Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author De Gascun (2012)
Title Human Immunodeficiency Virus Type 1 in Ireland: Phylogenetic Evidence for Risk Group-Specific Subepidemics.
Citation ARHR
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 824
NumPts 824
Subtype B, C, CRF02_AG, A, G, CRF01_AE, D, F, CRF06_cpx, CRF09_cpx, CRF10_CD, CRF45_cpx, CRF18_cpx, CRF11_cpx


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Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 824 Clinical RT Isolates

SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
IRL01320 IRL01320 None None   V60I, T69TI, S105SL, V118VI, D121H, K122E, D123N, I135T, I142IFST, K173S, Q174K, Q207A, R211S, F214L  
IRL01413 IRL01413 None None   K122E, D123E, I135V, S162A, K173T, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211RK  
IRL01445 IRL01445 None None  V108VI T107TS, L109LI, D123DEKN, S162A, K173KT, Q174R, P176PS, D177E, I178IL, V189VI, G196GE, T200A, Q207E, R211K, L228LV P140PL, G141GRS, V148VM 
IRL02933 IRL02933 None None   K103R, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174E, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207E, R211RK, F214L  
IRL05105 IRL05105 None None   V60I, K122E, I135T, I142IS, V148VG, K173A, Q174K, D177E, V179I, G196GE, T200S, Q207A, R211S  
IRL05293 IRL05293 None None   I47IN, V60I, D121H, K122E, I135T, F171FY, K173A, Q174KR, V179I, Q207ADNT, R211K  
IRL05422 IRL05422 None None   S48T, V60I, K64R, K122E, D123N, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207A, R211S  
IRL05625 IRL05625 None None   K173S, Q174K, D177E, V179I, T200A, I202V, Q207E, R211K  
IRL05772 IRL05772 None None   S48T, K49R, V60I, K102KQ, K122KE, T139TA, K173A, Q174K, D177E, I178M, V179I, T200TA, I202V, Q207A, R211S  
IRL07241 IRL07241 None None   K102KR, K122KE, D123E, I135IT, S162A, K173AT, Q174E, D177E, I178IM, T200A, I202V, Q207E  
IRL07975 IRL07975 None None   K122KE, D123NS, S162A, K173T, Q174R, D177E, T200A, Q207K, F214FL  
IRL08974 IRL08974 None None   K43E, V60I, S68G, K122E, D123S, K173I, Q174K, D177E, R206RK, Q207A, R211S, E224EG  
IRL09086 IRL09086 None None   V60I, D121H, K122E, D123S, I135T, S162A, K173LS, Q174K, D177E, I178M, V179I, Q207A, R211S  
IRL09405 IRL09405 None None   T69TS, S162AG, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211RK  
IRL10565 IRL10565 None None M184V V108VI, Y181YC, F227FL, M230L V60I, K122E, I135T, Q145QH, K166KN, P170PS, K173S, Q174K, D177DE, V179I, Q207A, R211RS, H221Y, L228LV T84TA, Q91QL, Y127YC, F130FC, G141G*W, W153W*, I159IM, L168LV, E169E*, G213GV 
IRL10794 IRL10794 None None   V60I, K122P, I135V, S162A, F171Y, K173AT, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207G, R211K  
IRL11685 IRL11685 None None   D123E, I135L, I142IV, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211N  
IRL11696 IRL11696 None None   K122E, D123N, I142V, K173S, V179I, Q207A, R211S  
IRL12077 IRL12077 None None   I135L, S162A, K166R, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K  
IRL12832 IRL12832 None None   E42ED, K49R, V60I, K64KR, K82KR, W88WR, V90VI, K122KE, F124FL, D177E, I178M, T200A, E204D, Q207E, R211K K46K*, N57NH, N81NY, Q91Q*, P95PT, P97PS, D110DG, D123GISV, R125REGK, R143RK, Q145QP, L149LH, W153WC, I159IL, E169E*DY, L193L*, L205L*, W212WS, D218DH 
IRL12973 IRL12973 None None   I50IF, S68G, K122E, D123N, I135T, Q145QH, K173I, Q174K, D177E, I178M, G196E, Q207AT, R211S, F214L W71W*, E203EDKN 
IRL13510 IRL13510 None None   K43E, K122E, D123S, A158AS, S162A, K173RS, Q174K, Q207AD, R211K P140PQ, L234LF 
IRL13537 IRL13537 None None   K102R, D123E, I135V, S162A, K173T, Q174D, D177E, T200A, Q207E  
