Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author Machado (2012)
Title Transmitted HIV yype 1 drug resistance in newly diagnosed Cuban patients.
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 199
NumPts 199
Subtype B, D, CRF18_cpx, CRF20_BG, B + G, CRF24_BG, G, H, C, Unknown, CRF23_BG, CRF05_DF


  Page 1 of 2    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 199 Clinical RT Isolates

SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
CUPL0901 CUPL0901 None None   K122E, S162C, D177E, I178M, T200A  
CUPL0902 CUPL0902 None None M184V  K122P, I135R, S162C, R211K  
CUPL0903 CUPL0903 None None   V35IK, V60I, K122E, I135T, T165I, D177E, Q207E, R211K  
CUPL0904 CUPL0904 None None   V35T, E40D, S48SP, K49R, V60I, K122E, I142V, E169D, D177E, Q207E, R211K  
CUPL0905 CUPL0905 None None   T69P, V90I, V118I, D123E, I135T, E169D, I178L, T200A, Q207E, R211K, F214L K49T, S68L, L205G, H208P 
CUPL0906 CUPL0906 None None   K20R, K32R, V35T, V60I, K65E, F87L, K122P, I135V, I142V, T165I, Q174E, D177E, I178V, G196E, K201I, E204K, Q207G, R211K, F214L, L228F, D237E K73Q, W88G 
CUPL0907 CUPL0907 None None   K49R, A98S, V106I, D123E, E169D, I178L, Q207E, R211K, F214L  
CUPL0908 CUPL0908 None None   I31IL, K43KR, S68G, I135T, E169D, I178L, T200A, Q207E, F214L Q23QP 
CUPL0909 CUPL0909 None None   V35T, E40D, V60I, K122E, D123S, E169D, D177E, T200A, Q207E, K238R F116I, W229WR 
CUPL0910 CUPL0910 None None  G190K D17V, V35K, G45E, I50M, V60I, S117P, D121N, D123E, R125K, S162C, E169D, D177E, E194K, T200A, E204K, D237N, Q242R I37N, R72K, W88G, D186N, W229G 
CUPL0911 CUPL0911 None None   V35T, E40D, V60I, K122E, D123S, E169D, D177E, T200A, Q207E, T216P  
CUPL0912 CUPL0912 None None   K20R, R83K, K122E, I135T, T165I, E169D, G196E, R211A  
CUPL0913 CUPL0913 None None   K20R, V35T, E40D, V60I, K122P, I135V, I142V, T165I, Q174E, D177E, I178V, G196E, K201I, E204K, Q207G, R211K, F214L V111E 
CUPL0914 CUPL0914 None None   V35T, E40D, V60I, K122P, I135V, I142V, T165I, Q174E, D177E, I178V, E204K, Q207E, R211K, F214L E53EV, K201V 
CUPL0915 CUPL0915 None None   V35T, E40D, E53D, V60I, K122E, D123S, E169D, D177E, T200A, Q207E, R211K, W212G, F214L Q23K 
CUPL0916 CUPL0916 None None   V35A, E40D, V60I, K122E, D123S, E169D, D177E, T200A, Q207E N54NI 
CUPL0917 CUPL0917 None None   V8A, V21I, G45E, K49R, A98S, D123E, I135T, E169D, D177E, I178L, Q207E, F214L I2R, A33E, V35G 
CUPL0918 CUPL0918 None None   K49R, D123E, I135T, E169D, I178L, T200A, Q207E, F214L  
CUPL0919 CUPL0919 None None   V35E, E36D, C38S, K43Q, E44K, K49R, D123E, E169D, D177E, I178L, T200A, I202V, Q207T, R211K, F214L Q23QE, M41I, E42A, G45W, I47R, E89EG 
CUPL0920 CUPL0920 None None   I31IL, V35T, E40D, I50IM, V60I, D121H, K122E, E169D, D177E, Q197K, Q207E Q174QP 
CUPL0921 CUPL0921 None None   P9S, V35T, E40D, K49R, D123E, E169D, D177E, I178L, I202V, E204N, Q207E, R211K  
