Stanford University HIV Drug Resistance Database - A curated public database designed to represent, store, and analyze the divergent forms of data underlying HIV drug resistance.


Author Smith (2009)
Title A public health model for the molecular surveillance of HIV transmission in San Diego, California.
Citation AIDS
SelectedGene RT
SelectedSpecies HIV1
SelectedGroup M
SelectedType Clinical
NumIsolates 662
NumPts 662
Subtype B, C, A, CRF02_AG, D, CRF09_cpx


  Page 1 of 7    Next >   Last Page Jump to Page   
Back To Query

Page 1   listing Isolate 1 to Isolate 100 from Total 662 Clinical RT Isolates

SubjectIsolateNRTIsNNRTIsNRTI MutNNRTI MutCommonUnusual
PI1 US2001PI1 None None   V35VM, R83K, S162C, T200A  
PI10 US1997PI10 None None   E44D, K122E, Q207E, R211K, A272P, E297A  
PI100 US2003PI100 None None   V35VI, D86E, D123DE, F171Y, G196E, I202V, R211K, V245D, A272P, T286A, V292VI, I293V, E297R  
PI11 US2001PI11 None None K70R, M184V Y181C T69N, V90I, I135T, I142V, S162Y, Q207E, E224D, A272P, K277R, T286A, I293V  
PI12 US1999PI12 None None   K22R, S48T, V60I, K122P, I135L, I178L, I293V  
PI13 US1998PI13 None None   K103R, S105A, S162C, F214L, V245I, E248D, A272P, K277R  
PI14 US2000PI14 None None   K20R, K122E, I135T, S162C, K173R, Q174K, T200A, V245E, A272P, I293V, E297A Q222Q* 
PI15 US2002PI15 None None   V60I, I135V, T200A, Q207E, K277R, T286A, P294Q  
PI16 US2001PI16 None None   R83K, K104R, K122P, I135T, S162C, I178L, A272S, K277R, T286A, I293V, E297K  
PI17 US1999PI17 None None   V35T, E36A, T39E, K122E, D123G, A158S, T165TI, K173A, D177E, T200A, Q207E, R211RK, V245Q, S251G, A272P, K277R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T  
PI18 US2001PI18 None None   E6D, D123E, I135T, T165I, L210F, V245M, K277R, I293V  
PI19 US2000PI19 None None   R83K, I142T, S162Y, V245VM, A272P, K277R, V292I, E297A  
PI2 US2003PI2 None None   D123DE, D177DE, T200TA, R211RT, A272P, T286A  
PI20 US2002PI20 None None   K122E, D123E, I135T, K173E, D177E, I178IM, A272P, K277R, A288S, I293V, E297K  
PI21 US2002PI21 None None   V35I, E36D, T39A, D123N, S134R, I135V, I142V, S162A, K173V, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248N, D250E, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T  
PI22 US2002PI22 None None   P4L, V35I, E36D, D123N, S134R, I135V, I142V, S162A, K173V, Q174K, D177E, V179I, T200A, Q207E, R211K, V245Q, E248N, D250E, A272ST, K281R, T286A, E291D, V292I, I293V, P294T  
PI23 US2002PI23 None None   P4L, R83K, K101R, K173N, R211Q, T286A, I293V  
PI24 US2002PI24 None None   R83K, K104KN, T200A, E248D, A272S, Q278N, E297EK  
PI25 US2002PI25 None None   A98S, I178M, E204Q, R211K, T286A, I293V, E297T  
PI26 US2002PI26 None None   S68G, I135T, I159V, Q174E, T200A, A272P, P294S  
PI27 US2003PI27 None None   K102Q, K122KE, K166R, K173T, G196E, F214L, A272P, K277R, Q278H, I293V, E297A  
PI28 US2003PI28 None None   K49KR, I50V, V60I, R83K, D123E, I135T, K166R, D177E, R211K, A272P, K277KR, R284RK, T286A, I293V, P294PS, L295LI, E297K  
PI29 US2003PI29 None None   D123E, I135T, S162C, K166KR, D177E, E248D, A272P, K277R  
PI3 US2003PI3 None None   R83K, D123E, T200A, I202V, Q207T, R211K, V245I, E248D, A272P, E291D  
PI30 US2003PI30 None None   V60I, A98S, I135V, T139K, S162C, T200TI, R211K, I244IV, V245M, D250E, K277R, I293V, E297A, L301M  
PI31 US2003PI31 None None   V35I, I135L, S162C, T200A, V245Q, K277R, T286A, A288AS, V292I, I293V  
PI32 US2003PI32 None None  V179VD D121DH, D123DN, I142V, R211K, S251I  
PI33 US2003PI33 None None   E6D, I50V, D121H, K122E, I135IT, I142M, S162C, D177E, Q207E, F214L, A272P, K275R, K277R, Q278N  
