Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author Brown (2009)
Title Phylogenetic reconstruction of transmission events from individuals with acute HIV infection
Citation J Infect Dis
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 165
NumPts 165
Subtype B, CRF02_AG, F, C, A, D, G


  Page 1 of 2    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 165 Clinical RT Isolates

SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
CAS_100_1_7725 CAS_100_1_7725 None None   E6A, T7A, K122E, I132V, I135V, S162A, R211K, F214L, V245P P4V 
CAS_103_1_7756 CAS_103_1_7756 None None   V35K, T39S, S48E, D123N, I135V, S162A, F171Y, K173T, Q174E, D177E, T200A, Q207E, V245Q  
CAS_1069_16_38764 CAS_1069_16_38764 None None M184V  R83K, I135T, S162Y, R211G  
CAS_1074_16_38949 CAS_1074_16_38949 None None   E6ED, V35M, V60I, R83K, D177E, I178M, T200E, Q207E, R211K  
CAS_1079_16_38966 CAS_1079_16_38966 None None   I142V, K166R, R211S  
CAS_1087_16_20034 CAS_1087_16_20034 None None   S162A, R211RK  
CAS_112_1_7634 CAS_112_1_7634 None None   S162C, F171FY, Q174QR, T200I, R211K E89EV, W153WC, L168LI, Q182QL, D186DA 
CAS_11_1_5767 CAS_11_1_5767 None None   K32N, V35I, S68G, K122E, I135R, A158S, G196E, R211G I37IM, T216TI, W239WC, Q242Q*HY 
CAS_121_1_7875 CAS_121_1_7875 None None   K49R, K166R, D177E L234LV 
CAS_1270_3_1613 CAS_1270_3_1613 None None   K104R, I135T, S162Y, Q197K, R211K  
CAS_1274_3_1702 CAS_1274_3_1702 None None   R83K, S162Y, T200A, R211K  
CAS_1294_3_1572 CAS_1294_3_1572 None None   Q207N, R211K, A272P, I293V  
CAS_1295_3_1580 CAS_1295_3_1580 None None   K122E, I142T, T200I, T286A, I293V  
CAS_1298_3_1608 CAS_1298_3_1608 None None M41L, M184V, T215F  D123E, I135T, S162C, T200A, E203D, E204D, Q207A, R211K, I293V  
CAS_1299_3_1611 CAS_1299_3_1611 None None M41L  V35T, E36D, V60I, L109I, I135V, S162A, K173T, Q174KR, D177E, I178M, T200A, Q207E, P243T, V245Q, T286A, E291D, V292I, I293V  
CAS_1303_4_1196 CAS_1303_4_1196 None None   D121Y, K122E, I135V, S162C, D177E, R211K, K277R, T286A, I293V  
CAS_1308_4_1202 CAS_1308_4_1202 None None   V245E, A272P, K277R, L283I  
CAS_1311_4_1208 CAS_1311_4_1208 None None   S105A, K122E, I135T, S162C, D192N, E194K, G196E, T200A, V245M  
CAS_1312_4_1209 CAS_1312_4_1209 None None  A98G K49R, V60I, R83K, K122KE, D123E, G196E, T200I, A272P, K281R  
CAS_1316_4_1217 CAS_1316_4_1217 None None D67DN, T215L, K219Q  V35I, K43KE, V118I, D121Y, K122E, I135T, G196E, R211K, F214L, V245Q, K277R  
CAS_1319_4_1220 CAS_1319_4_1220 None None   I135T, T200I, A272P, K277KR, T286A, I293IV  
CAS_1321_4_1222 CAS_1321_4_1222 None None   K11R, A98S, S162A, V245E, A272P, K277R, T286A  
CAS_1326_4_1228 CAS_1326_4_1228 None None   V35I, R83K, A98S, K122E, I135R, I178L, I202V, R211K, V245E, A272P  