CUPL0922 CUPL0922 None None   K20R, K32R, K122E, I135T, T165I, E169D, I178L, T200A, Q207E, R211K, F214I, V245M, A272P, K277R, I293V, K311R, D324E, I329L, G335S, R356K, A360T, T369A, A376T, T377L, T386I, K390R, A400T H198HD 
CUPL0923 CUPL0923 None None   K43KR, V118I, D123E, I135T, I142M, E169D, K173KI, N175Y, D177E, I178L, T200AG, Q207G, R211K, F214L F124FS 
CUPL0924 CUPL0924 None None K219*Q  K20R, V21F, K32KR, V35T, I50V, V60I, K122P, D123E, Q174E, D177E, Q207A, L210LS, R211K, D237E L26LS, E29D 
CUPL0925 CUPL0925 None None   V35M, T39K, E42EG, V60I, D121Y, K122E, S162C, D177E, G196E, T200A, E204A, Q207E V21E, T27K 
CUPL0926 CUPL0926 None None   P1S, K122E, I135V, S162C, D177E, V179I, Q197K, T200I, R211K E44EV, Q91QR, W229WG 
CUPL0927 CUPL0927 None None   V21I, K49R, D123E, E169D, I178L, I202V, Q207E, F214L, K238R  
CUPL0928 CUPL0928 None None   I2N, K122E, S162C, T200A  
CUPL0929 CUPL0929 None None  Y181K, Y188K E28K, A33AT, V35R, E36ED, T39A, E44K, K122E, D123S, I135V, I142T, K154E, K166N, E169A, P176L, D177E, D192N, Q197L, E203G, Q207E M41I, E42E*, G45S, P59K, V60K, F61AS, W71WR, R72K, G141P, N147Q, Q151K, W153G, G155P, S156L, P157R, A158E, S163Y, M164K, L168F, R172T, Y183K, V189EQ, I195F, I202R 
CUPL0930 CUPL0930 None None V75E  E28K, I31L, V35L, T58N, T69S, W88L, V90I, D123E, I135T, E169D, D177E, I178L, V189I, Q207E E29K, A33E, M41R, P55T, P59RT, K64G, W71FL, R72I, D76N, N81FI, T84G, Q85QE, E89K, Q91K, L92G, Q151R 
CUPL0931 CUPL0931 None None   V35T, E40D, V60I, L100F, K122P, I135V, S162C, D177E, Q207E, L210M, R211K D86V, W88G 
CUPL0932 CUPL0932 None None K65KN, D67A, F77FL  V21I, V35E, E40D, K49R, V60I, K122E, D123G, E169D, D177E, Q207E, M230R, D237H, P243T Q23K, W24FL, P25K, L26W, I47M, S68I, W71C, W229G, E233K, W239WC 
CUPL0933 CUPL0933 None None   K49R, D123E, S162C, E169D, I178L, T200A, E204K, Q207E  
CUPL0934 CUPL0934 None None   V35T, K49R, V60I, K122E, D123S, E169D, D177E, Q207E, K238R, Q242R  
CUPL0935 CUPL0935 None None   K20R, I47F, K104N, D123E, I135T, E169D, T200A, Q207E, F214L  
CUPL0936 CUPL0936 None None   V35I, K104R, D123E, I135T, I142T, S162C, D177E, Q197E, T200A  
CUPL0937 CUPL0937 None None   V35T, E40D, V60I, K122P, I142V, T165I, Q174E, D177E, I178V, G196E, K201I, E204K, Q207G, R211K, F214L K30T, I31P 
CUPL0938 CUPL0938 None None D67E, V75K  V35T, V60I, S68R, T69K, W88R, V90I, S105L, D123E, I142T, E169D, D177E, T200A, Q207E, R211K W71R, D76N, T84N, E89K, Q91K, I94K, H96Q, V106K, V108L, V111G, D113E, Y115N 
CUPL0939 CUPL0939 None None   P4S, E169D, D177E, Q207E, R211K, F214L L12L* 
CUPL0940 CUPL0940 None None   V35I, E40D, V60I, K122E, D123S, I135R, E169D, D177E, T200A, Q207E, K238R V241E 
CUPL0941 CUPL0941 None None   K11Q, V35T, T39A, E40D, K49R, V60I, K122E, D123S, E169D, D177E, Q207E, D237N L234V, V241K 
CUPL0942 CUPL0942 None None   K49R, D123E, I135T, E169D, I178L, V189I, Q207E, F214L  
