<!--#if expr="$title" --> <!--#echo var="title" --> <!--#else --> HIV Drug Resistance Database <!--#endif -->
Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.

References

Author Nwobegahay (2012)
Title Low prevalence of transmitted genetic drug resistance in a cohort of HIV infected naïve patients entering antiretroviral treatment programs at two sites in northern South Africa.
Citation J Med Virol
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
NumIsolates 80
NumPts 80
Subtype C

Clinical RT Isolates


SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
BBCR01ZA BBCR01ZA None None   V35T, T39D, S48T, W88C, K102E, V118I, E138S, T139A, S162Y, K173A, Q174K, T200A, Q207E, R211S, F214L, A272S, T286A, E291D, V292I, I293V, L310LV, P313ST, Q334C, R356K, M357T, R358K, G359T, V365I, K366R, T369A, A376S, T377M, K390R, A400I, E404D  
BBCR04ZA BBCR04ZA None None   V35T, T39N, S48T, K122E, D123S, S162A, K173A, D177G, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, K275R, Q278H, T286V, E291D, V292I, I293V, I329L, G335D, R356K, M357R, G359T, T377V, K390R, A400T, E404D  
BBCR05ZA BBCR05ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V90I, K122E, D123G, T139S, K173T, T200A, I202V, Q207E, V245Q, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T, Q334H, G335D, R356K, R358K, G359A, Q367M, T369A, I375V, T377M, K390R, A400T, E404D  
BBCR06ZA BBCR06ZA None None   K22R, V35T, T39K, K43Q, K49R, W88C, K122E, D123S, E169D, K173S, D177E, T200A, I202V, Q207E, R211K, P243S, V245Q, A272S, T286A, A288T, E291D, V292I, D320E, Q334N, G335D, M357V, G359T, T377K, T386I, K390R, A400T, T403M, E404D, E432D  
BBCR07ZA BBCR07ZA None None   V35T, T39E, S48T, D123E, K166R, K173T, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V, V317A, Q334Y, G335D, R356K, G359T, T377Q, S379C, K390R, A400T, E404D  
BBCR13ZA BBCR13ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G  
BBCR14ZA BBCR14ZA None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K101R, K122E, D123G, I142V, K173A, D177G, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, V317A, Q334N, G335D, R356K, G359T, T377L, K390R, A400T, E404D, E430K, E432N  
BBCR15ZA BBCR15ZA None None  V179D V35K, T39E, S48T, D86E, W88S, V118I, K122E, D123N, E138A, K166Q, E169Q, K173M, Q174K, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, E248D, A272P, K275R, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V, L310I, Q334N, G335D, R356K, G359T, T369A, T377M, K390R, E396D, A400T, E404D, A437V  
BBCR16ZA BBCR16ZA None None   V35T, T39E, S48T, K49R, K122E, D123N, I135T, S162C, E169R, K173E, D177E, T200A, Q207K, R211Q, V245T, E248D, A272P G262R 
BBCR17ZA BBCR17ZA None None   V35T, E36A, T39D, K122E, D123N, S162A, K173A, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207D, R211K, I244L, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V  
BBCR19ZA BBCR19ZA None None   V35I, T39N, E40D, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, Q174K, D177G, G196E, T200A, Q207A, R211K, V245Q  
BBCR23ZA BBCR23ZA None None   P4S, E6A, V35T, E36A, T39E, S48T, I50V, V60I, K122E, D123S, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K  
BBCR24ZA BBCR24ZA None None   V35T, E36G, T39E, S48T, W88C, K122E, D123G, E138A, K173A, D177G, T200A, R211E, V245Q, E248D, A272P, K277R, K281R, T286P, E291D, V292I, I293V, E300D, L301I, E308K I37Y 
BBCR25ZA BBCR25ZA None None   P4Q, V35T, T39E, S48T, V118I, K122E, D123S, E138A, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211G, F214L, V245Q, E248N, D250E, A272P, K275R, Q278Y, E291D, V292I, I293V, I329V, Q334H, G335D, R356K, G359T, T369A, A371V, A376S, T377M, T386A, K390R, E396D, A400T, E404D L209F 