CAS_1337_4_1240 CAS_1337_4_1240 None None   S48T, K122P, I135T, I178M, S251N, A272P, K277R, I293V  
CAS_1338_4_1241 CAS_1338_4_1241 None None M41L, L210W, T215Y  K20R, V35K, T39A, K43E, V60I, S68G, K122E, I135T, K238R, E248N, K249Q, T286A, A288S  
CAS_1343_4_1247 CAS_1343_4_1247 None None   V35T, T39A, D123E, I135V, S162C, E169D, K173A, Q174K, D177E, Q207E, R211K, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
CAS_1344_4_1248 CAS_1344_4_1248 None None   K122E, I135T, F214L, A272P, K277R, K281R, T286A  
CAS_1348_4_1255 CAS_1348_4_1255 None None   K20R, R83K, D177E, R211RS, F214L, L228R, V245E, A272P, K281R, L283I, R284K, I293IV  
CAS_1350_4_1257 CAS_1350_4_1257 None None   V35T, E36A, T39D, K43R, S48T, D123N, K173A, D177E, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
CAS_1351_4_1260 CAS_1351_4_1260 None None  V179D T39I, V118I, K122E, D123N, I135K, I178L, F214L, A272P, K275R, T286A, V292I  
CAS_137_1_7997 CAS_137_1_7997 None None   E36EK, K66KR, V106I, D123E, R211K, F214L L109LR 
CAS_139_1_7969 CAS_139_1_7969 None None   V35VI, Q174K, N175Y, T200E, Q207E, R211K R143RI, Q145QL, K223KI 
CAS_141_1_8110 CAS_141_1_8110 None None K219KN  V35T, T39A, E40D, K49R, I50IM, V60I, R83K, D123E, T139S, S162C, R172K, D177E, I178L, V179T, T200A, E204K, Q207E, L210LF, R211K, F214L K20KT, P25PL, L26LW, C38CG, Q182S, V189VE, L193LI 
CAS_142_1_8068 CAS_142_1_8068 None None   K49R, V60I, R83K, D123E, I135T, R211K  
CAS_143_1_8220 CAS_143_1_8220 None None   K64R, D123E, I142T, S162N, T200A  
CAS_146_1_8109 CAS_146_1_8109 None None   K11R, K122KR, I135T, S162C, I195T, T200I, R211K F124FV, Q222QL 
CAS_148_1_7832 CAS_148_1_7832 None None   D123E, S162C, R211K L12I 
CAS_157_1_7987 CAS_157_1_7987 None None  K103N V35VI, V60I, R83K, I180V, R211K  
CAS_161_1_8046 CAS_161_1_8046 None None   K32N, V35I, T39A, R83K, I135R  
CAS_164_1_8084 CAS_164_1_8084 None None   K49R, I50V, D123E, I135T, I180V, R211K, F214L  
CAS_172_11_999169 CAS_172_11_999169 None None   A98S, D177E, Q207K  
CAS_174_11_150422 CAS_174_11_150422 None None   K43KR, D123E, S162C, A272P, K277R, V292L Y56YC, T290Q 
CAS_175_11_999199 CAS_175_11_999199 None None   K20R, K102Q, I178M, Q207E, R211K  
CAS_176_11_151534 CAS_176_11_151534 None None   R83K, D123E, E169D, I178L, R211K  
CAS_178_11_999047 CAS_178_11_999047 None None   V35I, T39P, I47F, S48Q, R83K, S163T, T165I, Q207A, R211K P59S 
CAS_183_11_999030 CAS_183_11_999030 None None   E6D, R83K, I135V, K173R, R211K Q222Q* 
CAS_184_11_150004 CAS_184_11_150004 None None   D177E, I178M, E204K, Q207E, R211K  
CAS_185_11_151207 CAS_185_11_151207 None None   K43KR, D123E, S162C  
CAS_194_11_999317 CAS_194_11_999317 None None   V35M, R83K, D123E, E169D, Q174K, T200A, Q207A, R211K, E248Q, A272P, K277R  