CUPL0943 CUPL0943 None None K65N, M184I  I31T, A33G, V35L, E36N, E40V, E44EK, S48E, T58N, V60I, K104T, K122P, D123G, N147H, Q174G, N175Y, D177E, E194G, Q197L L26M, E29K, C38Y, M41R, G45N, I47V, P52H, Y56L, N57K, F61C, A62G, I63K, K64M, I94M, G99R, D113E, N137D, D185Y 
CUPL0944 CUPL0944 None None   E36K, K49R, V106I, V118I, D123E, E169D, I178L, T200A, Q207E, R211K, F214L P25Q, K30E 
CUPL1001 CUPL1001 None None   S68G, D123E, I135V, S162C, D177E, T200A, E204V, R211K, L228Q  
CUPL1002 CUPL1002 None None   K49R, E53D, D123E, I135T, E169D, I178L, G196E, T200A, E204K, Q207E, R211K, F214L, I244V  
CUPL1003 CUPL1003 None None   V35T, V60I, D123E, K166Q, E169D, D177E, I202V, M230R, H235P, D237E K30E, I31K, W229C, E233N, L234V, P236H 
CUPL1004 CUPL1004 None None  K238N K49R, K122E, D123E, I135T, S162C, E169D, I178L, Q207E, F214L  
CUPL1005 CUPL1005 None None   V35T, E40D, V60I, K122E, D123S, E169D, D177E, Q207E, F214L, K238R  
CUPL1006 CUPL1006 None None   V35I, R83K, S162C, I195L  
CUPL1007 CUPL1007 None None   E6D, V8I, V21I, V35T, T39A, E40D, K49R, V60I, S68G, K122E, D123N, I135V, T139A, E169D, D177E, Q207E, K238KR, P243T  
CUPL1008 CUPL1008 None None  Y181C V35T, K49R, D123E, E169D, D177E, Q207E, R211G, K238R, P243T V241E 
CUPL1009 CUPL1009 None None T215L  V35K, K66R, D123E, I135T, E169D, D177E, Q207E, R211K, F214L, L228LP, P243A  
CUPL1010 CUPL1010 None None   E28A, K122E, D123E, I135V, S162C, D177E  
CUPL1011 CUPL1011 None None  V179E V21I, V35T, E36D, T39A, E40D, V60I, K103R, I135V, K173I, Q174K, D177E, T200A, R211K I37N 
CUPL1012 CUPL1012 None None L74K, V75L A98G, V179E, P236L K20KQ, V21I, V35E, E36K, P55S, T58I, V60L, K64N, D86N, F87L, V90I, I94L, I135V, K173I, Q174K, D177G, T200A, R211M, F214I, H221Y, K223Q, E224K, K238E A33P, C38N, E40N, S48K, A62E, I63K, W71K, D76F, R78G, E79G, L80G, N81R, K82G, R83V, T84P, W88G, Q91P, G93S, H96P, L149V, G213E, D218V, K219F, K220I, Q222K, P225C, P226T, F227Q, W229Y, M230T, G231N, E233K, L234M, H235R, T240R, Q242W 
CUPL1013 CUPL1013 None None   K11R, D123E, I135V, S162C, Q207A, R211S I37N 
CUPL1014 CUPL1014 None None M184MFIL V179E K20Q, V35T, T39A, E40D, V60I, M164MIL, I167F, E169G, K173I, Q174K, N175I, D177E, T200A D76N, D110N, R143K, W153G 
CUPL1015 CUPL1015 None None  K103S V35A, E40D, E44K, V60I, K122E, D123S, T139K, E169D, D177E, T200A, Q207G D76N 
CUPL1016 CUPL1016 None None   K20R, K49R, K103R, D123E, E169D, T200A, Q207E, R211K, F214L, E224ED, P243L  
CUPL1017 CUPL1017 None None   K20R, K49R, D123E, T165I, E169D, I178L, T200A, Q207E, R211K, F214L H208D 
CUPL1018 CUPL1018 None None   V35T, K49R, E53D, V60I, K122E, E169D, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K  
CUPL1019 CUPL1019 None None K219KQ  K49R, A98S, V106I, D123E, E169D, I178L, T200A, I202V, Q207E, R211K, F214L  
CUPL1020 CUPL1020 None None   S48E, V60I, V118I, I135V, T165I, E169D, F214L, L228H  