BBCR26ZA BBCR26ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K82R, A98S, K122E, D123G, K173A, Q174R, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245H, S251N, A272P, V292I, I293V, L301F  
BBCR28ZA BBCR28ZA None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, K275Q, T286A, E291D, V292I, I293V G285R 
BBCR29ZA BBCR29ZA None None M41L  E28A, K32Q, E36A, T39G, E40G, S48T, K122E, D123S, E138A, K173A, Q197L, T200A, Q207K C38L, P225A 
BBCR30ZA BBCR30ZA None None   T27S, V35Q, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, I178M, G196E, T200G, Q207N, R211K, V245E, E291D, I293V, Q334E  
BBCR31ZA BBCR31ZA None None   V35T, T39E, E40D, S48T, W88C, K104R, V118I, K122E, D123N, E138A, K173A, Q174K, T200A, Q207E, R211K, F214L, E224K, V245Q, E248N, K277R, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, P313Q, E328D P226R 
BBCR34ZA BBCR34ZA None None   V35T, T39E, S48T, A98S, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, T200A, E203D, Q207N, R211K, V245Q, A272P, K281R, V292I, I293V  
BBCR36ZA BBCR36ZA None None   V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60I, K122E, D123G, K173T, Q174R, T200A, Q207A, R211K, E248D, T286A, E291D, V292I, I293V  
BBCR38ZA BBCR38ZA None None   A33S, V35T, T39E, S48T, K122E, K173T, Q197P, T200A, Q207E, R211K, V245E, K277R, E291D, V292I, I293V, E297K  
BBCR39ZA BBCR39ZA None None   S3A, E6K, G18A, K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277R, T286A, V292I, I293V, P294T, Q334H, G335D V10E, L12I, K13N, M16R, V21L, W24C, L26F, A62C, I63Y 
BBCR40ZA BBCR40ZA None None   K43R, S48T, D121H, K122E, A158S, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V M41V 
BBCR41ZA BBCR41ZA None None   V8I, V35T, T39E, S48T, E53D, V111I, K122E, D123N, E138A, K166R, K173I, Q174K, T200V, Q207E, R211K, F214L, V245Q, E248D, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
BBCR42ZA BBCR42ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, K173A, D177E, I178L, T200A, E204K, Q207E, F214L, V245Q, D250E, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V Q91K 
BBCR43ZA BBCR43ZA None None   K11Q, V35T, T39E, K173T, T200A, Q207E, R211K, V245Q, T286A, E291D, V292I, I293V, E300D  
BBCR45ZA BBCR45ZA None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K122V, D123N, E138A, T165I, K173E, Q174R, D177E, G196E, T200A, I202V, Q207A, R211K, V245T, E248D, D250E, A272P, K277R, L279M, T286A, E291D, V292I, I293V, E312Q, I329L, Q334N, G335D  
BBCR47ZA BBCR47ZA None None   V35T, T39E, S48T, K82R, A98S, K102Q, K122E, D123G, K166R, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245S, A272P, K277R, Q278H, I293V E36S 
BBCR48ZA BBCR48ZA None None   V35T, T39E, S48T, K82R, A98S, K102N, K122E, D123N, I135T, I142V, K166R, K173A, D177E, T200A, I202V, E204K, Q207E, R211K, V245Q, E248D, D250E, S251D, A272P, K277R, L283I  
BBCR50ZA BBCR50ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K82R, A98S, K122E, I135K, K173A, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207E, R211K, V245A, S251N, A272P, K281R, V292I, I293V, E297K  
BBCR51ZA BBCR51ZA None None   V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, I135T, E138A, K173N, Q174K, T200A, I202V, Q207E, F214L, V245Q, E248N, D250E, A272P, K275R, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V  
BBCR53ZA BBCR53ZA None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, P119T, K126N, Q145E, K173A, D177G, T200A, I202V, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294A, Q334H, G335D, R356K, G359T, I375V, T377Q, S379C, K390R, A400T, E404D Y127N 
BBCR54ZA BBCR54ZA None None   V35T, T39E, S48T, A98S, K122E, K173A, D177G, I178L, T200A, I202V, Q207A, R211K, V245S, A272P, K275R, Q278N, V292I, I293V, E308K I244N 