IRL13563 IRL13563 None None   K49KR, K101KR, V111VL, K122KE, S134SG, G141GA, S162A, K173T, Q174KR, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211RK, L228LF Y127Y*, A129AV, Y144YS, N147NHKQ 
IRL14285 IRL14285 None None   T131TP, S134SG, E138A, I142V, N147NY, S162H, F171Y, K173S, V179I, T200A, Q207A, F214L, H235HQ L92LS, A129IMV, F130FL, N137NI, Q145QHL, V148VL 
IRL14463 IRL14463 None None   K122E, D123S, I135T, T139TS, K173S, Q174K, V179I, D192DN, E203ED, Q207ADNT, R211S Q182QK 
IRL14552 IRL14552 None None   K49R, V60I, V90VI, K122E, D123S, I135T, K173S, Q174K, D177E, V179I, Q197QE, T200A, E203ED, Q207A, R211RKNS  
IRL14593 IRL14593 None None   K49KR, V60I, K102KR, K122E, I135T, K173KT, D177E, I178IM, Q207E, R211K S156SLP, V189VL, L193L*, G213GDE 
IRL14981 IRL14981 None None   D123E, I135V, S162A, K173T, Q174R, D177E, I178M, T200E, E203Q, Q207E  
IRL15038 IRL15038 None None   K43E, D121H, K122E, D123S, I135T, K173I, Q174K, D177E, Q207N, R211K  
IRL15052 IRL15052 None None   K49KE, E53EQ, Y146X, S162A, K173T, Q174K, I178IM, V189VI, T200A, Q207E S117S*, D186DH, L187LS, D192DH 
IRL15796 IRL15796 None None   D123E, I135L, T165I, K173I, Q174K, I195L, T200M, K201KR, Q207A, R211K  
IRL16047 IRL16047 None None   V60I, K122E, D123N, I135T, S162Y, K173S, Q174K, D177E, Q207E, R211K A98AV 
IRL16863 IRL16863 None None   K43E, K122E, D123S, V148VG, K173L, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S  
IRL17304 IRL17304 None None   K102KQ, K122E, D123NS, S162SADY, Q174K, D177E, V179I, I202V, Q207A, R211NS S156S*PQ, K173*PQS, E194EV 
IRL17582 IRL17582 None None   K49R, D123E, I135V, S162A, E169K, K173T, Q174E, D177E, T200A, Q207E G45R 
IRL17724 IRL17724 None None   V60I, K104R, K122E, D123N, I135V, T165TI, K173IT, Q174KT, D177E, I178M, T200A, I202IV, Q207N, R211K  
IRL17746 IRL17746 None None   K43E, K46R, K122E, D123S, I142IT, S162CF, K173KNT, Q174K, D177E, Q207ALPV, R211S R143RS, Q145QL, L168LV, E169E*, L209LGVW, G213GDE, D218DY 
IRL17894 IRL17894 None None   V60I, D121H, K122E, I135T, A158AS, D177E, T200I, Q207E, R211K G141G*W, R143RG, Y144YC, F160FS, P176PR 
IRL18332 IRL18332 None None   Q145QH, S162A, K173T, Q174E, D177E, I178V, T200A, Q207E, R211K, K223KE, E224EG, L228LF S134SIMR, I135*GLV, R143RI, Y146YF, W229WGR 
IRL18404 IRL18404 None None   K104KR, K122KE, D123DN, I135IT, S162SA, K173IMR, Q174KN, D177E, T200E, Q207N, R211K  
IRL18754 IRL18754 None None   K49R, K122E, I135IT, S162A, K173AT, Q174K, D177E, I178IM, I195IL, T200A, Q207E, R211K  
IRL18888 IRL18888 None None   V60I, V118I, D123E, I135T, T139TK, S162A, K173A, Q174K, D177E, T200A, R211G, F214L V148VL 
IRL19039 IRL19039 None None  L234LIPT S68SG, I135V, S162A, K173T, Q174K, D177E, L193LF, T200A, Q207E, R211RK L149LF, P150PS, P157PS, E233EK 
IRL20203 IRL20203 None None   K49KR, V60I, K122E, D123NS, I135T, K166KR, E169ED, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211RK  
IRL22469 IRL22469 None None  V106VIM K43E, V118VI, K122E, D123N, K166R, K173L, Q174K, D177E, T200TI, I202V, Q207A, R211S  
IRL23671 IRL23671 None None   I135L, Q145QH, S162A, K173T, Q174EGKR, T200A, Q207E, R211RT N147NI, P157PS 
IRL24786 IRL24786 None None   E53D, D123E, I135V, S162A, K173V, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L  
IRL25181 IRL25181 None None   K43E, S68G, D121H, K122E, D123S, S134SC, I135T, T139A, Q145QE, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S D76DN, E138E*, R143RS, Y144YH, V148VL 
IRL25637 IRL25637 None None   K122E, D123E, I135V, S162AG, S163SR, M164MI, K173T, Q174EG, P176PS, D177E, I178M, I195IL, T200AE, I202IL, E204K, Q207DE, F214FL, L228LP, E233ED L80LF, P170PA, R172R*, R199RS, G213GE 