CUPL1021 CUPL1021 None None   V35T, V60I, K122P, I135L, S162C, T200A, R211I, E233D, K238I D113DN, P236T, V241E, Q242N 
CUPL1022 CUPL1022 None None   E36K, E40EK, S48E, V60I, V118I, I135V, T165I, E169D, F214L, E224G, L228H  
CUPL1023 CUPL1023 None None   V35T, V60I, K122P, I135L, S162C, T200A, R211K, K238E  
CUPL1024 CUPL1024 None None   P14PT, K20Q, V35I, P52PA, R83K, A98S, E169D, V179I, E194K, Q197R, T200S, Q207A, R211K, E224D I50S, L234P, K238L 
CUPL1025 CUPL1025 None None   P4T, K20R, E28Q, V35K, E36K, I50V, V60I, K122P, I135V, I142V, S162C, Q174E, D177E, Q207E, R211K, F214L, E224D P19S, K22T, P25K, A33AE, E42K, P52T, T240R 
CUPL1026 CUPL1026 None None   E6D, K11T, V35E, T39L, V60I, V106I, T107S, V118I, K122Q, D123N, I135T, D177E, T200A, Q207A, R211K, F214L  
CUPL1027 CUPL1027 None None  V179E V21I, V35T, T39K, E40D, K43R, E44K, G45E, I50M, V60I, K103R, I135V, K173I, D177E, T200A, Q207K, R211S M41I, E42K 
CUPL1028 CUPL1028 None None   V35K, K49R, E53D, V60I, K122E, I135T, E169D, D177E, I178M, I180V, T200A, Q207E, R211K E40N 
CUPL1030 CUPL1030 None None   V35T, T39E, V60I, K122P, D123DE, E169D, D177E, Q207E, K238I, Q242K W239R, V241E 
CUPL1031 CUPL1031 None None   V35E, K43R, K122E, S162C, D177E, I178M, T200A  
CUPL1032 CUPL1032 None None D67N, K70R, M184V, K219Q Y188L V60I, D121H, K122E, I135T, D177E, I202V, F214L, L228H  
CUPL1033 CUPL1033 None None   K49R, A98S, V106I, D123E, I135T, E169D, I178L, T200A, Q207D, R211K, F214L, K238R, V245M, A272P, I329L, Q334E, M357T, T369A, E370Y, A376T, T377L, T386I, K390R, A400T  
CUPL1034 CUPL1034 None None   K49R, A98S, V106I, D123E, I135T, E169D, I178L, T200A, Q207D, R211K, F214L  
CUPL1035 CUPL1035 None None K219N M230L K49R, A98S, V106I, D123E, I135T, E169D, I178L, T200A, Q207D, R211K, F214L, K223T, P225T, T240P, V241L, P243T, P247Q, E248D, D250E, S251R, W252R, A272P, K277R, I293V, E297A, E312D, I329V, Q334E, G335D, K350R, M357T, E370D D218Y, K220G, E224Q, P226R, F227R, W229R, G231R, Y232T, L234Q, H235E, P236H, D237Y, Q242T, L246G, Q258A, L264S, I270M, Y319H, Q367H 
CUPL1036 CUPL1036 None None   K49R, A98S, V106I, D123E, I135T, E169D, I178L, T200A, Q207D, R211S, F214L, K238R, A272P, K277R, L279I, A376T, T377L, T386I, K390R, W398R, A400T K220N, K223I 
CUPL1037 CUPL1037 None None  P236L D123E, I135T, I178M, Q207E, A272P, K277R, I293V, I329V, Q334L, G335N, R358K, K390R, A400S  
CUPL1038 CUPL1038 None None   V35T, T39A, E40D, K122E, D123G, S162C, D177E, I178M, T200I, H221L, E224K, F227S, V245T, D250E, A272S, T286A, V292I, E297K, K311R, P313Q, G335D, R356K, M357V, T377Q Q222R 
CUPL1039 CUPL1039 None None  Y181K, Y188P K104N, T107P, K122V, S134C, P170H, P176S, L187F S117F, V118F, D121G, P133R, N147I, W153C, K154I, S163K, I178R, L193I 
CUPL1040 CUPL1040 None None   E6R, A98S, I135L, S162C, D177E, Q197K, T200A, R211K, L228H, V245E, D250E, A272P, K277R, T286A, E297T, Q334N, K350R, R358K, G359N, A376S, K385R, K390R  
