<!--#if expr="$title" --> <!--#echo var="title" --> <!--#else --> HIV Drug Resistance Database <!--#endif -->
Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Chung (2014)
Title Oligonucleotide ligation assay detects HIV drug resistance associated with virologic failure among antiretroviral-naive adults in Kenya.
Citation JAIDS
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 159
NumPts 159
Subtype A, C, D, B, G, CRF10_CD, CRF01_AE

 

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Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 159 Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
187M18_NZR49 187M18_NZR49 None None   K32R, V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123N, K173A, D177E, G196K, Q197E, T200A, Q207E  
234M6_OAApool 234M6_OAApool None None K65KR, M184MIV Y181C I31IL, V35T, K49R, V90I, K122E, S162N, T165I, D177E, I178M, T200I, Q207E, R211K  
241M18_NZR50 241M18_NZR50 None None   K11T, V35T, V60I, D121Y, K122E, I135T, I142V, K173L, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S D86DY, S134SI 
495M18_NZR54 495M18_NZR54 None None M184V K101E, Y181C P4H, E28A, V35T, E40D, K43R, K122E, D123S, K173V, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
JEF32_RT_113e JEF32_RT_113e None None M184MIV K103KN, V106VA, Y181YC V35T, T39A, E40D, K49KR, V60I, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S, F214L  
JEM32_RT128 JEM32_RT128 None None   V35T, E36A, T39D, V60I, K173A, Q174K, D177E, I178M, Q207E, R211RK  
JFL31_RT224 JFL31_RT224 None None   V35T, K49R, V60I, D121H, K122E, I135IT, D177E, T200TI, Q207E, R211K  
JFL31_RT_224 JFL31_RT_224 None None   V35T, K49R, V60I, D121H, K122E, I135R, D177E, T200TI, Q207E, R211K  
JFL32_RT225 JFL32_RT225 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K173A, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207E, R211K  
JFL33_RT228 JFL33_RT228 None None  K103KN V35T, T39A, V60I, K122E, I142IT, A158S, D177E, I178M, T200TA, Q207EG, R211K  
JFL34_RT229 JFL34_RT229 None None   V35T, S48Q, V60I, D121H, K122E, K173S, Q174K, D177E, I178V, V179I, G196E, Q207A, R211S  
JFL36_RT236 JFL36_RT236 None None   V35T, T39N, E40ED, V60I, D121H, K122E, I135IT, I142V, K173A, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
JFL39_RT248 JFL39_RT248 None None   V35T, V60I, K122E, D177E, Q207E, R211K  
JFN32_RT263 JFN32_RT263 None None   V21VI, V35T, E40D, V60VI, D121H, K122E, D123S, E138A, K173S, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
JFN33_RT267 JFN33_RT267 None None   V35T, E36ED, T39TK, V60I, K122E, D123G, K173L, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
JFN35_RT283 JFN35_RT283 None None   V35T, V60I, K122E, D123N, I135T, K173L, Q174K, D177E, V179VI, T200TA, E204Q, Q207A, R211K  
JFN36_RT286 JFN36_RT286 None None   V35T, T39IM, E40K, V60I, D121Y, K122E, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S, F214FL  
JFN37_RT288 JFN37_RT288 None None   T27TS, V35T, T39KN, V60I, K122E, D123N, I135T, I142V, S162C, Q174QK, D177E, E204D, Q207A, R211RK  
JFN38_RT289 JFN38_RT289 None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K104R, K122E, D123GS, K173A, D177E, T200A, Q207PT, R211K  
JFY41_RT305 JFY41_RT305 None None   K32R, V35T, E40D, K49R, V60I, K166R, E169D, Q207E, R211K  
JFY45_RT325 JFY45_RT325 None None   K20R, K49KR, V60I, K122E, D123DG, D177E, I178IM, Q207E, R211K  
JFY47_RT338 JFY47_RT338 None None   K11T, V35T, E36EA, T39TAEK, K43KR, D121H, K122E, D123S, I135T, S162C, E169D, K173S, Q174K, D177E, G196E, Q207A, R211S  
JFY51_RT344 JFY51_RT344 None None   V35T, T39L, V60I, D121H, K122E, I135T, K173S, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