BBCR55ZA BBCR55ZA None None   V35T, T39E, S48T, V60I, D123E, K173T, D177E, T200A, Q207R, R211K, V245Q, A272P, K281R, E291D, V292I, I293V  
BBCR56ZA BBCR56ZA None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, S162A, K173A, D177E, T200A, E203Q, Q207D, R211K, V245Q  
BBCR57ZA BBCR57ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K101R, K122E, D123S, S162A, K173T, D177E, T200A, Q207E, V245Q, A272S, K277R, E291D, I293V, H315Y, Q334N, G335D  
BBCR58ZA BBCR58ZA None None   V35T, T39E, K173T, Q174K, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245A, E248D, D250E, A272P, T286A, E291D, V292I  
BBCR59ZA BBCR59ZA None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, I135T, K173M, Q174K, T200A, Q207K, R211K, F214L, V245S, L246M, A272P, K277R, L283I, K287R, I293V, P294T I244Y 
BBCR60ZA BBCR60ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, A98S, K122E, E138A, T165I, K173A, Q174K, D177G, T200A, I202V, Q207A, R211K  
BBCR61ZA BBCR61ZA None None   K11Q, V35T, E36A, T39E, S48T, D121Y, K122E, K166R, K173A, Q174K, D177E, T200A, E203D, Q207D, R211K, F214L, V245A, I257V, A272P  
MC01ZA MC01ZA None None   V35T, E36A, T39E, E44G, S48T, D121H, K122E, I142V, K173S, Q174K, D177E, I178L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I, P313Q, Q334N, G335D, A355S, R356K, G359T, T377M, K390R, A400T, E404D, V435M G45R 
MC02ZA MC02ZA None None  A98G, K103N V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, D250E, A272P, K277R, L283I, T286A, E291D, I293V, I329L, Q334D, G335D, R356K, M357R, R358K, G359S, K366R, I375V, A376G, T377L, T386I, K390R, A400L, E404D  
MC03ZA MC03ZA None None   I5M, E6K, K20R, V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, E138A, K166R, K173D, Q174K, D177E, T200A, Q207N, R211K, F214L P19T 
MC04ZA MC04ZA None None   V35T, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, T139S, A158S, K173A, T200A, Q207A, R211K, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V, D324E, Q334N, G335D, R356K, M357T, G359T, K366R, T377L, K390R, A400T  
MC05ZA MC05ZA None None   T27S, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, I135V, I142V, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, I257V D250V 
MC07ZA MC07ZA None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, S162C, K173A, Q174K, I178L, T200A, Q207D, R211K, V245Q, A272P, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, V317A, Q334N, G335D, R356K, R358S, G359T, E370Q, T377I, K390R, A400T, E404D  
MC10ZA MC10ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, S162C, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, L283I  
MC11ZA MC11ZA None None   T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q L34F, V35Y, E36R 
MC13ZA MC13ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, D177E, D192N, T200A, Q207A, R211K, P243A, V245Q, A272P, K277R, T286A, V292I, I293V S191L 
MC14ZA MC14ZA None None   V35M, E36A, T39E, K122E, D123S, I135T, K173E, I195L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248D, D250E, A272P, K277R, E291D, V292I, I293V, E308K  
MC15ZA MC15ZA None None   K20R, V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K, E248D, A272P, K277R, Q278H, T286A, E291D, V292I, I293V L283C 
MC17ZA MC17ZA None None   S48T, K122E, D123G, K173A, D177G, I195L, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K275R, Q278N, E291D, V292I, I293V, L301M, K311R  
MC19ZA MC19ZA None None   V35T, E36A, T39D, S48T, K122E, D123N, K173A, D177E, I178M, T200A, Q207E, R211K, V245P, S251T, A272P, K275R, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
MC21ZA MC21ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123G, S162C, K166R, K173A, D177E, T200A, Q207D, R211K, V245Q, D250E, A272P, K277T, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, H315Q  