PI34 US2003PI34 None None  K103N G196GE, A272P, K277R, P294T  
PI35 US2001PI35 None None   D123E, D177E, Q207E, R211K, R284K  
PI36 US2001PI36 None None   E6D, A98S, K101Q, K102Q, K104R, S162C, K173R, Q174K, V179I, Q207E, R211M, V245E, A272P, K277R, I293V  
PI37 US2001PI37 None None   R83K, R172RK, V245VM  
PI38 US2001PI38 None None   K64R, V118I, K122E, E138A, I142V, T200I, R211K, F214L, E224D, V254I, A272P  
PI39 US2001PI39 None None   A98S, D123E, R211K, R284RK, T286A, T296S, E297K  
PI4 US2003PI4 None None   V35T, A98S, K122E, E138A, G196E, T200A, E248EDKN, S251H, E291D, V292VI, P294T, E297A, A304E  
PI40 US2001PI40 None None  K103N, K238T K43KR, V60I, K64KR, I135V, G196GR, T200A, Q207E, V245MR, K277R, T286A, P294Q  
PI41 US2001PI41 None None  K103N K11T, K20R, K122E, T200I, R211K, A272P, I293V, P294A, E297A  
PI42 US2002PI42 None None   G196E, T200I, I202V, V245I, S251C, V276I, I293V  
PI43 US2002PI43 None None   V35I, S48T, R83K, A158S, E169D, D177N, K238R, P243H, V245E, E248D, A272S, K281R, T286A, I293V, E297K  
PI44 US2002PI44 None None D67N, T215S, K219E  V60I, A98S, K102Q, K104R, Q197H, T200G, R211K, V245E, K249R, A272P, K277R, I293V, E297G  
PI45 US2002PI45 None None  K103N I5V, V60I, I135V, T200A, Q207E, V245M, K277R, T286A, P294Q  
PI46 US2002PI46 None None   V60I, F116FS, I135L, S162C, T200A, V245E, A272P, K277R, V292I, P294S  
PI47 US2001PI47 None None   V35T, D86E, A98S, K122P, I135IR, K166R, D177E, I178M, T200I, Q207E, V245E, A272S, K277R, A288S, V292I, I293V  
PI48 US2002PI48 None None   D123E, S162C, I178M, I180V, Q207E, A272P  
PI49 US2002PI49 None None D67N, T215S, K219E  V60I, A98S, K102Q, K104R, Q197H, T200G, R211K, F214FL, V245E, K249R, A272P, K277R, I293V, E297G  
PI5 US2003PI5 None None   V35I, R83K, D123E, N175H, G196E, T200L, K277R, A288S, I293V, P294T, E297R  
PI50 US2002PI50 None None   V35I, V60I, T69N, E79D, R83K, K101Q, K103R, K104R, V179I, G196E, E203K, A272P, V276I, L283I, A288S, I293V K82Q 
PI51 US2002PI51 None None   S68G, K122E, D123E, I135T, S162A, Q174K, D177E, T200A, F214L, A272G, R284K, T286A, I293V  
PI52 US2002PI52 None None   V35I, I135T, E169D, I202V, A272P, K277R, Q278H, T286A N81NS 
PI53 US2001PI53 None None   K32N, I135V, E169D, I178L, A272AV, A288S, I293V  
PI54 US2002PI54 None None   E6D, D123E, T200EK, Q207E, R211K, V245M, I293V  
PI55 US2001PI55 None None   E40EG, V60I, R83K, D86DG, V90I, D123E, S162Y, D177E, V179I, T200A, W212WR, K223KR, A272P, I293V  
PI56 US1997PI56 None None M184MV  I135T, R211K, V245E, K277R, I293V  
PI57 US2002PI57 None None   K104R, I135V, K173E, D177E, V245T, D250E, A272P, T286A, I293V  
PI58 US2002PI58 None None   V35T, T39S, V60I, R83K, K104R, G196E, Q197L, Q207E, R211K, A272P, I293V  
PI59 US2002PI59 None None   I31IM, V35VI, D123E, S162C, K173KE, D177E, I178IM, Q207E, R211RK, A272P, I293V L34LV 
PI6 US2003PI6 None None   K32R, Q174H, I202V, Q207E, R211K, V245K, K249Q, A272P, T286A, I293V, E297T  
PI60 US2002PI60 None None   R83K, K122E, I135V, R211K, V245E, T286A, E297K  
PI61 US2002PI61 None None   K20R, I135V, S162C, R211K, T286A, I293V, E297K  
PI62 US2002PI62 None None M41L, T215D  V60I, R83K, K122E, I202V, Q207H, R211K, V245E, A272P, I293V  
PI63 US2002PI63 None None  K103N E6D, K20R, V35M, I135T, V179A, R211T, F214L, V245M, A272S, V292I, I293V  
PI64 US2002PI64 None None   A98S, D123E, R211K, F214FL, R284K, T286A, T296S, E297K  
PI65 US2002PI65 None None A62V  A98S, K102R, K122E, D123G, E138A, P170PS, I178M, V179I, D250E, S251D, A272P, I293V, P294S  
PI66 US2002PI66 None None   I178M, T200K, R211K, V245T, I293V, P294Q  