JFY52_RT345 JFY52_RT345 None None   V35T, K49KR, V60I, K122E, D123DN, D177E, I178M, T200IM, Q207D, R211K  
JGA31_RT355 JGA31_RT355 None None   V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, T139S, K173S, Q174K, D177DE, T200TA, Q207A, R211S  
JGA32_RT360 JGA32_RT360 None None M41L K103KN V35K, I50V, V60I, K64KR, T69TN, W88C, K122E, D123S, I135T, I142L, K173S, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
JGA33_RT371 JGA33_RT371 None None   V35T, V60I, K104KR, D121H, K122E, I135T, K173S, Q174K, I178M, V179I, T200TS, Q207A, R211RS  
JGA34_RT372e JGA34_RT372e None None   K11T, K32Q, V35T, K49R, K122E, D123NS, I135T, E169ED, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A  
JGA35_RT374e JGA35_RT374e None None   V35T, V60I, D121HY, K122E, D177E, I178V, G196E, T200A, Q207E, R211K  
JGA37_RT391e JGA37_RT391e None None   K11Q, V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, K173A, Q174K, D177E, V179I, G196E, T200I, Q207A, R211S  
JGE31_RT404e JGE31_RT404e None None   V35T, E36A, T39AE, E40ED, K43R, V60I, D121H, K122E, D123E, I135T, Q145C, S162H, K173L, Q174K, D177E, V179I, Q197QE, T200A, Q207A, R211S  
JGE35_RT441 JGE35_RT441 None None   K11R, V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, K173AS, Q174K, D177E, I178IM, Q207A, R211S  
JGE36_RT445 JGE36_RT445 None None   V35T, K43R, E44D, V60I, S68G, D121H, K122E, I135T, K173A, Q174K, D177E, V179VI, T200A, Q207A, R211N  
JGE38_RT450 JGE38_RT450 None None   V35T, V60I, D121DH, K122E, D123DGNS, I142IT, K173A, Q174KR, D177E, I178IL, V179I, T200A, Q207A, R211S  
JGH31_RT464 JGH31_RT464 None None   V35T, V60I, D121H, K122E, K173X, Q174K, D177E, Q207A, R211K  
JGH37_RT492 JGH37_RT492 None None   K20R, V35T, T39EQ, K122E, D123S, I142IT, K173S, Q174K, N175NH, P176K, G196E, T200A, Q207A, R211S S3N 
JGH39_RT499 JGH39_RT499 None None   P4H, I5V, K11KQ, V35T, V60I, D121H, K122E, I135T, I142IV, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
JGH41_RT184 JGH41_RT184 None None  G190GA V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, S162HY, K173L, Q174K, D177E, V179I, Q207E, R211RS  
JGK35_RT149 JGK35_RT149 None None   V35T, V60I, K122E, D123DGNS, I135T, K173S, Q174K, D177DE, V179I, Q207N, R211S  
JGK36_RT155 JGK36_RT155 None None   P4PT, I5V, V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, I142V, D177E, I178M, Q207EG, R211K  
JGK38_RT162 JGK38_RT162 None None   V35T, V60I, K122E, D123S, I135T, K173LS, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207D, R211K  
JGK42_RT186 JGK42_RT186 None None   K32R, V35T, V60I, K122E, I135T, K173S, Q174K, V179I, Q207A, R211S  
JGK43_RT187 JGK43_RT187 None None   K20KR, K32KR, V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123EK, K173A, D177E, G196K, Q197E, T200A, Q207E  
JGK44_RT199 JGK44_RT199 None None M41ML, D67N, L74LV, M184V K103N, Y181C K20R, V35T, T39TI, E44D, S48ST, K49R, V60I, V118VI, K122E, D123E, R172RK, D177E, I178M, T200A, E203K  
JGK46_RT208 JGK46_RT208 None None   V21VI, V35T, V60I, D121H, K122E, I135T, K173S, Q174K, V179I, Q207A, R211S  
JGK47_RT213 JGK47_RT213 None None   V35T, S48T, K49R, V60I, D121H, K122E, I135T, T165I, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
JGK48_RT215 JGK48_RT215 None None   V21VI, V35T, V60I, K122E, D123S, K126Q, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
JGK49_RT219 JGK49_RT219 None None   V35T, T39K, E40D, K49R, V60I, K102KR, K122E, I178M, T200M, Q207E, R211K  
JGN31_RT401 JGN31_RT401 None None  K101KE, Y181YC, G190GA V35T, V60I, K122E, D123N, I135T, E138EG, K173AS, Q174K, D177E, T200TS, Q207A, R211S, H221HY  