CAS_210_11_999237 CAS_210_11_999237 None None   K49R, V60I, R83K, I135T, Q207R  
CAS_213_11_999369 CAS_213_11_999369 None None   V60I, V118VI, K122KE, D123E, I135T, G196E, F214L, A272P, K277R, T286TA  
CAS_215_11_999261 CAS_215_11_999261 None None D67A  T39P, R83K N54I, V60R 
CAS_218_11_999370 CAS_218_11_999370 None None   V21I, V35T, V60I, K64R, K122E, D123N, K166R, K173I, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200A, Q207D, V245Q, E248D, D250E, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V P150PS, I159IL 
CAS_232_4_1181 CAS_232_4_1181 None None T215D  K20R, V60I, I135T, I142T, Q145C, S162H, D177E, V179I, T200A, Q207D, R211K, V245M, A272P, K277R, I293V  
CAS_233_4_1183 CAS_233_4_1183 None None M41L, T215D  K32R, I142IV, S162C, K173R, E194EK, Q197H, T216P  
CAS_236_4_1187 CAS_236_4_1187 None None A62V, T215D  V35L, K122E, A158S, D177E, T200A, E203D, Q207K, R211Q, V245K  
CAS_249_4_18042 CAS_249_4_18042 None None   E6D, I135T, K166R, E169G, K173E, D177E, T200I, I202V, R211K, F214L, V245X  
CAS_252_4_18045 CAS_252_4_18045 None None   R83K, D123E, K166R, I195L, G196E, S251T  
CAS_255_4_18050 CAS_255_4_18050 None None   I142T, D177E, R211G, V245K  
CAS_260_4_7191 CAS_260_4_7191 None None   K122E, Q174R, I178M, T200A, Q207E, R211K, I270IV, A272S, K277R T216TA 
CAS_264_4_7241 CAS_264_4_7241 None None   D177E, T200A  
CAS_266_4_7258 CAS_266_4_7258 None None K70R  V35L, I135M, K166R, E204D, F214L  
CAS_281_4_7465 CAS_281_4_7465 None None   T139I, K166KR, K173E, D177N, V245K, K277R, T286A, I293V  
CAS_351_3_899 CAS_351_3_899 None None   V35T, T39M, V90I, K122Q, A158S, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200TA, Q207E, R211K, V245K, V276I, L283I, E291D, V292I, I293V  
CAS_362_3_1598 CAS_362_3_1598 None None V75L, F77L  V10I, V118I, K122E, I135R, Q207E, R211Q, F214L, V245E, V292I K13KQ, Q222Q* 
CAS_368_3_1620 CAS_368_3_1620 None None   V35T, I142V, Q207E, R211K, V245T, K277R, T286A, I293V  
CAS_371_3_1640 CAS_371_3_1640 None None   E28EG, K122KE, I135T, K277R, I293V  
CAS_379_3_1713 CAS_379_3_1713 None None  K238N K101R, E169D, F214L, V245I, A272P, K277R, T286A  
CAS_392_3_1753 CAS_392_3_1753 None None   D123E, I135T, I202V, E204Q, R211G, F214L, A272P, K277R  
CAS_403_3_1780 CAS_403_3_1780 None None A62AV  E6D, K122E, D123N, S162Y, D177E, S251SR, A272P, K277R, I293V V254G, Q278QP 
CAS_418_3_1807 CAS_418_3_1807 None None   V35I, I135M, S162Y, F171Y, R211K, A272P, K277R, I293V  
CAS_423_3_1823 CAS_423_3_1823 None None   K122E, I178M, R211K, V245E, I293V  
CAS_429_3_1832 CAS_429_3_1832 None None  V179D R83K, D123E, S162C, D177E, I178L, I195L, R211K, V245E, A272P, I293V  
CAS_440_3_1874 CAS_440_3_1874 None None   S162C, F171Y, T200A, V245E, A272P, K277R  