CUPL1041 CUPL1041 None None   V35I, K49R, V60I, K122E, D123N, A158T, E169D, Q197K, T200L, Q207G, R211K  
CUPL1042 CUPL1042 None None   V21I, V35T, T39S, V60I, K122P, I135V, K173E, Q174K, D177E, T200A, I202V, E204K, Q207E, R211V, V245Q, A272P, V276I, L283I, T286A, E291D, I293V, P294S, E297A, I326V, Q334Y, G335D, R356K, M357R, G359S, T369V, A371V, I375V, A400T  
CUPL1043 CUPL1043 None None   V35I, T39A, V60I, K64R, K122E, D123S, I142T, E169D, D177E, Q207K, V245K, D250E, A272P, K277R, T286A, V317A, I326V, Q334H, G335D, R356K, M357I, A376S, T377L, T386I, K390R K220N, H221I, Q222K 
CUPL1044 CUPL1044 None None   K49R, A98S, V106I, D123E, E169D, I178L, T200A, Q207D, R211K, F214L, V245M, A272P, I329L, Q334E, M357T, E370Y, A376T, T377L, T386I, K390R, A400T  
CUPL1045 CUPL1045 None None   K64R, A98S, D123E, I135L, D177E, I178L, T200A, R211K, L228H, A272P, K277R, T286A, I293V, E297T, A327V, I329V, G335D, K350R, R358K, G359N, A376S, T386I, K390R K220I 
CUPL1046 CUPL1046 None None T215S, K219Q  V35T, E36A, K173I, Q174K, D177E, T200A, K201R, Q207K, H208Y, R211Q, D218E, V245Q, A272P, L279M, K281R, E291D, V292I, Q334E, G335D, R356K, M357R, G359T, A371T, T377P, K390R, A400T G45R 
CUPL1047 CUPL1047 None None   P14A, V35T, K49R, V60I, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, E194K, Q207QE, R211K, F214L, T216P K30E, H208N, L209I, L210P 
CUPL1048 CUPL1048 None None   V8I, V35T, T39E, K49R, V60I, S68G, K122E, I135R, E169D, D177E, Q207A I37N, C38G, I47M 
CUPL1049 CUPL1049 None None   K122E, D123N, S162C, D177E, T200A, E204D, Q207K, R211K, D250E, A272P, K277R, E297T, A327V, R356K, R358K, G359N, A376S I2M, W229G 
CUPL1050 CUPL1050 None None  V179E E6D, V21I, V35T, V60I, I135L, Q174E, D177E, T200A, Q207K, R211S, V245Q, E248D, D250E, A272P, K277R, Q278C, T286A, E291D, V292I, I293V, E297A, R307K, L325I, I329V, G335D, F346Y, R356K, M357K, V365I, K366R, T369A, A376S, T377M, Q394R  
CUPL1051 CUPL1051 None None   V35I, T39I, E44K, V60I, T107S, K122A, K166R, K173S, Q174R, T200A, Q207L, E233G Y146H 
CUPL1052 CUPL1052 None None   A98S, I135L, S162C, D177E, T200A, R211K, L228H, I244M P19T, P25Q, L234F, W239G 
CUPL1053 CUPL1053 None None   V35T, V60I, D123E, I135V, S162C, I178L, V245R, S251C, A272P, T286A, I326V, R356K, K366R, A376S  
CUPL1054 CUPL1054 None None D67H  K13R, V35T, E40D, K49R, E53D, V60I, E169D, D177E, T200A, Q207G, R211K, F214L, K238R, Q242K I37N, W239R 
CUPL1055 CUPL1055 None None   V21I, V35T, T39M, V60I, K122P, A158S, S163G, P170T K154Y, G155E, I159L, F160I, Q161K, M164S, K166S, I167L, E169V, F171P 
CUPL1056 CUPL1056 None None   K122Q, S162C, D177E, V179I, R211K, V245Q, E248D, A272P, K277R, T286A, I293V, T296S, E297K, R358K, G359S, A376S, A400T  
CUPL1057 CUPL1057 None None   P4T, T7A, K122Q, S162C, D177E, I178M, V179I, R211K, V245Q, E248D, A272P, K277R, T286A, I293V, T296S, E297K, R358K, G359S, A376S, A400I S3D