JGN35_RT465 JGN35_RT465 None None   V35T, E36ED, E40ED, V60I, D121H, K122E, I135IT, A158AS, S162SACG, K173S, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K  
JGN36_RT110 JGN36_RT110 None None   E6EK, K11E, K20KR, V35T, T39TIM, V60I, D121Y, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, Q207D, R211S  
JGN37_RT133 JGN37_RT133 None None   V8I, K11Q, V35T, V60I, D121H, K122E, D123S, K173LS, Q174K, D177E, V179I, T200AE, Q207A, R211S  
JGN38_RT207 JGN38_RT207 None None   V21I, V35T, V60I, D121HY, K122E, D123E, I135T, S162Y, K173LS, Q174K, D177E, V179VI, Q207A, R211N T84K 
JIG30_RT335e JIG30_RT335e None None   V35T, T39L, V60I, K122E, D123DE, I135T, K166I, I178M, T200A, Q207EG, R211K  
JIG31_RT315e JIG31_RT315e None None   V35T, T39G, T69S, V106I, K122E, D123N, K173A, D177E, V179I, T200A, Q207S, R211S  
JIG32_RT342e JIG32_RT342e None None   V35T, E40D, K49R, V60I, K122E, D123S, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q207K, R211S  
JIG33_RT344e JIG33_RT344e None None   V35T, T39L, V60I, D121H, K122E, I135T, K173S, Q174K, V179I, T200A, Q207A, R211S  
JIG36_RT400e JIG36_RT400e None None   V35AT, K49R, V60I, E169D, D177E, T200I, E204Q, Q207E, R211K  
KAX_37_KA301e KAX_37_KA301e None None   V21I, V35T, T39TS, V60I, K122E, I135T, K173LS, Q174K, T200A, Q207E  
KAY_37_KA322e KAY_37_KA322e None None   V35K, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123GS, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K  
KBT_31_KA310e KBT_31_KA310e None None  V108I K20R, V21L, K32Q, V35T, K43R, V60I, K122E, D123S, I135T, S162N, K173A, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
KDP31_RT_108e KDP31_RT_108e None None   E6K, K11T, V35T, E36A, T39E, S48T, K103R, K122E, D123G, A158S, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K  
KDP33_RT_123e KDP33_RT_123e None None   K20R, V35T, V60I, K122E, D123DGNS, I135T, I142IV, K173AV, Q174K, G196R, Q197E, Q207A, R211K  
KDP_38_KA131e KDP_38_KA131e None None   E28A, V35T, E40ED, V60I, D121H, K122E, D123S, I135T, Q145C, K173L, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S K11V 
KEL36_RT_148e KEL36_RT_148e None None   V35T, E36EA, T39E, K43R, S48E, D123DN, K173A, Q174K, D177E, T200A, I202IV, Q207A, R211S  
KEL38_RT_153e KEL38_RT_153e None None   V35T, V60I, K122E, I135V, I142V, K173I, Q174K, D177E, I178M, T200A, R211N  
KEL39_RT_156e KEL39_RT_156e None None   V35T, T39IM, V60I, K122E, D123N, I135T, K173AS, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S  
KEL_34_KA142e KEL_34_KA142e None None   K11A, V35T, T39TA, E40ED, V60I, D121H, K122E, D123S, I135T, I142V, K173S, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S  
KEW32_RT_160e KEW32_RT_160e None None   V35T, T39M, V60I, K101Q, K122E, D123N, I135R, K173S, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
KEW39_RT_171e KEW39_RT_171e None None   V35T, E36A, T39D, V60I, K122E, D123S, T139A, I142V, S162C, D177E, T200A, Q207E, R211K  
KFN39_RT_182e KFN39_RT_182e None None   V35T, T39MR, V60I, D121H, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, V179I, Q207A, R211S  
KGK31_RT_188e KGK31_RT_188e None None   V35T, E36A, T39E, S48T, E53D, K122E, D123S, I135T, S162AD, K173AT, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
KGK32_RT_189e KGK32_RT_189e None None   V35T, K49R, V60I, K122E, K173T, D177E, T200A, Q207E, R211K  
KGK41_RT_200e KGK41_RT_200e None None   K11T, V35T, V60I, T69N, K122E, D123DG, I135T, I142IV, K173L, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
