D123E, I180V, F214L, V245K, A272P, K277R  
10-01223 10-01223 None None   V35T, E36ED, V60I, K122E, D123DN, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178LM, Q197QE, T200A, Q207E, P243PS, V245T, E248D, D250DE, A272P, K281R, T286TA, E291D  
10-02036 10-02036 None None   I135T, I202V, R211K, F214L, A272P, K277R, Q278H  
10-02083 10-02083 None None   V35I, S68G, K122E, I178M, G196E, A272P, K277R, T286A  
10-02311 10-02311 None None   E6K, K102Q, K166I, N175H, T200I, R211K, A272P, E291D  
10-02597 10-02597 None None   K122E, P176T, D177E, I178M, G196E, F214L, V245E, A272P  
10-02600 10-02600 None None V75L, F77L  P9PS, K49KR, K101R, V118I, K122E, I135T, T165I, E204EK, Q207E, R211H, F214L, V245E, E248ED, K249R, A272P, T286A  
10-02606 10-02606 None None   V35T, D123E, I135V, D177DE, I178IMV, V245L, A272P, K277KR, L283I  
10-02721 10-02721 None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, S134SN, I135T, K166R, K173A, T200A, Q207T, R211K, V245Q, A272P, K277R, E291D  
10-02737 10-02737 None None T215D  E40A, K43E, S68G, S162C, T200S, E204EGKR, R211RK, K277R  
10-02778 10-02778 None None   V35L, K64R, D177E, T200I, Q207K, R211K, A272P, K277R, T286A  
11-01366 11-01366 None None   K20R, D123E, I135IT, G196GE, E204D, R211A, F214FL, A272P, V276I, K277R, K281KR, T286A  
11-02873 11-02873 None None  K101EQ V35M, V60I, R83K, K102Q, K103KR, K104KR, E138A, S162C, I178L, T200TA, Q207A, R211K, A272P  
11-03331 11-03331 None None   K49R, D123N, E169D, D177E, R211K, V245M, D250E, A272P  
11-03847 11-03847 None None   V60VI, D123E, I135T, S162C, Q197QL, T200TAIV, Q207QR, R211REGK, V245E, A288S  
11-04224 11-04224 None None   V35I, V60I, R83K, I135T, D177E, G196E, T200I, Q207QDEH, A272P  
11-04228 11-04228 None None   V35I, I135L, S162C, P176AT, D177N, T200I, R211K, V245M, D250E, A272P, K277R  
12-00037 12-00037 None None   V60I, S68G, D123E, I135T, S162A, I178V, I195L, T200A, Q207D, R211K, K277R, A288S  
12-00569 12-00569 None None M41L, T215S  V60I, K122P, I178IV, Q207E, R211K, V245T, K277R, Q278H, T286A  
12-00781 12-00781 None None   R83K, T107S, K122E, D177G, V179I, Q197R, T200E, Q207E, R211K, V245E, A288S  
12-02073 12-02073 None None   I31IV, S68G, T69N, K122E, D123E, S162C, D177E, I178L, I195L, Q197K, T200A, R211K, A272P  
12-02447 12-02447 None None   K20R, V60I, K103R, K122E, G196E, Q207E, F214L, V245M, D250E, A272P, T286A, A288S  
12-02689 12-02689 None None   E6D, V10VI, V35T, I135T, I178M, T200A, E204N, R211K, I257IV S3SG 
12-03556 12-03556 None None   D121Y, K122E, S162C, I178M, G196E, R211G, V245E, A272P, K277KR, A288S  
98-04222 98-04222 None None   V60I, S68G, K122Q, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207D, R211K, V245E, A272P, K277R, T286A  
99-01409 99-01409 None None   K20R, V60I, I135T, F171Y, I178M, T200A