MC24ZA MC24ZA None None   V35P, E36A, C38S, T39E, S48T, W88C, K122E, D123G, E138A, K173A, D177G, T200A, R211E, V245Q, E248D, A272P, K277R, K281R  
MC25ZA MC25ZA None None   V35T, E36A, T39E, V60I, K104Q, K122E, D123N, S162N, K173T, Q174K, T200A, Q207K, R211K, V245Q, E248D, A272S, K275Q, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T  
MC27ZA MC27ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, K173A, Q174K, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V  
MC29ZA MC29ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, D123N, S162Y, K173A, Q174R, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245A, A272P, Q278H, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, Q334N, G335D  
MC30ZA MC30ZA None None   V35T, E36T, T39E, S48T, V118I, K122E, D123N, T165I, K173T, Q174K, T200A, Q207E, R211K, F214L, V245Q, A272P, K275Q, E291D, V292I, I293V, Q334K, G335D  
MC31ZA MC31ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, E53D, V60I, D121Y, K122E, I135V, S162C, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245E, D250G, A272P  
MC32ZA MC32ZA None None   V35T, T39E, S48T, A98S, K122E, D123G, K173A, D177E, G196K, T200E, Q207A, R211K, I244L, V245L, K281R, T286A, E291D, I293V, Q334H, G335D  
MC33ZA MC33ZA None None   V35T, T39E, S48T, D123EG  
MC34ZA MC34ZA None None   D17E, K32R, V35T, E36A, T39E, E40D, S48T, V60I, K122E, D123S, T165I, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245K I244Y 
MC35ZA MC35ZA None None   V35T, T39E, S48T, K122E, D123G, K173E, Q174R, D177E, T200A, Q207E, R211K, V245Q, A272P, T286A, E291D, V292I, I293V, Q334N, G335D  
MC36ZA MC36ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K166R, F171Y, K173A, Q174K, T200A, Q207H, R211K, V245K  
MC37ZA MC37ZA None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, A98S, K122E, D123N, I135V, K173A, Q174K, D177E, I178V, T200A, R211K, V245A, E248N, L260I, A272P  
MC39ZA MC39ZA None None   V35T, T39E, S48T, K122E, I135T, I142V, K173T, Q174K, D177E, I178V, T200A, I202V, Q207R, R211K, V245Q, D250E  
MC40ZA MC40ZA None None   K20R, V35T, E36A, T39E, S48T, K122E, E138A, E169D, K173T, D177G, T200A, V245Q, A272P, K275Q, K277R, R284K, T286A, E291D, V292I, I293V  
MC41ZA MC41ZA None None   V8I, V35T, T39E, S48T, K122E, D123N, E138A, K166R, K173IM, Q174K, T200V, Q207E, R211K, F214L E224R, P225T 
MC42ZA MC42ZA None None   V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, I135T, K173A, D177E, I178L P59Q 
MC43ZA MC43ZA None None  Y181S V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, D177E, I178M, T200A I180M 
MC44ZA MC44ZA None None   V35T, T39E, S48T, K122E  
MC45ZA MC45ZA None None   V35T, E36A, T39D, S48T, V60I, K122E, D123S, K173A, D177E, I178M, T200A, E204K, Q207E, R211K, P243S, V245K, P247A, D250E L246F, E248R 
MC46ZA MC46ZA None None   V21I, V35T, T39E, K122E, D123S  
MC47ZA MC47ZA None None   V35T, E36A, T39E, K122E, I135R, S162C, K173T, Q174K, D177E, T200A, Q207E, V245K, D250E, A272P, T286A, E291D, V292I  
MC48ZA MC48ZA None None   K32R, V35T, E36A, T39E, S48T, V60I, K122E, D123G, E138A, S162C, K173A, Q174K, V179I, T200A, R211K, V245Q, A272P, E291D, V292I, I293V, G335D, F346Y, R356K, M357V, R358K, G359T, K366R, T377Q, K390R, A400I, E404D  
MC49ZA MC49ZA None None   V35I, E36A, T39E, S48T, K122E, D123S, K173A, Q174K, D177E, G196M, T200A, Q207E, R211K L12I 
MC50ZA MC50ZA None None   V8I, V35K, T39E, S48T, V60I, K173T, G196E, Q197P, T200A, Q207G, R211K, V245Q, A272P, K277R  
MC51ZA MC51ZA None None   I5M, E6K, E28K, K32E, V35K, E36A, T39E, S48E, E169D, K173A, Q174K, D177E, I178L, V179I, T200A, Q207E, R211K, V245C  

Database

Resources

Team