CAS_456_3_1921 CAS_456_3_1921 None None   D123E, I135T, S162C, Q174H, Q207E, V245M, K277R, K281R, A288S, I293V  
CAS_487_3_1989 CAS_487_3_1989 None None   T39S, S48T, V60I, S68G, K102Q, D121H, K122E, S162A, I178L, T200A, E204K, R211K, I244V, A272P, K277R, I293V  
CAS_488_3_1990 CAS_488_3_1990 None None   E6K, K49R, K122E, D123E, S162D, K166R, K173Q, D177E, T200A, V261I, I293V  
CAS_48_1_6528 CAS_48_1_6528 None None   K49R, V60I, I135T, D177E, I178V, R211K L26LW 
CAS_579_9_322 CAS_579_9_322 None None   I135M, K166R, E169D, Q207H, R211K, V245M, A272P T131I 
CAS_690_16_13011 CAS_690_16_13011 None None   V35M, V60I, R83K, I135V, S162C, I178L, I195L, G196E, Q207E, R211K  
CAS_70_1_7172 CAS_70_1_7172 None None   I135V, T200A  
CAS_710_16_34034 CAS_710_16_34034 None None   K20R, D123E, I135V, K166R, D177E, R211K  
CAS_713_16_1014 CAS_713_16_1014 None None   D123E, I135V, S162C, D177E, R211K  
CAS_717_16_103004 CAS_717_16_103004 None None   K122P, I135T, I142IS, S162C, I178L, V179I, R211K  
CAS_720_16_12177 CAS_720_16_12177 None None   V118I, D123E, I135T, T200A, R211K, F214L  
CAS_728_16_34037 CAS_728_16_34037 None None   V60I, D123E, I142T, D177E, I178M, E203D  
CAS_732_16_30032 CAS_732_16_30032 None None   M16T, R83K, S162Y, Q207G, R211K, K277R, T286A Q23QP 
CAS_73_1_7189 CAS_73_1_7189 None None T69D K103N S48T, K122E, S162C, T200A, F214L  
CAS_749_16_33349 CAS_749_16_33349 None None   K20R, V60I, D123E, E169D, I178L, T200A, E203D, R211K, K277R, A288S, I293V  
CAS_770_16_33341 CAS_770_16_33341 None None   R211K, K281R, T286A, A288S  
CAS_78_1_7238 CAS_78_1_7238 None None   V35IT, K122E, D123N, I142V, Q197E  
CAS_795_16_33078 CAS_795_16_33078 None None   R83K, R211K, V245E  
CAS_796_16_36464 CAS_796_16_36464 None None   K122E, I142T, D177N, G196E, Q207K, R211G, A272P, K277R  
CAS_799_16_36471 CAS_799_16_36471 None None  K103N V60I, I142T, D177E, I178M, T200R, A272P, K277R, A288S  
CAS_807_16_36367 CAS_807_16_36367 None None T215S  K20R, A98S, D123E, I135M, S162C, D177E, G196E, R211A, E224D, F227Y, A272P, K277R, L283I  
CAS_830_16_32013 CAS_830_16_32013 None None M41L, T215L  E6D, T200I, Q207E, R211K  
CAS_971_16_46236 CAS_971_16_46236 None None   V35M, R83K, S162C, D177E, I178L, A272P, K277R, L283I, I293V  
CAS_972_16_38957 CAS_972_16_38957 None None   T39N, S48T, K102Q, K122E, D123N, S162SACG, D177E, G196GE, I202V, E204EK, R211K, A272P, K277R, T286A, A288T, I293V  
CAS_98_1_7668 CAS_98_1_7668 None None   V8I, K20R, D123E, E169D, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, I244M  
CAS_99_1_7676 CAS_99_1_7676 None None T215TS V179D, G190GV I31IM, K32KT, E36EV, K46KE, K49KQ, K102Q, D121H, K122E, S162C, P176L, T200A, E204D, Q207QL K22I, Q23T, E29ED, G45GR, D185DY, Q222QE