Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author Thiam (2013)
Title HIV-1 genetic diversity and drug resistance among Senegalese patients in the public health system.
Citation J Clin Microbiol
SelectedGene PR
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 72
NumPts 72
Subtype CRF02_AG, C, A, G, B, CRF18_cpx, CRF09_cpx, J, CRF05_DF, D


Clinical PR Isolates

1229-HALD 1229-HALD None    I15V, L19Q, M36I, R41K, L63P, H69K, L89M, I93L  
1254-HALD 1254-HALD None    T12TA, I13A, K14KR, K20IM, M36I, R41K, L63P, H69K, L89I, I93M  
133-HALD 133-HALD PI  M46I, I47V, I54V, I84V L33I, G73S L10I, V11L, I13V, L19P, K20I, M36I, R41K, Q61H, L63V, H69K, K70R, A71V, I72T, P79A, N83S, L89T  
1393-HALD 1393-HALD None   L89V I13AV, K20I, E35K, M36I, N37S, L38I, R41K, H69K  
18-HALD 18-HALD None    I13V, K14R, L19P, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M  
1837HALD 1837HALD LPV  M46I, I54V, L76V, I84V Q58E L10I, I13V, G16E, K20I, M36I, R41K, L63HR, H69K, K70R, I72V, L89M  
1904HALD 1904HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, R41K, L63P, H69K, L89M  
1916-HALD 1916-HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, P39Q, R41K, D60E, I64L, H69K, L89M  
1953-HALD 1953-HALD None   L33F I13V, L19P, K20I, M36I, N37E, R41K, R57K, L63X, H69K, K70R, L89M  
1992-HALD 1992-HALD None    L10V, T12V, I13V, G16E, E35D, M36I, R41K, H69K, K70E, L89M  
2090HALD 2090HALD None    M36I, R41K, L63P, H69K, V77I, L89M, I93L  
2174HALD 2174HALD None    T4S, T12A, I13V, K14R, I15V, G16E, K20I, E35D, M36I, R41K, I64L, H69R, I72T, L89M  
2187HALD 2187HALD None    I13A, K20I, M36I, N37S, R41K, H69K, K70R, L89M  
2323-HALD 2323-HALD None    I13V, K20R, M36I, R41K, L63LV, H69K, L89M  
2353HALD 2353HALD None    I13V, K20I, M36I, R41K, H69K, K70KR, L89M  
2423-HALD 2423-HALD None    I13A, K14R, K20I, M36I, N37D, R41K, L63P, H69K, L89M  
2461-HALD 2461-HALD None  G48GA M46MT I13V, K14R, K20I, M36I, N37D, R41K, K43KR, K45KN, L63P, I64L, H69K, K70R, V82VI, L89M  
2506-HALD 2506-HALD None    I13V, I15L, K20I, M36I, R41RK, I64L, H69K, L89M  
2523-HALD 2523-HALD None    L10V, T12K, I13V, K14R, G16E, K20I, M36I, N37S, R41K, H69K, L89M  
2541-HALD 2541-HALD None    I13V, K14R, K20I, E35D, M36I, N37E, R41K, L63P, H69K, K70R, L89M  
2579-HALD 2579-HALD None    T12A, L19T, R41K, L63P, H69Q, I93L  
2590-HALD 2590-HALD None    I13V, K14R, G17E, K20R, M36I, R41K, L63V, H69K, L89M  
2594-HALD 2594-HALD None   V11I T12TA, I13V, K14R, K20I, M36I, R41K, I64V, H69K, L89I  
2666-HALD 2666-HALD None   V11I T12K, I13V, L19I, K20I, E35N, M36I, R41K, H69K, L89M  
2667-HALD 2667-HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M  
2750-HALD 2750-HALD None    I13A, K14R, K20I, M36I, R41K, L63T, I64M, H69K, L89M  
2841-HALD 2841-HALD LPV  M46I, L76V, I84V V11I, L89V L10I, I13V, L19P, K20I, E35D, M36I, R41K, I62V, H69K, K70R, A71V, I72IR, P79AS, T91TS, Q92QK  
3055-HALD 3055-HALD None    T12TA, I13V, K14R, I15V, K20I, M36I, R41K, L63LP, I64ILM, H69K, K70R, L89M  
3105-HALD 3105-HALD None    L10I, I13V, L19P, K20I, M36I, R41K, H69K, K70R, L89M  
3181HALD 3181HALD None    I13AV, K14R, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M  
3210-HALD 3210-HALD None    I13A, I15IV, K20I, M36I, N37NDEK, R41RK, K43KR, L63P, H69K, A71T, L89I  
323-HALD 323-HALD None    I13V, K14R, G16E, K20I, M36I, R41K, I64M, H69K, I72IV, L89M  
3249HALD 3249HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, R41K, I64L, H69K, K70KR, L89M  
3259-HALD 3259-HALD LPV  I54A, V82F L33I L10V, I13V, E35D, M36I, R41K, K45V, I62V, L63D, I64V, I72T  