IRL26149 IRL26149 None None   K122E, I135R, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E  
IRL27010 IRL27010 None None  K103KN, Y188YH I50IF, D123E, I135L, S162Y, K173T, Q174K, D177E, I195L, T200A, Q207A, R211K  
IRL27252 IRL27252 None None   V60I, I135L, I142IM, S162AG, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211RK, F214FL S48S*, R143RIS, Q145Q*, V148VL, W153WLMR, E169E*, V189VL, S191SP, P226PQ 
IRL27388 IRL27388 None None   I135V, S162A, K173T, Q174X, D177DE, I178IM, T200A, Q207EGKR, R211K  
IRL27860 IRL27860 None None   K122E, D123N, A158S, S162C, K173L, Q174K, D177E, Q207A, R211S  
IRL27862 IRL27862 None None   K43E, K122E, D123S, I135MV, S162C, K173V, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S  
IRL28471 IRL28471 None None   K49KR, V60I, K122E, D123S, R125RK, I135T, Q145QE, V148VG, D177E, I178MV, V179I, Q207K, R211Q N136NT, L168LS 
IRL28857 IRL28857 None None   K43E, E53D, K104Q, K122E, D123S, S134SN, I135T, S162H, K173S, Q174K, D177E, T200A, Q207A, R211K A129APT, Y144Y*, Q145QP 
IRL29133 IRL29133 None None   K104R, K122E, D123N, I135L, A158S, S162A, K173T, Q174N, T200A, Q207E  
IRL30776 IRL30776 None None   K49R, I50V, K122E, D123N, I135T, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E  
IRL31485 IRL31485 None None   S48T, V60I, D123E, I135V, S162A, F171Y, K173T, Q174K, D177E, T200A, I202V, Q207E  
IRL32818 IRL32818 None None   S68G, K122E, I135V, S162A, K173T, Q174R, D177E, I178M, G196E, Q197K, T200A, Q207E, R211K  
IRL32980 IRL32980 None None   K49R, V60I, K101R, K122E, D123N, I142T, E169D, D177E, Q207E  
IRL32981 IRL32981 None None   K49R, V60I, K101KR, K122E, D123NS, I142T, E169D, D177E, Q207E  
IRL34458 IRL34458 None None   K49R, V60I, D123S, D177E, I178IM, T200TI, Q207EG, R211K  
IRL35416 IRL35416 None None   D121Y, K122E, D123G, S162C, E169D, K173A, Q174K, D177E, G196E, Q207A, R211S  
IRL35854 IRL35854 None None   K43E, K122E, D123GS, I135T, K173I, Q174K, D177E, I178M, G196GE, Q207A, R211RS K73KR, G213GDE, D218DY, Y232Y*, E233EK 
IRL35870 IRL35870 None None   D123E, I135L, I142V, S162H, K166Q, K173I, Q174K, P176S, I195L, G196E, T200A, Q207E, R211K  
IRL35871 IRL35871 None None   D123E, I135L, I142V, S162H, K166Q, K173I, Q174K, P176PS, D177G, I195L, G196E, T200A, Q207E, R211K  
IRL37602 IRL37602 None None   K102R, K122E, D123S, V148VG, A158S, K173LS, Q174K, D177E, Q207A, R211S Q145QK 
IRL38424 IRL38424 None None   S48T, K122E, D123S, S162A, K173I, Q174K, D177E, T200A, Q207AG, R211RK  
IRL39082 IRL39082 None None   K43KR, D123N, I135T, S162A, K173S, D177G, I178V, V179I, I202V, Q207A, R211K V148VE, V189VL, R206R*IL, G213GDE, D218DY 
IRL39239 IRL39239 None None   V60I, K64R, K102R, K104R, S162A, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211E  
IRL39248 IRL39248 None None   K43E, K122E, D123S, I142IV, Q145QH, K173I, Q174K, D177E, I178M, Q207A, R211S  
IRL39742 IRL39742 None None   K43E, V60I, D123S, K173T, Q174K, D177E, V179I, Q207A, R211K  
IRL39771 IRL39771 None None   V60I, D121H, K122E, I135T, I142IL, K173AS, Q174K, D177E, I178IV, V179VI, G196GE, T200TA, Q207A, R211S W153W*G 
IRL40236 IRL40236 None None   K43E, K122E, D123S, S162C, K173R, Q174K, D177E, T200A, Q207AD, R211S  
IRL41649 IRL41649 None None   W88WC, K122E, I135R, S162A, K173T, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K  
IRL46503 IRL46503 None None   E53D, V60I, D121CF, K122E, D123DG, S162A, K173T, Q174K, D177E, R199K, T200A, Q207E  
IRL46667 IRL46667 None None   K43E, K64R, D121Y, K122E, I135V, I142IL, S162A, T165I, K173IT, Q174K, D177E, Q207A, R211S, F214FL L80LF, R125R*KW, G141GR, Y232Y*, E233EK 
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