PI67 US2002PI67 None None   V35M, D123E, K126R, S162A, D177E, V189I, I195L, T200E, R211K, F214L, R284K, T286A, I293AV  
PI68 US2002PI68 None None   V60I, R83RK, K122P, T200TA, A272P, A288AT, I293V, P294T  
PI69 US2002PI69 None None   K102Q, K103R, S162C, R211RK, V245M, D250DN, S251I, A272P, K277R, T286A, T296TS  
PI7 US2003PI7 None None   R83K, A98S, K122P, D123E, K173KE, D177EK, T200A, T286A, E291D, E297R, L301I  
PI70 US2002PI70 None None  V108I V35I, Q174QH, I202IM, Q207E, V245Q, A272P, E291D, P294S  
PI71 US2002PI71 None None   V35M, K104N, K122E, D123N, I135V, V179I, I202V, R211K, V245M, K277R, E297K  
PI72 US2002PI72 None None  V179D I2IL, K20KR, T27S, I31IV, V35I, R83K, D86E, V90I, D123N, V245T, D250E, K281R  
PI73 US2002PI73 None None   K20R, V90VI, E169ED, K173E, T200TA, A272AP, K277R, Q278QH, T286TA, E297K  
PI74 US2002PI74 None None   E6D, A98S, D123E, R211K, R284K, T286A, T296S, E297K  
PI75 US2002PI75 None None   K122KE, D123E, I135T, S162C, D177E, A272P, K277R  
PI76 US2002PI76 None None M41L, D67N, T215Y K101P, K103N K20R, T39A, V60I, I202V, R211K, A272P, V276VI, K277KR, A288S  
PI77 US2002PI77 None None  K103N V35I, R83K, V90I, S162G, V245E, T286A, V292I, I293V, E297K  
PI78 US2002PI78 None None M184MV  K104R, V118I, K122E, I135T, T200I, R211S, F214L, K223KR, L283I, V292I, I293V, E297K, L301I  
PI79 US2002PI79 None None   V35I, I135L, S162C, T200A, V245Q, K277R, T286A, A288S, V292I, I293V  
PI8 US2001PI8 None None   R211K, V276VI, K277KR, T286A  
PI80 US2003PI80 None None   K102KR, I135V, S162A, Q207D, R211K, K277R, I293V, P294A, E297K  
PI81 US2003PI81 None None A62AV  K49R, I50V, R83K, T165I, E169D, K238R, P243H, V245E, E248D, A272S, K281R, T286A, I293V, E297K  
PI82 US2003PI82 None None   K49R, I50V, R83K, T165I, E169D, K238R, P243H, V245E, E248D, A272S, K281R, T286A, I293V, E297K  
PI83 US2003PI83 None None   R83K, K102KR, K122E, G196E, T200I, Q207H, R211K, E297A  
PI84 US2003PI84 None None   K11KQ, D123E, I135T, D177E, G196E, V245M, V292I, I293V, E297R P9PL, P25PL 
PI85 US2003PI85 None None   V35M, T39A, S48E, V60I, R83K, G196E, Q197L, Q207E, A272P, V292I, I293V  
PI86 US2003PI86 None None M41L, T215D K103N, Y181C K20R, V60I, D123E, I135T, G196E, E203EK, L228HR  
PI87 US2003PI87 None None   A98S, I178M, E204Q, R211K, T286A, I293V, E297T  
PI88 US2003PI88 None None   K122KE, I135V, S162C, K173KQ, R211K  
PI89 US2001PI89 None None  K103KN V60I, K122KE, D123DEKN, I135V, P176PS, I178IM, V179VI, I180IV, G196GE, T200A, Q207E, V245M, K277R, T286A, P294Q V111VG 
PI9 US2000PI9 None None   K101KR, I135T, S162C, R211S, A272P, K277R, I293V  
PI90 US2002PI90 None None   K20R, A98S, D123E, I135T, E138A, K166R, F214L, V245T, K277R, T286A, I293V, P294S  
PI91 US2001PI91 None None  V179D V35T, V60VI, K122E, D123E, I135L, S162C, T200A, I202V, A272P, K277R, T286A, A288S, I293V  
PI92 US2003PI92 None None M41L, D67N, K70R, L74I, T215Y, K219Q  V35L, K43E, E44D, V118I, K122E, Q197E, E204EK, Q207E, H208Y, L210Y, D218E, L228H, Q242H, K277R, I293V, E297A  
PI93 US2003PI93 None None   I135T, Q207T, R211K, V245M, I293V  
PI94 US2003PI94 None None   R83K, K101Q, E138A, S162C, E169D, A272P, K277R, T286A, A288T, E297K  
PI95 US2003PI95 None None   K11R, K20R, V35I, R83K, S162A, R211RG, I293V  
PI96 US2003PI96 None None   R83K, K122Q, D177E, V245K, E248D, A272P, K281R, P294PS  
PI97 US2003PI97 None None   K122E, S162C, G196E, E203D, R211G, A272P, I293V, E297K  
PI98 US2003PI98 None None   V35I, R83K, D123E, K166R, D177E, V179I, E194D, T200A, I202V, K277R, T286A  
PI99 US2003PI99 None None   V60I, K122P, I135T, E169D, D177E, T200I, A272P