33-HALD 33-HALD None    I13V, K14R, G17E, K20I, M36I, R41K, H69K, K70R, L89M  
3307-HALD 3307-HALD None    I13V, G17E, K20I, M36I, H69K, K70R, L89M, L90*  
3355HALD 3355HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M  
3373HALD 3373HALD None    L10LV, T12S, I13V, K14KR, I15IMV, K20IMR, M36I, N37NDEK, R41K, K43KN, R57RG, L63LP, H69K, K70R, L89M T26PS, A28AP, W42W* 
3501-HALD 3501-HALD None   L33I T12Q, I13V, K14R, K20R, M36I, L63P, H69K, L89M  
3713-HALD 3713-HALD None    L10V, I13V, G16E, K20R, E35D, M36I, R41K, H69K, L89M  
3838-HALD 3838-HALD None    L10I, I13V, L33LV, M36I, R41K, R57RK, H69Q, L89M  
418-HALD 418-HALD None   V11I T12TA, I13V, K20I, M36I, R41K, L63P, H69K, L89M  
4208HALD 4208HALD None   L33F L10IV, I13V, G16E, L19P, K20I, M36I, R41K, L63V, H69K, K70R, L89IM, I93L  
437-HALD 437-HALD None    T12TA, I13V, K14R, L19LP, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M  
4482-HALD 4482-HALD None    I13V, K14R, G17E, K20I, M36I, N37D, R41K, L63LI, I64M, E65D, H69K, K70R, L89M  
4532-HALD 4532-HALD None    T12P, K14R, G16E, N37T, L63Q, I64V, C67F, V77I, I93L  
467-HPD 467-HPD None    L10I, I13V, K14R, G16E, L19I, E35D, M36I, R41K, H69K, K70R, L89M  
471-HALD 471-HALD LPV  M46I, I47V, I54V, V82A, I84V V11I, F53L L10I, I13V, L19P, K20I, A22V, M36I, N37S, R41K, Q61H, H69K, A71V, L89I, T91S  
495-HALD 495-HALD LPV  M46I, I47V, I54V, I84V, L90M L33I, L89V T4S, L10I, T12M, I13A, K14M, L19P, K20I, A22V, E35D, M36I, N37D, R41RK, R57K, Q61QH, I62IV, L63P, I66F, H69K, A71V  
5294HALD 5294HALD None    T12S, I13V, I15V, L19S, K20I, E21ED, E35D, M36I, R41K, I64M, H69K, L89M  
553HALD 553HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, N37E, I62IV, L63P, I64L, H69K, K70R, L89M  
6004HALD 6004HALD None    L10V, I13V, K20I, E34Q, E35D, M36I, N37E, P39LS, R41K, K45R, H69K, L89M  
619-HPD 619-HPD None    I13V, L19LP, K20I, M36I, R41K, L63P, H69K, V82I, L89M  
6667HALD 6667HALD LPV  M46I, L76V, I84V L10F, V11I I13V, G16E, L19P, K20I, A22AV, M36I, R41K, L63R, H69K, K70R, L89I, T91A  
67-HPD 67-HPD None    I13V, I15V, T31TP, M36I, L63A, H69K R57KN 
670-HPD 670-HPD None    I13V, K14R, G16E, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M R87RQ 
674-HALD 674-HALD LPV  M46I, L76V  I13V, K14R, K20I, M36I, N37E, L63P, I64L, H69K, K70R, L89IM  
680-HALD 680-HALD None    I13V, K20I, E35D, M36I, N37D, R41K, H69K, T74S, V77I, L89M  
685HALD 685HALD None    I13V, K14R, G17E, K20I, M36I, R41K, I64M, H69K, K70R, L89M  
686-HPD 686-HPD None    I15V, M36I, L63P, H69Q, I72V  
7111HALD 7111HALD None    T12A, I15V, M36I, R41K, L63P, H69K, I93L  
7164-HALD 7164-HALD None    T12TA, K14R, G16A, N37D, R57K, D60E, Q61G, L63T, C67E, H69K, I72IATV, V77I  
7303-HALD 7303-HALD None    I13A, K14R, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M  
750HALD 750HALD None   V11I L10V, I13V, K14R, G17E, K20I, M36I, R41K, H69K, K70R, L89M  
803-HALD 803-HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, R41K, H69K, L89M  
8138HALD 8138HALD None    L10I, I13V, K14R, G16E, L19P, K20I, E35D, M36I, H69K, I72T, L89M  
828-HALD 828-HALD None    T12TA, I13V, M36I, N37T, L38LF, R41K, I64V, I72V L19AITV, D25DE 
926-HALD 926-HALD None  L90LM I47IM L10LV, I13AV, K14R, K20I, E35EG, M36I, R41K, I62IV, I64M, I66IF, H69K, A71V, L89IM  
MH-018 MH-018 None    L10I, I13V, K14R, G16E, E35D, M36I, R41K, L63V, H69K, L89M  
MH-022 MH-022 None    L10I, I13V, G16E, L19P, K20IM, E35D, M36I, R41K, L63S, H69K, K70KR, L89M  
MH-069 MH-069 None    L10I, I13V, K14R, M36I, R41K, L63P, H69Q, L89I  
SN249HALD SN249HALD None    I13V, K14R, K20I, M36I, R41K, I64L, H69K, L89M