KGL36_RT_210e KGL36_RT_210e None None   E28A, V35T, T39S, V60I, K103KR, V118VI, K122E, D123S, I135T, K173T, Q174T, T200A, Q207E, R211K, F214L  
KGL37_RT_211e KGL37_RT_211e None None   K11T, V35T, T39IL, S48T, V60I, D121H, K122E, D123S, I135T, T165I, K173S, Q174K, V179VAIT, T200A, Q207A, R211S, F214L  
KGL_38_KA214e KGL_38_KA214e None None   V35T, T39M, V60I, D121HY, K122E, D123E, I135T, K173KR, D177DE, V179VI, Q207E, R211K  
KTA_31_KA120e KTA_31_KA120e None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, I135T, Q145H, K173A, D177Q, I195IL, G196K, T200E, Q207E  
KTA_32_KA127e KTA_32_KA127e None None   V60I, D121Y, K122E, D177E, I178M, Q207E, R211K V106DE 
KTA_34_KA152e KTA_34_KA152e None None   V8I, P14A, V35T, E36A, T39D, K122E, D123G, Q145C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
KTA_36_KA231e KTA_36_KA231e None None   K11KN, V35T, S48T, K49R, V60I, K101R, D121H, K122E, D123E, I135T, K166KR, E169D, K173LS, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211S  
KTA_42_KA243e KTA_42_KA243e None None   P4H, K11KQ, V35T, E40D, K49R, V60I, V106VI, T107S, T139A, S162C, Q207E, R211K  
KTF_32_KA246e KTF_32_KA246e None None   V35T, T39I, K49R, V60I, K104KR, D121Y, K122E, D123G, D177E, I178M, T200I, Q207E, R211K  
KTF_34_KA249e KTF_34_KA249e None None   K11T, K20KR, V35T, V60I, K122E, D123N, I135T, E138EA, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207K, R211Q, F214L  
KTF_42_KA261e KTF_42_KA261e None None   K32R, V35T, V60I, D121H, K122E, I135V, E138A, I142IV, K166KR, D177DE, I180IV, T200I, Q207D, R211K  
KTH_33_KA265e KTH_33_KA265e None None   V35T, V60I, K122E, D123G, K173L, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
KTH_37_KA271e KTH_37_KA271e None None   V35I, K122E, D123S, I135M, K173S, D177E, V179I, Q207A, R211S  
KTH_42_KA280e KTH_42_KA280e None None   E6K, K20KR, V35K, K43KR, V60I, V118I, K122E, I135T, I159V, T165I, K173S, Q174K, D177E, V179VI, T200A, I202V, Q207A, R211S, F214L  
KTI_38_KA300e KTI_38_KA300e None None   K32R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, P176T, D177E, T200A, Q207E  
KTL_33_KA329e KTL_33_KA329e None None   K20KR, V35T, T39M, K49R, V60I, K102R, V118I, K122KE, I135T, K173S, Q174K, V179I, T200K, Q207A, R211S, F214L  
KTL_37_KA340e KTL_37_KA340e None None   V35T, E36A, T39E, E40ED, S48T, V60I, K122E, D123DG, I135V, K173T, D177E, T200A, Q207K F160FL 
KTL_38_KA341e KTL_38_KA341e None None   V35T, S48A, K49R, V60I, K122E, I135T, K173L, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
KTV_37_KA381e KTV_37_KA381e None None   V35T, K49R, V60I, V106I, K122E, D123S, I135T, K173L, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207A, R211S  
KUB_39_KA427e KUB_39_KA427e None None   V35T, K49R, V60I, K102R, K122E, D123N, I135T, Q145M, E169D, K173A, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200A, Q207A, R211S  
KUF_34_KA436e KUF_34_KA436e None None   E28A, K32Q, V35A, V60I, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211S  
KUF_40_KA443e KUF_40_KA443e None None   K20KR, V35T, K49R, V60I, D121C, K122E, E138G, Q174N, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K  
KUF_43_KA438e KUF_43_KA438e None None   E6EK, K20R, V35T, K43KR, V60I, K122E, I135V, K173IT, Q174E, D177E, I178IM, E194D, Q207K, R211N  
KWV_33_KA497e KWV_33_KA497e None None   K32KN, V35T, T39KR, K49R, V60I, D121Y, K122E, D123E, D177E, I178M, I202V, Q207E, R211K  
LJJ_2_KA222e LJJ_2_KA222e None None   V35T, E36A, T39E, K122E, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200L, Q207E, R211K  
LJJ_3_KA227e LJJ_3_KA227e None None   K20R, V35L, T39A, V60I, K122E, I135R, N175H, I202V, Q207E, R211K